본점거래분을 지점거래분으로 잘못 작성한 매입처별세금계산서합계표를 관할세무서장에게 제출한 이 건의 경우 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에 해당된다고 판단되므로 청구법인에게 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 있음
본점거래분을 지점거래분으로 잘못 작성한 매입처별세금계산서합계표를 관할세무서장에게 제출한 이 건의 경우 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에 해당된다고 판단되므로 청구법인에게 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2014.1.10. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO 및 2011년 제2기 부가가치세 OOO의 부과처분 중 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 OOO은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조【가산세】⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니한다.
3. 제20조 제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제70조의3【가산세】⑤ 법 제22조 제4항 각 호 외의 부분 단서 및 제5항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액”이란 발급하였거나 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.
(1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 1958.3.10. 설립되어 육상운송 및 항만하역, 해운, 택배사업 등을 주요사업으로 영위하는 법인으로서, 2008.1.1. 부가가치세법상 총괄납부사업자로 승인받은 이후, 각 지방 거점에 위치한 지점분을 포함하여 주된 사업장인 본점에서 부가가치세를 총괄납부하고 있다. (나) 청구법인은 OOO 주식회사에게 제공하는 석유류제품 운송용역의 일환으로 협력업체인 OOO와 계약을 체결하여, 2007년 11월～2010년 11월까지 OOO로 하여금 청구법인의 운송물량 일부를 담당하도록 하고, 운송관리와 내부운영시스템(육운시스템, DLS) ․재무시스템상 자료입력 등을 저유소 인근에 위치한 청구법인의 지점 에서 처리하되, 계약체결 및 수송비 지급은 청구법인의 본점에서 일괄 처리하였다. (다) 청구법인은 위 과정에서, 본점에서 계약한 쟁점세금계산서를 지점의 것으로 하여 매입처별세금계산서합계표 를 작성․신고하였다.
(2) 위 사실관계에 대한 청구법인의 주장은 다음과 같다. (가) 청구법인은 과다한 현장업무 부담을 완화하기 위해 2011년초부터 “육운용차임 비용품의 집중화” 정책을 시행하여 실물 세금계산서 정보를 재무시스템에 연동시키는 방식으로 변경하였는데, 변경전 시스템은 거래발생시마다 각 지점에서 운영시스템에 거래 기초정보를 입력하고, 향후 운송비 집행시 지급품의를 작성(본점에 제출)하고 세금계산서 정보를 재무시스템에 별도입력하도록 되어 있었으나, 변경후 시스템은 지점별 지급품의를 본점에서 일괄처리하고 운영시스템에 재무정보를 포함시켜 재무정보를 별도입력할 필요가 없도록 하였다. (나) 변경후 시스템에서는, 본점 명의로 수취한 세금계산서에 대해서도 그 정보를 입력한 지점의 거래내역으로 자동 집계하는 문제점이 있어, 전산데이터를 집계하는 본점직원이 세금계산서의 공급받는자가 본점이라는 정보를 전산시스템에 추가로 입력(이하 “강제조정”이라 한다)해야 하는 문제가 있었는데, 청구법인은 이러한 사실을 변경시스템 시행일(2011.1.1.)까지도 발견하지 못하다가 3월이 되어서야 알게 되어 이후 해당사항에 대하여 강제조정을 실시하였다. (다) 쟁점세금계산서 수취 당시 본점 물류담당직원의 인사이동이 있었는바, 기존직원이 결혼 및 퇴사(2011.5.20.)하는 과정에서 신규직원(2010년 10월에 입사하였으며, 해당직무는 2011년 5월부터 담당하였음)이 강제조정 업무를 제대로 인수인계받지 못하였고, 이에 따라 본점명의 세금계산서에 대한 강제조정이 2011년 4월분부터 누락되어 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액이 청주지점의 것으로 공제된 것이므로, 이는 단순한 업무착오에 의한 기재오류에 불과하다. (라) 쟁점세금계산서의 기재사항을 통해 청구법인 본점과 OOO의 계약에 따라 실제로 거래한 사실이 확인되고, 청구법인 전체 입장에 볼 때 납부세액에 변동이 없어 국고손실이 없으며, 청구법인은 세금계산서를 실지 거래내용에 의해 정확하게 수취하였으므로, 쟁점세금계산서의 기재오류는 구 부가가치세법 제22조 제5항 단서에 규정된 “착오로 적힌 경우”에 해당한다.
(3) 처분청은 이와 같은 청구법인의 주장에 대하여, 2011년 청구법인의 담당직원 변경 이후에도 일부 정상적으로 신고된 세금계산서(7월, 10월)가 있고, 쟁점세금계산서는 본점과의 거래에 의한 것이므로 청주지점의 거래사실로 인정할 수 없어 구 부가가치세법 제22조 제5항 단서상의 “거래사실이 확인되는 공급가액”으로 볼 수 없으며, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세는 고의․과실에 대한 고려없이 행정상 제재로 부과되는 것이므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.
(4) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 제시하고 있는 매입처별세금계산서합계표의 오류발생 원인과 그에 대한 증빙이 구체적이어서 청구법인의 주장에 설득력이 있는 점, 매입처별세금계산서합계표 오류에 의한 전체 납부세액의 변동이 없으며 쟁점세금계산서의 기재사항을 통해 청구법인 본점과 OOO의 실지 거래사실이 확인되어 청구법인의 매입처별세금계산서합계표 오류는 구 부가가치세법 제22조 제5항 의 규정의 “ 기재사항이 착오로 적힌 경우 ”로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.