농어촌특별세는 본세인 법인세 감면 등으로 증액된 것이기 때문에 과소신고에 따른 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부과는 취소되어야 함

OOO세무서장이 2013.10.10. 청구법인에게 한 농어촌특별세 2010사업연도분 OOO 원, 2011사업연도분 OOO원의 부과처분은 과다납부된 법인세를 농어촌특별세의 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2001.4.20. 설립되어 광통신용 부품개발 및 제조업을 영위하다가 휴대폰 카메라렌즈, 모듈 제조업 및 옵티컬 트랙패드 제조업을 새로운 사업으로 추가하여 사업을 영위하는 법인으로서, 2010사업연도 및 2011사업연도 법인세 신고․납부를 한 후, 2013.3.21.조세특례제한법제33조의2 제1항 제2호에 따라 전환사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액합계 OOO을 환급하여 달라는 경정청구를 하면서, 이에 따라 발생되는 농어촌특별세 상당액 OOO을 납부세액으로 하는 농어촌특별세 과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 신청한 법인세 환급 경정청구에 대한 검토결과, 청구법인의 경정청구내용이 타당하다하여국세기본법제45조의2 제3항에 따라 법인세 OOO을 환급하는 한편,농어촌특별세 수정신고 무납부 부분에 대하여 2013.10.10. 청구법인에게 농어촌특별세 2010사업연도 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세를 감면받음으로써 부가세목인 농어촌특별세가 증액 고지된 것은 본세인 법인세를 신고․납부하면서 세액감면 등을 적용받지 아니함으로써 본세인 법인세를 이미 과다납부하였으므로, 법인세를 감면받음으로써 추가 부과되는 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 포함하여 부과한 처분은 부당하며, 또한 농어촌특별세는 본세인 법인세의 부가세목에 해당하므로 본세인 법인세가 세액감면등으로 감액되면서 부가적으로 농어촌특별세가 증액된 것이기 때문에 이는 납세자의 고의나 실수로 과소신고한 경우가 아니므로, 청구법인에게 농어촌특별세 과소신고가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 본세의 법정신고기한까지 농어촌특별세 과세표준신고서를 제출하고 그 세액을 납부한 후, 2013.3.21. 본세인 법인세의 환급경정청구를 통하여 감면세액이 증가함에 따라 농어촌특별세 과세표준수정신고서를 제출하고 무납부하였기에 국세청예규(징세과-1249, 2011.12.9.)에 따라 과소신고 및 납부불성실가산세를 적용하여 농어촌특별세를 경정․고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 농어촌특별세는 본세인 법인세 감면 등으로 증액된 것이기 때문에 과소신고에 따른 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부과는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 (과소신고가산세) ① 납세자(부가가치세법제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 과소신고가산세의 부과에 관하여는 제47조의2 제3항 및 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제47조의5 (납부․환급불성실가산세) ① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (단서 생략)납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. 1.소득세법제158조 및 제159조에 따른 가산세가 부과되는 경우 2.법인세법제76조 제2항 및 제98조 제2항․제3항에 따른 가산세가 부과되는 경우 3.부가가치세법제34조 제2항에 따른 가산세가 부과되는 경우 4.부가가치세법제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우

④ 제1항의 계산식 중 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액과 제2항의 계산식 중 초과하여 환급받은 세액은법인세법또는조세특례제한법에 따라 소득세 및 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액을 포함하여 산정한다.

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 확정신고납부와 관련한 가산세(예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 부분에 한정한다)를 부과하지 아니한다. 1.소득세법제69조에 따른 토지등 매매차익예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 2.소득세법제106조에 따른 예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 3.부가가치세법제18조에 따른 예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 제48조 (가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3, 제47조의4 및부가가치세법제22조 제8항에 따른 가산세만 해당하 며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액
• 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고․납부를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고·납부를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고·납부를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

• 가. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의5에 따른 가산세만 해당한다)
• 나. 세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설(이하 이 목에서 "제출등"이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다)

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

(2) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부개정된 것) 제47조의3 (과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법및농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

② ～⑦ (생 략) 부칙 <제11124호, 2011.12.31> 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제84조의2제1항제1호, 제85조의5제1항제3호, 같은 조 제2항 및 제5항의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다. 제5조(무신고가산세 등에 관한 적용례) ① 제47조의2부터 제47조의4까지의 개정규정 중 소득세(종합소득에 대한 소득세만 해당하며, 그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다) 및 법인세(각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세만 해당하며, 그 법인세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제33조의2 (사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면) ① 중소기업을 경영하는 내국인이 5년 이상 계속하여 경영하던 사업 및 무역조정지원기업이 경영하던 사업(이하 이 조에서 "전환전사업"이라 한다)을 다음 각 호에 따라 2012년 12월 31일(공장을 신설하는 경우에는 2014년 12월 31일)까지 수도권과밀억제권역 밖(무역조정지원기업은 수도권과밀억제권역에서 사업을 전환하는 경우를 포함한다)에서 제6조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조에서 "전환사업"이라 한다)으로 전환하는 경우에는 대통령령으로 정하는 사업전환일(이하 이 조에서 "사업전환일"이라 한다) 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(사업전환일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 전환사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 전환전사업을 양도하거나 폐업하고 양도하거나 폐업한 날부터 1년(공장을 신설하는 경우에는 3년) 이내에 전환사업으로 전환하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 전환전사업의 규모를 축소하고 전환사업을 추가하는 경우

② 제1항 제2호를 적용하는 경우 감면기간 중 대통령령으로 정하는 과세연도에 대해서는 같은 항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

③ 제1항을 적용받은 내국인이 사업전환을 하지 아니하거나 사업전환일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 감면받은 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

④ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며 해당 세액은 소득세법제76조 또는법인세법제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.다. 사실관계 및 판단

(1) 2011년 3월 청구법인이 처분청에 제출한 법인세 2010사업연도분 및 2011사업연도분 경정청구서를 보면, 당초조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면, 감면비율 100분의 10)를 적용하여 신고하였다가, 같은 법 제33조의2(사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면, 감면비율 100분의 50)를 적용하여 과다납부한 법인세OOO의 환급을 경정청구하는 것으로 되어 있고, 법인세의 감면에 따른 농어촌특별세OOO를 추가 납부할 세액으로 하여 수정신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(2) 2013년 9월 처분청은 청구법인의 법인세 경정청구에 대하여 검토한 결과, 청구법인의 2010사업연도 및 2011사업연도에 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 요건을 충족하므로 경정청구가 타당하다 하여, 법인세 환급OOO 경정을 한 것으로 나타나고, 이에 따라 청구법인이 농어촌특별세 수정신고시 무납부한 세액에 대하여 다음 <표>와 같이 경정․고지한 것으로 나타난다. <표-생략>

(3) 이에 대하여 청구법인은 농어촌특별세는 본세인 법인세의 부가세목에 해당하므로 본세인 법인세가 세액감면 등으로 감액되면서 부가적으로 농어촌특별세가 증액된 것이기 때문에 이는 납세자의 고의나 실수로 과소신고한 경우가 아니므로, 청구법인에게 농어촌특별세 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.

(4) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된국세기본법제47조의3(과소신고․초과환급신고가산세) 제1항의 개정 내용을 보면, 과소신고가산세의 적용에 있어농어촌특별세법에 따른 신고는 제외하는 것으로 되어 있고, 그 부칙 제5조(무신고가산세 등에 관한 적용례)에서 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용하는 것으로 되어 있다.

(5) 살피건대, 먼저 신고불성실가산세의 경우, 위 (4)에서 살펴본 바와 같이농어촌특별세법에 따른 신고의 경우 과소신고가산세의 적용을 제외하는 것으로 개정하면서 그 적용시기를 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용하는 것으로 하고 있어, 이 건 2010사업연도 및 2011사업연도 농어촌특별세의 과소신고에 대하여 동 개정 규정을 적용하기는 어려운 것으로 판단된다. 한편 납부불성실가산세의 경우, 법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로(조심 2012서3715, 2013.1.16. 같은 뜻), 처분청에서 청구법인이 과다납부한 법인세를 환급하면서 가산한 국세환급가산금 중 농어촌특별세의 납부세액으로 인정받은 금액에 상당하는 국세환급가산금을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 과다납부한 법인세를 농어촌특별세 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 과세하지 않는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2013서2984, 2013.9.30. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.