실질적인 독립성 기준에 부적합하여 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 중소기업 관련 공제감면을 배제함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1984.6.1. 개업하여 OOO에서 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로서, 2010사업연도에 매출액 1,000억원을 초과하여 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 연구․인력개발비에 대한 세액공제 등 중소기업관련 세액 공제율을 적용하여 2010～2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다.
• 나. 2013년 7월 OOO지방국세청장은 청구법인이 신고한 중소기업관련 세액공제에 대한 서면검토결과, 2012.1.1이후 개시되는 과세연도부터는 관계회사제도 도입으로 중소기업 규모기준 판단시 출자관계에 있는 기업군(관계회사)내 출자비율 등을 합산한 결과가 중소기업기준을 초과하여 독립성기준을 충족하지 못한 경우에는 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따른 유예를 적용할 수 없다 하여 중소기업관련 세액 공제율을 적용하여 과다공제받은 연구․인력개발비에 대한 세액공제 등을 추징하도록 처분청에 과세자료를 통보하였고, 과세자료를 통보받은 처분청은 2013.10.15. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2010사업년도에 매출액 1,000억원을 초과(규모의 확대 등의 사유)하여 조세특례제한법 시행령제2조 2항 본문규정에 의하여 중소기업유예를 적용받고 있는 유예기업에 해당하고, 같은 항 단서규정에는 중소기업 유예 제외를 규정하고 있으며, 그 제외사유를 살펴보면 ① 중소기업이 중소기업 외의 기업과 합병하거나 ② 중소기업이 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 ③ 중소기업이 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당하는 경우(관계회사) ④ 중소기업이 창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우로서, 중소기업유예제외 적용대상법인을 청구법인과 같이 기존 중소기업유예을 적용받는 기업으로 확대해석하는 것은 조세법률주의에 위반하는 것이다. 또한, 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 유예기업이 중소기업과 합병하는 경우를 제외하고는 중소기업 유예가 그때부터 바로 실효된다는 명문 규정이 없어 관계회사 시행시기인 2012사업연도를 유예제외시기로 유추해석하여 적용한 과세관청의 처분은 조세법률주의를 위반한 부당한 처분이다.나. 처분청 의견 청구법인은 중소기업 유예기업이 유예제외사유에 해당되는 기업에 해당된다고 하더라도 사유가 발생한 사업년도부터 즉시 실효된다는 명문 규정이 없다고 주장하나 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서에 ‘중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에 유예기간을 적용하지 아니하고’라는 유예제외사유발생시 유예기간을 적용하지 않는다고 명시하고 있으며, 유예기업이 아닌 중소기업은 이를 준용하여 제외사유발생 사업년도에 중소기업에서 제외하고 있고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 사유 즉 관계회사에 해당되어 독립성기준에 위배되어 중소기업에 해당되지 아니한 때가 중소기업유예 실효시기라 할 수 있다. 중소기업 중에 개별적으로는 중소기업 규모라 하더라도 대기업의 자회사이거나 계열사들과 합한 규모가 중소기업 규모기준을 초과하는 기업과 같이 독립성을 위배하는 기업에 대해서는 유예제외규정을 들어 중소기업으로 보지 아니하며, 설령 유예를 적용받고 있는 관계회사라 할지라도 동일하게 중소기업 유예를 제외하는 것이 제도 취지에 적합하고, 중소기업 의제규정 및 시기가 명문화되어 있어 조세법률주의를 위배하지 아니하였으며, 중소기업유예제도 취지와 조세평등주의 등을 고려해 볼 때 당초 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인에 대하여 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우로 보아 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따른 유예기간을 적용하지 아니하고, 중소기업관련 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조 (중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수․폐기물 처리(재활용을 포함한다)․원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상․오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍․시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업,해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업,관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다),노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업,노인장기요양보험법제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업,에너지이용 합리화법제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업,근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29.>

중소기업기본법 시행령제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1.중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․자본금․매출액․자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 가목․나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, …(중략)…, 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (2) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25., 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제2조 (정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.․2. (생 략)

3. "관계회사"란 개인 또는주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. (단서 생략) 제3조 (중소기업의 범위)중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인
• 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
• 나. 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(상법제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하고 있는 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제2항 을 준용한다.
• 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상 시근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로 자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제3조의2 (지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 "주식등"이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우
• 가. 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 "최다출자자"라 한다)
• 나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다] 2.～5. (생 략) 제7조의2 (관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② (생 략)

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 별표 1 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 광업 B 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 30억원 이하 건설업 F 운수업 H ⋮ ⋮ ⋮ 별표 2 관계회사의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의2 관련) 1.․2. (생 략)

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배로서 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

• 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다.
• 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다. 4.․5. (생 략) 부칙(2009.3.25., 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정：2011년 1월 1일

2. 제3조 제1호 다목․라목 및 제9조 제3호의 개정규정：2012년 1월 1일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로서 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있고, 청구법인의 손익계산서에 나타난 각 사업연도별 매출액을 보면, OOO원으로, 2010사업연도에 매출액이 1천억원 이상으로 나타나며,청구법인은 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 연구․인력개발비에 대한 세액공제 등 중소기업관련 세액 공제율을 적용하여 2010～2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 출자하고 있는 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)의 주식변동 사항을 보면 다음 <표>와 같고, 청구법인이 OOO의 발행주식 48.5%를 소유하고 있는 것으로 나타나며, <표>생략 OOO의 손익계산서에 나타난 각 사업연도별 매출액을 보면, 2009사업연도 OOO원으로 나타난다.

(3) OOO지방국세청 소속공무원이 작성한 검토서를 보면, 청구법인은 OOO과 관계회사로 매출액이 중소기업 졸업기준(1천억원 이상)에 해당되어 독립성 요건을 위배함에 따라 연구인력개발비세액공제 등을 중소기업수준으로 공제를 받아 과다공제 혐의가 있는 것으로 되어 있고, 2012년 관계회사기준을 적용함에 따라 독립성기준을 충족하지 못하여 중소기업에서 제외되는 경우에는 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 의거하여 유예기간 규정을 적용받을 수 없는 것으로 되어 있다.(4) 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 내용을 보면, ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.’고 되어 있고, 그 부칙 제1조에서 동 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행하는 것으로 되어 있으며, 같은 조 제2항 제3호에서 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우’로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하는 것으로 되어 있다.

(5) 살피건대, 청구법인과 OOO은 중소기업기본법 시행령제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당되는 것으로 나타나고, 청구법인과 OOO의 2010사업연도 매출액의 합계액이 1천억원 이상OOO으로, 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따른 독립성 규정에 적합하지 아니한 것으로 나타나는바, 2009.3.25. 신설된 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목에 따르면, 관계회사에 속하는 기업의 경우 지배기업과 종속기업을 합산한 상시근로자수 등(매출액)이 졸업기준을 초과하는 경우 중소기업으로 보지 아니한다고 규정하고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2011.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있으며, 2010.12.30. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호가 개정되어, 중소기업 요건으로서 위 “중소기업기본법령 제3조 제2호 다목의 규정에 적합할 것”이 추가되고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2012.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있다. 따라서, 2012.1.1. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사와의 매출액 합계액이 규모기준을 초과하는 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 되고, 독립성 기준에 위배되는 청구법인의 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.