쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO 주식회사(도급인, 이하 “OOO”라 한다)와 OOO 주식회사(수급인, 이하 “OOO”이라 한다)는 OOO 소유 토지인 OOO에 별동의 공장건물을 증축하는 내용의 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 도급계약을 체결하였으며, OOO는 공장건물(별동, 이하 “쟁점건물”이라 한다)이 완공되자 OOO 소유권보존등기를 경료한 다음, OOO 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 하고, OOO와 합하여 “청구법인들”이라 한다)과 쟁점건물(토지 포함)에 대한 매매계약을 체결하고,OOO 그 소유권을 OOO에게 경료하였다.
• 나. OOO는 쟁점공사와 관련하여 OOO으로부터 2012년 제1기에 공급가액 OOO 및 2012년 제2기에 공급가액 OOO의 세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)를, OOO은 쟁점건물의 매매와 관련하여 OOO로부터 2012년 제2기에 공급가액 OOO의 세금계산서(건물분, 이하 “쟁점②세금계산서”라 하고, 쟁점①세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 교부받고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 OOO 기간동안 청구법인들에 대한 거래질서관련 부가가치세 조사를 실시하여, 쟁점건물의 실제 건축주를 OOO으로 조사하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2013.10.2. OOO에게 매입세액을 불공제하고 매출액을 감액하여 2012년 제1기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하고, 2012년 제2기 부가가치세 OOO을 환급결정하는 한편, OOO에게 매입세액을 불공제하여 2012년 제2기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인들은 이에 불복하여 OOO., OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장 OOO은 쟁점공사와 관련하여 쟁점①세금계산서를 OOO에 교부하고, 쟁점건물 준공 후 OOO는 쟁점건물의 매매와 관련하여 쟁점②세금계산서를 OOO에 교부하였는바, OOO는 토지를 소유한 분양회사의 입장으로서, 자신의 명의와 책임하에 OOO과 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하여 쟁점건물을 건축하고, 이를 OOO에 공급한 것이므로 쟁점건물의 실제 건축주는 OOO이다. 가사 OOO이 실제 건축주라 하더라도 OOO의 입장에서는 그러한 사실을 알지 못하였으므로 토지의 소유자로서 실제 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하고 인허가부터 준공까지 모든 법적 책임을 지고 있는 OOO에 세금계산서를 교부할 것인지, 쟁점건물(토지 포함)의 구입예정자로서 매입자금을 선지급하고 공사를 관리한 OOO에 세금계산서를 교부할 것인지에 대하여 혼동이 있을 수 밖에 없고, 그 결과 착오로 쟁점공사 관련 세금계산서를 OOO와 수수한 것이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인들은 산업용 택지로 분양받은 토지를 나대지 상태로 분할하여 매각할 수 없는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률상 규제를 회피하고자 한 것에 불과한바, OOO와 OOO 간 쟁점공사에 대한 도급계약 체결 이전에 OOO이 토지대금으로 OOO을 OOO에게 미리 지급한 점, OOO와 OOO 간 도급계약 체결일인 OOO과 OOO 및 OOO 주식회사(OOO의 하수급업체, 이하 “OOO”이라 한다)를 수급자로 하는 이면계약서를 작성한 점, OOO가 쟁점공사로 건축될 공장건물에 대한 소유권 포기각서를 OOO에 제출한 점, OOO가 쟁점공사의 실제 건축주가 OOO이라는 내용의 문서를 OOO에 송부한 점, OOO이 OOO을 상대로 제기한 대여금 소송에서 OOO은 법적인 계약은 OOO와 OOO으로 하고, 실제는 자신과 OOO 및 OOO로 하여 쟁점공사를 진행하였다는 내용의 준비서면을 OOO 법원에 제출한 점 등을 고려하면, 쟁점공사의 실제 건축주는 OOO으로 봄이 타당하며, OOO은 이면계약서를 작성하고, 실제 건축주가 OOO인 것처럼 세금계산서와 자금흐름을 맞춘 것으로 나타나므로 청구법인들의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 (납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 (산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.

1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우 제52조(벌칙) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금에 처한다.

1. 제38조의2 제3항 또는 제39조 제1항ㆍ제2항을 위반하여 산업용지 또는 공장등을 양도한 자 (3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제49조 (산업용지 등의 처분제한 등) ⑥ 법 제39조 제1항 제1호 및 제39조의 2 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 5년을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 쟁점공사와 관련하여 OOO으로부터 쟁점①세금계산서OOO를, OOO은 쟁점건물의 매매와 관련하여 OOO로부터 쟁점②세금계산서OOO를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

(2) 처분청은 부가가치세 조사결과, OOO이 쟁점건물의 실제 건축주이므로 OOO으로부터 쟁점①세금계산서를 수취하여야 함에도 OOO가 OOO으로부터 쟁점①세금계산서를 수취하고, 허위로 쟁점②세금계산서를 OOO에게 발행한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과하였다.

(3) OOO의 쟁점건물(토지 포함) 취득경위는 다음과 같다. (가) OOO는 OOO 공장용지(3,467.8㎡)를 취득하고, OOO 그 지상에 공장건물을 신축하였다. (나) OOO은 OOO부터 OOO까지 OOO에게 토지대금 명목으로 OOO을 지급하고, OOO를 채무자로 하여 위 건물과 토지에 채권최고액 OOO의 근저당권을 설정하였다. (다) OOO는 OOO 위 공장건물의 증축(별동, 쟁점건물)에 대한 건축허가를 받고, OOO과 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하였으며, 같은 날 OOO, OOO, OOO을 쟁점공사의 공동수급인으로 하는 이면계약서를 작성하였다. (라) OOO는 OOO 위 공장건물(쟁점건물)에 대한 소유권을 포기한다는 내용의 각서를 OOO에게 제출하였다. (마) OOO은 2012.5.2. 위 토지와 건물에 매매예약에 의한 소유권이전청구권가등기를 하였다. (바) OOO는 OOO 쟁점공사의 실제 건축주가 OOO이므로 공사에 관해서는 OOO과 협의하라는 내용의 문서를 OOO에게 송부하였다. (사) OOO과 OOO은 OOO 쟁점공사의 건축물의 구조적인 하자 및 추후 구조적인 문제로 인하여 발생하는 안전상의 모든 민ㆍ형사상 책임은 OOO이 진다는 내용의 협약서를 작성하였다. (아) OOO는 OOO 쟁점건물에 대한 사용승인을 받고, OOO 소유권보존등기를 하였다. (자) OOO와 OOO은 OOO 쟁점건물(토지 포함)에 대한 매매계약OOO을 체결하였는바, 매매대금의 지급내역은 아래와 같다. (차) OOO 공장용지 3,467.8㎡ 중 1,723.1㎡는 OOO 분할로 인하여 OOO로 이기되었고, OOO은 2013.1.24. 쟁점건물OOO에 대한 소유권이전등기를 하였다.

(4) OOO(연대보증인: OOO)은 OOO으로부터 차입금 명목으로 쟁점공사의 선급금 OOO을 지급받는다는 내용의 차용증서를 OOO 작성하고, OOO으로부터 OOO, OOO, OOO 합계 OOO을 지급받았으며, 이와는 별도로 쟁점세금계산서와 맞추기 위해 OOO은 OOO에게 OOO을 송금하고, 같은 날 OOO는 OOO을 OOO에게 송금하였다.

(5) OOO은 OOO을 상대로 제기한 대여금 소송(2012가합34676)과 관련하여 OOO법원에 준비서면을 제출하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다. (가) OOO는 OOO의 사주로서 OOO의 이사명함을 가지고 다니면서 영업을 하였으며, OOO과 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하면서 법적인 계약은 OOO와 OOO으로 하고, 실제적인 계약은 OOO과 OOO 및 OOO로 하여 공사를 진행하였다. (나) OOO가 공사 자금이 없다고 해서 전체 공사비의 80%인 OOO을 OOO이 대여하는 방법으로 지급하기로 하고 공사계약을 체결하였다. (다) 2012년 2월 초까지 약 42%의 공정이 진행되었음에도 70%까지 진행하였다고 보고하였고, 이에 따라 OOO을 빌려 주었으나, 2012년 2월 중순부터 건축물의 구조안전에 문제가 있다며 공사를 중단하였다. (라) 2012년 3월말까지 보강공사를 통해 안전을 확보한 다음, 주계약자인 OOO을 통해 OOO와 연락이 되어 4월 중순부터 공사를 재개하였으나, OOO는 OOO 찾아와 법적인 공사계약 관계에 있는 OOO와 OOO 간 세금계산서와 공사대금 거래내역이 없으면 회계처리상 문제가 있다고 하면서 차용금으로 지급받은 OOO 만큼 추가로 자신이 소지하고 있는 OOO의 계좌로 송금하여 줄 것을 요구하여, OOO를 거쳐 OOO 계좌로 OOO을 지급하였으나, 그 중 OOO만 상환하였다(대여금 소송은 상환받지 못한 OOO에 관한 것임). (6) 부가가치세법제17조 제2항 제1호에는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법제14조 제1항의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 하겠다(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 등 같은 뜻임).

(7) 위 사실관계 및 관련규정 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점건물의 실제 건축주는 OOO이고, 설령 OOO으로 보더라도 OOO 입장에서는 그러한 사실을 알지 못하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 봄은 부당하다고 주장하나, 심리자료에 의하면 OOO은 OOO의 부지인 OOO 토지 일부에 쟁점건물을 건축하고자 하였으나, 산업용 택지로 분양받은 토지를 나대지 상태로 분할하여 매각할 수 없는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 비록 OOO 명의로 건축허가를 받고, OOO과 도급계약도 체결하였으나, 실제 건축주는 OOO으로 나타나고, OOO 또한 도급계약을 체결할 당시 실제 건축주가 누구인지를 미처 인식하지 못하였더라도 적어도 세금계산서를 교부할 무렵에는 실제 건축주가 OOO임을 알 수 있었던 것으로 나타나므로 청구법인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.