지급보증수수료에 대한 정상가격과세조정의 적정여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1977.4.4. 서울특별시 OOO 답 853㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 취득하였다가 2011.1.18. 공공용지의 협의취득을 원인으로 OOO에게 양도한 후조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세를 감면받았다.
• 나. 처분청은 2014.5.15.～2014.6.13.의 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 전체토지 중 425㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가조세특례제한법제69조에 따른 감면대상 농지에 해당하지 않는다 하여 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 후 같은 법 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2014.9.16. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.10.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 배우자 고(故) OOO과 함께 40년 간 서울특별시 OOO 일대에 10,000여평의 농지를 보유하면서 평생 농사만 지은 농부로서, 전체토지는 청구인의 아들 OOO가 운영하는 OOO와 연접해 있고, 청구인의 거주지와 도보로 5․6분 거리에 있으며, 청구인과 OOO가 고추, 옥수수, 김장용 배추, 대파 등을 재배하던 농지이다. 처분청이 서울특별시로부터 입수한 2010.6.5. 촬영된 항공사진을 보면, 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있고 하우스 옆으로 정삼각형 모양의 면적에 작물이 심어져 있어 밭으로 사용되는 면적을 확인할 수 있으며, OOO가 손실보상을 위해 2010.6.3. 촬영한 현장사진을 보면, 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있고, 하우스 내부에 농기계가 보관되어 있으며, 그 외에는 들깨가 식재되어 있는 것으로 확인된다. 지적도, 영수증, 현장사진 등에 따르면, 전체토지와 연접한 서울특별시 OOO는 도로이고, 같은 동 240 토지(이하 “240 토지”라 한다)에는 주유소가 위치해 있는바, 이들 토지가 전체토지와 연접한 부분 일부를 청구인이 개를 키우는 공간, 보상대책위원회 사무실 공간으로 사용하고, 일부는 전체토지 내 설치된 비닐하우스 진입로로 사용하였음을 알 수 있으며, 김장용 배추, 무, 대파는 8월 말경 파종하므로, OOO의 작물보상실태 조사시점인 2010년 5․6월경에는 해당 농작물이 없는 것이 당연하다. 2010년 10월경 OOO가 촬영한 현장사진을 보면, 전체토지에 대파, 배추, 무 등이 식재되어 있는 사실이 확인되고, 처분청은 청구인이 제시한 현장사진에 촬영일이 나타나지 않아 신빙성이 없다는 의견이나, 242 토지 및 전체토지 일부 위에 보상대책위원회 사무실로 사용한 컨테이너가 놓여 있는 사실이 확인되고 있어 지주들과 보상협의가 종결되고 작물과 시설물이 철거되기 전인 사실이 확인되며, 인터넷 포털사이트 다음(Daum)의 2010년 10월 로드뷰 사진을 보면, 전체토지의 큰 도로 쪽 입구에 차량이 주차되어 있는 약간의 노지가 보이고 안쪽에 대파가 식재되어 있는 사실이 확인되는바, 청구인이 제시한 사진은 2010년 10월경 촬영된 사진임이 명백하다. 처분청은 OOO가 전체토지의 손실보상을 위해 2010.6.3. 촬영한 사진과 OOO가 토지 수용시 작성한 손실보상명세서 상의 재배․창고면적 428㎡만을 농지로 인정하고 나머지 425㎡(쟁점토지)는 농지로 인정하지 않아 농지여부 판단시점을 2010년 6월초로 본 것으로 보이나, OOO의 작물보상실태 조사시점(2010년 5․6월경)이 아닌 양도시점(2011.1.18.)에 근접하는 2010년 10월경의 토지이용상황으로 농지여부를 판단하여야 하는바, 전체토지는 양도 당시 농지이므로, 이 건 양도소득세 및 농어촌특별세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 전체토지와 연접한 서울특별시 OOO 토지(이하 “240-5 토지”라 한다) 및 240 토지는 청구인의 아들 OOO가 소유하다가 OOO에 수용되었는바, 240 토지에는 OOO가 운영하는 OOO가 위치하고 있다. 서울특별시가 제출한 전체토지 인근의 항공사진을 보면, 2008.11.30. 현재 전체토지 중 일부는 밭으로 사용되고 있으나 한편에는 차량 1대가 주차되어 있고, 일부에는 관상목이 심어져 있으며, 240-5 토지에는 하우스 1개동이 설치되어 있고, 나머지는 주차장으로 사용되고 있으며, 2009.11.21. 현재 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있고, 차량 2대가 주차되어 있으며, 주변에 관상목이 심어져 있을 뿐 밭으로 사용되는 면적은 보이지 않고, 240-5 토지에는 하우스 1개동이 설치되어 있으며, 나머지는 주차장으로 사용되고 있고, 2010.6.5. 현재 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있으며, 하우스 앞에는 일부 밭으로 사용되는 면적이 보이고, 차량 1대가 주차되어 있으며, 대부분의 면적에 관상목이 심어져 있고, 240-5 토지에도 하우스 1개동 이외의 면적에는 관상목이 심어져 있다. OOO가 손실보상액을 산정하기 위하여 2010.6.3. 촬영한 현장사진에는 전체토지에 설치된 하우스 안쪽 일부는 창고로 사용되고 있고, 여기에 트랙터가 세워져 있으며, 일부에는 들깨가 심어져 있고, 하우스 밖 사진은 견사 및 관상목이 대부분이다. OOO가 작성한 손실보상액명세에 따르면, 전체토지 내 하우스 중 93㎡는 고추 및 열무 재배면적으로, 31㎡는 창고면적으로 각 기재되어 있고, 노지 중 304㎡는 고추 및 옥수수 재배면적으로 기재되어 있다. 청구인은 OOO의 작물보상실태 조사시점(2010년 5․6월경)이 아닌 양도시점(2011.1.18.)에 근접하는 2010년 10월경의 토지이용상황으로 농지여부를 판단하여야 한다고 주장하면서 이에 대한 증빙자료로 2010년 10월 촬영하였다고 주장하는 전체토지의 현장사진을 제출하고 있으나, 청구인이 제시한 현장사진에는 촬영일이 표시되어 있지 않아 그 시기를 알 수 없고, 2008～2010년 서울특별시가 촬영한 항공사진에 전체토지의 일부가 농지로 사용되지 않은 사실이 확인되며, 2010년 5․6월경 OOO 작물보상실태 조사시점 이후에 농작물을 재배하였다는 청구주장은 신빙성이 없다. 따라서, 전체토지에 양도당시 농지로 사용되지 않은 면적(쟁점토지)이 포함되어 있으므로 OOO가 작성한 손실보상액명세에 농지로 보상한 면적에 대해서만조세특례제한법제69조의 양도소득세 감면을 적용한 처분은 정당하다.

쟁점토지가조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 전체토지의 등기부등본, 매매계약서(2011.1.12.) 등에 따르면, 전체토지는 1977.2.28. 매매를 원인으로 1977.4.4. 청구인에게 소유권이전등기되었다가 2011.1.12. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 2011.1.18. OOO에게 소유권이전등기OOO된 것으로 나타난다. (2) 전체토지 양도에 대한 청구인의 양도소득세 신고서에 따르면, 청구인은 2011.2.28. 전체토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 한 것으로 나타난다. (3) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2014년 6월) 등에 따르면, 처분청은 OOO의 손실보상액명세에 따라 전체토지의 면적 853㎡ 중 425㎡(쟁점토지)가 전체토지의 양도 당시 농지에 해당하지 아니한다 하여 이에 대해조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고, 같은 법 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2014.9.16. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다. (4) 1987년 작성된 농지조사처리부에 따르면, 전체토지의 소유자는 청구인의 배우자인 OOO이고, 동 토지의 재배작물은 벼로 기재되어 있으며, 1991.3.7. 최초 작성된 청구인의 아들 OOO의 농지원부(2010.12.23.)에 따르면, 동 농지원부에 기재된 소유농지는 2010.12.23. 현재 전체토지 외 10필지이며, 전체토지의 경우 소유자는 ‘청구인’으로, 재배작물은 ‘채소’로, 경작구분은 ‘자경’으로 각 기재되어 있다. (5) 국토해양부고시 ‘OOO 보금자리주택지구의 지정 및 지형도면 등의 고시’(제2009-1138호, 2009.12.3.), 전체토지의 토지대장에 따르면, 국토해양부장관은 2009.12.3. 전체토지를 포함한 OOO를 보금자리주택지구로 지정․고시하였고, 해당 토지개발사업은 2010.6.21. 시행신고된 것으로 나타난다. (6) OOO의 전체토지에 대한 손실보상액명세에 따르면, 전체토지 853㎡ 중 93㎡의 경우 고추․열무, 304㎡의 경우 고추․옥수수를 재배한 것으로, 31㎡를 창고로 하여 보상액을 결정하였는바, 처분청은 이를 근거로 하여 전체토지 853㎡ 중 고추 등 재배면적의 합계인 428㎡(=93㎡+304㎡+31㎡)만을 농지로 보고 이를 제외한 나머지 면적 425㎡(쟁점토지)를 농지가 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세 등을 부과하였다. (7) OOO가 전체토지 등의 손실보상액을 산정하기 위하여 촬영한 현장사진(2010.6.3.)에 따르면, 전체토지와 240-5 토지를 함께 표시하여 지장물 등의 정확한 위치가 구분되지 않으며, 전체토지의 소유자는 OOO로 표시되어 있고, 하우스 외부의 사진에는 수목, 계석 등이 대부분이며, 경작면적은 확인되지 않는다. (8) 서울특별시가 제출한 전체토지 인근의 항공사진(2008.11.30., 2009.11.21., 2010.6.5.)에 따르면, 2008.11.30. 현재 전체토지 중 일부는 밭으로 사용되고 있고, 한편에 차량 1대가 주차되어 있으며, 일부에는 관상목이 심어져 있고, 2009.11.21. 현재 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있으며, 차량 2대가 주차되어 있고, 주변에 관상목이 심어져 있으며, 그 외에 밭으로 사용되는 면적은 보이지 않고, 2010.6.5. 현재 전체토지에 하우스 1개동이 설치되어 있으며, 하우스 앞에는 일부 밭으로 사용되는 면적이 보이고, 차량 1대가 주차되어 있으며, 주변에 관상목이 심어져 있는 것으로 나타난다. (9) 청구인이 2010년 10월 촬영하였다고 주장하는 전체토지 인근 현장사진의 경우 그 촬영일이 표시되어 있지 않다. (10) 그 밖에 청구인은 전체토지 인근의 로드뷰 사진(2010년 10월) 등을 제출하였다. (11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO의 청구인에 대한 손실보상액명세, 2010.6.3. 촬영된 전체토지의 현장사진에 따르면, OOO는 전체토지 853㎡ 중 428㎡에 대해서만 고추, 열무, 옥수수 등의 재배면적으로 보아 보상하였으며, 전체토지에 식재된 수목의 일부는 도로와의 경계를 위한 것으로 보이고, 수목의 수령을 감안하면 조경목적의 관상용으로 보이는 점, 서울특별시가 촬영한 전체토지 인근의 항공사진(2008.11.30., 2009.11.21., 2010.6.5.)에 따르면, 전체토지의 일부가 농지로 사용되지 않은 것으로 보이고, 해당 토지의 면적이 넓어 이를 농로로 보기 어려운 점, 청구인이 2010년 10월 촬영하였다고 주장하는 전체토지의 현장사진에는 촬영일이 표시되어 있지 않아 쟁점토지의 양도일 현재 농작물을 재배하였다는 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지가조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되,보금자리주택 건설 등에 관한 특별법등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 2.도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 3.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (2) 조세특례제한법 시행령(2011.6.3. 대통령령 제22953호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

⑬ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.