조심-2014-서-5653 - 세금계산서 불부합거래에 대하여 소명하지 못한 경우 부가가치세 과세는 정당함

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO주식회사 등 7개 거래처에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하고, 주식회사 OOO부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급받은 것으로 하여 부가가치세를 신고‧납부하였다.
나. 처분청은 매입‧매출처별 세금계산서합계표 불부합자료에 대하여 청구법인과 거래상대방으로부터 소명자료를 제출받아 검토한 결과, 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 OOO주식회사 등 7개 거래처에 대한 매출액 OOO원(공급가액)을 과소신고하고, 주식회사 OOO부터의 매입액 OOO원(공급가액)을 과다신고하여 동 매입세액을 공제받았다고 보아 이를 불공제하여 2014.7.9. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 세금계산서합계표 불부합자료에 대한 거래상대방의 소명자료를 전달받아 청구법인의 자료와 대사한 결과, 불부합 거래는 찾았으나 동 거래의 신고시기와 금액을 입증할 수 있는 세금계산서가 없어 청구법인의 신고내용이 정당함을 소명할 수는 없다. 다만, 불부합 금액에 대하여 부가가치세를 과세하려면 관련 세금계산서 사본 등 객관적인 자료를 근거로 하여야 함에도 처분청이 국세부과제척기간 만료에 임박하여 이 건 과세처분을 하면서 객관적인 근거 서류 없이 거래상대방이 제출한 거래명세서 등만을 근거로 과세한 것은 부당하다.
나. 처분청 의견 과세의 정확성을 높이고 납세자 권익을 보장하기 위해 세금계산서합계표 불부합자료에 대한 소명기회(3차)를 최대한 보장하였으나, 입증서류를 제시하지 못하고 있고, 법인세는 거래상대방의 세금계산서 수수금액과 동일한 금액으로 신고하였다는 청구법인의 소명내용과 청구법인이 신고한 매입‧매출처별 세금계서합계표 및 거래상대방의 소명자료 등을 종합한 결과, 청구법인이 매출액을 과소신고하고, 매입액을 과다신고한 사실이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점 세금계산서합계표 불부합자료에 의하여 청구법인이 실제보다 매출액을 과소신고하고, 매입액을 과다신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 관련 세금계산서합계표 불부합내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 세금계산서합계표 불부합내역

(2) 처분청은 위 <표1>상 불부합 거래에 대하여 소명자료를 제출하도록 청구법인에게 2014.5.27.(2차)과 2014.8.5.(3차) 등 3차례에 걸쳐 안내문을 발송하였고, 청구법인은 2014.6.20.과 2014.8.20. “청구법인은 세금계산서의 발행시점과 회계상 수익의 인식시점이 다르기 때문에 그 관리에 이원화된 시스템을 사용하고 있어 세금계산서 발행 건에 대한 법인세 포함 여부의 확인에 상당한 시간이 소요되었고, 수익인식 시점의 차이와 방대한 양의 거래를 일목요연하게 표현하기에 한계가 있으나 2009년, 2010년 회계연도에 대한 법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다”는 내용으로 법인세 소명자료를 제출하였으나, 불부합 거래에 관한 구체적인 증빙은 제출하지 않은 것으로 나타난다.

(3) 위 <표1>상 불부합 거래에 대한 청구법인과 거래상대방의 소명 내용 및 처분청의 의견은 다음과 같다. (가) 거래① 관련: OOO주식회사