청구인은 쟁점법인 설립시부터 쟁점주식 취득 이후까지 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인과 쟁점법인이 특수관계에 있다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
청구인은 쟁점법인 설립시부터 쟁점주식 취득 이후까지 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인과 쟁점법인이 특수관계에 있다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 청 구인은 개인기업에서 법인전환된 쟁점법인의 설립시 자본금을 출자하였으며, 쟁점법인 설립시(감사임명 전 출자시점)에는 개인기업 주 인 OOO및 쟁점 법인과는 특수관계가 성립되지 않으므로 청구인의 설립출자금은 벤처기업인 쟁점법인에 특수관계없는 출자자의 입장에서 최초로 출자한 자본금에 해당하고, 청구인이 쟁점법인 창업 후 3년 이내에 설립자본금 이외 추가로 유상증자방식으로 출자한 자본금은 벤처기업인 쟁점법인을 지원하고 육성하기 위해 벤처투자자로서 최초 설립 자본금과 연계되어 투자한 것이므로 특수관계 여부를 최초 출자시점으로 기산하여 판 단함이 창업초기(창업 후 3년 이내) 벤처기업 자금지원을 목적으로 한 과 세특례제도 취지에 부합하며, 쟁점법인 창업 후 3년 이내 출자한 자본금(최초 설립자본금 및 유상증자 자본금 포 함)과 관련하여 액면분할 및 무상증자로 인해 증가한 주식수는 종전주식과 동일성이 유지되는 주식으로 종전주식과 동일하게 과세특례적용 주식 여부가 판단되어야 한다. (2) 청구인이 쟁점법인 창업 후 3년 이내 출자한 자본금 (최초 설립자본금 및 유상증자 자본금 포 함) 과 동 자본금의 액면분할, 무상증자방식으로 인해 증가한 주식은 다음과 같이 조특법 제14조 제1항 제4호에 규정하는 양도소득세 과세특례가 적용되는 주식에 해당되어 양도 소득세가 부과되지 않음에도 청구인이 쟁점법인 설립시에 감사로 임명된 사실 만으로 청구인이 특수관계인의 지위에서 쟁점 법인에 출자한 것 으로 판단하여 청구인의 경정청구를 거부한 것은 다음과 같은 이 유로 위법․부당하다. (가) 2001.6.20. 법인설립시 출자한 출자자본금 12,500주에 관하여, 쟁점법인을 설립하면서 청구인이 출자를 통해 쟁점법인의 주식을 최초로 취득 후 쟁점 법인의 임원인 감사로 선임되었으므로 쟁점법인 설립시 투자한 청구인의 자본금은 청구인과 쟁점법인 간 특수관계가 없는 투자자의 출자자본금에 해당한다. (나) 2002.12.28. 유상증자로 취득한 주식 5,000주에 관하여, 벤처기업은 설립 이후 즉시 수익을 창출하기가 쉽지 않기 때문에 최초출자 이후 사업초기 자금이 계속적으로 소요되는 것이 통상적이므로 최초출자자는 설립출자 이후 유상증자를 통해 추가출자가 이루어지는 경우가 빈번하다. 벤처기업의 창업시 최초출자 후 최초출자자인 청구인이 추가로 조특법 제13조 제2항 제2호 투자방식인 유 상증 자로 창업 후 3년 이내에 추가출자한 자본금의 특수관계 여부는 청구인의 최초출자시점인 쟁점법인 설립시점으로 기산하여야 하고, 따라서 최초출자시 쟁점법인과 특수관계가 없는 청구인이 창업 후 3년 이내에 유상증자방식으로 재투자한 것은 특수관계 없는 출자자의 추가출자 자본금에 해당한다.
(3) 2003.10.20. 액면분할로 취득한 주식 332,500주의 양도에 관하여, 주식 분할로 취득한 주식은 종전의 주식과 액면금액 만을 달리할 뿐 완전히 동일한 주식이라고 할 것이어서, 액면분할의 대상이 된 청구인의 종전 주식이 조특법 제14조에 따른 과세특례 규정에 해당된다면 액면분할 주식도 종전에 보유하고 있던 과세특례적용주식과 동일한 것으로 봄이 타당하다.
(4) 2008.2.4.자 무상증자로 취득한 주식 73,018주의 양도에 관하여, 주식발행초과금의 자본전입으로 인한 무상증자로 취득한 주식은 청구인이 기존에 가지고 있던 주식과 동질성이 인정된다고 할 것이므로 청구인의 무상증자대상이 된 기존주식이 조특법 제14조 제1항에 따른 양도소득세 과세특례의 적용대상이 된다면 기존주식으로 인해 배정된 무상증자주식도 동일하게 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다(대법원 2013.7.25. 선고 2011두22358 판결, 같은 뜻임).
(1) 국세청 해석(부동산거래관리과-1278, 2010.10.21.) 및 국세청장의 과세기준자문신청에 대한 회신내용(법규과-766, 2014.7.18.)에 따르면 청구인은 ‘개인이 벤처법인으로 전환하면서 주식을 취득하는 경우로서 개인이 특수관계법인인 벤처기업에 행한 출자’에 해당하여 조특법 제14조 제1항 제4호에 따른 벤처법인에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하지 않고, 청구인은 쟁점법인의 설립 당시부터 발기인 및 감사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 쟁점법인과 법인세법 시행령제87조 제1항에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.
(2) 또한, 청구인은 쟁점법인의 설립 당시는 물론 유상증자, 주식분할 및 무상증자 당시에도 감사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 쟁점법인과 법인세법 시행령제87조 제1항에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.
(1) 조특법 제13조․제14조 및 같은 법 시행령 제12조에 의하면, 이 건 과세특례의 적용을 받으려면, 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 ｢소득세법 시행령｣ 제98조 제1항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제87조 제1항 에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, 당해 기업의 설립 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득한 것일 것, 출자일로부터 5년이 경과한 후 주식을 양도하는 경우일 것을 요건으로 하고 있다.
(2) 국세청 전산자료, 과세기준자문신청에 대한 국세청장의 회신내 용(2014.7.18.), OOO벤처기업확인서, 청구인이 제출한 주식변동상황명세서, 쟁점법인의 창립총회의사록(2001.6.20.) 및 법인등기부등본, 양도소득세 신고서 및 경정청구서 등에 의하면, (가) OOO2000.2.10. OOO소재 플라스틱케이스류를 제조하는 개인사업체인 OOO설립하여 같은 해 7월경 OOO으로부터 벤처기업 확인을 받았고, 2001.6.20. 같은 장소에서 같은 업종을 영위하는 쟁점법인을 설립하면서 같은 달 개인사업체인 OOO를 폐업(사유: 법인전환)하였는데, 쟁점법인은 수차례에 걸쳐 OOO으로부터 벤처기업확인서(유효기간: 2002.7.16.～2008.6.2.)를 발급받은 것으로 확인된다. (나) 청구인은 쟁점법인의 설립․유상증자․주식분할․무상 증자로 위 <표1>과 같이 쟁점법인의 주식을 취득하여 위 <표2>와 같이 쟁점주식 을 양도하였다. (다) 쟁점법인의 설립 당시 주주명부는 다음 <표4>와 같고, 청구인은 당시 발기인으로 참여하면서 감사로 등재되었던 것으로 나타난다. (라) 청구인이 쟁점법인의 주식 587,095주를 양도한 내용을 정리하면 다음 <표5>와 같으며 쟁점주식(423,018주)은 3년 내 출자주식이다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대,조세특례제한법제13조․제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자 등이 특수관계 없는 벤처기업의 육성․발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 취지로 보이는 점, 개인이 특수관계 없는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대하여 출자한 주식으로 그 출자일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 적용하는 점, 청구인은 2001.6.20. 쟁점법인 설립 시는 물론 쟁점주식 취득 이후 유상증자, 액면분할, 무상증자 시에도 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 법인세법 시행령제87조 제1항에 따른 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구인과 쟁점법인이 법인세법 시행령제87조 제1항에 따른 특수관계에 있는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양 도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다. 1.중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 “창업자”라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)가 기술신용보증기금법에 따른 신기술사업자(이하 “신기술사업자”라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
3. 중소기업창업투자회사, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제4조의3 제1항 제3호에 따른 상법상 유한회사(이하 이 조에서 “벤처기업출자유한회사”라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 “창투조합등”이라 한다)을 통하여 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
4. 기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 “기금운용법인등”이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법
2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법
3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법
4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법 제14조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4 호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소 유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분 (2) 조세특례제한법 시행령 제12조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.
1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
소득세법 시행령제98조 제1항 또는 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다. (3) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족
3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족
4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인
5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인
6. 제4호 또는 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위)④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제20조 에 따른 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다. (5) 법인세법 시행령 제87조(특수관계자의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인
5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인
6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원
8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인
결정 내용은 붙임과 같습니다.