조세특례제한법 시행령제2조에 의한 중소기업 범위에 관한 규정은 조세특례제한법제5조에 의한 중소기업 투자세액공제 규정에서 위임된 조항으로서 중소기업기본법」 제2조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제3조 및 제3조의3에 따라 중소기업 해당여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하여야 함
조세특례제한법 시행령제2조에 의한 중소기업 범위에 관한 규정은 조세특례제한법제5조에 의한 중소기업 투자세액공제 규정에서 위임된 조항으로서 중소기업기본법」 제2조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제3조 및 제3조의3에 따라 중소기업 해당여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하여야 함
OOO세무서장이 2014.7.15. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 부과처분의 처분근거가 불투명하다. 창업벤처중소기업이 법인세 감면을 받기 위해서는 조특법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제5조의 위임 규정에 따라 중소기업기본법(이하 “중기법”이라 한다) 제2조에 따른 중소기업에 해당하면 감면을 받도록 규정하고 있음에도, 처분청은 이 건 부과처분의 근거 조문을 조특법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제5조가 아닌 다른 조문을 근거로 하고 있는 것으로 추정된다.
(2) 청구법인은 2013사업연도에 중소기업에 해당한다. 청구법인은 2008.6.25. 설립이후 2009사업연도부터 조특법 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업에 해당하는 것으로 하여 감면신청을 해 왔고, 청구법인은 2013사업연도까지 중소기업기본법 시행령(이하 “중기령”이라 한다) 제3조에서 규정하고 있는 상시근로자수 등의 기준이 별표 1의 요건에 적합하다. 따라서, 청구법인은 중기법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조에 따라 2013사업연도까지는 당연히 중소기업에 해당한다.
(3) 관계기업 규정에 따라 중소기업을 판정한다 하더라도 청구법인은 중소기업에 해당한다. 중기령 제3조 제1항 제2호는 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 상시근로자수 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업인 경우에는 중소기업에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다. 즉, 중소기업 여부를 판정함에 있어 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등을 합산하여 판정하도록 규정하고 있는바, 2013사업연도 청구법인과 종속기업의 상시근로자수는 57명에 불과하여 중기령 제3조에서 정한 상시근로자수 등이 별표 1의 요건에 적합하다 할 것이다.
(4) 설령, 청구법인이 2013사업연도 기준으로 중소기업 요건을 벗어난다 하더라도 청구법인은 중소기업에 해당한다. 중기령 제3조의3에서 중소기업인지 여부에 대한 판단은 당해 사업연도를 기준으로 판단하는 것이 아니라 직전 사업연도의 상시근로자수 등의 기준으로 판단하도록 규정하고 있다. 따라서, 청구법인의 경우 종속기업과 관계기업을 형성한다 하더라도 관계기업과 관련된 중소기업인지 여부는 중소기업 여부가 문제가 된 2013사업연도의 직전 사업연도인 2012사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 결정하여야 하므로 청구법인은 2013사업연도에 중소기업에 해당한다 할 것이다.
(5) 관계기업 유예기간 적용과 관련하여 중기령 및 조특령 개정사 항을 고려할 때, 청구법인은 2013년도에 중소기업으로 인정되어야 한다. 청구법인의 경우 자회사를 고려하지 아니하는 경우 2013년도에 조특령 제2조 제2항에 근거하여 유예기간 적용대상이나, 중소기업에 해당하는 자회사가 존재한다는 사정(그것도 2013년도에 새로이 자회사를 취득한 것도 아니고 기존에 계속 존재하던 자회사임에도 불구하고)만으로 중소기업 유예적용을 배제하는 것은 부당하다. (가) 중기령 개정(2013.10.16. 개정)으로 중소기업과 중소기업간 관계기업으로 중소기업에서 제외되는 경우에는 유예를 적용하도록 하였고, 2015년부터는 모든 관계기업에 대하여도 중소기업을 졸업하는 경우 유예를 허용토록 제도를 개선하였다. (나) 조특령 제2조에 따라 관계기업이 중소기업 졸업기준 등에 해당하는 경우 일반 중소기업과 동일하게 당해 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것으로 개정될 예정이다(2014.12.26. 입법예고). 즉, 조특령도 중기령과 동일하게 관계기업으로 인한 규모기준 초과시 유예기간이 부여되지 않았으나 이들 사유에 의하여 중소기업 규모를 초과하더라도 유예기간을 부여하는 것과 동일한 형태로 법령을 개정하는 것이다.
(1) 청구법인은 창업벤처중소기업이 법인세 감면을 받기 위해 조특법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제5조의 위임 규정에 따라 중기법 제2조에 따른 중소기업에 해당하면 감면을 받도록 규정하고 있는데 처분청은 이 건 부과처분의 정확한 처분근거 조문을 밝히지 못하고 있다고 주장하나, (가) 조특법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 해당하여 세액감면을 받기 위해서는 조특령 제2조에 따른 중소기업에 해당하여야 하는바, 해당 시행령의 단서 조항을 보면 “다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산 총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다”라고 규정되어 있는바, 청구법인은 2013사업연도 매출액 1천억 이상으로 중소기업에 해당되지 않음을 알 수 있고 (나) 조특법 제2조 제3호에 따라 중소기업이 해당되기 위해서는 실질적인 독립성이 중기령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우중기령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다고 규정되어 있는 바, 지배기업인 청구법인과 종속기업인 (주)OOO와 (주)OOO는 2012사업연도 중기령 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하는 관계기업에 해당하고 2013사업연도 매출액이 OOO원 이상으로 상시근로자수 등이 중기법에 해당하는 중소기업 기준을 초과하므로 청구법인이 중소기업에 해당하지 않음을 알 수 있어 이 건 처분의 정확한 처분근거 조문이 없다는 청구주장은 이유 없다 할 것이다.
(2) 청구법인은 중기법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조에 따라 상시근로자수 등이 별표1의 요건에 적합하므로 중소기업에 해당한다고 주장하나, 조특령 제2조 제2항 단서 조항과 제3호에서 관계기업에 해당하면 중소기업 유예기간을 적용받지 못한다고 규정하고 있으므로 청구법인은 2012사업연도 관계기업에 해당되어 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다 할 것이다.
(3) 관계기업 규정에 따른 중소기업을 판정한다 하더라도 중기령 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에만 중소기업에 해당하지 않는다고 규정되어 있어 청구법인과 종속기업의 2013사업연도 상시근로자 수 등이 57명에 불과하여 해당 요건에 부합되므로 청구법인이 조특법 제6조 제2항의 쟁점감면세액을 공제받은 것은 정당하다고 주장하나, (가) 청구법인은 조특법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조에 따라 창업벤처중소기업에 해당한다고 보아 쟁점감면세액을 감면받은 것임에도 중기법령을 들어 처분청의 이 건 처분이 부당하다고 주장하는 것은 법리를 잘못 이해한 것이라 볼 수 있다. (나) 중기법 제2조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제1호 및 제2호는 중소기업을 판정하는 것일 뿐이고, 쟁점감면세액은 중기법 규정에 따른 중소기업이 조특령 제2조 제1항 단서 및 제3호에 해당하면 창업벤처중소기업 감면세액을 공제받을 수 없다고 규정되어 있다. 즉, 중기법령에 따라 중소기업에 해당하면 조특법상 세액을 감면받는다고 해석하는 것은 법리를 잘못 이해한 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다. (다) 또한, 기획재정부 유권해석(조세특례제도과-165, 2013.2.26.)을 보면, 중기령 제3조 제2호 다목의 신설 및 조특령 제2조 제1항 제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 조특법 시행령 제2조 제5항에 따른 “중기령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 아니하게 되는 때”에 해당하지 아니하는 것이라고 해석한 바, 이는 2009.3.25. 신설된 중기령 및 2010.10.30. 개정된 조특령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 기업의 경우 조특령 제2조 제5항에 따른 유예를 적용받을 수 없으므로 쟁점감면세액에 대한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.
(4) 설령, 2013사업연도에 중소기업 요건에 벗어난다 하더라도 중소기업 여부 판단은 당해 사업연도를 기준으로 판단하는 것이 아니라 중기령 제3조의3 제1항에 따라 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하도록 규정되어 있으므로 2013사업연도 상시근로자수 등을 기준으로 중소기업 요건을 판단하여 처분청이 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 조특령 제2조 중소기업 요건을 판단하기 위해서는 국세청 해석사례(서면법규과-257, 2013.3.7. 외 다수)와 기획재정부 예규(조세특례제도과-52, 2014.1.23.)와 같이 관계기업에 대한 요건은 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 과세연도 종료일을 기준으로 판단한다고 되어 있는 바, 중기령의 중소기업을 판정하는 것과 조특령의 중소기업이 세액감면 받기 위한 규정은 엄연히 다르고 해석사례도 당해 연도 과세연도 종료일을 기준으로 관계기업을 판정하므로 처분청이 2013사업연도 종료일을 기준으로 창업벤처중소기업을 판정하여 이 건 처분한 것은 정당하다.
(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
② 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
6. 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)
(2) 조세특례제한법 시행령(2014.1.14. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, (중략) 도시가스사업법제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.>
중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. [시행일: 2012.1.1.] 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ④ 법 제6조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 말한다.
1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다) (3) 조세특례제한법 시행규칙(2013.12.30. 기획재정부령 제392호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표(이하 이 조에서 "재무상태표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다.
(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2014.1.14. 법률 제12237호로 개정되기 전의 것) 제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것
(5) 중소기업기본법(2013.8.6. 법률 제12007호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업
2. 사회적기업 육성법제2조 제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적 기업
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (6) 중소기업기본법 시행령(2013.12.30. 대통령령 제25050호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다. 제7조의4(관계기업의 상시근로자수 등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표 2에 따른다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다. 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 중소기업이 다른 중소기업의 주식 등을 소유하여 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙 <대통령령 제24799호, 2013.10.16.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제9조 제4호 단서의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(중소기업으로 보는 사유에 관한 적용례) ① 제9조 제4호 단서의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 당시 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하여 중소기업의 범위에서 제외된 기업에 대해서도 적용한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인 및 (주)OOO의 등기사항전부증명서에 의하면, 각 법인현황은 다음과 같다. OOO (나) (주)OOO의 주주명부에는 2013년말 현재 청구법인의 지분율이 98.80%(총 주식 166,081주 중 164,081주 보유)로, (주)OOO의 주주명부에는 2013년말 현재 청구법인의 지분율이 100%(60,000주)로 나타난다. (다) 기술보증기금 이사장이 발행한 각 벤처기업확인서에 의하면, 청구법인은 2009.10.19.부터 2016.6.18.까지(유효기간) 벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조 규정에 의한 벤처기업임이 확인된다. (라) 청구법인 및 (주)OOO의 2012～2013사업연도 손익계산서에 의하면, 매출액 현황은 다음과 같다. OOO (마) 처분청의 법인세 사후검증 검토보고서(2014년 7월)에 의하면, 청구법인은 2013.12월 사업종료일 기준으로 외부회계감사 대상법인으로서 (주)OOO에 100%를 각각 출자하고 있는 최대출자 법인이므로 “관계기업”에 해당하며, 2012.1.1. 개시하는 사업연도부터는 관계기업으로서 매출액, 자본금, 상시근로자수, 자산총액 등이 일정규모(조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서)를 초과하는 경우 실질적 독립성 기준 위반으로서 중소기업에 해당하지 아니하고 이 경우 중소기업 유예(4년)도 적용받을 수 없는바, 청구법인은 2012년 관계기업 제도를 적용하더라도 매출액 등 규모기준이 일정규모 미만으로서 중소기업에 해당하지만, 2013년은 관계기업 전체 매출액이 OOO원으로 매출액 규모기준 OOO억을 초과하므로 2013년에는 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하였으므로 중소기업에 해당하지 아니하고, 중소기업 유예기간도 적용받을 수 없으므로 조특법 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업에 대한 세액감면액 OOO원은 부당감면에 해당한다는 내용이 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조특법 제6조 제2항에 의하면, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면대상을 “벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업”이라고 규정하면서, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제5조 제4항에서는 대통령령이 정하는 기업을 “벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업”이라고 규정하고 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2에서 벤처기업의 요건을 충족하기 위해서는 중기법 제2조에 따른 중소기업으로 규정하고 있다. (나) 처분청이 이 건 처분의 근거법령으로 한 조특령 제2조에 의한 중소기업 범위에 관한 규정은 조특법 제5조에 의한 중소기업 투자 세액공제 규정에서 위임된 조항으로서 이 건 조특법 제6조에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면에는 원용할 수 없어 보인다. 즉, 조특법 제6조에 의한 창업벤처중소기업의 세액감면 규정을 적용하기 위해서는 조특령 제5조 제4항에 따라 벤처기업의 요건을 충족하여야 하고, 그 요건을 충족하려면 중기법 제2조에 따른 중소기업이어야 할 것이다. (다) 그렇다면, 중기법 제2조의 위임을 받은 중기령 제3조 및 제3조의3에 따라 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수, 매출액, 자기자본, 자산총액을 기준으로 하여야 하는바, 이 건 과세연도(2013사업연도)의 직전 사업연도인 2012사업연도의 매출액 등을 기준으로 판단해 보면 청구법인은 물론 관계기업을 합산한다 하더라도 매출액 OOO원을 초과하지 아니하므로 “창업벤처 중소기업”에 해당한다 할 것이다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 조특법 제6조 제2항에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하면서 조특령 제2조에 의한 중소기업의 범위를 원용하여 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.