조합법인 등에 대한 과세특례 적용대상인 청구법인이 과다계상한 대손충당금 설정 액을 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 중소기업협동조합법에 따라 설립되어 중소기업 중앙회 회장이 정하는 회계준칙에 따라 작성된 예산회계규약(이하 “쟁점예산회계규약”이라 한다)을 회계기준으로 사용하고 있는 협동조합으로, 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 조특법”이라 한다) 제72조 ‘조합법인 등에 대한 법인세 과세특례’에 따라 법인세를 신고·납부함에 있어, 2010사업연도말 채권 잔액 OOO원의 19.1%에 해당하는 OOO원의 대손충당금을 설정하고, 전기 대손충당금 설정 잔액을 초과하는 금액은 대손상각비로 계상한 다음 당기순이익을 산출하여 2010사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인이 대손충당금을 과다설정하여 비용으로 계상한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)등을 부인하여 당기순이익을 재계산하는 등으로 법인세를 과세하라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2014.5.15. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.23. 이의신청을 거쳐 2014.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 개정전 조특법 제72조의 조합법인에 대한 법인세 과세특례 규정은 기장능력이 취약한 영세 조합법인의 납세협력비용 절감을 위해 도입된 것으로 처음에는 별도의 세무조정 없이 결산 재무제표상의 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세를 납부하도록 하는 내용이었다가 그 후 법인이 방만하게 운용되는 것을 막고자 2001.1.1.부터는 법인세법상 접대비 손금불산입액을 당기순이익에 가산하도록 하고 2003.1.1.부터는 법인세법상 기부금 손금불산입액을 당기순이익에 가산하도록 동 규정이 개정되었고, 2013.1.1.부터는 그 외에도 같은 법상 대손금 손금산입 제외 채권(채무보증으로 인한 구상채권, 업무무관가지급금) 관련 대손금의 손금불산입액 등을 당기순이익에 가산하도록 조특법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것, 이하 “개정된 조특법”이라 한다)과 같은 법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것으로 위 개정규정은 개정된 조특법 시행 후 개시하는 사업연도분부터 적용되며, 이하 “개정된 시행령”이라 한다)이 개정되었다. 이와 같이 2010사업연도분에 대하여 적용되는 개정전 조특법은 당기순이익과세를 함에 있어 “결산재무제표상 법인세 차감전 당기순이익”을 기준으로 법인세법상 기부금과 접대비의 손금불산입액을 제외하고는 별도의 세무조정 없이 결산재무제표상의 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세를 과세하도록 하고 있음에도, 과세관청이 2013.1.1. 개정된 조특법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되는 개정규정을 2010사업연도분에 대하여 적용하거나, 임의로 법문을 벗어나 “기업회계기준 등에 의하여 작성한 결산재무제표상 당기순이익”을 기준으로 한다고 확장해석하거나, 법문에서 나열되지 아니한 기업회계기준이나 관행을 근거로 대손충당금에 대해 세무조정하여 결산재무제표상 법인세 차감전 당기순이익을 재계산할 수 있다고 해석하는 것은 조세법률주의를 위반하는 것일 뿐 아니라, 조세경감 및 기장편의를 제공함으로써 영세 조합법인을 지원하기 위한 규정의 취지에도 반한다. 또한, 개정전 조특법 제72조 제3항(2013.1.1. 개정시 삭제되었다)은 중소기업협동조합법에 따라 설립된 협동조합 등(당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)은 복식부기에 의한 기장을 하지 아니할 수 있다고 명시하여 영세조합법인의 기장의무 간소화를 통해 납세협력비용을 절감할 수 있도록 하고 있고, 청구법인도 위 규정에 따라 복식부기에 의한 기장을 하지 않고 조합원총회를 통해 결산재무제표를 확정하였는바, 복식부기는 기업회계기준을 적용함에 있어 가장 기본적인 장부기록 방법으로 복식부기로 회계처리하지 않고서는 기업회계기준을 적용할 수 없는 것임에도 처분청이 임의로 기업회계기준에 따른 당기순이익 산정을 강제하여 청구법인이 확정한 위 결산재무제표상 당기순이익을 기업회계기준에 따라 수정하여 과세하는 것은 법률에 따라 복식부기로 기장하지 않기로 선택한 청구법인의 선택권을 과세관청이 근거 없이 배제시키는 것으로서 위법하다.
• 나. 처분청 의견 당기순이익 과세법인의 “결산재무제표상 당기순이익”이란 기업회계기준 또는 관행에 따라 적정하게 산출된 당기순이익을 말하는 것이며, 청구법인은 청구법인이 회계기준으로 채택한 쟁점예산회계규약의 대손충당금 설정기준을 위배하여 대손충당금을 과다계상하였으므로 과다계상액을 비용에서 차감하고 ‘당기순이익을 재계산’하여 법인세를 과세함이 타당하고, 이는 법인세법상 대손충당금 한도초과액 손금불산입 관련 규정에 따라 세무조정하여 법인세를 과세하는 것이 아니므로 개정전 조특법 제72조에 반하지도 아니하고 개정된 조특법 제72조를 적용하여 과세한 것도 아니다(이 건의 경우 대손충당금 한도초과액 손금불산입의 세무조정을 한 것이 아니므로 법인세 경정결의서의 소득금액조정합계표 및 자본금과적립금조정명세서에 이와 관련한 세무조정 내역도 없다). 그럼에도 처분청이 법인세법상 대손충당금 한도초과액을 손금불산입하는 세무조정을 하여 법인세를 과세한 것으로 청구법인이 오인한 것은 기업회계기준과 관행에 따라 산출된 ‘결산재무제표상 당기순이익’의 개념과 기업회계기준에 따라 산출된 당기순이익과 법인세법상의 소득금액 계산상의 차이를 조정하는 절차인 ‘세무조정’의 개념을 혼동 내지는 오인하고 있는 데서 기인한 것이다. 청구법인 주장과 같이 개정전 조특법 제72조는 당기순이익과세를 함에 있어 결산재무제표 상 당기순이익에 법인세법에 따른 기부금 한도초과액 손금불산입과 같은 법에 따른 접대비 한도초과액 손금불산입을 통한 세무조정만 할 수 있고, 같은 법상 대손충당금의 한도초과액 손금불산입을 통한 세무조정은 할 수 없는 것으로 규정하고 있으나, 이때의 접대비 및 기부금 계상액은 당연히 기업회계기준 등에서 손금으로 인정되는 접대비 및 기부금을 말하는 것이며, 기업회계기준에서 손금으로 용인되지 않는 항목을 접대비 또는 기부금으로 계상하였다면 이는 세무조정에 의한 손금불산입이 아닌 손금 부인대상이 되는 것인바, 이 건도 그와 같은 맥락으로 청구법인이 회계기준으로 채택한 쟁점예산회계규약을 위배하여 과다계상한 대손충당금은 세무조정 대상이 아니라 손금 부인대상이 되는 것이다. 청구주장대로라면 조합법인등에 대한 과세특례를 적용받는 법인은 기업회계기준 등을 위배하여 비용을 잘못 또는 허위로 계상하여도 기부금 및 접대비가 아닌 이상 처분청이 어떠한 경정도 할 수 없다는 모순이 발생한다. 결국 청구법인은 2010년에 일시적으로 얻은 자산 양도차익 OOO원에 대한 법인세를 회피할 목적으로 이전에는 비용으로 계상한 사실이 없는 OOO원의 대손상각비와 OOO원의 배당금 지급액을 쟁점예산회계규약에 위배하여 부당하게 비용으로 계상하는 방법으로 당기순이익을 축소계상하여 법인세 등을 탈루하였으므로 쟁점예산회계규약상 대손충담금 설정기준을 초과하여 과다계상한 금액을 비용으로 인정하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제72조 의 조합법인 등에 대한 과세특례가 적용되는 청구법인이 대손충당금을 과다설정함에 따른 비용 계상액을 부인하고 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관계법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제72조【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(당기순이익)을 말한다]에 법인세법 제24조 에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 9의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

5. 중소기업협동조합법에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회

⑤ 제1항에 따른 조합법인 등의 기부금 및 접대비의 손금불산입액 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 2010사업년도에 일시적으로 고액의 대손상각비를 비용으로 계상한 사실이 확인되어 아래와 같이 동 비용의 적정여부에 대한 검증을 실시한 다음 대손상각비 과다계상액을 비용에서 차감하고 이 건 법인세를 과세하였다. (가) 청구법인은 조세특례제한법 제72조 의 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 적용대상 법인으로, 당기순이익에 대해 9%의 단일세율로 법인세를 신고납부하고 있으며, 중소기업협동조합중앙회 회장이 정하는 회계준칙에 따라 작성된 ‘예산회계규약’을 회계기준으로 사용하고 있다. (나) 청구법인은 2010사업연도 중 OOO 소재 부동산을 OOO원에 양도하여 OOO원의 고정자산 처분이익이 발생하자, 이에 대응하여 탈퇴 조합원에게 지급한 배당금 성격의 OOO백만원을 분담금 항목의 비용으로 계상하는 한편, 각 사업연도말 채권잔액에 대하여 아래 [표]와 같이 대손충당금을 설정하고 전년도 설정잔액을 초과하는 금액은 대손상각비로 비용계상하였다(전기 설정잔액을 미달하는 금액은 대손충당금 환입액으로 수익계상하였다.

○○○ (다) 청구법인은 위와 같이 각 사업연도별로 대손충당금 설정률을 달리한 것에 대하여 근거를 제시하지 못하고 있다. (라) 청구법인은 청구법인이 보유한 채권에 대해 채무자로부터 채권액을 초과하는 납세보증보험증권 등 담보물을 제공받고 있고, 청구법인이 보유하는 채권 중 2009∼2013사업연도에 부실화되거나 회수불능으로 된 채권은 없다. (마) 청구법인이 회계기준으로 채택한 쟁점예산회계규약은 대손충당금과 대손상각비에 대하여 제45조 제1항에서 ‘원금이나 이자 등의 일부 또는 전부를 회수하지 못할 가능성이 있는 채권 등은 합리적이고 객관적인 기준에 따라 대손추산액을 산출하여 대손충당금으로 설정하고, 기존 대손충당금 잔액과의 차이는 대손상각비로 인식한다’고 정하고 있고, 제2항에서 ‘제1항의 규정에 의하여 대손을 추산하는 경우에 개별적으로 채권의 대손추산액을 산출하는 방법 또는 과거의 대손경험률에 의하여 산출하는 방법 등 일정한 산정 기준을 정하고 이 기준을 매기 계속하여 적용하여야 한다’고 정하고 있다. (바) 쟁점예산회계규약에서는 회수불능 가능성이 있는 채권 등에 대한 대손추산액은 개별채권의 대손추산액을 산출하는 방법 또는 과거 대손경험률로 대손추산액을 산출하는 방법 등 일정한 기준을 정하여 매기 계속 적용하여 산출하여 대손충당금으로 설정하도록 하고 있음에도 청구법인은 개별채권에 대한 대손액을 추산한 사실이 없고 과거의 대손경험률도 없음에도 위와 같이 대손충당금을 설정하였다. (사) 처분청은 청구법인이 쟁점예산회계규약에 반하여 대손충당금을 과다설정하였다고 보고 일반법인의 대손충당금 설정률(사업연도말 채권잔액의 1%)을 기준으로 과다계상한 대손충당금 설정에 따른 비용계상액을 부인하는 등으로 당기순이익을 재계산하여 아래 [표]와 같이 이 건 법인세를 부과하였다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 개정전 조특법 제72조에서 조합법인 등에 대하여 당기순이익과세를 함에 있어 결산재무제표 상 당기순이익에 법인세법에 따른 기부금 한도초과액 손금불산입과 법인세법에 따른 접대비 한도초과액 손금불산입을 통한 세무조정만 한 다음 단일세율을 적용하여 법인세를 과세하도록 규정하고 있어 법인세법상 대손충당금의 한도초과액 손금불산입을 통한 세무조정은 할 수 없는 것으로 되어 있으나, 이때의 당기순이익은 기업회계기준 또는 관행상 적절하게 산출된 것을 말하는 것이며 기업회계기준 등에서 비용으로 용인되지 않는 항목을 비용을 계상하였다거나 비용을 허위·과다 계상한 것이 있다면 해당 비용을 부인하고 당기순이익을 재계산하여 법인세를 과세할 수 있다 할 것이다. 일반기업회계기준 제6.17의2조에서는 회수가 불확실한 금융자산은 합리적이고 객관적인 기준에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정하도록 규정하고 있고, 청구법인이 채택한 쟁점예산회계규약에서도 회수불능 가능성이 있는 채권 등에 대해 합리적이고 객관적인 일정한 기준을 정하여 매기 그 기준에 따라 산출한 대손추산액으로 대손충당금으로 설정하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 위에서 본 바와 같이 일시적으로 고액의 자산처분이익이 발생하자 이에 대응하여 이전에는 계상하지 않던 대손충당금을 특별한 이유 없이 기말 채권 잔액의 19%에 달하도록 설정하고 그에 따른 비용을 과다 계상하고도 그와 같이 이례적으로 고액의 대손충당금을 설정하기 위해 대손추산액을 산출한 내역과 근거는 전혀 제시하지 못하고 있으므로 청구법인이 임의로 설정한 대손충당금과 그에 따른 비용계상액을 그대로 인정하기는 어렵다 할 것이다. 다만 처분청은 청구법인이 설정한 대손충당금을 전부 부인하지는 아니하고 법인세법상 일반 법인에 대하여 인정되는 대손충당금 한도액을 초과하는 부분만 부인하였으나 그렇다고 하여 처분청이 법인세법상 대손충당금 관련 규정에 따라 세무조정을 하여 법인세를 과세한 것은 아니므로 개정전 조특법 제72조에 반하지도 아니하고 개정된 조특법 제72조를 적용하여 과세한 것도 아니다. 따라서, 처분청이 청구법인이 과다설정한 대손충당금에 따른 비용계상액을 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.