「조세특례제한법」제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2012서3960 / 조심2013서3711

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(관리처분계획인가일 2001.4.28., 준공일 2005.1.28.)됨으로써 취득한 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2009.2.24. 양도한 후,조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액 OOO원에 대한 산출세액 OOO원 전액을 감면 신청하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2014.2.21. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.5.12. 이의신청을 거쳐 2014.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3에 따라 재개발 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도시까지의 전체 양도소득금액의 100분의 100을 감면하는 방식으로 되어 있고, 5년 이내 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 별도의 산식이나 위임 내지 준용규정이 없으며, 판례OOO에서도 위 조항이 준용하고 있는조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식은 실제 취득일부터 5년이 되는 날에 실제 양도행위가 없어 5년간 발생한 실제 양도소득금액을 확정할 수 없음에도 양도소득금액을 계산하여야 할 필요성에 따라 마련된 의제적이고 기술적인 규정에 불과하다고 판시하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는 바, 이는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 조항으로서 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일이므로 이 건에 있어 감면되는 양도소득세액을 신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정하는 것으로 보아야 하고, 종전주택 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득은 감면대상이 되지 않는 것으로 봄이 타당하다. (2)조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서조세특례제한법재99조의3 제1항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 제1항의 본문의 규정을 적용함에 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’은조세특례제한법시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있고,조세특례제한법시행령 제40조 제1항은 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}의 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는 바, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 이 산식을 준용하여 감면대상 양도소득금액과 감면배제 대상 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.3.26. 대통령령 제22085호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택과 신축주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 1997.1.13. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축을 위해 2002.7.3. 이를 멸실하고, 신축주택을 2005.3.2. 취득하여 보유하다가 2009.2.24.양도한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의양도소득금액이 감면대상에 해당된다고 주장하나,조세특례제한법제99조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 청구인은 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 별도의 산식이나 위임 내지 준용규정이 없다고 주장하나,조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 이와 같은 규정에 따라 이루어진 본 건 과세처분은 잘못이 없는 것(조심 2012서3960, 2012.11.21., 조심 2013서3711, 2013.11.19. 외 다수, 같은 뜻임)으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.