수정세금계산서 작성일자를 당초 세금계산서 작성일로 할 것인지 계약해제일로 할 것인지 여부 등

OOO세무서장이 2014.5.29. 청구법인에게 한 2013년 제2기 부가가치세 환급 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000.11.22. OOO을 주목적으로 설립된 아파트 건설시행사로서 경기도 OOO 3,316세대(이하 “쟁점아파트”라 한다) 중 3,024세대를 분양(분양률 91.2%) 하고 2011년 3월 사용승인을 받았으나, 경기침체 등의 사유로 총 1,281세대가 잔금을 납부하지 않아 2013년 12월에 분양계약이 해제되었다. 청구법인은 쟁점아파트 분양계약의 해제가 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 보고, 민법상 계약해제에 따른 소급효에 따라 최초 신고한 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위가 소급하여 처음부터 없는 것으로 보아, 2008년 제1기 ∼ 2011년 제2기 부가가치세 과세표준으로 신고한 분양금액 총 OOO원에 대하여 당초 세금계산서 교부일자로 소급하여 2014.2.13. 처분청에 아래 <표1>과 같이 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 아파트 분양계약 해제일이 2013년 12월이므로 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호 에 따라 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 경정청구 하여야 함에도 당초 세금계산서 발급시기인 2008년 제1기∼2011년 제2기 부가가치세 신고분에 대하여 경정청구를 하였다고 하여 2014.4.8. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 대법원(2014.3.13. 선고 2012두10611 판결)은 소득이 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다고 판시하고 있는바, 분양계약의 해제는 물권변동의 효과가 소급적으로 소멸되어 당초부터 양도가 없었던 것으로 보는 것이어서 이 건 분양계약의 해제는 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 해당하므로 분양계약이 해제된 분을 매출에서 제외하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 2014.4.25. 아파트 1,281세대 분양계약 해제를 이유로 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 2차 경정청구를 하였고, 처분청은 2014.5.29. 청구법인의 현장조사를 통하여 계약해제가 확인된 765세대에 대한 부가가치세 OOO원을 환급 결정하였으나, 나머지 516세대에 대한 부가가치세 결정은 보류하였는바, 청구법인은 현재까지 결정을 통지받은 바 없어 이는 경정청구 거부처분에 해당한다고 볼 수 있어, 기 환급받은 OOO원을 제외한 나머지 금액을 환급하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법 시행령 제59조 가 2012.2.2. 개정됨에 따라 2012.7.1. 이후 계약해제에 따른 재화·용역의 공급시기는 계약해제일로 규정하고 있으며, 청구법인의 경우 아파트 분양계약 해제일이 2013년 12월이므로 2013년 제2기 확정 부가가치세 신고분에 대하여 경정청구를 하여야 함에도 계약해제에 따른 공급시기를 잘못 적용하여 2008년 제1기 ∼ 2011년 제2기 귀속 부가가치세 신고분에 대하여 경정청구를 하였으므로 당초 처분은 정당하다. 또한, 청구법인은 경정청구 거부통지서 수령 후 2014.4.25. 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 총 1,281세대 중 계약해제가 확인된 765세대에 대하여 부가가치세 OOO원을 환급 결정하였으며, 나머지 516세대분은 2014년 제1기 확정신고 기간에 신고하겠다고 하였으므로 이 건 경정청구는 의미가 없다.

(2) 청구법인은 계약해제가 확인된 765세대를 제외한 516세대에 대하여 2014.4.24. 및 2014.7.25. 2014년 제1기 부가가치세 예정 및 확정신고시 각 OOO원의 부가가치세 환급세액을 신고하였으며, 처분청은 2014.8.22. 이에 대하여 환급결정하고 환급세액 OOO원을 체납세액에 충당하였으므로 청구법인의 경정청구에 대한 환급금을 제외한 나머지 금액에 대하여 통지가 없었다는 청구법인 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁 점

① 2013년 12월 아파트 분양계약이 해제됨에 따라 수정세금계산서 작성시기를 당초 세금계산서 작성일인 2008년 제1기～2011년 제2기로 할 것인지 아니면 계약해제일로 할 것인지 여부

② 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대한 경정청구금액 중 기 환급받은 765세대 OOO원을 제외한 나머지 금액의 환급가능 여부

• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정된 것) 제59조 [수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다. (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제59조 [수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

(3) 국세기본법 제45조의2 [경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (4) 국세기본법 시행령 제25조의2 [후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 (5) 민법 제548조 [해제의 효과, 원상회복의무] ① 당사자일방이 계약을 해제한 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회복의 의무가 있다. 그러나 제3자의 권리를 해하지 못한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점아파트를 2008년 1월부터 분양하여 총 3,316세대 중 3,024세대를 분양하고 2011년 3월에 경기도 OOO로부터 쟁점아파트의 사용승인을 받았으며, 쟁점아파트의 사용승인 후에 수분양세대 중 잔금을 미납부하고 입주하지 않은 1,727세대(미입주세대)로 인하여 청구법인에게 PF자금을 대여한 PF채권자들에 대한 청구법인의 채무이행이 지체되자 PF채권자들은 채권자대위권을 행사하여 미입주세대에 대한 분양계약을 해제하고 공매방안을 추진하였고, 청구법인은 PF채권자들의 채권자대위권 행사에 의한 분양계약 해제를 막기 위하여 서울중앙지방법원에 분양계약해제금지가처분신청을 하였으나 서울중앙지방법원의 기각결정(2013.12.4.)에 따라 PF채권자들이 2013.12.17. 채권자대위권을 행사하여 1,195세대를 분양계약 해제통지를 하였으며, 또한, 청구법인이 입주지원한 세대 중 입주의사가 없는 것으로 확인한 86세대에 대하여 2013.12.31. 분양계약 해제통지를 하여 총 1,281세대의 분양계약이 해제되었다.

(2) 2012.2.2. 개정된 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호 의 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우에 수정세금계산서 발급제도 개선 내용을 보면, 개정 전에는 계약이 해제된 때에 수정세금계산서 작성일자를 당초 세금계산서 작성일자로 기재하도록 하였으나 사업자의 경정청구ㆍ수정신고 및 세금계산서 발급 등과 관련한 납세 협력부담 완화 등을 목적으로 개정 후에는 수정세금계산서를 작성일자를 계약해제일로 하여 기재하도록 한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 2014.2.13. 당초 경정청구시 2008년 제1기～2011년 제2기 부가가치세에 대하여 각 과세기간별로 경정청구서 및 부가가치세 수정신고서를 제출하였으나 처분청은 2014.4.8. 이를 거부하는 결정을 한 것으로 나타나며, 청구법인이 2014.4.25. 2013년 제2기분으로 다시 경정청구한 것에 대하여 처분청은 1,281세대 중 계약해제가 확인된 765세대에 대한 부가가치세 OOO원을 2014.5.29. 환급결정하였고, 또한, 청구법인은 2014.4.24. 2014년 제1기 부가가치세 예정신고시 OOO원을 과세표준으로 신고하였으며, 이에 처분청은 2014년 제1기 확정신고시 516세대 계약해제에 따른 부가가치세 환급액 OOO원을 포함한 부가가치세 환급세액 OOO원에 대하여 2014.8.22. 환급결의하고 체납세액에 충당한 것으로 아래 <표2>와 같이 나타난다.

(4) 청구법인이 제시한 보충의견에서 청구법인이 2014.2.13. 처분청에 아파트 계약해제에 따른 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 한 것은 2013년 제2기분 부가가치세 환급세액 상당의 지급을 구하는 취지이고, 다만, 부가가치세 환급세액은 청구법인이 기납부한 2008년 제1기부터 2011년 제2기의 부가가치세 중 분양계약이 해제되면서 분양계약 해제분에 대응하여 환급되어야 할 부가가치세의 합계를 의미한 것이어서, 청구법인이 경정청구 당시 2013년 제2기분 부가가치세 환급세액을 표시함에 있어서 이를 당초 부가가치세를 기납부하였던 시기에 따라 구분하여 표시한 것뿐이나, 처분청은 2014.4.8. 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분 하였는바, 청구법인은 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 경정청구를 하였음에도 처분청이 이와 반대되는 전제로 청구법인이 2008년 제1기～2011년 제2기분 부가가치세 신고분에 대하여 경정청구를 하였다고 보고 이를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 분양계약의 해제는 물권변동의 효과가 소급적으로 소멸되어 당초부터 양도가 없었던 것으로 보는 것이어서 분양계약이 해제된 분을 예약매출에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고분이 아닌 2008년 제2기～2011년 제2기 부가가치세 과세기간별로 각각 경정청구서를 작성하여 제출한 점, 계약 해제시 수정세금계산서 작성일을 계약해제일로 하여 발급하도록 2012.2.2. 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호 가 개정된 점 등에 비추어 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우에는 계약이 해제된 때를 작성일자로 하여 수정세금계산서를 교부하여야 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 계약해제가 확인된 765세대 OOO원을 제외한 나머지 금액에 대하여 환급되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2014.4.24. 2014년 제1기 부가가치세 예정신고시 세금계산서 발급분 OOO원과 2014.7.25. 2014년 제1기 확정신고시 예정신고 누락분 OOO원을 과세표준으로 하여 그 관련 세액을 환급신고 하였으며, 이에 처분청은 2014년 제1기 확정신고시 516세대 계약해제에 따른 부가가치세 환급액 OOO원을 포함한 부가가치세 환급세액 OOO원에 대하여 2014.8.22. 환급결의하고 체납세액에 충당한 것으로 처분청 자료에 나타나는바, 이 건 심리일 현재 불복대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 이에 대한 심판청구는 부적법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.