부동산매매업자가 사업용 토지를 양도한 경우에 해당하여 비사업용 토지가 아니므로 장기보유 특별공제가 적용된다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인들은 2003.12.17. OOO 외 7필지 24,608㎡(청구인 허OOO 지분 3분의 1, 청구인 이OOO 지분 3분의 2, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매를 원인으로 취득하여 2012.8.17.～2013.2.29. 기간 동안 이를 양도하고 양도소득세를 예정신고·납부하였다가, 2014.5.22. 부동산매매업에 따른 사업소득으로 하여 종합소득세를 신고하면서 장기보유특별공제를 적용하여 위 신고납부한 세액 중 일부(환급신청세액: 청구인 허OOO)에 대하여 환급신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 지목이 “답”이고 청구인들이 이를 재촌자경하지 아니하였으므로 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 적용배제하여 2014.7.21. 청구인들의 위 환급신청을 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.7.28. 심판청구를 제기하였디.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 소득세법 시행령제122조 제2항 제3호에 의하면 부동산매매업자의 주택 등 매매차익은 같은 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 차감한 금액으로 규정하고 있는바, ‘부동산매매업’의 경우 사업소득이므로 ‘비사업용 토지’에 대한 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이어서 쟁점토지의 양도가 부동산매매업으로 사업소득에 해당하는 이상 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 비사업용 토지의 범위는소득세법제104조의3에서 규정하고 있으므로 부동산매매업자가 사업목적으로 매매하였다 하여 달리 적용될 수 없다 할 것이고, 쟁점토지의 경우 지목이 “답”으로 청구인들이 이를 재촌자경한 사실이 없으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 경우 부동산매매업에 따른 토지의 양도이므로 장기보유특별공제 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제64조 [부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례] ② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조의3 [비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가.대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. (단서 생략)

(2) 소득세법 시행령 제122조 [부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례] ② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다. 1.제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액 3.법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 제168조의8 [농지의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계 없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료 등에 의하면 청구인들이 2003.12.7. 쟁점토지OOO를 경매로 취득하였다가 2012.8.17.부터 2013.3.29.까지 이를 양도OOO하고 양도소득세를 예정신고·납부한 사실이 확인되고, 청구인들은 쟁점토지의 양도가 5회에 걸쳐 30여 필지로 분할하여 양도되었고 해당 토지의 가치를 상승시켜 양도한 점 등을 들어 부동산매매업에 따른 사업소득에 해당한다고 하여 2014.5.22. 종합소득세 확정신고를 하면서 장기보유특별공제를 적용하여 위 신고납부한 세액 중 일부에 대한 환급신청을 하였고, 처분청은 쟁점토지가 장기보유특별공제가 배제되는 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2014.7.21. 위 환급신청을 거부하였다.

(2) 처분청이 제시한 자료에 의하면 쟁점토지는 지목이 “답”으로 농지에 해당하고, 청구인들은 쟁점토지를 재촌자경하였음을 입증할 만한 증빙자료를 제출하지 아니하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제64조, 같은 법 시행령 제122조 제2항 제3호에 의하면 부동산매매업자의 매매매차익은 해당토지의 매매가액에서 같은 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 등을 차감한 금액으로 하는 것으로 규정하고 있는 한편, 같은 법 제95조 제2항, 제104의3 제1항 제1호 가목 및 같은 법 시행령 제168조의8에 의하면 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자경하지 아니한 농지의 경우 장기보유 특별공제액이 적용되는 자산에서 제외되는 것으로 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우 그 지목이 “답”으로 청구인들이 이를 재촌자경하지 아니한 이상 비사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제가 배제된다고 할 것이고, 비사업용 토지를 보유하다가 부동산매매업의 형태로 양도하였다 하여 이를 달리 취급할 이유가 없으므로 청구인들의 환급신청을 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.