가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 없어 과세처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은사립학교법에 따른 학교법인으로서, 수익사업으로 운영하던 OOO 및 OOO을 1998․1999년 OOO원에 매각하고, 동 매각대금을 1998년 4월∼1999년 3월의 기간 동안 수익사업용 부동산(OOO 및 OOO부지) 매입OOO 및 호텔업을 영위하는 OOO 주식회사 발행주식OOO 매입OOO에 사용하였으며, 1998.3.1.∼1999.2.28.사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다) 법인세 신고시 OOO 및 OOO 매각에 따른 유형자산처분이익 OOO원을 고유목적사업준비금으로 전입하여 손금으로 산입한 후 5년이 경과한 2003.3.1.∼2004.2.29.사업연도(이하 “2004사업연도”라 한다)에 미사용 고유목적사업준비금 OOO원을 영업외수익으로 계상하거나 고유목적사업준비금으로 익금산입하고, 다시 OOO원을 고유목적사업준비금으로 전입하여 손금산입하였다가 5년이 경과한 2008.3.1.∼2009.2.28.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다)에 미사용 고유목적사업준비금 OOO원을 익금산입한 후 다시 OOO원을 고유목적사업준비금으로 전입하여 손금산입하였다. <표1> 청구법인의 고유목적사업준비금 설정 및 사용내역
• 나. OOO장은 2013.6.19.∼2013.8.3.의 기간 동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여 청구법인이 2009사업연도에 5년 내 미사용한 고유목적사업준비금 OOO원을 익금산입하였다가 이 중 다시 고유목적사업준비금으로 전입한 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금부인할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 2014.1.14. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원(과소신고․납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2001.11.1. 신설되고 2009.11.10. 삭제된 다음 <표2>의 법인세법 기본통칙29-56…2(이하 “쟁점통칙”이라 한다)에 따라 2004사업연도에 5년 이내 미사용 고유목적사업준비금을 손금산입하였고, 2009사업연도에도 동일하게 미사용 고유목적사업준비금을 손금산입하였음에도, 처분청은 쟁점통칙이 2009.11.10. 삭제되었다는 이유로 이를 소급적용하여 청구법인에게 가산세를 포함하여 이 건 법인세를 부과하였는바, 청구법인에게 법인세의 신고납부의무를 해태한 데에 대한 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 이 건 가산세 처분은 부당하다. <표2> 법인세법 기본통칙29-56…2(고유목적사업준비금의 손금산입대상 소득의 범위) 법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 “수익사업에서 발생한 소득”에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 동법 동조 제3항 제4호에서 정한 기한 내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다. (2001.11.1. 신설, 2009.

11.

10. 삭제) 특히, 청구법인이 2009사업연도 법인세를 신고할 당시 고유목적사업준비금의 손금산입 범위와 관련하여 관계 법령 등(법인세법, 같은 법 시행령, 같은 법 시행규칙 및 쟁점통칙)이 개정된 사실이 없었는바, 청구법인은 동 준비금의 손금산입 범위가 변경되었다는 사실을 인지할 수 없었다. 비록 법인세법 시행규칙제82조가 규정한 별지 제27호 서식[고유목적사업준비금조정명세서(갑), 이하 “쟁점서식”이라 한다]이 2007.3.30. 개정되어 “② 당기익금산입액”란이 삭제되었으나, 이러한 개정만으로는 ‘기한 내 고유목적사업에 미사용하여 환입한 금액을 손금산입한도에서 제외한다’는 과세당국의 개정의도를 명확히 알 수 없었고, 이러한 개정이 세무조정에 의해 고유목적사업준비금을 설정한 후 이를 미사용하여 익금산입하는 경우 동 금액을 손금산입 한도에서 제외하는 것으로 이해되는바, 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시에는 쟁점통칙에 따라 쟁점금액을 손금산입한 것이다. 관련 판례(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등)와 심판례(국심 2003서1832, 2003.12.1.)도 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 세법상 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상 제재이므로 납세자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다는 점을 분명히 밝히고 있는바, 청구법인이 쟁점통칙을 신뢰하여 법인세 신고납부의무를 이행한 것에 대하여 과실이 없고, 이는국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항에 따른 정당한 사유에 해당한다 할 것이다. 또한, ‘공익법인 관련 세무안내’ 및 ‘비영리법인 회계와 세무실무’ 책자를 참조할 수는 있으나 반드시 법적 효력이 있다고 볼 수 없고, 청구법인은 국세청 훈령인 쟁점통칙이 우선적으로 적용되는 것으로 판단하였으며, 관련 심판례(국심 2007중1485, 2007.9.4.)에서도 ‘국세청 발간 종합부동산세 실무해설’ 책자와 ‘국세청홈페이지에 게재된 종합부동산세 문답서’는 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기 어렵고, 납세자가 이를 신뢰하여 종합부동산세를 신고한 것에 대하여 처분청이 다른 방법으로 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다고 판단하고 있다. 처분청이 제시한 판례(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결)는 고유목적사업준비금 설정액 중 목적사업에 지출하지 않은 금액을 수익사업회계에서 비영리사업회계로 전출한 것에 대하여 손금부인한 것인 반면, 청구법인은 목적사업에 지출한 금액만 비영리사업회계로 전출 후 고유목적사업준비금을 차감하였고 목적사업에 지출하지 않은 금액은 5년 후 환입하여 과세이연하였으므로, 위 판례를 이 건에 적용할 수 없으며, 처분청이 제시한 또다른 판례(대법원 2011.5.13. 선고 2011두1504 판결)는 고유목적사업준비금에서 차감한 사실 외에 목적사업에 지출하지 않겠다는 사정이 있는 경우에만 익금산입한다는 취지이나, 청구법인은 고유목적사업준비금을 차감한 사실이 없고, 매년 목적사업에 일정액을 지출하고 있는바, 이 건에 적용할 수 없다. 한편, 청구법인이 1999사업연도에 유형자산처분이익으로 수익용자산을 구입하였으나 수익용자산 운용소득으로 매년 일정액을 목적사업에 지출하였고 청구법인이 수익용자산을 취득한 것은 목적사업에 사용하기 위하여 자금을 운용한 것에 불과하므로, 수익용자산을 취득하였다 하여 더 이상 목적사업에 사용할 의도가 없는 것으로 보아 법인세를 부담하였어야 한다는 처분청 의견 또한 타당하지 않다. 또한, 고유목적사업준비금을 전입한 이후 5년 동안 목적사업에 사용하여야 한다는 이유로 고유목적사업준비금전입액 OOO원을 어떠한 수익용자산에도 투자하지 않고 현금성자산으로만 보유하여야 한다는 처분청의 해석은 경제적 합리성이 결여된 것인바, 고유목적사업준비금의 입법취지에도 맞지 않는다.

• 나. 처분청 의견 대법원은 학교법인이 자산을 비영리사업회계로 전출당시부터 수익에 사용할 목적이었고 그 후 실제 수익사업에 사용한 경우에 손금에 산입할 수 없으며(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결), 실질적으로 수익사업에 지출 전용하는 등 고유목적사업에 지출하지 않겠다는 사정이 드러나면 비영리법인(학교법인)이 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입한 금액을 환원하여 익금에 산입한 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011.5.13. 선고 2011두1504 판결)고 판결하였는바, 청구법인은 1999사업연도에 실현한 유형자산처분이익 OOO원을 해당 사업연도에 수익용자산 구입에 사용함으로써 이에 대한 법인세를 부담하였어야 함에도, 법인세 신고시 동 금액의 대부분인 OOO원을 고유목적사업준비금 전입액으로 하여 법인세를 과세이연하고, 5년마다 고유목적사업준비금에 재전입하는 방법으로 2013년 세무조사 시점까지 지속적으로 과세부담을 회피하였는 바, 이는 동종의 수익사업을 영위하는 다른 영리법인에 비추어 과세형평에 맞지 않고, 고유목적사업준비금 과세이연제도의 입법취지에도 어긋난다 할 것이며, 청구법인이 1999사업연도에 고유목적사업준비금 전입액 전부를 이미 수익용자산 구입에 사용하였다는 점에서 5년 이내 고유목적사업에 미사용하여 익금산입한 금액을 고유목적사업준비금 설정 대상으로 볼 수 없다 할 것이다. 청구법인은 쟁점통칙이 2009.11.10. 삭제되었음에도, 처분청이 삭제된 기본통칙을 소급적용하였다고 주장하나, 고유목적사업준비금을 손금에 산입하려는 비영리내국법인은 법인세법 시행령제56조 제9항에 따라 법인세 신고시 법인세법 시행규칙제82조 제1항이 규정한 제27호 서식(쟁점서식)을 제출하여야 하는바, 동 시행규칙이 2007.3.30. 개정되면서 쟁점서식에서 “②당기익금산입액(②=(20))”이 삭제되어 고유목적사업준비금 미사용으로 인한 익금환입액(20)을 고유목적사업준비금 설정대상 소득에서 제외하도록 하였고, 동 개정내용은 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용되었으며, 국세청이 발간한 ‘공익법인 세무안내(2008년)’ 및 ‘공익법인 세무관리(2008년)’에서도 다음 <표3> 및 <표4>와 같이 쟁점서식 개정을 통하여 쟁점통칙에 따른 고유목적사업준비금 미사용으로 인한 익금환입액이 고유목적사업준비금 설정대상 소득에서 제외한다고 명시하였고, 이러한 사실은 삼일회계법인이 2008년 발간한 ‘비영리법인 회계와 세무실무’, ‘법인세 조정과 신고 실무’ 등에서도 확인이 가능하다. <표3> 공익법인 세무안내(2008년) 발췌 내용 고유목적사업준비금 미사용으로 인한 익금환입액의 경우 쟁점통칙 에 의하여 고유목적사업준비금 설정대상 소득에 포함 되었으나, 2007.3.30. 고유목적사업준비금 조정명세서 서식 개정을 통하여 고유목적사업준비금 설정대상 소득에서 제외하고 동 개정내용을 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용함. <표4> 공익법인 세무관리(2008년) 발췌 내용 【문13】고유목적사업준비금조정명세서(갑)-쟁점서식의 내용이 일부 변경되었다고 하는데 어떤 부분이 변경되었고, 관련된 내용에는 어떤 것이 있습니까? 【답】아래 서식에서 “②익금산입액”란은 2006.12.31.이전 개시사업연도까지 존재하였고, 2007.1.1. 이후 개시사업연도분부터는 삭제되었음. 고유목적사업준비금 미사용으로 인한 익금환입액의 경우 쟁점통칙에 의하여 고유목적사업준비금 설정대상 소득에 포함되었으나, 2007.3.30. 고유목적사업준비금조정명세서 서식개정을 통해 고유목적사업준비금 설정대상 소득에서 제외하고 동 개정내용을 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용함.

• 가. 쟁 점 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법제16조 제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액 2.소득세법제17조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만,상속세 및 증여세법제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

3. 법인으로 보는 단체가국세기본법제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)

④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. (2) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및조세특례제한법제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및조세특례제한법제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑦ 법 제29조 제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 (가) 2007.3.30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것 제82조(서식) ① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류중 당해법인과 관련된 서류로 한다.

27. 영 제56조 제9항의 규정에 의한 별지 제27호 서식의 고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을) (나) 2007.3.30. 재정경제부령 제547호로 개정된 것 제82조(서식) ① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류중 당해법인과 관련된 서류로 한다.

27. 영 제56조 제9항의 규정에 의한 별지 제27호 서식의 고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을) 부칙<재정경제부령 제547호, 2007.3.30.> 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 규칙은 2007년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 제9조(서식에 관한 적용례) ① 서식에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 신고 또는 신청하는 분부터 적용한다.

② 별지 제27호서식(갑)의 개정서식은 2007년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1.사립학교법에 따른 학교법인,산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단 및평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는민법제32조에 따른 비영리법인 (5) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제6조(천재등으로 인한 기한의 연장) ① 천재·지변 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 이 법 또는 세법에 규정하는 신고·신청·청구 기타 서류의 제출·통지·납부를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하거나 납세자의 신청이 있는 경우에는 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 기한을 연장할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 납부기한을 연장하는 경우 관할세무서장은 납부할 금액에 상당하는 담보의 제공을 요구할 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 그러하지 아니하다. 제48조(가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청에서 (1) 국세법령정보시스템에 따르면, 쟁점통칙은 2001.11.1. 신설되었다가 2009.11.10. 삭제된 것으로 나타난다. (2) 법인세법 시행규칙이 2007.3.30. 개정되면서 쟁점서식이 개정(2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용)되었는바, 쟁점서식 중 “②당기익금산입액(②=(20))”이 삭제되었다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 외 다수, 같은 뜻임), 법인세법 시행규칙이 2007.3.30. 재정경제부령 제547호로 개정되면서 쟁점서식 중 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정에 포함되는 “②당기익금산입액(②=(20))”이 삭제되었고, 여기에서 ‘(20)’은 ‘당초 손금에 산입한 사업연도의 종료일부터 해당 사업연도 종료일까지 5년 이상된 준비금 미사용액’을 의미하며, 이러한 개정사항은 위 개정된 시행규칙의 부칙 제1조 및 제9조에 따라 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되도록 규정되어 있어 청구법인은 2008사업연도(2007.3.1.～2008.2.29.사업연도)부터 5년 내 미사용한 고유목적사업준비금 잔액을 다시 손금에 산입할 수 없음에도, 위 개정사항을 인지하지 못하여 2009사업연도 법인세 신고시 쟁점금액을 손금산입함에 따라 처분청이 청구법인에게 이 건 과소신고․납부불성실가산세를 포함하여 법인세를 부과한 것이므로, 이 건 가산세 부과처분이 부당하다거나 가산세 면제에 대한 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.