수정세금계산서를 교부받은 경우 당초세금계산서에 대한 매입세액불공제는 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1961.7.1. 개업하여 전기발전 공급사업을 영위하고 있는 법인으로, 1978.1.1.부터 총괄납부사업자로 승인받은 주된 사업장이며, 2009년 제1기 부가가치세 과세기간에 전력설비자재 매입처인 주식회사 OOO의 선급금 지급요청에 따라 동남으로부터 청구법인을 공급받는 자로 하여 공급가액 OOO의 세금계산서 3매(이하 “당초세금계산서”라 한다)를 교부받은 후, 2009.3.31. 당초세금계산서에 대하여 실지 공급받는 자를 청구법인의 종된 사업장으로 기재한 수정세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다)를 재차 교부받았으나, 당초세금계산서를 근거로 관련 매입세액을 공제하여 2009년 제1기 부가가치세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 공급받는 자를 종된 사업장으로 하는 수정세금계산서를 교부받았음에도 청구법인이 매입세액을 공제받은 것에 대하여 당초세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 OOO을 불공제하고, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고불성실가산세를 적용하여 2014.4.24. 청구법인에게 2009년 제1기 부가 가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 총괄납부사업자로서 2009년 제1기 부가가치세 예정신고기간에 수정세금계산서를 수취하였으나, 청구법인의 담당자 착오 및 전산시스템 오류로 종된 사업장을 주된 사업장으로 잘못 입력하여 청구법인의 매입처별 세금계산서 합계표를 사실과 다르게 작성․제출하였는바, 이는 조세회피의도가 없는 단순 업무착오로서 국고손실이 전혀 없고, 사업장이 둘 이상 있는 경우 사업의 관련성만 있으면 적법한 매입세액으로 보아 매입세액의 공제는 법인의 어느 곳에서나 가능함에도 불구하고 처분청이 매입세액을 불공제한 처분은 부당하고, 설령, 청구법인의 단순착오가 아닌 과실에 의한 신고로 보아 청구법인의 매입세액을 불공제하는 것이 정당하다고 하더라도 ‘세무신고에 명백한 오류가 있을 시 경정청구 기간이 경과한 경우에도 세무서장이 직권으로 세액을 경정할 수 있다’는 예규가 있고, 최근 납세자 권익확대를 위해 경정청구기한이 3년에서 5년으로 늘어난 세법 개정취지에 비추어 청구법인의 매입세액이 불공제 되더라도, 처분청은 청구법인의 종된 사업장 관할 세무서장에게 통보하여 종된 사업장의 매입세액을 공제하여야 한다.

(2) 수정세금계산서를 실지 거래내용에 의하여 정확하게 교부받았으나, 회계담당 직원의 단순착오로 인하여 청구법인 본점의 거래분을 지점의 거래분으로 잘못 작성하여 매입처별세금계산서 합계표를 관할 세무서장에게 제출한 경우 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에 해당된다고 판단한 조세심판원 결정OOO과 이 건은 매우 유사한 상황이므로 단순착오 및 거래사실이 확인되는 이 건의 경우도 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 부과처분을 취소하여야 한다.

(3) 청구법인은 안정적인 전력공급을 목적으로 설립된 공기업으로서 업무성격상 현재까지 단 한 건의 고의나 불성실 신고사례가 없었으며, 극히 정상적인 세무신고․납부는 물론 조세포탈이 없었으므로 청구법인에게 과세한 신고불성실가산세를 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 총괄납부사업자로 종된 사업장의 매입액을 주된 사업장의 매입액으로 단순 착오신고하였을 뿐 납부세액의 변동이 없으므로 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 주사업장총괄납부는 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 사업장별로 납부세액과 환급세액이 발생하는 경우 이를 통산하여 주된 사업장 관할 세무서장에게 일괄 납부할 수 있는 제도로 세액의 납부와 환급만 총괄할 뿐, 세금계산서 발급, 신고 및 결정․경정은 각 사업장 관할 세무서장이 하고, 종된 사업장의 매입에 대한 경정을 해당 세무서장에게 요청하는 것은 별론으로 하더라도 청구법인에 대하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제22조 제5항의 단서 규정에 의해 기재사항이 착오로 기재된 경우에 해당하므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세의 부과처분이 부당하다고 주장하나, 위 단서 규정은 상호 또는 사업자번호 기재 오류 등으로 거래사실이 확인되는 경우에 국한하여 적용할 사항으로 이 건과 같이 거래 자체가 없는 경우까지 확장하여 적용할 수 없고, 주사업장 총괄납부 승인을 받은 사업자가 주된 사업장 명의로 교부받은 세금계산서를 착오로 종된 사업장에서 부가가치세 신고한 경우에는 매입처별세금계산서합계표 불성실 가산세 적용대상이라는 국세청 예규OOO 및 총괄납부사업자가 사업장을 달리하여 신고․납부한 경우 신고불성실 가산세가 적용된다는 국세청 예규OOO에 비추어 청구법인에게 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고불성실가산세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인을 공급받는 자로 하는 당초세금계산서를 교부받았다가 종된 사업장을 공급받는 자로 하여 발급받은 수정세금계산서를 총괄납부사업자인 청구법인이 매입세액을 공제한 것에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고불성실가산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제4조(신고ㆍ납세지)

② 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다. 제17조(납부세액)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제22조(가산세)

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제70조의3(가산세)

④ 법 제22조 제4항 각 호 외의 부분 단서 및 제5항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.

(3) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의3(과소신고가산세)

① 납세자(부가가치세법제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제48조(가산세의 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2008.10.1.부터 2009.2.12.까지 3회에 걸쳐 매입처인 OOO과 전력설비자재를 공급받기로 하는 계약을 체결한 후, OOO의 선급금 지급요청에 의해 2009.1.28. 및 2009.2.19. 총 공급가액을 OOO으로 하고, 공급받는 자를 청구법인으로 하는 당초세금계산서를 교부받았다가, 2009.3.31. OOO으로부터 실제 자재를 공급받는 자를 청구법인의 종된 사업장으로 하는 수정세금계산서를 교부받았으나, 당초세금계산서에 의해 매입세액을 공제하고, 매입처별세금계산서합계표도 청구법인으로 하여 2009년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였으며, 수정세금계산서를 교부받은 종된 사업장은 신고를 누락한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 사업장이 둘 이상 있는 경우 사업의 관련성만 있으면 법인의 어느 사업장에서나 매입세액의 공제가 가능하고, 담당 직원의 단순착오 및 청구법인의 거래사실도 확인되므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고불성실가산세가 부당하다고 주장하나, 청구법인이 전력설비자재 매입처인 동남의 선급금 지급요청에 따라 2009.1.28. 및 2009.2.19. 당초세금계산서를 발급받았다가 동일 부가가치세 과세기간인 2009.3.31. 공급받는 자를 종된 사업장으로 하는 수정세금계산서를 발급받았음에도 당초세금계산서를 근거로 매입세액을 공제받았는바, 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 당초세금계산서에 의한 매입세액공제는 잘못이라 할 것이고, 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때는 납세자가 경정청구를 제기하여야 하므로 처분청이 청구법인의 종된 사업장 관할 세무서장에게 통보하여 종된 사업장의 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 면제받으려면 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되어야 하나, 청구법인이 제시하고 있는 매입처별세금계산서합계표의 오류발생 원인과 그에 대한 증빙자료가 구체적이지 아니하여 착오여부를 확인하기 어렵고, 이 건 전력설비자재 공급은 청구법인의 종된 사업장과 OOO 간의 거래로서 청구법인과의 거래가 아니므로 청구법인과의 거래사실이 확인되지 아니하여 청구법인에게 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하는 것이 타당하고, 설령 단순 착오라 하더라도 단순 착오는 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 신고불성실가산세를 부과한 처분도 적법하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 당초세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.