[요지] 법인세법 시행령 제2조 제2항은 고정자산을 처분일 현재 3년간 직접 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세소득으로 규정하고 있으므로, 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유 유무에 불구하고 처분청이 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음
[요지] 법인세법 시행령 제2조 제2항은 고정자산을 처분일 현재 3년간 직접 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세소득으로 규정하고 있으므로, 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유 유무에 불구하고 처분청이 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은평생교육법에 의하여 설립된 학교법인으로 1961.12.13.취득한 OOO 외 4필지에 소재한 청구법인 소유 토지(이하 ‘쟁점토지’라 한다)에 특성화 고교 신축을 위하여 OOO과 협의를 진행하던 중 쟁점토지가 국토해양부에 수용됨에 따라 2008년 OOO을 쟁점토지의 수용대금으로 받았음에도 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세 신고를 누락하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점토지를 단순히 시세차익을 위해 취득한 것이 아니고, 양도 또한 국가사업을 위해 OOO에 수용됨에 따라 발생한 것으로, 쟁점토지를 고유목적사업에 사용되지 않았다고 보더라도 쟁점토지는 청구법인이 OOO를 신축하기 위해 지방자치단체와 협의를 진행중이었으므로 불가피하게 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 이유가 있다.
(2) 처분청은 토지보상금이 입금된 이후 고유목적사업에 지출된 금액이 토지보상금 이상으로 발생하였음에도 불구하고 토지보상금이 정기예금에 예치되어 있다는 이유로 고유목적사업에 지출되지 않았다고 보고 부과처분을 하였으나,법인세법제29조 제2항에 의거 고유목적사업준비금은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 보며, 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다고 명시되어 있는바, 토지보상금이 비록 정기예금에 예치되어 있다고 할지라도 청구법인이 고유목적사업에 지출이 확인된 내용에 대해서는 손금산입을 하여야 할 것이며, 당해 사업연도 이후 고유목적사업에 사용한 금액일지라도 청구법인이 쟁점토지 양도대금을 고유목적사업에 사용할 것을 보장하는 객관적 정황이 존재하는 이 건의 경우 처분한 동일 사업연도에 고유목적사업에 사용하지 아니하였을지라도 손금산입이 되어야 하는 것이며, 청구법인은대학설립·운영 규정에 따라 수익용 기본재산에서 수익을 창출해야 했기 때문에 수익용 기본재산을 수용당하여 받은 토지 양도대금을 정기예금에 예치하여 수익을 낼 수밖에 없는 상황이었으며, 청구법인이 쟁점토지 양도대금을 정기예금에 예치시키지 않고 토지 양도대금이 입금되었던 보통예금계좌에서 그대로 지출하였더라면 고유목적사업에 사용한 것이 인정되어 과세되는 일은 발생하지 않았을 것이므로 단지 토지보상금을 정기예금에 예치하였다는 이유로 고유목적사업에 지출되지 않은 것으로 보아 과세 처분한 것은 부당하며, 청구법인이 재정운용을 활성화하기 위하여 수익용 기본재산의 매도 및 교환하는 과정에서 부과되는 과세로 오히려 기본재산이 감소되는 상황이 발생하며, 교사 신축 비용으로 사학진흥재단으로부터 융자받은 금액의 상환은 수익용 기본재산을 매각하여 상환하겠다고 장기차입허가를 받았으므로 융자금 상환에 사용한 금액은 고유목적사업준비금의 사용으로 보아 당초의 부과처분을 취소하여야 한다.
3. 심리 및 판단
① 수용된 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있으므로 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
② 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 쟁점토지 양도대금을 익년도 고유목적에 사용한 경우 과세대상인지 여부
(1) 처분청 심리자료에 의하여 확인되는 내역은 아래와 같다. (가) 쟁점토지의 수용내역 (나) 쟁점토지 수용보상금 운용내역
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은단순히 시세차익을 위해 쟁점토지를 취득한 것이 아니고, 국가사업을 위해 OOO에 수용됨에 따라 발생한 양도차익으로, 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 않았다고 보더라도 쟁점토지는 OOO를 신설하기 위하여 2003.7.10.부터 2008.5.20. 수용시까지 OOO과 협의를 진행하던 중 토지수용에 따라 불가피하게 고유목적사업에 직접 사용하지 못하였으며,법인세법 시행령제2조 제2항은 처분일 현재 3년간 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으면 일률적으로 법인세를 과세하도록 규정하고 있어 불합리하므로, 이를 합목적적으로 해석하여 비영리법인이 고유목적사업에 제공되지 못하였더라도 이에 대하여 정당한 사유가 있으면 고유목적사업에 사용한 것으로 간주하여 고정자산의 처분으로 인한 수입에 대하여 비과세를 하여야 할 것이며, 쟁점토지는 교육부에 청구법인의 기본재산으로 등록되어 고유목적사업 외의용도로 사용이 불가능하고, 양도대금은 청구법인의 고유목적사업에 사용되는 학교건물의 신축을 위해 사용된 부채의 상환에 사용되는 등 쟁점토지의 수용대금을고유목적사업에 사용하지 못한 정당한 이유가 있으므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다고 주장한다. (나) 이에 대하여 처분청은쟁점토지의 양도차익은 고유목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유 여부에도 불구하고 과세대상에 해당하는 것으로, 청구법인은 쟁점토지에 OOO를 신축하기 위하여 구리시 등과 협의를 진행하던 중 OOO에 수용됨에 따라 양도차익이 발생한 것으로 불가피하게 쟁점토지를 고유목적에 사용하지 못하였으므로 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하나,법인세법 시행령제2조 제2항은 고정자산을 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유 유무에 불구하고 처분일 현재 3년간 직접 고유목적사업에 사용하지 아니하였을 경우 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세(재법인46012-151, 2003.9.19.)하여야 하는 바, 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대,법인세법 시행령제2조 제2항에서 고정자산을 처분일 현재 3년간 직접 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세소득으로 규정하고 있으므로 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유의 유무에 불구하고 처분청이 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 토지보상금을 수령한 후 청구법인의 고유목적사업에 지출된 금액이 토지보상금을 초과하고,대학설립·운영 규정에 따라 수익용 기본재산에 대한 수익을 위하여 정기예금에 예치하였던바 아래와 같이 청구법인이 고유목적사업에 지출한 것이 확인된 것에 대하여는 손금산입을 하여야 한다고 주장한다.
1. 처분청으 쟁점토지 처분에 따른 양도차익 중 동일 사업연도에 청구법인의 목적사업에 사용된 금액 OOO에 대해서는 과세소득에서 제외하였으며, 토지보상금이 입금된 이후 고유목적사업에 지출된 금액이 토지보상금 이상으로 발생하였음에도 불구하고 토지보상금이 정기예금에 예치되어 있다는 이유로 고유목적사업에 지출되지 않았다고 보고 부과처분을 하였으나, 토지 보상금이 비록 정기예금에 예치되어 있다 하더라도법인세법제29조 제2항에 의거 고유목적사업준비금은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 보며, 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 청구법인에서 고유목적사업에 지출이 확인된 내용에 대해서는 손금산입을 하여야 할 것인바, 처분청에서동일 사업연도에 고유목적사업에 사용하지 않았다는 이유로 부과처분한 것은 실질과세원칙에 어긋나고 부당한 과세처분에 해당한다. <표> 토지보상금 고유목적사업 사용내역
2. 청구법인은수령한 양도대금을대학설립·운영규정에 따라 수익용기본재산에서 수익을 창출해야 했기 때문에 수익용 기본재산을 수용당하여 받은 토지양도대금을 정기예금에 예치하여 수익을 낼 수밖에 없는 상황이었으므로이를운용하여 수령한해지환급금 OOO을2009.12.24. 학교신축 및 시설공사 대금으로 차입한 OOO의 장기차입금상환에 사용하였는바,학교법인의 경우사립학교법에 의하여 엄격한 감독을 받고 있고 특히, 교육용 기본재산의 취득과 처분에 관하여는 관할청의 허가를 받도록 되어 있으며 이와 같은 사항을 위반할 경우에는 징역 또는 벌금 등의 형벌에 처할 수 있도록 벌칙규정을 두고 있어 학교법인이 교육용 기본재산의 처분대금을 감독청으로부터 지정받은 용도 이외의 용도에 사용한다는 것은 사실상 불가능하다 할 것이며, 청구법인이 법인세 신고시 쟁점토지 처분이익을 수익으로 신고하지 아니한 점, 쟁점토지와 같은 교육용 기본재산의 처분으로 인한 수입은 여타 수익사업과 같이 계속적으로 발생하는 소득이 아니라 일시적 또는 비반복적으로 발생하는 소득으로 장부의 비치, 기장의무가 면제되어 있는 점(법인세법제112조 단서 참조), 장부의 비치, 기장의무가 있는 순수한 수익사업이 없었던 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인은 수익사업회계는 존재하지 아니하고 비영리사업회계만 존재하는 것으로 오인하여 비영리사업회계에의 전입이라는 절차는 거칠 필요가 없었던 것으로 판단한 것일 뿐 쟁점토지 처분대금은 당초부터 고유목적사업(학교교사 건축대금 지급 등)에 사용할 목적으로 별도 관리하고 있었던 것이며, 청구법인이 쟁점토지 처분대금을 고유목적사업에 사용할 것을 보장하는 객관적 정황이 존재하는 이 건의 경우, 청구법인이 비록 세법에 무지하여 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득을 비영리사업회계에 전입하는 회계처리를 하지 아니하였더라도, 또한 쟁점토지를 처분한 2008사업연도 말까지 쟁점토지 처분대금을 고유목적사업에 사용하지 아니하였더라도 쟁점토지 처분소득을 2009사업연도에 고유목적사업에 사용한 사실이 확인되므로 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 2008사업연도에 OOO을 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 충실한 처분이라고 할 것이므로 당해연도에 고유목적사업에 사용하지 않았다는 이유로 한 과세처분은 부당하다.
3. 청구법인이 설치·운영하는 OOO의 경우 국가의 재정지원이 전무한 상태에서 재원을 충당하는 방법은 학교법인이 수익사업을 활성화시켜 많은 수익을 얻고, 이를 산하 대학에 법인전입금으로 전출시키는 것이나사립학교법제28조 제2항에서는 대학이 교육에 직접 사용하고 있는 학교법인의 부동산, 즉 교육용 부동산에 대하여는 매도, 담보, 등을 금지하거나 용도구분에 의한 비과세로 하여 보호하고 있지만, 수익사업에 이용되는 학교법인의 부동산, 즉 수익용 부동산에 대하여는 매도를 허용하거나 취득세, 재산세, 법인세 등을 과세하고 있기 때문에 청구법인의 경우 대학 운영에 어려움이 있으며, 수익증대 및 학교재정운용활성화의 방법으로 수익용 기본재산의 매도 및 교환하는 과정에서 부과되는 과세 때문에 오히려 기본재산이 줄어드는 상황이 발생하므로 법인세를 부과하는 것은 부당한 과세처분에 해당한다. 4)법인세법 시행령제99조2의 제3항 제2호에서 행정관청으로부터 허가·인가 등을 받은 경우에는 그 허가·인가 등을 받은 사업은 직접 사용한 자산으로 제외하도록 규정하고 있는바, 2008년도 수익용기본재산 일부가 도로로 수용되어 1차분의 매각대금(2008.5.20.) OOO이 보상되어 사학진흥재단의 융자금을 상환하려 했으나, 2차분 토지보상이 예정되어 있는 상황에서 보상이 완료된 후 관할청에 처분허가 절차를 거쳐야 했었기 때문에 바로 사용하기가 어려운 상황이었고, 2008년도 당시 사학진흥재단 융자금이자가 년 4.71%이고, 은행이자는 5.6% 이었기 때문에 상환이자의 부담을 줄일 수 있었고 또한 수익용 기본재산에 대하여 연간 3.5%의 소득(대학설립·운영규정 제7조 제3항)이 있어야 하며, 발생한 소득의 100분의 80이상에 해당하는 가액을 대학운영에 필요한 경비로 충당(대학설립·운영규정제8조 제1항)하여야 한다고 되어있어 상환 전까지라도 최소한 수익을 내고자 대학에 필요한 경비를 위한 수익창출 및 일시금으로 상환할 목적으로 예금으로 가지고 있다가 2차 도로 수용(2009.2.3.)보상금 OOO을 받았으며, 2009년도 당시OOO 융자금이자는 년 5.29%로 상승했고, 은행이자는 3.10%으로 낮아져 일시로 상환하는 것이 좋겠다는 판단을 하여 2009.12.15. 기본재산처분에 관한 이사회를 거쳐 도로수용 1차분과 도로수용 2차분을 더하여 2009.12.24. 총 융자금 잔액 OOO(상환금 중 도로수용금 합계 OOO)을 일시금으로 상환하게 되었는바, 2003년 목적사업에 필요한 건물 신축 비용으로 융자받은 금액의 상환은 수익용 기본재산을 매각하여 상환하겠다고 장기차입허가를 받았기 때문에 2008～2009년 보상받은 금액은 고유목적준비금의 설정으로 보아야 하며, 융자기간이 5년 거치 7년 균등분할상환(사업기간 2003～2015년)으로 사용한 금액은 고유목적사업준비금의 사용으로 인정하여 당초의 부과처분을 취소하여야 한다. (나) 이에 대하여 처분청은 아래에서 보는 바와 같이 청구법인이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 고유목적사업준비금을 미설정하였는바, 동 양도대금을 고유목적사업에 사용하였더라도 고유목적사업준비금 설정이 없었으므로 동 비용을 소급하여 손금에 산입할 수 없으며, 쟁점토지의 양도와 융자금 상환(고유목적에 사용) 사업연도가 상이하여 고유목적사업에 사용하였더라도 준비금을 설정하여 지출한 것으로 볼 수는 없어 당초 처분은 정당하다는 의견이다.
1. 청구법인은 쟁점토지의 양도대금이 입금된 이후 고유목적사업으로 지출된 금액이 양도대금 이상으로 발생하였음에도 정기예금에 예치되어 있다는 이유로 부과처분한 것은 실질과세원칙에 어긋나는 부당한 과세처분이라고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세 신고 누락 후 고유목적사업준비금을 설정하지 아니한 바, 이후 고유목적사업에 사용하였다 하더라도 고유목적사업준비금 적립없이 동 비용을 소급하여 손금에 산입할 수 없으며(법인세과-494, 2009.4.24. 외 다수), 다만,법인세법제29조 제2항에 따르면 고유목적사업준비금은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 보며 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 볼 수 있는바, 청구법인이 고유목적사업준비금을 미설정하였더라도 쟁점토지 양도대금이 입금된 후 정기예금으로 예치되기 전까지 당해연도에 고유목적사업에 사용한 OOO은 손금으로 인정가능하며, 양도대금이 입금된 이후 고유목적사업비로 지출한 금액은 처분청이 손금으로 인정한 OOO을 제외하면 청구법인의 주장과 같이 쟁점토지 양도대금을 고유목적사업에 사용한 것이 아니라 아래 <표>와 같이 기부금을 기부받아 사용한 것으로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. <표> 토지보상금 입금 및 사용 상세내역
2. 청구법인은 학교법인으로서 재산의 취득과 처분에 관하여는 사립학교법에 의하여 엄격한 감독을 받고 있으며 쟁점토지 처분대금은 당초부터 고유목적에 사용할 목적으로 별도관리하고 있었던 점 등 청구법인이 쟁점토지 양도대금을 고유목적사업에 사용할 것이라는 객관적 정황이 존재하므로 당해 사업연도 이후에 고유목적사업에 사용했을지라도 손금산입하는 것이 타당하다고 주장하나, 고유목적사업준비금은 반드시 회계처리를 통하여 손금으로 산입한 경우에 한하여 손금인정하는 결산조정사항으로 소급하여 설정할 수 없으며(법인세과-494, 2009.4.24.) 다만,법인세법제29조 제2항에 의거 고유목적사업준비금은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 보며 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 볼 수 있는바, 법인세 신고기한내에 고유목적사업준비금을 미설정하고 당해연도에 고유목적사업에 지출하지 아니한 청구법인의 경우 손금산입 할 수 없는 것으로 청구법인의 주장은 이유없다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 토지보상금이 정기예금에 예치되어 있다 할지라도 당해 금액 범위내에서 고유목적사업에 지출된 사실이 확인되거나 당해 사업연도 이후 고유목적 사업에 사용될 것이라는 객관적 정황이 존재하는 경우 손금에 산입하여야 하며, OOO의 융자금 상환은 고유목적사업준비금 설정 및 사용에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지의 양도차익을 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하였으므로 고유목적사업에 사용하였더라도 이를 손금에 산입할 수 없으며, 고유목적사업준비금은 회계처리를 통하여 손금으로 산입한 경우에 인정할 수 있는 결산조정사항으로 소급하여 설정할 수 없고, 쟁점토지 양도와 고유목적에 해당하는 융자금 상환의 사업연도가 상이하여 고유목적사업에 사용하였더라도 준비금을 설정하여 지출한 것으로 볼 수 없는바, 처분청이 쟁점토지의 양도차익 중 청구법인의 고유목적에 사용하지 아니한 OOO에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(2006.12.30. 개정)
4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액(2006.12.30. 법명개정)
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.
(2) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.(1998.12.31. 개정)
(3) 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지법인세법제29조의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업시설 안에서 동시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.(2006.12.30. 개정)
1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에 관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육 시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인(2003.12.30. 개정)