조세심판원 심판청구 양도소득세

취득세 과세표준을 기초로 산정한 가액을 취득당시 실지거래가액으로 보아 과세한 처분은 부당함

사건번호 조심-2014-서-3212 선고일 2014.09.30

청구인들이 법인으로부터 쟁점부동산을 취득하였다고 하나 청구인들은 개인으로서 취득세 신고 시 실지거래가액을 과세표준으로 신고하였다고 단정할 수 없고, 양도법인의 장부가액이 확인되지 아니하여 취득세 과세표준을 실지거래가액으로 보기 어려운 점 등에 비추어 취득가액을 환산가액으로 함이 타당함

주 문

OOO세무서장이 2013.12.10. 청구인들에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인들은 부부로서 경기도 OOO 대지 200㎡ 및 건물 562.92㎡ (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 각 2분의 1씩 OOO으로부터 1997.4.29. 매매로 취득하여 보유하다가 2011.8.23. 윤OOO, 김OOO에게 OOO원에 양도하고, 각 양도가액을 OOO원, 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 하여 양도차익을 계산한 후 양도소득세 OOO원을 각 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 실지조사 결과 쟁점부동산의 양도가액은 당초 신고한 OOO원으로, 취득가액은 쟁점부동산의 당초 취득세 등 과세표준액 OOO원에서 보유기간 중의 감가상각비 OOO원을 차감한 OOO원을 실지취득가액으로 보아 2013.

12.

10. 청구인들에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.2.13. 이의신청을 거쳐 2014.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장 처분청은 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호의 규정을 들어 청구인이 법인(OOO)으로부터 쟁점부동산을 매수하였기에 취득세를 기준으로 역산한 과세표준을 실지취득가액으로 보았으나, “판결문․법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 의하여 취득가액이 입증되는 취득”에 대하여만 사실상의 취득가액이 취득세 과세표준이 되는 것이며, 같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에서 법인장부란 법인이 작성한 원장․보조장․출납전표․결산서로 규정하고 있는바, 당초 매도자인 OOO으로부터 법인장부는 물론 매도와 관련한 일체의 사실관계나 증빙서류 등의 확인 없이 단순히 법인으로부터 취득하였다는 이유로 취득세 과세표준을 실지거래가액으로 봄은 부당하며, 당시 신고했던 과세표준금액은 오랜기간 경과로 인해 조회가 불가능하고 이에 따른 신고계약서 등 최소한의 증빙자료도 확인되지 아니하므로, 쟁점부동산의 취득가액은 환산가액으로 산정함이 타당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구인들이 1997.4.29. 쟁점부동산을 취득할 당시 지방세법제111조 제5항 제3호에 의하면, 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가액이 입증되는 취득은 같은 조 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액이 취득세 과세표준이 된다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점부동산을 법인인 성우신용협동조합으로부터 취득하였기 때문에 취득세 과세표준을 부동산 소재지 관할구청에 지방세법상 사실상의 취득가액으로 신고하였을 것이고 이 가액은 당사자 사이의 실지거래가액으로 추정되는 반면, 청구인들은 법인으로부터 취득하고 관할구청에 신고한 쟁점부동산의 취득세 과세표준금액이 실지취득가액이 아니라는 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구인들의 취득세 과세표준을 실지 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 취득세 등의 과세표준을 기초로 산정한 가액을 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
  • 나. 가목 본문의 경우로서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제7항에서 "대통령령 으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조제1항 및 동조제2항제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액,제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부등본과 청구인의 양도소득세신고서 등 심리자료에 의하면, 청구인들은 1997.4.29. 쟁점부동산을 OOO으로부터 각 1/2 지분으로 취득하였고, 2011.8.23. 윤OOO, 김OOO에게 각 1/ 2 지분 전부를 양도하면서 각 양도가액을 실지거래가액인 OOO원으로, 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 산정하여 양도소득세를 신고․납부한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 양도소득세 실지조사 과정에서 쟁점부동산 소재지 관할인 경기도 성남시 중원구청에 청구인들이부동산등기 특별조치법제3조에 의하여 신고한 검인계약서 사본과 취득세․등록세 과세표준에 대해 사실조회를 하였으나, 해당구청에서는 당해 검인계약서는 공공기록물 관리에 관한 법률 시행령제26조에 의해 보존기간 5년이 경과하여 보관되어 있지 아니하고(시민봉사과-5049, 2013.10.15.) 아래와 같이 취득세 및 등록세 납부세액만을 처분청에 회신(세무과-6350, 2013.10.14.)하였다. (이하 생략)

(3) 처분청의 양도소득세 조사종결보고서에 따르면, 처분청은 청구인들의 쟁점부동산에 대한 각 양도가액 OOO원은 취득자 등에게 확인한 바 적정한 것으로 확인되고, 각 취득가액은 경기도 OOO에서 확인한 취득세 OOO원, 등록세 OOO원을 당시의 세율(취득세 등 2.2%, 등록세 등 3.6%)로 환산하여 산정한 OOO원의 1/2인 OOO원에서 보유기간 중 감가상각비 OOO원을 차감한 OOO원을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정한 것으로 나타난다.

(4) 국세통합시스템(TIS) 전산자료에 따르면, 쟁점부동산의 전소유자였던 OOO은 1999.4.12. OOO으로 합병되면서 폐업신고하였는바, 처분청에서 합병법인인 OOO에 쟁점부동산의 1997.4.29. 거래가액 등 거래사실조회를 하였으며, 동 조합에서는 OOO은 폐쇄등기된 조합으로 요청내용은 본 조합과 관련이 없는 사안이고, 17년 전의 사실로 증빙내용이 없어 확인을 할 수 없습니다’라고 회신하였다.

(5) 청구인들은 쟁점부동산을 1997.4.29. 취득하여 개인사업자로서 부동산임대업을 영위하였으나, 2004년까지는 종합소득세 등을 추계신고하였고 2005년부터 최초로 기장하여 신고하였으며, 최초 기장한 2005년 당시 취득계약서를 분실하여 쟁점부동산의 중개업소 및 관할구청 등에 수소문하였으나 확인되지 아니하여 부득이 장부상 토지와 건물의 가액을 아래와 같이 기준시가(토지는 공시지가, 건물은 국세청 고시 기준시가)로 산정하여 장부상 가액을 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 계상한 후 건물분에 감가상각을 하였다고 소명하고 있다. (이하 생략)

(6) 청구인들은 불복청구 과정에서 직접 경기도 성남시 중원구청에 정보공개청구를 하여, 청구인들이 쟁점부동산의 취득과 관련하여 취득세 OOO원, 등록세 OOO원을 납부한 사실만 확인되고, 취득세를 신고 또는 부과징수하였는지와 취득세 신고서 및 계약서 등이 존재하는지에 대하여 보존연한 10년을 초과한 자료로써 현재 보관중이지 아니하며 요청내용에 대해 확인이 불가하다는 회신(2014.5.22. 정보공개청구, 접수번호 2527878)을 받은 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 검인계약서 등을 징취하지 못한 상태에서 취득세 등의 과세표준액을 기초로 산정한 가액을 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액으로 보았으나, 2006년 부동산 실거래가 신고제도가 도입되어지방세법이 취득세 등의 과세표준을 실거래가로 적용하는 것으로 개정되기 전에 신고된 금액은 검인계약서 등의 증빙이 확인되지 않는 한 실지거래가액으로 보기 어려운 점(조심 2009전3349, 2010.4.9., 같은 뜻임), 청구인들이 법인으로부터 쟁점부동산을 취득하였다고 하나 청구인들은 개인으로서 취득세 신고시 실지거래가액을 과세표준으로 신고하였다고 단정할 수 없고, 양도법인의 장부가액 등이 확인되지 아니하여 취득세 등의 과세표준을 실지거래가액으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건은 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보이므로 취득가액을 환산가액으로 함이 타당하다 할 것이며, 처분청이 취득세 등의 과세표준을 기초로 산정한 가액을 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)