원 판결에 따른 부가가치세 환급 결정을 하면서 그 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분을 부과제척기간이 도과된 이후에 이루어진 새로운 처분으로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 국심1998서0795

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2006.3.2. 설립된 전자부품 제조업 및 무역업을 영위하는 법인으로 2007.5.30. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 발행한 공급가액 OOO원의 영세율 세금계산서를 교부받아 2007년 제1기 부가가치세를 신고한 후, 2007.8.20. OOO로부터 공급가액 OOO원 및 세액 OOO원으로 기재된 수정세금계산서를 교부받아 2007.12.12. 당시 사업장 관할 OOO에게 2007년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급해달라는 경정청구서를 제출하였으나, 2008.1.4. OOO이 이를 거부하자 2008.7.29. 심판청구를 거쳐 2008.8.20. 제기한 부가가치세 경정청구거부처분 취소소송에서 경정청구거부처분을 취소하라는 대법원 확정판결(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결)을 받았다.
• 나. 처분청은 부가가치세 경정청구거부처분을 취소하라는 대법원 확정판결에 따라 2007년 제1기 부가가치세 OOO원 및 환급가산금 OOO원을 환급결정하고, 2007사업연도 법인세 소득금액 계산시 손금산입한 당해 부가가치세 OOO원을 손금불산입하여 2013.11.13. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.22. 이의신청을 거쳐 2014.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 OOO을 상대로 제기한 부가가치세 경정청구거부처분 취소사건에 대한 2009.10.14. OOO 판결 및 2013.10.17. 대법원 판결에는 부가가치세 경정청구거부처분을 취소하라는 판결내용만 있을 뿐이므로 처분청은 판결에 따라 부가가치세 경정청구거부처분의 취소만 해야 한다. 비록 쟁송과정 중에 과세표준의 증액사유를 발견하였다 하더라도 이미 제척기간이 만료된 이상 당해 판결 등의 내용과는 달리 새로운 처분을 하거나 증액 경정처분을 할 수 없는 것(대법원 2005.2.25. 선고 2004두11459 판결)이며, 이 건 법인세 부과처분은 부가가치세 경정청구거부처분을 취소하라는 대법원 판결 내용을 이행하는 ‘대상 처분’이 아닌 것이고 ‘부수적인 처분’도 아닌 것으로 당해 판결 내용을 과세관청이 이행하기 위한 처분이 아닌 별개의 새로운 증액경정처분이다. 결국, 처분청의 이 건 법인세 부과처분은 OOO 판결 주문에 표시되지 않은 부과처분으로 새로운 부과처분에 해당되는 것이어서 부당한 것(국심 98서795, 1999.3.3., 심사 양도98-8146, 1997.12.19. 참조)이며, 판결 확정일로부터 1년이 경과하기 전까지 경정·결정할 수 있다는 규정은 청구법인을 위하여 당해 판결·결정을 과세관청이 이행하기 위한 처분에 한정되는 것OOO이다. 특례제척기간이 제정된 이유는 과세처분에 대한 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결 등이 국세부과제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것이고, 여기에서 말하는 ‘판결’이란 그 판결에 따라 경정·결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안되는 판결, 즉 조세부과 처분이나 경정청구 거부처분에 대한 취소판결 등을 의미하는 것(대법원 2005.2.25. 선고 2004두11459 판결)으로 이 건 법인세 부과처분은 새로운 부과처분이고 부과제척기간 이후에 부과한 처분은 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제26조의2 제2항은 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 결정이나 판결에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정·결정까지 할 수 있다는 취지가 아님은 분명하나, 동 규정이 납세자에게 유리한 결정이나 판결만을 이행하여야 한다고 해석될 근거가 없으며, 동 규정의 취지는 부과권에 대한 제척기간은 징수권의 소멸시효와는 달리 그 기간의 중단이나 중지가 없으므로 과세관청이 불복에 대한 결정 또는 판결이 있는 후 그에 따라 다시 부과하려는 시점에 이미 제척기간이 도래하였다 하여 그 결정이나 판결의 결과에 따른 부과처분조차 할 수 없게 된다면 그 결정이나 판결은 무의미해질 것이므로 일정기간 예외를 두고자 한 것이다. 이 건 법인세 부과처분의 근거가 된 청구법인의 수정세금계산서 경정청구에 대한 거부처분은 매입세액불공제분 부가가치세와 그 부가가치세 상당액을 해당 사업연도 법인세 과세표준 계산시 손금산입한 세무조정이 연결된 동일 사안으로 당초 잘못된 처분의 내용을 바로 잡은 것에 해당하며, 이는 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분에 해당하는 것으로 봄이 타당하므로국세기본법제26조의2 제1항의 제척기간이 적용될 여지는 없기 때문에 이 건 법인세 과세처분이 부과제척기간 이후에 이루어진 새로운 처분이라고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 OOO 판결에 따른 부가가치세 환급 결정과 관련한 이 건 법인세 과세처분이 부과제척기간이 경과된 후에 이루어진 새로운 처분인지 여부
• 나. 관련 법률 국세기본법 제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가.소득세법제81조 제3항 제4호 나.법인세법제76조 제9항 제4호 다.부가가치세법제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,감사원법에 따른 심사청구 또는행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 국세통합전산망에 따르면, 청구법인은 OOO로부터 2007.5.30.공급가액 OOO원으로 기재된 영세율 세금계산서를 수취하여 2007.7.25. 2007년 제1기 귀속 부가가치세 확정신고를 하였으며, OOO이 실시한 OOO에 대한 부가가치세 환급 현지확인 결과, OOO가 신청법인에게 공급한 연료펌프생산설비가 영세율 대상이 아닌 것으로 확인됨에 따라 OOO는 2007.8.20. 당초 영세율 공급가액 OOO원을 공급대가로 보아 재차 공급가액 OOO원을 기재한 수정세금계산서를 청구법인에게 교부하였고, 청구법인은 2007.12.12. 수정세금계산서의 매입세액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서를 OOO에게 제출하였다. (나) 청구법인이 제기한 부가가치세 경정청구거부처분에 대한 취소소송에서 OOO은 2013.10.17. 위의 수정세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아 수정세금계산서의 매입세액을 청구법인에게 환급하도록 하는 내용의 판결(2010두12972)을 하였다. (다) 이에 대해 처분청은 해당 부가가치세를 청구법인에게 환급결정하고, 청구법인의 2007사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입한 부가가치세 상당액을 손금불산입하여 OOO 판결 선고일로부터 1년 이내인 2013.11.13. 청구법인에게 2007사업연도 법인세를 경정·고지하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은이 건 법인세 부과처분은 부가가치세 경정청구거부처분을 취소하라는 대법원 판결 내용을 이행하는 ‘대상 처분’이 아닌 것이고 ‘부수적인 처분’도 아닌 것으로서 당해 판결 내용을 과세관청이 이행하기 위한 처분이 아닌 별개의 새로운 증액경정처분이라고 주장하나, 이 건 법인세 부과처분의 근거가 된 청구법인의 부가가치세 환급결정과 당해 사업연도 법인세 소득금액 조정은 동일사안에 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것인바, 환급결정된 부가가치세 매입세액 상당액을 해당 사업연도의 손금으로 인정하여 법인세를 결정하였다가 이 건과 같이 부가가치세를 OOO의 판결에 의하여 환급결정하면서 그와 관련된 법인세를 경정하는 것은 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분에 해당한다 할 것이어서, 국세부과제척기간이 경과된 후에 이루어진 새로운 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.