청구법인의 연구·인력개발비가 세액공제 대상인지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2013.10.7. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO및 2010사업연도 법인세 OOO환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 증권업을 영위하는 청구법인은 2009사업연도(2009.4.1.∼2010.3.31.)에 기업부설연구소를 보유한 OOO주식회사(이하 “수탁업체”라 한다)에 차세대시스템 및 소액지급결제시스템을 구축하기 위하여 비용을 지출하였고, 수탁업체는 개발용역의 일부를 다른 업체(이하 “재수탁업체”라 한다)에 재위탁하고 그에 대한 비용 OOO(이하 “쟁점재위탁비용”이라 한다)을 지출하였다.
• 나. 청구법인은 2009사업연도에 지출한 연구․인력개발비 중 쟁점재위탁비용에 대하여 연구․인력개발비 세액공제를 하지 않고 법인세를 신고하였다가, 2013.6.30. 동 재위탁비용에 대한 세액공제를 추가하여 법인세 2009사업연도분 OOO및 2010사업연도분(이월공제) OOO환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 재수탁업체에 대한 연구·인력개발비 세액공제의 객관적인 증빙이 불충분하다는 이유로 2013.10.7. 청구법인에게 경정청구를 거부한다는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.27. 이의신청을 거쳐 2014.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 조세법률주의 원칙상 과세요건은 명확해야 하며 확장 또는 유추해석해서는 안 된다. ｢조세특례제한법 시행령｣(2009.8.6. 대통령령 제21676호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 나목에서 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐, 동 시행령 어디에도 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없는 바, 이에 불구하고 처분청이 ‘전담부서’에 대한 범위를 자의적으로 해석하는 것은 조세법률주의 원칙을 위반하는 확장 또는 유추해석에 해당한다. 또한, 조세특례의 엄격해석 또한 문리적 해석의 테두리 내에서 법문의 취지나 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 것인바, 재수탁업체에 대한 규율 여부가 법문에 없는 상황에서 이를 단정하여 조세특례를 배제할 것이 아니라 전체 법령의 취지를 감안하여 해석함이 타당하다. 관련 심판례에서 세액공제대상을 ‘연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁업체로 한정하고 있는 취지는 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데 있다’(조심 2011서1923 2011.6.8. 외 다수, 같은 뜻임)고 하고 있다. 즉, 청구법인은 그 취지에 따라 전담부서를 보유한 수탁업체의 기술력과 전문성을 신뢰하여 전산시스템 구축을 위탁한 것이므로 그 전문성은 용역결과물의 품질로서 담보된다고 할 것이며, 수탁업체가 효율적·효과적으로 용역수행을 위하여 재위탁 등의 다양한 방안을 모색하는데 대하여 청구법인이 수탁업체의 전문성에 관여할 수는 없는 것이다. 오히려 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달리 적용한다면 수탁업체의 전문성을 신뢰하여 연구개발용역을 위탁한 납세자에 대하여 조세특례규정 적용이 법적 불안정성에 놓이게 되고 예측가능성을 해치게 된다.

(2) 청구법인의 위탁연구개발비 중 수탁업체가 제3자에게 재위탁한 부분 내지 재수탁업체의 전담부서 유무에 대하여 처분청이 새로운 해석을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이다. 연구․인력개발비에 대한 세액공제(종전 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제)는 1981년에 신설된 후 현재까지 약 30여년 동안 계속 시행되어 온 제도인 바, 그간 기획재정부와 국세청에서는 ‘금융보험업을 영위하는 법인이 연구개발 전담부서를 보유한 기업에게 전산시스템 개발을 위탁함에 따른 비용은 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당 한다’는 일관된 유권해석(서면2팀-1480, 2007.8.9., 서면2팀-1779, 2005.11.4., 법인 -675, 2010.7.14. 외 다수)을 하였으나, 재수탁업체의 전담부서 유무에 따라 세액공제를 달리 적용한다는 일체의 언급이 없었다. 이에 청구법인 외 다수의 납세자는 수탁업체가 제3자에게 재위탁한 위탁연구개발비에 대하여 전담부서 유무에 상관없이 세액공제 대상인 것으로 신뢰하여 장기간 연구․인력개발비 세액공제를 적용하여 왔으며, 이에 대한 새로운 해석이 있다면, 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이 타당할 것이다. 그러므로 위의 유권해석에 반하여 재수탁업체의 전담부서에서 직접 위탁용역을 수행하여야 한다는 새로운 해석을 하는 것은 이를 믿은 국민의 신뢰를 침해하게 되며, ｢국세기본법｣상 신의칙 또는 비과세관행에 반하는 위법한 행위이다. 한편, 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ [별표 6] 제1호 나목은 ‘재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역’에 관한 비용을 세액공제대상에서 배제하였다. 그러나 청구법인은 개정 법령이 유효하게 적용되기 이전인 2009사업연도에 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁하였고, 동 시점에 재수탁업체의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있을 것이라고 예측하는 것은 무리가 있다. 따라서 청구법인의 2009사업연도 귀속분 연구․인력개발비 세액공제 대상여부를 판단할 때 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 위탁연구개발비를 세액공제대상에서 제외하는 것은 새로운 해석을 소급하여 적용하는 것으로 납세자의 예측가능성과 법적 안정성을 훼손하는 불합리한 처분이다.

(3) 연구개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있으며 이러한 원인때문에 내 국인의 기술개발활동이 위축되지 않도록 하기 위하여 ｢조세특례제한법｣에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제(종전 ｢조세감면규제법｣에 따른 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제)제도를 1981년에 신설하였으며, ｢조세특례제한법｣(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 제l항의 입법취지는 연구․인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있으므로(대법원 2002.1.22. 선고 2000두3115 판결, 같은 뜻임), 세액공제의 범위에 있어 비전담부서 수행업무에 대하여 세액공제를 적용하지 않는 것은 그 입법취지에 반하는 처분(서울고등법원 2014.7.22. 선고 2013누24787 판결, 서울행정법원 2013.5.3. 선고 2012구합32949 판결, 같은 뜻임)이며, 전담부서를 보유한 수탁업체에 위탁하는 이상 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 관계없이 세액공제를 적용하는 것이 그 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석이다. (4) 전담부서를 보유한 수탁업체를 통하여 연구 및 인력개발활동을 수행하는 한 수탁업체가 비전담부서에서 위탁용역을 수행한 경우와 연구개발용역의 효율성을 제고하기 위하여 전담부서 없는 재수탁업체로 하여금 위탁용역을 수행한 경우를 달리 취급할 합리적 이유가 없으므로(서울행법 2013.5.3. 선고 2012구합37920 판결 같은 뜻임) 전담부서 없는 재수탁업체가 용역을 수행하는 경우에도 세액공제 대상이다. (5) 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달리한다면 납세자는 위탁자에게 일일이 그 비용지출 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 확인하여 세액공제대상에서 차감할 의무를 부과하는 것으로, 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는 것이다. 청구법인은 전산시스템 개발용역의 품질을 관리하기 위하여 수탁업체로 하여금 개발업무에 참여하는 인원에 대하여 사전승인을 받도록 하는 등 위탁자로서 통제를 하고 있으나, 수탁업체가 재수탁업체에게 지급하는 재위탁의 대가 혹은 재수탁업체의 전담부서 보유여부 에 대하여 수탁업체는 청구법인에 보고할 의무가 없는 바, 현실적으로 수탁업체의 협조를 받지 않는 한 청구법인의 입장에서 이를 확인할 수 있는 방법은 없는 상황이다.

(6) 최근 대법원은 이 건 사안과 동일한 쟁점을 다툰 다수의 사례(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결 외 다수 판결)에 대하여 모두 납세자의 의견이 타당하다고(수탁업체의 재위탁 여부 및 재수탁업체의 전담부서 등 보유 여부와 관계없이 전담부서 등을 보유한 재수탁업체에 지급한 연구․인력개발비는 세액공제 대상에 해당함) 하였다. 또한, 과세관청은 이와 같은 대법원의 판결에 따라 동일한 쟁점으로 계류된 소송사건에 대해 직권으로 경정하고 소를 취하하였다. 즉, 이 건은 이미 대법원의 판결을 통해 수차례 확인되고, 국세청 또한 납세자의 주장이 옳다는 것을 인정하고 있는 것으로 이에 반하는 처분청의 처분은 취소되어야 마땅하다.

• 나. 처분청 의견 조세심판원의 다수의 결정이나 서울행정법원 판례에 따르면 위탁업체가 위탁한 연구개발용역 중 수탁업체가 재위탁한 부분이 있을 경우, 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용만을 세액공제 대상이 되는 것으로 판단 하고 있는 바, 청구법인의 경우 재수탁업체들의 전담부서나 연구소의 보유 여부를 판단할 수 있는 자료가 부족하므로 청구주장을 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 지급한 연구·인력개발비 중 수탁업체가 재수탁업체에게 지급한 재위탁비용이 그 재수탁업체의 연구전담부서 보유 여부에 관계없이 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비”라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
• 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율 (100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구 개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 소비성서비스업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다.

③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 “대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비”라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학

2. 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 ㉴산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원 ㉵국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업 ㉶산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 ㉷한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업

② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용

• 가. 위탁훈련비 (이하 각 호 생략) (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구 내용과 처분청의 경정청구 거부처분 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2013.6.30. 처분청에 연구·인력개발비 세액공제 관련 2009.4.1.∼2010.3.31.사업연도 및 2010.4.1.∼2011.3.31.사업연도 법인세 경정청구서를 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같다. 청구법인이 밝힌 경정청구 사유는 당초 2009사업연도 법인세 신고와 관련하여 연구·인력개발비 세액공제 신청시 재위탁업체 관련비용을 제외한 금액만을 반영하여 신청하였으나, 연구·인력개발비 세액공제 대상금액의 범위에 재위탁업체(전담부서 보유 여부 불문) 관련 비용(쟁점재 위탁비용)이 포함된다는 최근 법원 판결의 취지에 따라 청구법인 또한 쟁점재위탁비용OOO을 포함하여 신청한다고 되어 있다. (나) 처분청의 경정청구 거부 사유를 보면, 우리 원의 선결정례에서 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 연구·인력개발비를 세액공제 대상으로 명시하고 있어 전담부서가 없는 재위탁업체에 대한 세액공제는 해당되지 아니하는바, 이 건 청구법인에 재위탁업체의 전담부서 보유 여부 자료를 요청하였으나 제출되지 아니하여 검토 불가하므로 거부결정한다고 되어 있다.

(2) 청구법인은 위 <표1>과 같이 쟁점재위탁비용을 포함하였을 때 증가하는 연구․인력개발비 세액공제 OOO대하여 최저한세 적용으로 인하여 2009사업연도에 OOO2010사업연도에 OOO이월 공제되는 것으로 하여 2009사업연도와 2010사업연도에 경정청구를 하였으며, 처분청과 청구법인은 세액공제액의 계산 등에 대하여 다툼이 없다.

(3) 청구법인이 제출한 연구․인력개발비에 대한 2건의 계약서를 요약하면, 다음 <표2>와 같다.

(4) 청구법인으로부터 위 2건의 연구개발을 위탁받은 OOO등에 3개의 기업부설연구소를 보유하고 있음이 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서에 의하여 확인된다. 청구법인은 위탁한 연구개발에 대하여 수탁업체인 OOO다른 업체에 재위탁한 경우 재수탁업체가 연구소나 전담부서를 보유하였는지 여부에 관계없이 그 재위탁비용 전부를 세액공제 대상라고 주장하고, 처분청은 수탁업체가 재위탁한 비용 중에서 재수탁업체가 전담부서를 보유한 경우에 한하여 세액공제 대상이 되는데 청구법인의 경정청구 내용으로는 재수탁업체가 전담부서를 보유하였는지 여부를 확인할 수 없으므로 경정할 수 없다는 의견이다.

(5) 내국법인이 각 과세연도에 법인세에서 연구․인력개발비가 발생함에 따라 세액공제할 수 있는 연구․인력개발비에는 조세특례제한법제10조 제1항 제2호 가목에서 규정하는 ‘대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 연구․인력개발비’로서 같은 법 시행령 제9조 제3항 및 같은 법 시행령 별표 6 제1호 나목에 규정된 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 들고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 위 별표 6 제1호 나목 ①의 규정은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 위탁업체의 세액공제 여부가 달라진다고 규정하고 있지 아니한 점, 이 건 별표 6의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 기술개발용역을 위탁한 청구법인과 같은 수범자로서는 그 세액공제 여부가 재위탁 여부 또는 재수탁자의 전담부서 보유 여부에 따라 달라진다고 예측하기 어려운 점, ｢조세특례제한법｣ 제10조 제1항 의 입법취지는 연구․인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는데 있는 점(대법원 2002.1.22. 선고 2000두3115 판결, 같은 뜻임), 이 건에서 청구법인이 위탁한 차세대시스템 및 소액지급결제시스템 개발용역은 융합기술개발이 필요하여 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 그 일부를 재위탁하는 것이 불가피하면서도 효율적인 점 등에 비추어 청구법인이 별표 6의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 기술개발용역을 위탁한 이상, 재위탁이 이루어졌더라도 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 관계없이 그에 따른 비용도 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다 고 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 쟁점재위탁비용을 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.