[요지] 제출한 증빙만으로는 물류용역 매입이 전액 물류용역 매출에 대응되는 과세대상 매입세액이라고 볼 수 없고 청구법인의 무점포사업부는 공통매입세액과 관련된 사업부문의 구분계산이 가능한 것으로 보이므로 면세비율을 다시 조사하여 그 결과에 따라 매입세액을 공제하여 세액을 경정하는 것이 타당함
[요지] 제출한 증빙만으로는 물류용역 매입이 전액 물류용역 매출에 대응되는 과세대상 매입세액이라고 볼 수 없고 청구법인의 무점포사업부는 공통매입세액과 관련된 사업부문의 구분계산이 가능한 것으로 보이므로 면세비율을 다시 조사하여 그 결과에 따라 매입세액을 공제하여 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2014.1.21. 청구법인에게 한 경정청구에 대한 거부 처분은 2012년 제1기 부가가치세에 대하여 무점포사업부의 면세비율을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 매입세액을 공제하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인(주식회사 OOO 영위법인)은 2013.11.20. 2012년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고와 관련하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구[①물류비 매입세액 중 당초 면세관련 매입세액으로 불공제 신고하였던 매입세액 추가 공제분 OOO원, ②무점포사업부 면세비율 재계산으로 인한 매입세액 추가 공제분 OOO원(이상 제1기분), ③매입세액 반영 누락분 OOO원을 반영(제2기분)]를 처분청에 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 전국 67개의 슈퍼마켓과 4개 물류센터를 보유하고 제3자와 물류대행 계약을 체결하여 사업을 영위하는 법인으로, 물류센터의 사업내용은 납품업체로부터 입고된 상품을 청구법인의 지점사업장으로 배송하는 ‘물류대행업’과 상품을 취급점에 공급하는 ‘상품매매업’ 2종이며, 이 중 상품매매업에는 부가가치세 과세재화와 면세재화가 포함되어 있으나, 물류대행용역은 모두 부가가치세 과세용역이다. 청구법인의 협력업체는 청구법인과 제3자 물류대행계약을 체결한 물류업체에 상품을 일괄납품하고 청구법인에게 물류대행 수수료를 지급하며, 청구법인은 물류대행업체에게 청구법인의 지점에 상품을 분류/배송하게 하고 그 대가로 물류용역비용을 지급하고 있다. 2012년 제1기 부가가치세 신고시 물류대행 수입수수료에 대하여는전액 과세로 신고하였으나, 물류용역비용 지급에 따른 매입세액은 과·면세 공통매입세액으로 보아 면세비율에 따라 안분하여 일부 매입세액 불공제로 신고하였는바, 물류용역 구입에 따른 매입세액은 전액 물류용역 제공에 따른 매출세액에 대응되는 세액으로 공제대상 매입세액이므로 처분청이 이 부분 경정청구를 거부한 처분은 부당 하다.
(2) 청구법인의 사업형태는 일반 소매점포와 사업장이 없는 별도의 쇼핑몰로 구분되어 운영되고 있으며, 매출, 매입, 재고관리 및 제반경비지출을 개별 점포 및 사업부별로 구분하여 관리하고 있으나, 무점포사업부인 쇼핑몰의 경우 별도의 사업자등록을 하지 않고 본사 사업자 번호를 사용함에 따라 2012년 제1기 부가가치세 신고시 청구법인의 총매출액의 평균 면세비율(37.5%)로 안분하여 매입세액 불공제액을 산출하여 신고하였다. 국세청 예규(법규부가 2011-356, 2011.10.14., 서삼 46015-12080, 2002.12.4.)에 따르면, 수종의 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 관련된 사업부별로 매입세액구분이 가능하면 해당 사업부별로 구분하여 안분계산 하는 것으로 해석하고 있고, 청구법인의 무점포사업부 매출액은 다른 사업부와 구분되므로 무점포사업부의 면세비율(9.9%)을 적용하여 불공제 매입세액을 다시 산출하여 2012년 제1기 부가가치세를 경정하여야 한다.
(1) 청구법인은, 청구법인에게 상품을 공급하는 협력업체는 자기가 공급하는 상품을 물류센터까지 운송하고 물류센터에서 할인매장으로의 배송은 청구법인이 하며, 청구법인은 물류센터에서 지점매장으로 물류용역을 제공하는 대가로 협력업체로부터 물류수수료를 수취한 것이라고 주장하나, 청구법인과 물류용역 대행업체간에 체결한 계약서에 의하면, 청구법인이 제공받는 용역의 범위가 청구법인의 전국물류센터까지의 수송 및 청구법인이 지정하는 납품처로의 배송 등 관련된 모든 배송과 이에 부수되는 업무로 적시되어 있어 청구법인이 제공받는 물류용역과 제공하는 물류용역의 범위가 일치하는 것으로 보기 어려우며, 청구법인과 주식회사 OOO가 2012.3.22. 체결한 “경영제휴 계약서 추가 합의서”를 보면, OOO에게 직접 제공하는 직수입, PL, 제조상품 등의 대가 - 해당상품의 순매출액의 2%. 단, 해당상품의 물류위탁수수료는 없는 것으로 한다」라고 되어 있어, 물류용역비용 매입세액이 물류용역제공 매출세액과 1:1로 직접 대응된다고 볼 수 없으므로, 이 부분 경정청구를 거부한당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 주장하는 무점포사업부 면세비율 9.9%의 도출과정이 명확하지 않고, 공통매입세액의 안분계산은 사업장단위로 하는 것이 원칙인데(국세청 부가 1265.2-1215, 1982.5.12. 같은 뜻임), 청구법인의 무점포사업부는 별도의 사업자등록이 되어 있지 않아 별도의 사업장단위로 볼 수 없어 이 부분 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인의 물류용역 매입이 전액 물류용역 매출에 대응되는 것으로 보아 관련 매입세액이 공제대상이라는 청구주장의 당부
② 무점포사업부의 면세비율에 따라 해당 사업부의 부가가치세 매입세액 공제액을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청이 제출한 자료 등을 보면, 청구법인은 2013.11.20. 2012년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고와 관련하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구[①물류비 매입세액 중 당초 면세관련 매입세액으로 불공제 신고하였던 매입 세액 추가 공제분 OOO원, ②무점포 사업부 면세비율 재계산으로 인한 매입세액 추가 공제분 OOO원(이상 제1기분), ③매입세액 반영 누락분 OOO원을 반영(제2기분)]를처분청에 신청하였고, 처분청은 2014.1.21. 청구법인의 위 경정청구 ③에 대하여는 수용하고, ①·②에 대하여는 경정청구를 거부하는 통지를 청구법인에게 하였다. (2)처분청의 경정청구 검토보고서에 의하면, 청구법인의 2012년 제1기 및 제2기 부가가치세 경정청구에 대하여, 2012년 제2기분 경정청구는 수용하고, 제1기분 경정청구(위 ①, ②번 항목)에 대하여는 이 건 처분청의 답변내용과 같은 사유로 거부하였으며, 무점포사업부문 면세비율과 관련하여 청구법인이 ‘당초신고 공통매입세액 OOO원, 불공제매입세액 OOO원(37.5%) 중 불공제매입세액을 OOO원(9.9%)로 경정’을 요구한데 대하여, 처분청은 면세비율 9.9%의 산출근거가 명확하지 않다고 검토한 것으로 나타난다.
(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)청구법인은 2012년 제1기 중 4개 물류대행업체(OOO)로부터 물류용역 OOO원을 매입하여, OOO 등 협력업체에 물류용역 OOO만을 매출한 자료(세금계산서)를 제출하였다. (나) 청구법인(상호 변경전 주식회사 OOO)과 주식회사 OOO 사이에 체결된 물류대행 계약서에 의하면, 제2조에 물류대행 회사가 제공하는 물류대행은 “수탁자(물류대행업체)의 센터로 입고되는 위탁자(청구법인)의 제품을 수탁자가 인수한 이후부터 보관, 수탁자의 전국물류센터까지의 수송, 위탁자가 지정하는 납품처로의 배송 등에 관련되는 모든 수/배송과 기타 이에 부수되는 업무”로 정의하고, OOO은 “위탁자가 생산 또는 취급하는 제품전체”라고 규정하고 있으며, 반품은 원칙적으로 인정하지 않으나 위탁자의 요청이 있을 경우 반품업무를 진행한다고 하고 있다. (다) 청구법인과 주식회사 OOO가 2012.3.22. 체결한 “경영제휴 계약서 추가 합의서”에 의하면, OOO가 청구법인에게 직접 제공 하는 직수입, PL, 제조상품 등의 대가와 관련하여 해당상품의 순매출액의 2%의 수수료를 지급하되, “단, 해당상품의 물류위탁수수료는 없는 것으로 한다”라고 기재되어 있다. (라) 청구법인이 OOO 등 청구법인의 협력업체와 체결된 배송수수료 계약서(20건)에 의하면, 상품별 매입금액에 대한 수수료율(1.0%～7.5%)을 정하여 계약을 체결하였으나, 제공하는 운송용역의 종류와 범위는 나타나지 않는다. (마) 살피건대, 청구법인은 매입한 물류용역이 전액 물류용역 매출에 대응되는 비용이라고 주장하나, 청구법인이 물류대행회사와 체결한 물류대행 계약서에 의하면 운송대상 품목으로 청구법인이 협력업체로부터 매입한 상품뿐만 아니라 청구법인이 자체 생산한 제품도 포함하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인과주식회사 OOO 사이에 체결된 “경영제휴 계약서 추가 합의서”에 의하면 청구법인이 별도의 물류위탁수수료는 받지 않는 것으로 계약한 점 등으로 보아 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청의 이 부분 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 무점포사업부의 총 매출액 및 면세매출 비율을 확인할 증빙으로 사업부별 재무상태표 및 손익계산서를 제출하였으며 이에 의하면 사업부별 매출액 및 매입액이 구분기재 되어 있다. (나)살피건대, 여러 개의 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 관련된 사업부별로 매입세액 구분이 가능하면 해당 사업부별로 구분하여 안분계산 하는 것이 타당하다 할 것인바, 청구법인이 제출한 재무제표와 손익계산서상 사업부별 매출액 및 매입액이 구분되는 점 등으로 보아 사업부별 면세비율을 산정하는 것이 가능한 것으로 보이므로, 2012년 제1기 부가가치세 과세표준 중 무점포사업부의 면세비율을 다시 확인하여 그 결과에 따라 해당 매입세액을 공제하여 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별 지> 관련 법령
(1) 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
③ 제1항을 적용할 때 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액 전 사업장의 총공급가액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2.총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.