과세기간을 경과하여 교부받은 전자세금계산서에 의하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 사업장에서 OOO라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자로서, 동 사업장 제1층 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO(이하 “공급법인”이라 한다)로부터 매입하고, 건물분 공급가액 OOO과 관련하여 공급일자가 OOO인 수기세금계산서(이하 “쟁점수기세금계산서”라 한다)와 공급일자는 OOO이나 OOO 발급된 전자세금 계산서(이하 “쟁점전자세금계산서”라 한다)를 이중으로 교부받아 2 012년 제2기 부가가치세를 신고․환급 받았
• 다. 나. 처분청은 OOO세무서장으로부터 통보받은 과세자료에 의하여 OOO 발급된 쟁점전자세금계산서를 과세기간이 경과하여 교부받은 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, OOO 청구인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다(쟁점수기세금계산서는 심판청구시 제출된 세금계산서임).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점부동산의 잔금 지급과 동시에 거래처로부터 수기로 영수증, 쟁점수기세금계산서와 매입계산서를 발급받아, OOO 2012년 제2기 확정 부가가치세를 신고하여 환급을 받았으며, 공급법인 에서도 동 기간에 부가가치세를 신고․납부한 후에 전자세금계산서 미발급에 대하여 가산세를 적용해서 수정신고하였다. (2) 처분청으로부터 과세자료 안내문을 받고 거래처에 사실관계를 확인한 결과 공급법인에서 당시 실무자인 OOO 이사(분양현장 책임자)가 잔금일자에 쟁점수기세금계산서를 발급한 사실은 맞는데 본인이 전자세금계산서 발행․전송을 하는데 미숙하여 OOO 자에 다시 쟁점전자세금계산서를 발행 및 전송하면서 문제가 발생되었다는 사실을 알게 되었으나, 이는 거래처에서 업무미숙으로 동일 건에 대하여 이중으로 세금계산서를 발행하였음이 확인되고 있는바, 청구인은 공급법인에서 발행한 쟁점수기세금계산서를 받아 신고기한 내에 적법하게 신고하였고, 쟁점수기세금계산서와 쟁점전자세금계산서를 가지고 부가가치세 신고안내 창구에서 문의한바 매입처별세금계산서합계표 상 전자세금계산서 발급받은분에 기재하여야 한다고 하여 해당란에 기재하였으므로 매입세액 공제가 적법하다. (3) 부가가치세법 시행령제75조 제5호에 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에는 매입세액을 공제해 주도록 규정하고 있으며, 쟁점부동산의 매입도 등기부등본에 의하여 확인되므로, 청구인이 쟁점부동산을 취득하고 공급법인으로부터 적법하게 작성된 쟁점수기세금계산서를 받고 신고기한 내에 신고하였으므로 매입세액 공제는 정당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점수기세금계산서는 소급작성되었고 쟁점전자세금계산서가 실제 세금계산서이며, 과세기간을 경과하여 발급되었으므로 매입세액을 부인한 당초 처분은 정당하다. (1) 청구인은 2012년 제2기 부가가치세 확정신고 시 쟁점부동산 매입 관련 세금계산서를 매입처별세금계산서합계표(갑) 상 전자세금계산서 발급받은분으로 신고하였다. (2) 공급법인의 2012년 제2기 부가가치세 확정신고 시 청구인에게 발급한 세금계산서를 매출처별세금계산서합계표(갑) 상 전자세금계산서 발급분으로 신고하였고, 그 외의 세금계산서도 전자세금계산서 발급분으로 신고하였다. (3) 공급법인은 쟁점부동산 거래와 관련하여 전자세금계산서를 잘못 발급하였음을 인정하고 OOO. 부가가치세 수정신고를 하고 납부하였다. (4) OOO 청구인에게 부가가치세 해명자료 제출안내 시 과세기간 경과 후 수취한 쟁점전자세금계산서에 대하여 소명요구를 하였으나 기한 내 소명하지 아니하였다.

• 가. 쟁 점 쟁점수기세금계산서를 부인하고, 과세기간을 경과하여 교부받은 쟁점전자세금계산서에 의하여 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 공급일자를 OOO, 공급자를 공급법인으로 하는 쟁점전자세금계산서를 OOO 청구인의 OOO로 수령한 것이 확인된다. (2) 공급법인 관할세무서로부터 2012년 제2기 전자세금계산서 가산세 과소신고 자료가 생성되자, 공급법인은 세금계산서미발급가산세를 적용하여 수정신고를 하였고, OOO세무서장은 과세기간을 경과하여 발급한 쟁점전자세금계산서를 OOO. 처분청에 과세자료로 파생하였다. (3) 처분청은 OOO 청구인에게 쟁점전자세금계산서에 대하여 부가가치세 해명자료 제출을 안내하였으나 청구인은 제출하지 않았다. (4) 청구인은 2012년 제2기 부가가치세 확정신고 시 제출한 매입처별 세금계산서합계표(갑) 상에 쟁점부동산 매입과 관련한 세금계산서를 전자세금계산서 발급받은분으로 신고하였다. (5) 공급법인은 2012년 제2기 부가가치세 확정 신고 시 제출한 매출 처별세금계산서합계표(갑) 상에 모든 세금계산서를 전자 발급한 것으로 신고하였고, 그 이전 과세기간에도 모든 세금계산서를 전자 발급한 것으로 확인된다. (6) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 적법하게 발급된 쟁점수기세금계산서에 의하여 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 공급법인은 전자세금계산서 발급 의무가 있고, 이미 발급한 세금계산서도 모두 전자로 발급하였으며, 인터넷이 가능한 어디서나 OOO로 사이트에 접속하여 손쉽게 전자세금계산서를 발급하고 공급받은자의 OOO로 전송 및 출력이 가능하여, 청구인이 굳이 수기세금계산서를 발급받을 이유가 없는 점, 공인인증서를 분실 하였다 하더라도 인터넷이 가능한 곳이면 공인인증서를 즉시 발급 받을 수 있는 점, 청구인의 주장대로 쟁점수기세금계산서에 의하여 관련 매입세액을 적법하게 공제받았다면 처분청의 과세자료 소명안내 및 과세예고통지 등의 과정에서 쟁점수기세금계산서가 있음을 소명하였어야 하나 이에 대한 해명이 없었던 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.