매입세액이 불공제된 공통매입세액을 필요경비에 가산할 항목 내지 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
매입세액이 불공제된 공통매입세액을 필요경비에 가산할 항목 내지 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2013.11.1. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO(이의신청결정에서 OOO감액경정됨)의 부과처분은,
1. OOO세무서장이 공통매입세액 중 면세분 매입세액으로 불공제한 청구인에 대한 2006년 제1기 부가가치세 매입세액 불공제분 OOO대 334.2㎡ 지상의 오피스텔건물 1,486.58㎡의 필요경비에 가산할 항목 또는 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 2010.4.10. 쟁점지분을 OOO에게 양도하고 양도소득세를 신고하면서 당시 쟁점오피스텔 임대를 부가가치세 과세대상으로 하여 아래 <표1>과 같이 쟁점오피스텔 신축 및 증축 대금에 대한 부가가치세를 환급받았기 때문에 이를 취득원가에서 제외하여 신고하였으나, 그 후 OOO세무서장이 쟁점오피스텔을 주택으로 소급 재분류하여 기환급하였던 부가가치세를 환수하였으므로 매입세액 합계 OOO중 청구인 지분(1/2)에 해당하는 OOO을 취득가액에 가산함이 타당한바, 위 OOO중 증축시 면세부인액 OOO1/2(청구인 소유지분) 금액인 OOO이의신청결정에서 필요경비로 추가 인정되었으나, 이 뿐만 아니라 공통매입세액 부인액 OOO1/2(청구인 소유지분)인 OOO포함하여 나머지 OOO1/2(청구인 소유지분)인 OOO에서 위 OOO제외한 OOO신축시 매입세액(표2) OOO1/2(청구인 소유지분)인 OOO역시 필요경비에 산입되어야 한다.
(2) 처분청은 OOO세무서장이 쟁점오피스텔에 대하여 2006.12.22.부터 면세전용이 이루어진 것으로 보아 재화의 간주공급으로 부가가치세를 결정하였기 때문에 필요경비에 해당하지 아니한다는 입장이나, 면세전용은 신축 후 세입자가 주택으로 입주한 2001.9.28.부터 이미 이루어진 것이므로 신축‧증축에 대한 부가가치세는 국세기본법상의 실질과세원칙에 따라 취득원가에 포함되어야 한다. 즉, 쟁점오피스텔은 등기부상 신축일에는 그 용도가 교육연구 및 복지시설로 되어 있었고, 증축한 후에는 업무시설 오피스텔로 용도변경하였으나 신축일부터 주택으로밖에 임대가 되지 아니하는 위치에 있었기 때문에 계속 주택으로 임대하여 왔으며, 2001년부터 2006년까지 상수도요금 납부내역을 보면 청구인은 쟁점오피스텔에 전입신고한 49세대 입주현황을 확인받아 수도사업소에 제출한 후 주거용으로 인정받아 수도요금을 주택용으로 하여 업무시설보다 적게 납부하여 왔고, 특히, 쟁점오피스텔에는 임대하는 방 48개를 전부 주택으로 사용하였으며 사업자등록을 한 세입자가 없는데 2006.12.22. 일시에 면세전용하였다는 것은 현실적으로 불가능한바, OOO세무서장이 임의로 면세전용일자를 2006.12.22.로 정하여 경정한 것에 불과하다.
(1) 청구인은 쟁점오피스텔 신축 및 증축과 관련하여 발생한 매입세액이 모두 불공제되었으므로 불공제된 매입세액에서 이의신청 결정에서 필요경비로 인정받은 금액을 제외한 나머지 금액도 쟁점지분 양도소득세 계산시 취득원가에 가산(필요경비에 산입)해야 한다고 주장하나 아래 <표3>에서 보는 바와 같이 청구인이 주장하는 불공제된 매입세액과 실제 불공제된 매입세액에는 차이가 있다. 위와 같이 OOO세무서장이 면세사업에 관련된 매입세액으로 불공제한 금액은 OOO천원이고 위 금액 중 OOO천원은 이의신청 결정에 따라 쟁점지분 취득원가로 인정되어 양도차익 계산시 필요경비로 인정받았으므로 청구주장이 인정된다고 하더라도 필요경비로 인정받을 수 있는(취득원가에 가산할 수 있는) 금액은 OOO중 청구인 지분(2분의1)에 해당하는 OOO불과하다. 그러나, 위 OOO천원은 공통매입세액에 해당하는 것으로서 그 매입이 쟁점오피스텔 취득원가에 가산할 항목 내지 자본적 지출에 해당한다고 볼 아무런 근거가 없으므로 청구주장은 이유없다.
(2) 뿐만 아니라, OOO세무서장은 2006년 8월 부가가치세 환급 현지확인을 실시한 결과 쟁점오피스텔이 주거용으로 이용되고 있는 사실을 확인하고 청구인과 OOO에게 2006년 제2기 부가가치세 OOO천원을 경정하여 고지하였는바, OOO세무서장의 위 부가가치세 경정은 청구인 등이 공제받은 매입세액을 부인한 것이 아니라 부가가치세법 제10조 에 따른 “재화의 공급”으로 보아 과세한 것으로서 매출세액에 해당하므로 이는 양도차익 계산시 필요경비에 산입할 수 없다.
(1) 청구인은 2001.1.5. OOO소유지분 각 2분의1씩 공동으로 쟁점토지①을 취득하고, 2001.9.28. OOO소유지분 각 2분의1씩 공동으로 쟁점토지① 지상에 쟁점오피스텔을 신축하였으며, 2002.1.8. OOO소유지분 각 2분의1씩 공동으로 쟁점토지①의 연접토지인 쟁점토지② 및 이 건 주택을 취득하고, 2003.4.28. 쟁점토지② 지상에 있던 이 건 주택을 철거‧멸실한 다음 그 지상에 쟁점오피스텔 증축공사를 실시(사용승일일 2006.7.7., 증축면적 437.25㎡)하였다.
(2) 청구인은 2010.4.10. 쟁점부동산에 대한 청구인 소유지분(쟁점지분)을 OOO에게 양도하고 2010.6.28. 쟁점지분 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액은 OOO취득가액은 OOO(이 건 주택 취득가액 OOO포함), 필요경비 OOO양도차익 OOO장기보유특별공제 OOO양도소득금액 OOO으로 신고하였다.
(3) 처분청은 2013.6.19.부터 2013.7.8.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과 청구인이 2001.1.5. OOO와 공동으로 부가가치세 과세사업자(부동산임대)로 등록한 다음 쟁점오피스텔 신축 및 증축에 관련된 부가가치세 매입세액을 공제받았으나, OOO세무서장의 부가가치세 환급 현지확인 결과 쟁점오피스텔이 부가가치세가 면제되는 주택임대사업에 전용되어 쟁점지분 양도가 1세대 2주택자의 주택 양도로서 장기보유특별공제 배제대상인 사실을 확인한 것으로 나타나며, 이에 따라, ① 장기보유특별공제액 OOO 부인하고, ② 2003.4.28. 멸실된 이 건 주택 취득가액 OOO은 쟁점지분 양도가액에 직접 대응하는 필요경비에서 배제하였으며, ③ 사업소득금액 계산시 필요경비에 산입한 감가상각비 OOO을 양도가액에서 공제할 필요경비에서 차감하고, ④ OOO세무서장의 부가가치세 환급 현지확인 결과 면세사업(주택임대)에 관련된 매입세액으로 불공제된 금액(2006년 제2기, 2007년 제2기, 2009년 제2기 부가가치세 신고시 공제받은 매입세액으로서, 2011년 10월 OOO세무서장에 대한 OOO종합감사 결과 매입세액 불공제로 경정된 것임) 중 자본적 지출에 관련된 매입세액 OOO천원을 취득가액으로 추인하는 등으로 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO경정‧고지하였다.
(4) 청구인은 멸실된 이 건 주택의 취득가액 OOO및 쟁점오피스텔 증축공사와 관련하여 OOO세무서장이 면세전용이라 하여 환수한 부가가치세는 쟁점오피스텔의 필요경비에 포함되어야 한다고 주장하면서 2014.1.28. 이의신청을 제기하였고, 이에 대하여 처분청은 2014.2.13. OOO감액경정하였는바, 이의신청 결정의 구체적인 내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점토지②와 이 건 주택을 취득할 당시부터 이 건 주택을 철거한 다음 쟁점토지② 지상에 쟁점오피스텔을 증축하려는 목적이었음이 인정되므로 2003.4.28. 멸실된 이 건 주택 취득가액 OOO청구인 지분(2분의1)인 OOO쟁점오피스텔의 필요경비로 인정한다. (나) 청구인과 OOO2006.12.22. 쟁점오피스텔을 주택으로 면세전용한 것으로 보아 OOO세무서장이 매입세액 불공제한 ㈀ 2005년 제2기 부가가치세 매입세액 불공제분 OOO㈁ 2006년 제1기 부가가치세 매입세액 불공제분 OOO㈂ 2006년 제2기 부가가치세 매입세액 불공제분 OOO합계 OOO쟁점오피스텔의 자본적 지출액에 해당한다고 볼 것이므로 청구인 지분(2분의1)인 OOO쟁점오피스텔의 필요경비로 인정한다. (다) 청구인과 OOO2006.12.22. 쟁점오피스텔을 주택으로 면세전용한 것으로 보아 OOO세무서장이 공통매입세액 중 면세분 매입세액으로 불공제한 2006년 제1기 부가가치세 매입세액 불공제분 OOO쟁점오피스텔의 자본적 지출액에 해당한다고 볼 근거가 없으므로 쟁점오피스텔의 필요경비에 해당하는 것으로 보기 어렵다.
(5) 청구인은 이의신청에 불복하여 ① 쟁점오피스텔 “신축” 관련 매입세액 및 “증축” 관련 매입세액이 실제 매입세액불공제되지 아니하였다 하더라도 OOO세무서장이 면세전용결정하였으므로 전부 쟁점오피스텔 양도소득세 필요경비에 포함되어야 하며, ② 이의신청결정에서 필요경비로 인정되지 아니한 2006년 제1기 매입세액 불공제액 OOO천원도 쟁점오피스텔 양도소득세 필요경비에 포함되어야 한다고 주장하면서 이 건 심판청구를 제기하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점오피스텔이 그 취득일인 2001.9.28.부터 실질적으로 면세전용되었다고 하면서 쟁점오피스텔에 대한 부가가치세 신고매입세액 OOO중 청구인 지분(2분의1)에 해당하는 OOO양도소득세 양도차익 산정시 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장하나, 쟁점오피스텔이 2001.9.28.부터 실질적으로 면세전용되었다는 주장과 관련된 구체적인 증빙 제시가 미흡해 보이고, 취득가액은 자산의 취득에 실제 소요된 비용을 말하는 것으로서 자산의 취득과 관련하여 부담한 부가가치세 중 실제 공제받지 못한 매입세액만 양도차액 산정시 취득가액에 포함될 수 있다고 할 것인바, 이 건의 경우 실제 매입세액불공제된 금액은 신고매입세액 OOO원 중 일부인 OOO이고, 그 중 공통매입세액 OOO제외한 OOO이의신청결정에서 이미 필요경비로 인정된바 있으므로, 신고매입세액 OOO중 실제 매입세액불공제되지 아니하고 필요경비로도 인정되지 아니한 OOO제외한 나머지 금액은 취득가액으로 인정하기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 위의 필요경비로 인정되지 아니한 OOO관련하여 살피건대, OOO세무서장의 “부가가치세 경정결의서”에 의하면 OOO세무서장이 면세전용이라 하여 경정결정한 2006년 제1기 부가가치세 매입세액 부분은 “매입세액 불공제”라고 기재되어 있고, 처분청은 전심절차인 이의신청결정에서 OOO세무서장이 매입세액불공제한 OOO천원[2006년 제1기 부가가치세 매입세액불공제액 OOO중 청구인 지분(2분의1) 해당 금액]이 공통매입세액에 해당하는 것으로서 그 매입이 쟁점오피스텔 취득원가에 가산할 항목 내지 자본적 지출에 해당한다고 보기 어렵다고 하여 양도소득세 필요경비 산입에서 배제하였으나 그 근거가 명확하지 아니하고 그 외 매입세액불공제액에 대해서는 모두 필요경비로 인정한 점 등에 비추어, 2006년 제1기 부가가치세 매입세액불공제액 OOO중 청구인 지분(2분의1) 해당 금액 OOO천원의 매입이 쟁점오피스텔 필요경비에 가산할 항목 내지 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사할 필요가 있어 보인다. 따라서, 처분청이 양도소득세 필요경비 산입에서 배제한 OOO천원이 쟁점오피스텔 필요경비에 가산할 항목 또는 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 일부개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 일부개정되기 전의 것) 제6조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.
② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. (3) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 일부개정되기 전의 것) 제14조(재화공급의 범위) ① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 현금판매·외상판매·할부판매·장기할부판매·조건부 및 기한부판매·위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것
2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화에 공작을 가하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 의하여 재화를 인도하는 것
3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것
4. 경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것
결정 내용은 붙임과 같습니다.