비상장법인이 코스닥시장에 상장된 후 그 주식을 양도한 경우 대주주 판단기준일이 직전 사업연도 종료일에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2010.12.31. 현재 비상장법인인 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 357,200주(지분율 4.123%)를 보유하고 있었고, 청구인의 친족인 이OOO(청구인의 동생인 이OOO의 배우자)는 80,000주(지분율 0.923%)를 보유하고 있었다(청구인과 이OOO의 2010.12.31. 현재 주식보유율은 5.046%이고, 이하 청구인과 이OOO를 합하여 “청구인등”이라 한다). 한편, 청구인은 2011.1.23. 쟁점법인의 주식 100,000주를 양도하였고, 이에 대한 양도소득세를 2011.3.28. 신고․납부하였으며, 쟁점법인은 2011.1.26. 협회등록(코스닥상장)되었고, 코스닥상장 후인 2011.1.28. 청구인은 쟁점법인 주식 257,200주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 장내에서 양도하면서, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주식을 양도한 쟁점법인의 직전 사업연도 종료일(2010.12.31.) 현재 청구인등의 주식보유율이 5%를 넘으므로 청구인 등이 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에 규정한 대주주에 해당하여 청구인의 쟁점주식 양도가 양도소득세 과세대상인 것으로 보아 2014.1.9. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.3.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식의 양도는 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 양도소득의 범위에 해당하지 않는바, 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일에 쟁점법인은 비상장법인이었으므로 상장법인의 주식 양도를 규정한 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 의 ‘직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 합계액’이라는 개념이 있을 수 없기 때문에 이 건 양도소득세 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제94조 및 같은 법 시행령 제157조 규정에 코스닥시장상장법인의 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 그와 국세기본법 시행령제20조에 따른 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 5 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주가 양도로 발생하는 소득을 양도소득세 과세대상으로 하고 있으므로 이 건 양도소득세 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 비상장법인이 코스닥시장에 상장된 후 그 주식을 양도하는 경우 대주주 판단기준일이 직전 사업연도 종료일이 아닌 코스닥시장 상장일이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2012.1.1. 법률 제10900호로 일부개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 (2) 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 일부개정되기 전의 것) 제157조【대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제20조 에 따른 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다)이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 100억원(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 (3) 국세기본법 시행령(2012.1.6. 대통령령 제23488호로 일부개정되기 전의 것) 제20조【친족, 그 밖의 특수관계인의 범위】법 제39조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 친족이나 그 밖의 특수관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원(이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)이 결혼한 여성이면 제9호부터 제13호까지의 경우를 제외하고는 그 남편과의 관계에 따른다.

1. 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 아내

2. 3촌 이내의 부계혈족의 남편 및 자녀

3. 3촌 이내의 모계혈족과 그 배우자 및 자녀

4. 아내의 2촌 이내의 부계혈족 및 그 배우자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 양도소득세 조사복명서(2013년 9월)에 의하면, 아래 <표>와 같이 쟁점법인의 직전사업연도 종료일 현재 청구인등이 쟁점법인의 주식 437,200주(지분율 5.046%)를 소유하고 있어 대주주에 해당된다고 기재되어 있다.

○○○

(2) 청구인이 쟁점주식에 대한 대주주 판단기준일이 직전 사업연도가 아닌 코스닥시장 상장일이라고 주장하면서 제시한 주요 논거는 다음과 같다. (가) 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 위임을 받은 같은법 시행령 제157조 제4항 제1호에서 규정하고 있는 ‘법인’과 ‘해당 법인’은 주권상장법인만을 의미하므로 이를 비상장법인의 경우로까지 확장․유추하여 해석하는 것은 조세법률주의에 위배된다. (나) 하급심 판결례(서울행정법원 2013.6.26. 선고 2012구단16827 판결)에 의하면, 분할신설법인의 상장주식을 분할․신설일이 속하는 당해 사업연도에 양도한 경우 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 소유하고 있는 당해 법인 주식의 시가총액 개념을 상정할 수 없어 이러한 경우 대주주의 상장주식 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과할 수 없다고 판시하고 있으므로 이를 참작하여야 한다. (다) 소득세법은 상장법인과 비상장법인의 주식 양도를 구분하여 규율하고 있는바, 비상장법인의 주식양도는 소득세법 제94조 제1항 나목에서, 상장법인의 주식양도는 소득세법 제94조 제1항 가목에서 각각 구분하여 규정하고 있는 점에 비추어 쟁점법인이 코스닥에 상장된 등록일을 기준으로 주식보유 현황을 파악하여 대주주 여부를 판단하여야 한다. (라) 소득세법 시행령 제157조 제8항 이 새롭게 규정된 취지로 볼 때, 비상장법인에서 상장법인으로 전환된 쟁점주식의 경우 대주주 판단기준일은 코스닥 상장일 당시의 주식보유 현황에 따라야 한다.

(3) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 대통령령이 정하는 대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상 양도소득으로 한다고 규정하면서，같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호에서 대주주의 범위로 법인의 주식등을 소유하고 있는 주주 1인과 기타주주가 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 코스닥시장상장법인의 주식등의 합계액의 100분의 5이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주를 말한다고 규정하고 있는바, 이 규정은 자본이득의 성격을 갖는 상장주식의 양도소득에 대해 과세함으로써 비상장주식을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 것으로, 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시에 비록 쟁점법인이 비상장법인이라고 하더라도 코스닥시장에 상장된 쟁점법인의 직전 사업연도가 없다고 할 수 없어 직전 사업연도 기준으로 청구인등의 주식소유비율이 5%를 초과하므로 양도소득세 과세대상에 해당하는 반면, 대주주 판단기준일은 코스닥 상장일 당시의 주식보유 현황에 따라야 한다는 청구주장은 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호에서 법적근거를 찾기 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도를 양도소득세 과세대상인 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.