[요지] 쟁점사업은 예비타당성 조사, 사업추진 계획 등 가락시장 현대화사업 관련 서류 등을 볼 때 3단계로 이루어진 동일사업으로 보이고, 관련 고시 등의 문서에서 쟁점사업의 총 예정면적 사용비율이 확인되고, 이미 인가된 1∼3단계 총 공사예정면적이 있고 △△△은 단일사업장이므로 쟁점사업의 전체공정을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[요지] 쟁점사업은 예비타당성 조사, 사업추진 계획 등 가락시장 현대화사업 관련 서류 등을 볼 때 3단계로 이루어진 동일사업으로 보이고, 관련 고시 등의 문서에서 쟁점사업의 총 예정면적 사용비율이 확인되고, 이미 인가된 1∼3단계 총 공사예정면적이 있고 △△△은 단일사업장이므로 쟁점사업의 전체공정을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에관련된매입세액 = 공통매입세액 × 전사업장의 면세공급가액 전 사업장의 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 총공통매입세액 × 1
• 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적
• 기공제세액 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적
(1) 청구법인의 시설현대화사업은 단계별 순환개발 방식으로 아래의 〈표2〉와 같이 총 3단계(1단계 2011년～2013년, 2단계 2013년～2015년, 3단계 2015년～2018년)에 걸쳐 진행될 계획이었으나, 일정이 지연되어 현재 1단계 사업은 진행중이나, 2단계 및 3단계 사업은 단지 사업계획만 수립되어 있을 뿐 건물 설계 및 실시계획 인가 등의 구체적이고 세부적인 절차는 진행되고 있지 않으며, 2단계 및 3단계 시설현대화사업 대상 예정부지에는 현재 기존 시장참여자들이 농수산물 도·소매업을 영위하고 있는 바, 처분청의 주요 조사내용은 다음과 같다. 〈표2〉시설현대화사업의 각 단계별 사업내용 (가) 청구법인은 총 3단계 공사로 예정되어 있는 OOO 관련 매입세액 중 1단계 사업관련 매입세액에 대하여 1단계 신축건물 예정사용 면적비율(면세비율 OOO%)만을 적용하여 공통매입세액 안분계산하여 경정청구를 하였다.
1. 현장확인을 통해 경정청구 신청내용 검토한바, OOO은 1～3단계에 걸쳐 공사가 진행되는 것으로 청구법인의 관리주체인 OOO로부터 2013.5.2. 인가된 “친환경농산집배송센터 건립공사 실시계획인가 고시 알림” 문서에 1～3단계 총공사 예정면적이 구체적인 사용용도(별도책자)와 함께 자세히 기술되어 있다.
2. 청구법인의 고유업무인 농수산식품의 유통 및 도매시장 거래질서 관리와 유통구조 개선, 가격안정화 등 각종 고유목적사업과 수익사업인 부동산임대사업 등을 감안할 때 부동산임대가 대부분인 1단계 사업만을 기준으로 공통매입세액을 안분계산한 것은 불합리하고,해당 사업은 예비타당성 조사, 사업추진 계획 등 OOO관련 서류를 통해 3단계로 이루어진 동일사업으로 확인되며 도시계획시설사업 실시계획 인가 고시(OOO 2011.2.17. 고시) 및 친환경농산물집배송센터 건립공사 실시계획 인가 고시(OOO 2013.5.2.) 등의 문서를 통해 1～3단계 총 예정면적 사용비율이 확인된다. (나) 예정사용면적을 적용한 안분계산시 구별되는 여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 사업장 단위로 해야 한다는 예규OOO에도 부합하지 않는 것으로 이미 인가된 1～3단계 총공사 예정면적이 있고 OOO은 단일사업장이므로 이를 근거로 공통매입세액 안분계산하는 것이 타당하다. (다) 청구법인의 경정청구에는 3단계로 예정되어 있는 OOO 관련 매입세액 외에 3차로 진행되는 친환경농산물집배송센터공사 관련 매입세액이 포함되어 있어 검토한바, 3차로 진행되는 친환경농산물집배송센터의 경우 수수료 수익이 발생되는 과세사업으로 확인되며 추가환급 대상 매입세액은 기 완공된 2차 배송센터 및 현재 건설중인 3차 배송센터 관련 매입세액이며, 기 완공된 2차 배송센터 관련 2010년～2011년 매입세액 신청분은 전체 과세사업 관련 매입세액으로 확인되고, 건설중인 3차 배송센터 관련 매입세액은 예정사용 면적비율을 적용하여 안분계산 대상이다.
(2) 청구법인은 OOO의 단계별 면세비율은 아래의 〈표3〉과 같은바, 시설현대화사업 1단계 신축건물에서 발생한 공통매입세액은 1단계의 예정사용 면적비율에 의하여 아래의〈표4〉와 같이 환급하여야 한다는 주장으로 주요 주장논거는 다음과 같다. 〈표3〉시설현대화사업 단계별 면세비율 〈표4〉환급청구 대상 부가가치세액 (가) 청구법인은 경정청구시 1단계 사업의 총예정사용면적에 대한 면세사용예정면적 비율을 OOO%로 계산하여 경정청구하였고, 처분청의 현지조사 결과 1단계의 면세사용예정면적 비율이 OOO%로 수정되었으며 청구법인도 처분청이 계산한 수정된 면세사용 예정면적 비율을 인정하나, 처분청은 수정된 1단계의 면세사용예정면적 비율을 반영하여 1단계부터 3단계까지의 총 예정사용면적 중 면세사용예정면적 비율을 OOO%로 계산한 후 동 비율에 근거하여 환급대상 공통매입세액을 결정하였으나, 1단계 사업관련 면세비율OOO로 하여 환급세액을 결정하여야 한다. (나) 시설현대화 사업 1단계는 국토계획법에 따라 설계도면, 자금계획, 공사기간이 확정되고 OOO의 실시계획인가를 받은 상황이므로 1단계 예정사용면적 비율은 어느 정도 확정된 예정사용면적 비율로 볼 수 있으나, 2단계 및 3단계는 OOO의 실시계획인가 및 설계도 이루어지지 않은 상황하에서 2단계 및 3단계의 단순 추정 예정사용면적을 1단계의 예정사용면적과 합산하여 산정한 면세비율을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것은 불합리하다. (다) 실지 귀속의 측면에서 볼 때도, 시설현대화 사업 1단계에서 발생한 공통매입세액은 1단계만의 예정사용면적비율에 근거하여 안분계산하여야 한다. (라) 시설현대화 사업 2단계 및 3단계 예정 사업부지의 기존건물에서는 현재에도 영업활동이 계속하여 이루어지고 있으며, 실제 발생하는 총 공급가액 중 면세대상 공급가액 비율로 기존건물에서 발생하는 공통매입세액을 안분하고 있다.
1. 청구법인은 현재 시설현대화사업 1단계를 진행하고 있으며, 심판청구일 현재까지도 2단계 및 3단계 예정 사업부지의 기존건물에서는 시장도매인 등이 OOO을 계속 수행하고 있다.
2. 시설현대화사업 1단계의 신축건물에서 발생하는 공통매입세액은 실시계획상 1단계 사업의 예정사용면적비율로 안분하고 있으며, 2단계 및 3단계 부지의 기존건물에서 발생하는 공통매입세액은 부가가치세 면세대상인 시장사용료와 과세대상인 임대료 등의 공급가액 비율을 기준으로 안분하고 있는바 즉, 2단계 및 3단계 부지는 시설현대화사업 계획에는 포함되어 있으나, 실제 실시계획인가 및 공사착공 이전인 현재에도 예전과 같이 청구법인이 시장사용료, 임대료 등의 수익을 창출하고 있으며, 해당 사업과 관련된 공통매입세액은 과세사업 및 면세사업 공급가액을 기준으로 안분하고 있는 것이다.
3. 1단계에서 발생한 공통매입세액을 안분계산함에 있어 2단계 및 3단계의 예정사용면적까지 포함하여 예정사용면적 비율을 계산한다면, 1단계에서 발생하는 공통매입세액과 2단계 및 3단계 예정부지에서 발생하는 공통매입세액에 대하여 2단계 및 3단계의 예정사용면적 비율과 공급가액 비율을 각각 적용하는 등 공통매입세액 안분기준 적용의 일관성이 없는 결과가 발생하는 점을 볼 때도, 1단계에서 발생하는 공통매입세액에 대해서는 1단계의 예정사용면적비율을 적용하고, 2단계 및 3단계에서 발생하는 공통매입세액에 대해서는 2단계 및 3단계 예정부지의 기존건물에서 발생하는 공급가액 비율을 적용하는 등 공통매입세액 안분기준을 각 단계별로 구분 적용하는 것이 타당하다. (마) 시설현대화사업 전체 단계의 예정사용면적비율로 1단계 신축건물의 공통매입세액을 안분계산한다면, 1단계 신축건물의 취득가액으로 계상되어야 할 면세사업 관련 매입세액 불공제액이 3단계 사업이 최종 종료(2025년 예정)된 후에야 확정되어 시설현대화사업의 최종 종료 이전까지는 1단계 신축건물의 취득가액 및 이에 따른 감가상각비를 확정할 수 없는 문제가 발생한다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업 중 2단계 및 3단계는 OOO의 인가 및 설계가 이루어지지 않은 상황이므로 2단계 및 3단계의 추정 예정사용면적을 1단계의 예정사용면적과 합산하여 산정한 면세비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산하는 것이 불합리하다고 주장하나, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 산정한 후 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하도록 부가가치세법 시행령제61조 제4항 및 같은 법 시행령 제61조의2에서 규정하고 있는 바, 쟁점사업은 예비타당성 조사, 사업추진 계획 등 OOO 관련 서류 등을 볼 때 3단계로 이루어진 동일사업으로 보이고, 도시계획시설사업 실시계획 인가 고시(OOO 2011.2.17. 고시) 및 친환경농산물집배송센터 건립공사 실시계획 인가 고시(OOO 2013.5.2.) 등의 문서에서 쟁점사업의 총 예정면적 사용비율이 확인되는 점, 이미 인가된 1～3단계 총 공사예정면적이 있고 OOO은 단일사업장이므로 쟁점사업의 전체공정을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 1단계 예정사용면적비율을 기준으로 공통매입세액을 계산하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.