영세율과세표준신고불성실가산세 부과처분의 당부

[참조결정] OOOOOOOOOO

[주 문] OOO이 2014.2.10. 청구법인에게 한OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO의 민간투자시설사업기본계획OOO시행에 따라 2008.10.24. 설립한 특수목적법인으로, 2013년 3월경 문화재 발굴로 공사가 취소된 OOO을 제외한 OOO 학교에 대한 공사를 완료한 후 OOO에 기부채납하였고, 쟁점사업과 관련하여 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제3호의2 규정에 따라 영세율로 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사 결과, 청구법인은 쟁점사업을 시행하고 부가가치세를 신고하면서 적법한 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 것으로 보아 영세율과세표준신고불성실가산세를 경정할 것을 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 2014.2.10. 청구법인에게OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.5. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 신고시 영세율첨부서류로 실시협약서와 공사도급계약서(이하 “쟁점서류”라 한다)를 적법하게 제출하였으며, 처분청은 이를 근거로 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 OOO에 걸쳐 환급결정을 하였다 청구법인이 제출한 쟁점서류는 임대형 민자사업의 주체인 주무관청과 사업시행자, 공사하도급업체, 사업의 목적과 개요, 사업기간, 재정지원비와 민간사업비, 총사업비 등 사업규모 및 사업시행 방법에 대하여 구체적으로 기재되어 있으며, 청구법인의 사업목적과 주주의 출자관계는 임대형 민자사업만을 영위할 수밖에 없는 기업구조로서, 청구법인이 발행한 매출세금계산서와 대금지급, 세금계산서 발행에 있어 갑의 지위에 있는 국가 등(주무관청)이 제출한 매입세금계산서의 신고일치 여부를 대사만 하더라도 임대형 민자사업OOO 시행에 대한 용역공급 사실은 의심할 여지없이 명확하고, 처분청에서 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 계속하여 청구법인의 영세율과세표준 신고가 적정한 것으로 판단하고 11회에 걸쳐 영세율 환급을 하거나 영세율 신고를 시인해 왔던 사실이 이를 반증한다고 볼 수 있다. 따라서, 실시협약서와 공사도급계약서는 조특법 제105조 제1항 제3호의2에서 규정하고 있는 임대형 민자사업 시행에 대한 용역공급사실을 증명하며,조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제106조 제12항에서 규정하고 있는 영세율 첨부서류인 용역공급 사실을 증명하는 서류에 해당하고, 설령 청구법인이 제출한 쟁점서류가 영세율 첨부서류에 해당하지 않다하더라도, 처분청이 2009년 제2기 이후 쟁점서류에 대한 어떠한 언급과 지적없이 영세율적용대상임을 계속 승인해 왔다면 그 귀책사유가 청구법인에게 있다고 보기 어려운 것이다. 나.처분청 의견 환급검토 담당자로부터 문답서를 징취한바, 청구법인은 홈택스로 전자신고만 하였고 수동서류는 접수되지 않았다고 답변하였으며, 쟁점서류 중 매입관련 공사계약서만 추후 제출한 것으로 청구법인은 쟁점서류를 제출기한 내에 제출하지 않는 것으로 판단된다. 조특법 시행령 제106조 제12항 제1호에서 규정하는 공급받는 기관의 장이 발행하는 용역공급사실을 증명하는 서류라 함은 준공확인필증, 또는 사회기반시설관리운영권 등록필증 등을 말하는 것이며, 또한 BTL 사업으로 개축공사한 OOO 문화재 발굴로 공사가 취소된 OOO에 대해 교육청으로부터 BTL사업 취소에 따른 해지정산금을 받았고 해지정산금은 영세율매출이 아닌 과세매출에 해당하나 단지, 쟁점서류로는 OOO의 해지정산금도 영세율 매출로 판단할 수밖에 없으므로 쟁점서류는 공급받는 기관의 장이 발행하는 용역공급사실을 증명하는 서류에 해당하지 않는다. 그리고, 청구법인은 처분청이 2009년 제2기부터 11차례 영세율매출신고를 인정하였음으로 교육청에 기부채납한 OOO의 영세율첨부서류 미제출에 대해 청구법인의 귀책이 없다고 주장하나, 청구법인은 조특법 제105조 제1항 제3의2호의 규정에 따라 영세율 적용을 받고자 한다면 같은 법 시행령 제106조 제12항 제1호에서 규정하는 공급받는 기관의 장이 발행하는 용역공급사실을 증명하는 서류를 제출하여야 하는 것이고, 국세기본법 제15조 신의성실원칙에 따라 성실하게 신고(첨부서류 포함)하여야 함에도 행정지도가 없다하여 적법한 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 것이 청구법인에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없다. 3.심리 및 판단
• 가. 쟁점 영세율과세표준신고불성실가산세 부과처분의 당부 나.관련 법령

(1) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 3의2 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

(2) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】⑫법 제105조 제1항 제3호의2의 규정이 적용되는 경우에는 부가가치세법에 의하여 예정신고·확정신고 또는 영세율등조기환급신고를 하는 때에 당해신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 법 제105조 제1항 제3호의2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류

(3) 부가가치세법(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 일부개정되기 전의 것) 제65조【확정신고와 납부】④ 제1항에 따라 확정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다.

1. 법 제11조 제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에서 규정하는 서류 2.조세특례제한법제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 조세특례제한법 시행령제106조 제12항 및 농축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 면세 적용 등에 관한 특례 규정제4조에서 규정하는 서류

(4) 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 "산출세액등"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(소득세법 제70조 및 제124조 또는 법인세법 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가 소득세법 제160조제3항에 따른 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 각각 제1호 또는 제2호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항, 제49조제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 조세특례제한법에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 "영세율과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 제4호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

4. 부가가치세: 부가가치세법에 따른 납부세액 다.사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2009년 제2기 예정부터 2012년 제2기 확정 과세기간동안 부가가치세 신고 및 환급내역은 다음과 같다.

(2) 청구법인에 대한 부가가치세 경정내역은 다음과 같다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 처분청이 청구법인에 직접 현장방문하여 수령한OOO 쟁점사업 민간투자시설사업기본계획안, 준공확인필증, 사회기반시설관리운영권등록부 중 OOO 관련내용은 아래와 같다. (나) 처분청 담당자와 처분청 환급검토 담당자의 문답서 주요내용

(4) 청구법인이 아래와 같은 심리자료를 제출하였다. (가) 쟁점사업 실시협약서(2008년 9월)의 주요내용은 다음과 같다. (나) 공사도급계약서의 주요 내용은 다음과 같다 (5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 적법한 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다 하여 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과하였으나, 조특법 시행령 제106조 제12항에서 영세율조기환급신고를 하는 때에 같은 법 제105조 제1항 제3호의2의 경우에는영세율첨부서류로 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급 사실을 증명할 수 있는 서류라고 규정되어 있을 뿐 구체적으로 규정하고 있지 않고 있으며, 처분청 또한 내부적으로 영세율첨부서류에 대한 구체적인 지침이 없는 점, 처분청이 청구법인으로부터 영세율첨부서류로서 실시협약서, 공사도급계약서, 세금계산서 등을 제출받아2011년 제2기 확정 신고기간부터 2012년 제2기 확정 신고기간까지의 청구법인의부가가치세 환급신고에 대하여계속하여환급결정한 점, 조사청의 내부감사 지적에 따라 환급결정 이후에 청구법인이 제출한 영세율 첨부서류를 적법하지 않은 서류라고 보고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게영세율 첨부서류에 대한 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 기왕에 별다른 이의 제기 없이 장기간 영세율적용대상임을 승인하여왔다면, 그 귀책사유가 청구법인에게 있다고 보기 어렵다 할 것(국심 2007부816, 2007.5.10. 같은 뜻임)이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 이 건처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.