종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당안됨

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 2002.3.5. OOO 토지 396㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2003.1.22. 쟁점토지 위에 OOO 외 15채의 주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축한 후, OOO에 양도한뒤 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 감면세액을OOO으로 하고 2008년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 OOO 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다(처분청은 이의신청 도중 청구인의 주장이 일부 이유가 있다 하여 당초 고지한 OOO을 OOO으로 감액경정하였다.).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지의 매입OOO부터 신축주택의 취득OOO까지의 기간 중에 쟁점토지의 새로운 공시지가가 고시OOO됨에 따라 신축주택의 취득시점의 기준시가를 적용하였는바, 이는 공사기간에 단순히 공시지가만 변동된 것으로서 공사기간 중 청구인이 쟁점토지로부터 얻은 실질적인 이익은 없으며, 조특법 제99조의3의 입법취지상 신축주택은 오래전에 취득하여 보유하던 토지위에 건축한 것이 아니라, 신축주택을 건축하기 위하여 토지를 매입한 후, 곧바로 건축허가를 거쳐 공사를 진행하여 건축한 것이므로 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식의 “분자의 취득당시 기준시가”는 쟁점토지의 취득시점의 기준시가를 적용하는 것이 타당하다. 조특법 제99조의3 제1항의 전문이 적용되는 경우, 면제되는 양도소득세액을 계산함에 있어 법령에 별도로 규정하지 아니하고 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 것은 위법한 것이라 한 법원판결(서울고등법원 2013.5.31., 2012누8931 판결)과 같이 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 양도소득금액을 그 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 쟁점토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없다. 또한, 양도소득세 세액계산시 이는 조특법 제99조의3 제1항과 그 위임규정인 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 규정에 의하여 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산된 것으로 법적근거없이 자의적 해석에 의해 쟁점토지의 양도소득세를 감면배제한 것이 아니므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 등을 보면, 청구인은 OOO 쟁점토지를 취득하여 OOO신축주택 건축허가, OOO 신축주택 사용승인, OOO 신축주택을 양도한 뒤, 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO으로 하여 산출세액 OOO을 감면신청(100%)한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료를 보면, 처분청은 당초 경정시 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 감면세액을 산출세액으로부터 공제하는 방식으로 과세표준 및 세액을 산정하였다가, 불복과정 중 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 청구인은 신축주택을 건축하기 위하여 쟁점토지를 매입한 후, 곧바로 건축허가를 거쳐 공사를 진행하여 건축한 것이므로 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식의 “분자의 취득당시 기준시가”는 쟁점토지의 취득시점의 기준시가를 적용하는 것이 타당하다는 주장이나, 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 쟁점토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다 할 것이다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 쟁점토지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.