「법인세법 시행령」제56조 제3항의 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’이 같은 법 제24조 제2항에 따른 손금산입 한도액 내의 기부금에 해당한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 사립학교에 근무하는 교직원 및 그 가족의 경제적 생활안정과 복지증진을 위해 마련된 연금제도를 효율적으로 관리·운영하기 위하여 설립된 법인으로, 법인세법 제29조에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 OOO원으로 계산하여 2011사업연도 법인세 신고를 하였다.

• 나. OOO장은 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 실시한 결과, OOO% 손금산입 대상 고유목적사업준비금 한도계산시 법정기부금 지출액이 아닌 법정기부금 손금산입한도액을 공제하여 고유목적사업준비금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과다계상하였다 하여 손금부인하고, 쟁점금액을 손금부인함에 따라 차가감소득금액이 증가하므로 법정기부금 한도액 OOO원이 증가하였다 하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2013.12.5. 청구법인에게2011사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2014.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법제24조는 ‘제24조 [기부금의 손금불산입]으로 되어 있는바, 같은 법 시행령 제56조 제3항 괄호 안의 ’법 제24조 제2항에 따른 기부금‘이란 같은 법 제24조 제2항 각 호에서 열거하고 있는 세법상 손금으로 인정하는 법정기부금, 즉 법정기부금의 손금산입 한도내의 금액으로서 세법상 손금으로 인정하는 기부금을 의미하는 점, 같은 법 제24조 제2항은 ‘제1항(지정기부금)과 제29조(고유목적사업준비금)는 다음 각 호의 기부금(법정기부금)에 대하여는 적용하지 아니하는 것’으로, 같은 법 제29조 제1항은 ‘그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우’로 규정하고 있는바, 고유목적사업준비금과 지정기부금은 동급의 손비로서 지정기부금은 고유목적사업준비금을 포함하므로 지정기부금의 관점에서 규정된 법인세법 기본통칙제24-36…3은 고유목적사업준비금의 경우에는 적용되지 아니하는 점, 같은 법 시행령 제56조 제3항 등에 따르면 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 ③번란은 회사가 장부에 계상한 법정기부금 지출총액을 의미하고, ⑦번란은 세법상 손금으로 인정되는 법정기부금 금액을 의미하는 점, 고유목적사업준비금과 동급의 손비인 지정기부금의 손금산입한도 계산시 기부금 조정명세서의 소득금액계에서 차감하는 법정준비금의 손금산입액은 법정준비금의 손금산입한도액내의 법정준비금 지출액으로서 고유목적사업준비금의 한도액 계산시에도 소득금액계에서 차감되는 법정준비금은 납세자가 지출한 법정기부금 지출총액이 아니라 세법상 손금으로 인정된 법정기부금 금액에 해당하는 점, 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) ⑦번란을 법정기부금 지출총액으로 기재하는 경우 세법상 한도액을 초과하는 법정기부금 금액이 법정기부금 시부인시 손금부인되고, 다시 고유목적사업준비금 한도계산시 부인되어 고유목적사업준비금 한도액을 줄이는 이중손금부인의 결과가 되는 점, 법인세법 시행규칙별표상의 서식에서 동일한 금액이나 내용을 의미할 경우 연결부호(예: ②=⑦)를 부기하나, 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 ③번란과 ⑦번란은 이러한 표시가 없는바, 같은 법 시행령 제56조 제3항의 해석, 법정준비금의 세법상 한도초과로 인하여 손금부인되는 손금한도액 계산시 세법상 손금으로 인정되는 법정기부금이 소득금액계에서 차감되는 점 등을 고려할 때 동 서식의 ③번란과 ⑦번란은 동일한 금액이 아닌 것으로 해석되는 점 등에 비추어 같은 법 시행령 제56조 제3항 괄호 안의 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’이란 법정기부금의 손금산입 한도내의 금액을 의미하므로 처분청의 과세처분은 부당하다. 설령 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 처분청과 같이 지출액을 의미하는 것으로 보더라도, 상기와 같은 이유로 납세자가 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 ③번란과 ⑦번란에 다른 금액을 반영하여 고유목적사업준비금 손금한도액 계산을 할 수 있는 사유가 있으므로 국세기본법제48조 제1항에 따라 가산세를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제24조 제2항은 법정기부금을 먼저 기술하고 법정기부금의 손금산입한도액을 차후에 기술하고 있어 법정기부금 손금산입한도액은 같은 법 제24조 제2항의 단서조항에 해당함에도 같은 법 시행령 제56조 제3항에서 같은법 제24조 제2항에 따른 기부금으로 규정하고 있어 법정기부금 지출액을 규정함에도 엄격해석의 원칙에 의거 법정기부금의 손금산입한도액으로 보기 어려운 점, 같은 법 시행규칙 별지 제27호 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) ①란의 소득금액은 법인세 과세표준 및 세액조정계산서상의 차가감소득금액이고, ④란의 소득금액은 차가감소득에서 이자소득금액 등, 법정기부금, 준비금 계상액을 가산한 금액이며, 법정기부금 손금산입한도액 계산의 경우에도 같은 법 제24조 제2항 단서조항은 “당해 사업연도 소득금액”에서 법정기부금을 합하고, 이월결손금을 차감한 금액을 기준으로 계산하는 것으로 규정하고 있는 바, 동 소득금액이 고유목적사업준비금 손금산입전 금액이라는 규정이 없으므로 동 준비금을 손금산입한 후의 금액으로 보아야 하는 점, 같은 법 시행규칙 별지 제21호 기부금 조정명세서의 ① 소득금액계란은 법인세 과세표준 및 세액조정계산서상의 차가감소득금액을 기재하는 것으로 고유목적사업준비금을 손금산입한 후의 금액으로 규정하고 있어, 고유목적사업준비금의 한도액 계산은 기부금 한도계산 전에 동 준비금의 세무조정 과정에서 이루어지고, 법정기부금 한도액 계산은 세무조정이 완료된 후의 소득금액을 기초로 이루어지는 바, 동 준비금의 손금한도액을 먼저 계상하는 것이 타당한 점, 법인세과세표준및세액조정계산서에서도 결산서상 당기순이익에서 먼저 익금산입·손금산입 등 세무조정사항을 가감하여 차가감 소득금액을 산출한 뒤, 여기에 기부금 손금한도 초과액을 가산하여 각 사업연도 소득금액을 계산하도록 되어 있는바, 기부금 손금한도액 계산에 앞서 준비금의 손금한도액을 계산하는 것이 신고서 작성순서에도 합치되고, 고유목적사업준비금 한도액을 먼저 계산한 뒤, 법정기부금손금산입한도액을 계산하는 것으로서 고유목적사업준비금 한도액 계산시 법정기부금 손금산입한도액을 산출할 수 없으므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인세법 시행령제56조 제3항의 “법 제24조 제2항에 따른 기부금”이 같은 법 제24조 제2항에 따른 손금산입 한도액 내의 기부금에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정내역은 아래 <표>와 같다. <표> 처분청 경정 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금이란 같은 법 제24조 제2항 각 호에서 열거하고 있는 세법상 손금으로 인정하는 법정기부금을 의미하는 것이므로 처분청의 과세처분은 부당하고, 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 법인세법 시행령제56조 제3항은 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’으로 규정하고 있고, 같은 법 제24조 제2항은 ‘제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다’라고 규정하고 있는바, ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’은 같은 법 제24조 제2항 각 호의 기부금을 의미하고, 단서규정은 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액에 대한 손금불산입규정으로 보이는 점, 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 등 법인세법 시행규칙 별지 서식은 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)상 손금산입액 및 손금부인액을 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의 손금산입란 및 익금산입란에 각각 기재하여 차가감소득금액을 산출하고, 동 금액에 기부금 한도초과액을 가산하여 각 사업연도소득금액을 계산하도록 규정하고 있는바, 고유목적사업준비금 한도초과액을 계산하여야 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에 따라 기부금 한도초과액을 산정할 수 있으므로 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) ③, ⑦란의 금액을 법정기부금 한도액으로 하기 어려운 점, 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) ③, ⑦란은 법인세법제24조 제2항 및 조세특례제한법제73조 제1항에 따른 기부금으로 동일하게 규정되어 있는바, ③란의 금액을 법정기부금 지출액, ⑦란의 금액을 법정기부금 손금산입한도액으로 볼 근거가 명확하지 아니한 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정한 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 무지ㆍ착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이고유목적사업준비금 한도 계산시 법정기부금 지출액이 아닌 법정기부금 손금산입한도액을 공제하여 쟁점금액을 과다계상한 것에 가산세 면제의 정당한 사유가 있는 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법 제24조 [기부금의 손금불산입]① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액

② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

• 가. 사립학교법에 따른 사립학교
• 나. 비영리 교육재단(사립학교의 신축·증설, 시설 확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 비영리 재단법인만 해당한다)
• 다. 근로자직업능력 개발법에 따른 기능대학
• 라. 평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
• 마. 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법에 따라 설립된 외국교육기관
• 바. 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단
• 사. 한국과학기술원법에 따른 한국과학기술원, 광주과학기술원법에 따른 광주과학기술원 및 대구경북과학기술원법에 따른 대구경북과학기술원
• 아. 국립대학법인 울산과학기술대학교 설립·운영에 관한 법률에 따른 울산과학기술대학교
• 자. 재외국민의 교육지원 등에 관한 법률 제2조제3호에 따른 한국학교(대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 학교에 한한다)

7. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관으로서 해당 법인의 설립목적, 수입금액 등이 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 기관에 지출하는 기부금

• 가. 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제3항 제1호에 따른 공기업은 제외한다)
• 나. 법률에 따라 직접 설립된 기관

③ 제2항 제6호 또는 제7호에 해당하는 법인·기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획재정부령으로 정한다.

④ 제1항과 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년(법정기부금의 경우에는 1년) 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 초과금액을 손금에 산입한다.

④ 제1항과 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년(법정기부금의 경우에는 1년) 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 초과금액을 손금에 산입한다. 제29조 [고유목적사업준비금의 손금산입]① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 규정에 따른 이자소득의 금액

2. 소득세법 제17조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다. (2)법인세법 시행령 제56조 [고유목적사업준비금의 손금산입]③ 법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조제1호에 따른 결손금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 것) 제74조 [고유목적사업준비금의 손금산입특례]① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일(제7호바목 및 제9호의 경우에는 2015년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 나. 사립학교교직원연금법에 따른 사립학교교직원연금공단

(4) 국세기본법 제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.