주차장은 외부 업체에 수익사업용으로 임대되고 있으므로 과・면세사업에 공통으로 사용된다고 보기 어렵다

OOO세무서장이 2013.7.8. 청구법인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 OOO 청구법인 신종합관 신축과 관련된 매입세액OOO 중 지하 5～7층(공부상) 주차장 면적에 해당되는 매입세액OOO을 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 학교법인 OOO의 지점법인인 의료기관으로 병원본관 외에 여러 동의 부속건물이 있고, 2005년부터 사업장 내 부속건물인 신종합관OOO 신축공사를 시작하여 2008년 5월 임시사용승인을 받아 신종합관 내에 주차장(주차면수 196면, 신종합관 건물 중 지하 3~5층이 주차장임, 이하 “쟁점주차장”이라 한다), 장례식장, 임대매장, OOO, 의료원 행정실 등으로 사용하고 있으며, 쟁점주차장은 의료원 내 다른 주차장과 함께 2008.7.31.까지 위탁 운영하다가 2008.8.1.부터 전체 주차장을 주차장 운영회사에 임대하고 있다. 청구법인은 2008년 제1기 부가가치세 신고 시 종합관 신축과 관련한 매입세액OOO에 대하여 예정사용면적으로 매입세액을 안분계산하는 과정에서 쟁점주차장 면적 전부를 주식회사 OOO에 임대(과세사업)한다는 이유로 이를 과세사업에 사용하는 면적에 포함하여 안분계산하여 쟁점주차장 신축관련 매입세액OOO을 전액 공제하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점주차장이 포함된 종합관 신축과 관련한 공통매입세액 안분계산 시 부가가치세법 시행령제61조 제4항의 규정에 따라 신축건물의 예정사용면적을 과세면적(부동산임대 등), 면세면적(의료원 행정실, OOO대학원 등), 공통면적(장례식장 등 과․면세 겸업면적) 및 공용면적(쟁점주차장, 기계실 등)으로 구분하여 예정사용면적기준으로 안분계산 후 쟁점주차장 등 공통사용면적에 해당하는 매입세액은 같은 법 시행령 제61조 제1항에 따라 수입금액을 기준으로 안분계산하고, 완공 후 주차장 운영과 관련된 매입세액의 경우도 공통매입세액으로 보아 수입금액기준으로 안분계산 하여 2013.7.8. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.7. 이의신청을 거쳐 2014.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 쟁점주차장은 OOO 전용주차장으로 사용하고 있는 주차장으로, 종합관 내 쟁점주차장의 출입구가 병원본관 주차장출입구와 달리 설치되어 있고, 연결통로가 없고, 병원주차장과 요금체계가 다르며, 종합관내의 쟁점주차장 공간이 내부규정 상 조문객 전용인 점 등으로 보아 과·면세 사업에 공통으로 사용되는 면적으로 볼 수 없으며, 종합관은 병원건물과 분리되어 의료원 행정부문, 장례식장, 보건대학원 등 개별적․독립적인 기능을 하고 있어 의료업과 관련한 수입금액이 발생하지 않음에도 공통매입세액 안분계산 시 사업장 전체의 의료수입금액을 면세수입금액으로 보아 안분계산하는 것은 합리적인 배분기준으로 볼 수 없으므로 쟁점주차장을 공통사용면적으로 보아 예정사용면적을 기준으로 안분계산하여 쟁점주차장 해당 매입세액불공제분 OOO원(본세 기준)은 취소되어야 한다.

(2) (예비적 청구) 청구법인이 2005년 종합관 착공 당시 쟁점주차장 등 면적이 확정되지 않은 상태에서 건축과 관련하여 발생한 매입세액 전액을 불공제 대상으로 신고 후, 예정사용면적이 확정된 2007년 7월, 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지 부가가치세 경정청구를 통하여 처분청으로부터 부가가치세OOO 환급결정을 받은 이후 동일한 방법으로 부가가치세를 신고․납부하였기에국세기본법제48조에 따른 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하므로 신고 및 납부불성실가산세 OOO원은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구법인은 쟁점주차장이 건물 내에 소재한 장례식장(지하 3층～지하 5층)의 조문객을 위한 주차장으로 사용하고 있고, 병원본관 건물과 연결통로 없이 구분되어 있으며, 주차요금 체계 또한 병원주차장과 다른 사실 등을 이유로 과세사업에 사용하는 공간이라고 주장하나, 종합관 건물 내 지하 3～5층에 위치하고 있는 쟁점주차장은 건물신축을 위한 건축허가를 받기 위하여 필수적으로 설치하여야 하는 시설물로, 공용면적에 해당하는 것이므로 공용면적을 제외한 신축건물의 실제 사용용도에 따라 과세면적과 면세면적으로 안분함이 타당하며, 병원본관 주차장과 종합관 쟁점주차장을 연결하는 통로가 없다고 주장하고 있으나, 이는 사실과 다른 주장으로 종합관 쟁점주차장과 병원본관 주차장은 출입구가 구분되어 설치되어 있기는 하나, 지하를 통해 전체가 연결되어 있어 사실상 하나의 주차장과 동일하여 누구나 사용이 가능하며, 종합관 신축건물은 극히 일부분만을 과세사업(부동산임대 등)에 사용하고 있고, 대부분은 과․면세 겸업인 장례식장과 면세사업인 의료원 행정실 등으로 사용하고 있는 건물로, 종합관 부설 쟁점주차장 내에 교직원 및 대학원생 등을 위한 주차공간이 따로 마련되어 있지 아니하여 장례식장 조문객만 이용할 수 있다는 것은 청구법인의 주장일 뿐 사실관계를 확인할 수 없으며, 주차장관리 위탁계약 역시 쟁점주차장을 포함한 OOO 내의 모든 주차장을 대상으로 계약이 체결되어 있어 다른 건물과 완전히 구분된 별도의 시설물로 볼 수 없으므로 과․면세에 공통으로 사용하는 면적으로 보는 것이 타당하다. 설령, 청구법인의 주장을 인용하여 종합관 쟁점주차장이 실제로 장례식장의 조문객만이 이용하는 장소라 하더라도 장례식장 역시 과․면세사업을 겸영하고 있는 사업자이므로 주차장 면적은 공통사용면적으로 관련 매입세액을 안분계산 하여야 한다. 또한, 종합관 건물에서는 의료수입금액이 전혀 발생하지 않음에도 OOO에서 발생하는 면세수입금액과 과세수입금액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산한 것은 합리성이 결여되어 있다고 주장하나, 종합관 건물은 일부 부동산임대에 사용하는 면적 외에는 대부분 의료원 행정실, OOO대학원 및 장례식장 등 면세사업 또는 학교법인의 고유목적사업에 사용하고 있어 종합관이 의료수입과 전혀 관련이 없다고 보기 어렵고 부설 쟁점주차장만을 다른 주차장과 구분하여 별도의 주차시설로 보기도 어려우며, 부가가치세는 사업장 단위 과세가 기본 원칙이고 청구법인은 동일한 사업장 내에서 과세사업인 부동산임대업과 면세사업인 의료업을 겸영하고 있으므로 전체 수입금액을 기준으로 안분 계산한 당초 처분은 정당하다.

(2) (예비적 청구) 세법상 가산세는 과소신고 및 납부 등 의무불이행에 대하여 부과하는 행정상 제재로 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있을 때에 부과를 면할 수 있으나, 처분청이 동일 과세기간이 아닌 기존 과세기간에 대한 경정청구를 받아들여 환급한 사실만으로 과세관청의 공적인 견해표명 또는 국세행정의 관행에 해당하는 것으로 볼 수 없어 정당한 사유가 있는 때에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 ⓛ 쟁점주차장 신축관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 과세한 처분의 당부(주위적 청구)

② 경정청구 내용을 인정하여 매입세액공제로 경정한 후 경정청구에 하자가 있다고 보아 재경정한 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부(예비적 청구)

• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 건의 것) 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용할 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제4조 (사업장의 범위) ①법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의 2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 〓 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적이 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업과 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (3) 국세기본법 (2008.12.16. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제48조(가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 쟁점주차장 관련 우리 원의 현지 확인결과(2014.5.28.) 는 아래와 같다. (가) 신종합관 건축물대장 및 실제 사용현황은 아래 <표1>과 같다.

○○○ (나) 청구법인은 학교법인 OOO의 지점법인인 의료기관으로 그 산하에 종합병원, 전문병원 및 교육기관 등이 있으며, 2005년부터 동 사업장 내에 부속건물인 신종합관(지상 6층 지하 5층)신축공사를 시작하여 2008년 5월 임시사용승인을 받아 쟁점주차장, 장례식장, 임대매장, OOO대학원, 의료원 행정실 등으로 사용하고 있고, 신종합관 신축에 따른 매입세액은 2005년부터 2008년 제1기까지 발생하였고, 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지는 신종합관 매입세액을 전액 불공제되는 매입세액으로 신고하였다가 쟁점주차장과 임대매장 예정사용면적을 과세사업에 사용하는 것으로 보아 공통매입 안분계산하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인의 경정청구 내용대로 경정하여 위 과세기간 해당분 부가가치세 OOO원 상당액을 환급처리한 것으로 심리자료에 나타난다. (다) 조사청은 2008년 제1기 신종합관 신축관련 매입세액에 대하여 과세 및 면세, 공통사용면적으로 안분한 후, 공통사용면적 관련 매입세액을 청구법인 전체의 과세사업(부동산임대 및 주차수입 등)과 면세사업(의료수입금액)수입금액으로 안분하여 신종합관 관련 매입세액 OOO원 중 OOO원을 공제되는 매입세액으로, OOO원을 불공제되는 매입세액으로 조사하였다. (라) 쟁점주차장 포함 전체 주차장 임대현황을 보면, 청구법인은 2005년 5월부터 2008년 7월까지 주차장외주관리용역계약을 체결하여 OOO가 청구법인으로부터 의료원내 모든 주차장OOO을 위탁관리OOO하다가, 2008년 8월부터 현재는 OOO 주식회사가 임차OOO하여 사용 중이다. (마) 쟁점주차장의 외부 출입구는 1개가 있고 이를 통하여 장례식장 방문객, 상주 등이 출입하고 있고, 의료원 내 다른 주차장과의 연결통로는 3층 주차장에 1개가 설치되어 있으며, 의료원 본관 주차장 출입구와는 약 170m의 거리(도보 2분 소요)에 별도로 있다. 청구법인은 이 연결통로를 통하여 시신이 병원 등에서 장례식장으로 운구용으로 사용될 뿐이므로 쟁점주차장이 장례식장 조문객의 전용주차장이라고 주장하고 있고, 현장 방문 시 주차요원 1명이 차량통제를 하고 있었다. (바) 장례식장은 별도의 지점법인으로 사업자 등록되어 학교법인이 직영하고 있으며, 지상 1층부터 지하 2층까지 3개 층에 위치하고 있으며, 빈소는 일반빈소 15개, 특실 2개 등 17개의 빈소가 있으며, 상주에 한해 1일 5대의 차량에 대하여 무료 주차가 가능하다. (사) 쟁점주차장과 다른 병원 주차장의 주차요금표 내역은 아래 <표2>, <표3>과 같이 그 요금체계가 다르다.

○○○ (아) 청구법인은 신종합관 내 OOO대학원 교직원 및 학생(330명), 입주업체 직원의 경우 신종합관 내 쟁점주차장이 부족하여 이곳에 주차를 할 수 없어 외부에 주차한다며, 외부주차장인 주식회사 OOO의 2014.4.11.부터 2014.5.10.(1개월)까지의 주차사용요금 내역을 제출한바, 이를 보면 정기주차 인원은 101명이고, 월 주차요금이 1인당 OOO원이며, 총액은 OOO원이 발생하였고, 그 사용자 현황을 보면, OOO명 등으로, 신종합관 내 OOO대학원 교직원들 중 1명(사무처1)이 외부에 주차한 것으로 나타난다.

(2) 2013년 8월 현재 청구법인 주차장 현황은 아래 <표4>와 같다

○○○

(3) 청구법인은 종합관이 각 대학건물, 병원 등과 물리적으로 떨어져 있고, 개별적․독립적인 기능을 행하는데도 불구하고 처분청이 종합관의 개별적인 특성(쟁점주차장이 장례식장 전용주자장으로 사용되어 조문객 전용으로 사용됨)을 인정하지 않고, 종합관 신축관련 공통매입세액을 계산하는 과정에서 아래 <표5>와 같이 종합관에서 전혀 발생하지 않는 의료부문(본관, 암센터, 어린이병원 등)의 수입금액을 사용하는 등 사업장 전체에 동일한 기준으로 안분 계산한 것은 부당하고, 실제 사용현황은 아래 <표6>과 같으며, 예비적 청구로 청구법인이 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지 해당분에 대해 경정청구하여 처분청이 동 청구내용을 그대로 인정하는 경정결정을 함에 따라 납부세액을 환급받고, 이 건 경정 시에는 경정청구 및 경정결정에 착오가 있다고 보아 재경정한 경우 감면의 정당한 사유에 해당하므로 신고 및 납부불성실가산세OOO를 취소하여야 한다고 주장하였다.

○○○

(4) 처분청은 쟁점주차장과 병원 본관 주차장은 출입구가 구분되어 설치되어 있기는 하나, 지하 통로를 통해 전체가 연결되어 있어 사실상 하나의 주차장과 동일하여 누구나 사용이 가능하며, 종합관 신축건물은 극히 일부분만을 과세사업(부동산임대 등)에 사용하고 있고, 종합관 건물 중 일부 부동산임대에 사용하는 면적 외에는 대부분 의료원 행정실, OOO대학원 및 장례식장 등 면세사업 또는 학교법인의 고유목적사업에 사용하고 있어 종합관이 의료수입과 전혀 관련이 없다고 보기 어렵고, 부가가치세는 사업장 단위 과세가 기본 원칙이고, 청구법인은 동일한 사업장 내에서 과세사업인 부동산임대업과 면세사업인 의료업을 겸영하고 있으므로 종합관의 경우도 대부분은 과․면세 겸업인 장례식장과 면세사업인 의료원 행정실 등으로 사용하고 있으므로 전체 수입금액을 기준으로 안분계산하여야 하고, 예비적 청구에 대하여는 처분청이 동일 과세기간이 아닌 기존 과세기간에 대한 경정청구를 받아들여 환급한 사실만으로 과세관청의 공적인 견해표명 또는 국세행정의 관행에 해당하는 것으로 볼 수 없어 정당한 사유가 있는 때에 해당하지 않는다는 의견을 제시하였다.

(5) 먼저, 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인 내 다른 주차장뿐만 아니라 쟁점주차장 모두가 외부 업체에 부가가치세가 과세되는 수익사업용으로 최초 신축 시부터 현재까지 임대되고 있으므로 과·면세 사업에 공통으로 사용되는 면적으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 청구법인 신종합관 신축과 관련된 매입세액 중 쟁점주차장 면적에 해당되는 매입세액은 공제되는 매입세액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(6) 예비적 청구에 대하여는 주위적 청구를 인용하였으므로 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.