임차법인이 쟁점건물을 신축하여 일정기간 사용한 후 쟁점토지 소유자인 청구법인에 기부채납하게 한 경우, 쟁점건물 신축가액을 쟁점토지의 후불임대료로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2012중0928

[주 문] OOO이 2013.12.6. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 한 2008년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은

1. 2008년 제2기～2012년 제2기 및 2013.1.1.～2013.2.14. 각 기간 동안에 대해서는 OOO에 대한 임대용역대가를 그 토지의 임대차계약 만료시 그 지상 건물을 시가로 평가한 후 그 가액을 각 기간별로 안분계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1981.6.8.부터 현재까지 OOO을 주사무소로 하여 아동교육 등 육영사업을 영위하고 있는 비영리 법인사업자로, 2005.3.30. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 주식회사 OOO(이하 “임차법인”이라 한다)이 쟁점토지의 지상에 상업용 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 20년간 사용수익한 후 청구법인에 무상양도(기부채납)하는 것으로 하는 임대차계약을 체결하였고, 이후 쟁점토지의 임대료에 대하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2013년 8월 청구법인에 대하여 법인세신고 사후검증을 실시한 결과, 청구법인과 임차법인과의 임대차계약기간 종료 후 쟁점건물의 기부채납은 쟁점토지 임대에 대한 후불임대료 성격이므로 쟁점토지의 임대용역을 제공하는 기간동안 지급받는 대가와 쟁점건물의 신축가액OOO을 임대차기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 하여 2013.12.6. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 2008년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점건물의 기부채납은 20년 후에 이루어지는 점, 부가가치세법제6조, 제9조 및 민법제186조에 따라 쟁점건물은 20년 후에야 비로소 청구법인에 귀속되는 점, 부가가치세법 시행령제49조 제4항을 해석함에 있어 관련 대법원 판례의 취지․헌법 합치적 해석의 원리, 미실현 이익에 대한 과세의 방법, 소득 측정 및 담세력에 있어서의 제반 문제점 등을 종합할 때 부가가체세법 시행령제49조 제4항을 쟁점건물의 기부채납에 그대로 적용하는 것은 무리한 해석인 점, 부가가치세법제13조에 의한 과세표준에서 말하는 저가용역 공급인지 여부를 따져보더라도 관련법인세법및 상속세 및 증여세법규정에 따른 적정임대료 수준을 훨씬 상회하고 있는 점, 따라서 쟁점건물을 선급임차료로 의지하여 부가가치세 과세표준에 가산할 경우 현실적으로 도저히 수긍키 어려운 임대료가 산정되는 점, 민법제283조, 제285조, 제623조 및 제624조의 임차인 매수청구권의 성립과 강행규정에 비추어 볼 때, 쟁점건물을 임대인이 무상으로 취득하기로 한 약정이 무효일 개연성이 높은 점, 현행 법인세법및 부가가치세법규정에 따르더라도 20년 후 청구법인이 쟁점건물을 수익하게 될 때 자산수증이익 등의 방법으로 과세하는 것이 얼마든지 가능하고 쟁점건물이 그 당시에도 그대로 존치하고 있을 것이므로 증세에 있어서 아무런 장애사유가 없는 점 등을 종합하면, 이러한 세법의 원리와 대법원 판결 등의 취지를 도외시하고 막연히 부가가치세법 시행령제49조 제4항에 근거하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 일반적으로 사업자가 자신의 토지 위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 사용하게 하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지의 임대에 해당하여 부가가치세 등이 과세되는 것이며OOO, 건물에 대한 과세표준은 2013.2.15. 부가가치세법 시행령제22조 제6호 및 제48조 제15항이 신설됨에 따라 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 지급받는 경우에는 지급받는 대가와 건물의 설치가액을 계약기간 동안 월별로 안분한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 과세기간의 종료일에 공급한 것으로 규정하고 있고, 종전에 제공하여 오던 용역에 대해서도 개정된 법률에 따르는 것으로 회신OOO한 바 있다.

(2) 청구법인은 건물의 신축가액이 장기간 임대차로 시간경과에 따른 노후화를 이유로 토지임대료 명목으로 볼 수 없다고 주장하나, 임대차계약서상 제6조 목적물(건물) 반환 당시 건물의 기초적인 시설물은 정상가동할 수 있도록 교체한 후 청구법인에게 무상반환 하도록 되어 있음이 확인되어 계속 수익성이 있는 상태로 기부채납 받을 것을 약정하고 있으므로 토지에 대한 임대료 명목이 아니라는 청구법인의 주장과 상반되며 실제로 청구법인이 본 사업을 시작하기 전에 임차대상자를 선정하는 과정에서 작성된 사업제안서에 따르면, ‘20년 후 기부채납되는 건물의 가치를 감안할 경우 실질 임대가는 연간 OOO의 가치에 해당함’이라는 문구가 있어 청구법인은 계약전에 이미 해당 사업에 따른 수익을 인식하고 사업을 시작한 것으로 확인된다.

(3) 따라서, 청구법인에게 임차법인과의 쟁점토지 임대차계약기간 종료 후 쟁점건물을 무상으로 지급받는 것을 쟁점토지 임대용역의 후불대가로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 임차법인이 쟁점건물을 신축하여 일정기간 사용한 후 쟁점토지 소유자인 청구법인에게 기부채납하는 경우, 쟁점건물 신축가액을 쟁점토지의 후불임대료로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제6조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 제9조(거래시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제13조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

(2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제48조(과세표준의 계산) ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.

⑫ 사업자가 제22조 제5호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. 제49조의2(부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례) ④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조 제12항 후단을 준용한다. 제50조(시가의 기준) ① 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호 및 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

② 제1항은 법 제6조 제2항 및 제3항에 따라 공급으로 보는 재화의 과세표준의 계산에 관하여 준용한다. (단서 생략)

(3) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 것) 제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

6. 사업자가 사회기반시설에 대한 민간투자법제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 제48조(과세표준의 계산) ⑮ 사업자가 제22조 제6호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우에는 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 그 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. ＜신설 2013.2.15.＞ 부칙 ＜대통령령 제24359호, 2013.2.15.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(“갑”)과 (주)OOO(“을”) 사이에 체결된 사업약정서(2004.6.3.) 및 임대차계약서(2005.3.30.)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 제3조(계약의 목적) “을”은 “갑”으로부터 제4조의 목적물(쟁점토지)을 임차하고 “을”의 비용으로 건물을 신축하여 소유권을 취득하고, 이에 대해 제5조 제1항의 기간 동안 임대사업을 영위한 후 “갑”에게 신축건축물을 무상으로 기부한다. (나) 제5조(임대차기간) 목적물에 대한 임대차기간은 신축공사의 사용검사 승인일 익일을 임대차개시일로 하여 20년으로 하며, 제14조의 계약해제(지) 사유를 제외하고는 본 계약을 중도해지 할 수 없다. (다) 제7조(임대보증금 및 임대료) 임대보증금 OOO원, 연 임대료는 OOO원(VAT 별도)으로 한다. 최초 3년 동안은 임대료를 동결하고, 3년 이후 4년차부터 이를 매 2년마다 최저 OOO% 이상의 복리로 인상한다. (라) 제8조(지상권 설정계약․등기 및 소유권 취득) “갑”은 “을”이 건축허가를 득한 이후 건축물의 시공을 위하여 건설회사와의 공사도급계약을 체결함과 동시에 “을”과 본 계약과는 별도로 지상권 설정계약을 체결하고, 신축 건축물을 위해 현재 건물에 대한 멸실등기 및 목적물에 대한 지상권 설정과 등기에 필요한 제반 서류를 “을”에게 제출한다. “을”은 22년간 지상권을 가지며, 건축물이 준공된 이후 “을”의 명의로 건축물 소유권 등기를 한다.

(2) 청구법인과 임차법인 간에 2005.3.30. 체결된 지상권설정계약서에는 쟁점토지에 대하여 2005.4.1.부터 2027.3.31.까지 22년을 지상권 존속기간으로 기재되어 있다.

(3) 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면, 지목 대지, 면적 6,611.7㎡, 청구법인 명의로 1982.4.6. 소유권이전 등기되었고, 임차법인 명의로 2005.3.30. 지상권 설정이 되어 있으며[존속기간 2005.4.1.～2027.3.31.(만 22년), 지료 보증금 OOO원], 2013.3.29. (주)OOO을 수탁자로 하여 동 지상권이 이전된 것으로 나타난다.

(4) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 의하면, 건물의 소재지번 및 건물명칭은 OOO, 지하 5층/지상 10층, 철골철근콘크리트구조, 2007.7.27. 임차법인 명의로 소유권보존 등기되었고, 2013.3.29. 청구법인 명의로 소유권이전청구권 가등기(등기원인: 무상기부예약), 같은 날 (주)OOO을 수탁자로 하여 신탁(소유권이전) 등기한 것으로 나타나고, 집합건축물대장에는 쟁점건물의 건축주는 임차법인, 허가일 2005.1.31., 착공일 2005.4.29., 사용승인일 2007.6.29.로 나타난다.

(5) 처분청의 법인세신고 사후검증 검토보고서(2013년 8월)에 의하면, 토지소유자가 자신이 소유한 토지 위에 다른 사업자에게 건물을 신축하게 한 후 토지의 임대기간이 종료한 후 건물의 소유권을 무상으로 이전받기로 계약(BOT 방식)하는 경우에 토지소유자의 임대용역 과세표준을 부가가치세법제13조 및 같은 법 시행령 제48조, 제49조의2, 제50조와 OOO(2013.3.28.)에 따라 소유권 이전시점의 시가를 감정평가하거나 처분시 장부가액을 기준으로 시가를 산정해서 각 과세기간별로 과세표준에 안분하여 계산하여야 함에도 불구하고, 청구법인은 계약상 임차법인으로부터 받기로 한 토지임대료(보증금 OOO원(VAT별도))에 대해서만 법인세와 부가가치세를 신고․납부하였으며, 이는 임차법인이 2007년 신축한 상업용건물의 신축가액인 OOO과 비교하였을 때 적정임대료라고 볼 수 없는 것으로 조사되었다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점토지 지상 건물의 신축가액 OOO을 임대차계약 약정기간(20년) 동안의 각 과세기간에 안분하여 청구법인의 임대료로 보아 과세하였으나, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준을 산정함에 있어 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 부가가치세법제13조 제1항 제2호에서 규정하고 있는바, (나) 사업자가 다른 사업자에게 일정시설을 설치하게 한 후 동 시설에 대한 사용권한을 부여하고 그 대가로 정기적으로 금전을 수취하면서 일정기간이 종료한 후 동 시설물에 대한 소유권을 무상으로 이전받기로 약정을 체결하는 것은 금전 이외의 대가를 받는 경우에 해당된다고 할 것으로 이 경우 부가가치세 과세표준은 동 시설물의 소유권이 이전되는 시점의 시가를 기준으로 각 과세기간별로 안분계산하는 것(대법원 2011.6.30. 선고 2008두18939 판결 참조)이므로, (다) 청구법인이 임차법인으로부터 쟁점건물의 소유권을 이전받는 것은 임대차계약기간이 종료될 때이고, 쟁점토지의 임대료는 그 시점에서의 쟁점건물 시가이므로 임대차계약기간 종료시의 쟁점건물 시가를 평가하여 임대차계약기간 동안 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012중928, 2012.12.31., 같은 뜻임). (라) 다만, 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정․시행된 부가가치세법 시행령제22조 제6호 및 같은 법 시행령 제48조 제15항은 그 부칙에 따라 ‘이 영 시행(2013.2.15.) 후 해당 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용’하도록 규정하고 있으므로, 이 건 부과가치세 과세기간(2008년 제2기～2013년 제1기) 중 2013.2.15.～2013.6.30. 기간 동안의 쟁점토지 임대용역 제공분에 대해서는 쟁점건물의 신축가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 부가가치세 부과내역