2. 청구인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구인 주장 청구법인은 폐기물처리업을 전문으로 하는 사업자로 쟁점용역이 부가가치세 면세용역인지 과세용역인지 잘 알지 못하는 상황에서 구청측의 요구에 따라 세금계산서를 발급하였을 뿐이므로 청구법인의 귀책사유가 아니며, 처분청은 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정에 따라 경정청구기간 3년이 경과하여 경정청구 대상이 아니라는 통지를 하였으나, 국세기본법 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 처분청의 거부처분은 부당할 뿐만 아니라, 경기도 **시에 소재하는 주식회사 OOO도 청구법인과 동일한 용역을 제공한 후, 동일한 사유로 관할세무서장에게 경정청구하여 부가가치세를 환급받아 OOO에 반환한 사실이 있으므로 같은 용역에 대하여 세법적용을 달리하는 것은 과세형평에 위배된다.
- 나. 처분청 의견
(1) 국세기본법제68조에 의하면 심판청구는 해당처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내, 행정심판법 제27조 에 의하면 행정심판은 처분이 있었던 날로부터 180일 이내 청구하여야 하는 것으로 청구법인의 이 건 심판청구는 부적법하다.
(2) 국세기본법제45조의2에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구를 하거나, 같은 조 제2항에 열거된 특정의 후발적 경정청구 사유가 발생하면 그 사유발생일로부터 2월이내에 경정청구를 할 수 있는 것이나, 청구법인의 쟁점용역과 관련한 2007년 제1기∼2009년 제1기 부가가치세의 경정청구는 3년이 경과되어 제기되었고, OOO의 종합감사지시에 따른 부가가치세 환수조치는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. (3) 부가가치세법 제26조 및 부가가치세법 시행령제35조 제12호에 의하면, 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역은 부가가치세 면세용역에 해당하나 청구법인과 같이 산업폐기물의 수집·운반업 허가를 받은 사업자가 제공하는 용역은 부가가치세 면세용역이 아니다.
3. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 것인지 여부에 대하여 살펴본다.
- 가. 국세기본법 제45조의2 제1항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고, 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제68조 제1에는 “심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.”고 규정하고 있다.
- 나. 처분청의 경정청구에 대한 결과통보 자료를 보면, 청구법인은 OOO 처분청에 경정청구를 하였고 처분청은 OOO경 청구법인에게 “2007년 제1기∼2009년 제1기에 대한 경정청구는 경정청구기간 경과로 경정청구 대상이 아니며, 2011년 제1기분 및 2011년 제2기분 경정청구분에 대하여는 적정한 것으로 판단되어 경정”한 것으로 나타나고, 청구법인이 OOO경 쟁점용역에 대하여 당초 경정청구와 같은 취지로 고충민원을 제기하였다가 불채택된 사실이 확인된다.
- 다. 살피건대, 청구법인의 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부는 별론으로 하고, 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분이 OOO 등기우편으로 발송되었고 반송된 증빙이나 특별히 송달을 부인할 사정이 보이지 아니하며, 청구법인이 OOO경 동일한 쟁점으로 처분청에 고충민원을 제기한 점으로 보아, 처분청의 경정청구 결과통지는 OOO 무렵이나 늦어도 OOO이전까지 청구법인에게 송달된 것으로 보인다. 따라서, 청구법인이 OOO 제기한 이 건 심판청구는 청구기간을 도과하여 부적법한 것으로 판단된다.