야적장으로 사용한 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 국심2007서5210

[주 문] OOO세무서장이 2013.6.14. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경기도 OOO 소재 임야 7,180㎡, 같은 리 278-2 임야 9,390㎡ 및 같은 리 278-3 임야 4,116㎡ 합계 20,686㎡의 토지 중 5,527㎡의 토지를 비사업용 토지에서 제외하여 이에 상당하는 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1978.6.16. 경기도 OOO 소재 임야 7,180㎡(이하 “토지①”이라 한다), 같은 리 278-2 임야 9,390㎡(이하 “토지②”라 한다) 및 같은 리 278-3 임야 4,116㎡(이하 “토지③”이라 한다) 합계 20,686㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2011.3.24. OOO(청구인이 출자하여 대주주로 있는 법인으로 이하 “매수법인”이라 한다)에 전체토지를 양도한 후, 전체토지를 사업용 토지로 보아 2011.5.31. 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로, 장기보유특별공제를 OOO원으로 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 전체토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제(OOO원)를 배제하여 과세하도록 감사지적하였고, 이에 따라 처분청은 2013.6.14. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.11. 이의신청을 거쳐 2014.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 전체토지 중 청구인이 업무용으로 사용한 면적(5,527㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 장기보유특별공제 OOO원을 공제(양도소득세 상당액 OOO원 감액)하여야 한다.

(1) 전체토지는 매수법인의 공장과 붙어 있는 토지로 2008년 하반기부터 매수법인의 매출 확대로 공장부지가 모자라 전체토지의 일부를 매수법인의 야적장으로 사용하였고, 매수법인은 심판청구일 현재 경기도 안성시에 공장용지 개발을 위한 인허가를 신청하여 공장용지로 개발을 추진하고 있으며, 2009년 이후 위성사진과 2009년 야적된 사진 및 2014년 1월 현재 사진에 의하면, 전체토지 중 일부토지를 양도일 직전 2년 이상 매수법인의 야적장으로 사용한 사실이 명백하게 확인되므로 소득세법 시행령 제168조의11 제1항 제7호에 해당하여 야적장으로 사용된 쟁점토지는 사업용 토지로 인정되어야 한다.

(2) 2009년 이후 야적장 사용면적의 계산은 구적도에 의해 2014년 1월 현재 야적장으로 사용하는 면적을 측량하고 2009년 위성사진과 비교하여 2009년도의 야적장 면적을 산출하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 전체토지는 지방세 정기과세내역서상 사실현황에 따라 비사업용 토지에 해당하는지를 판단하여야 할 것인바, 토지①은 임야로 종합합산과세되었고, 토지② 및 토지③은 과수원으로 분리과세되었으며, 청구인이 전체토지를 보유한 1978.6.16.부터 2011.3.24.까지의 기간 중 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가목 내지 다목에서 규정하고 있는 비사업용 토지를 판정하는 기준기간 동안 사업용 토지로 사용하였다고 보여지지 않으며, 특히 일부 필지에 대하여 야적장으로 사용하였다고 주장하나, 사업자등록이나 임대차계약서, 임대료 수입 등을 제시하지 못하고 있어 실제 야적장 등으로 사용한 것인지 여부가 불분명하므로 비사업용으로 보아 장기보유특별공제를 부인한 당초 처분은 정당하다.

(2) 설령 전체토지 중 일부가 야적장으로 사용되었다고 하더라도 양도당시인 2011년 야적장 사용면적을 항공사진에 의하여 산출할 수 없으므로 2014년과 비교하여 산출한 구적도의 면적은 신빙성이 결여되고 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 전체토지(20,686㎡) 중 쟁점토지(5,527㎡)가 야적장으로 사용한 토지에 해당하므로 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하여 이에 상당하는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2011.4.12. 법률 제10580호로 일부개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 표2 3년이상 4년이하 100분의 10 3년이상 4년이하 100분의 24 4년이상 5년이하 100분의 12 4년이상 5년이하 100분의 32 5년이상 6년이하 100분의 15 5년이상 6년이하 100분의 40 6년이상 7년이하 100분의 18 6년이상 7년이하 100분의 48 7년이상 8년이하 100분의 21 7년이상 8년이하 100분의 56 8년이상 9년이하 100분의 24 8년이상 9년이하 100분의 64 9년이상 10년이하 100분의 27 9년이상 10년이하 100분의 72 10년이상 100분의 30 10년이상 100분의 80 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나.지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령(2011.8.30. 대통령령 제23113호로 일부개정되기 전의 것) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의7 【토지지목의 판정】법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의11【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

7. 하치장용 등의 토지 물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지

(3) 지방세법(2011.3.29. 대통령령 제10469호로 일부개정되기 전의 것) 제106조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(4) 측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률(2011.4.12. 법률 제10580호로 일부개정되기 전의 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “기본측량”이란 모든 측량의 기초가 되는 공간정보를 제공하기 위하여 국토해양부장관이 실시하는 측량을 말한다. 제12조【기본측량의 실시 등】① 국토해양부장관은 기본측량을 하려면 미리 측량지역, 측량기간, 그 밖에 필요한 사항을 시·도지사에게 통지하여야 한다. 그 기본측량을 끝낸 경우에도 같다.

③ 기본측량의 방법 및 절차 등에 필요한 사항은 국토해양부령으로 정한다. 제44조【측량업의 등록】① 측량업은 다음 각 호의 업종으로 구분한다.

1. 측지측량업

2. 지적측량업

3. 그 밖에 항공촬영, 지도제작 등 대통령령으로 정하는 업종

② 측량업을 하려는 자는 업종별로 대통령령으로 정하는 기술인력ㆍ장비 등의 등록기준을 갖추어 국토해양부장관 또는 시ㆍ도지사에게 등록하여야 한다. 다만, 제58조에 따른 대한지적공사는 측량업의 등록을 하지 아니하고 제1항 제2호의 지적측량업을 할 수 있다.

③ 국토해양부장관 또는 시ㆍ도지사는 제2항에 따른 측량업의 등록을 한 자(이하 “측량업자”라 한다)에게 측량업등록증 및 측량업등록수첩을 발급하여야 한다.

(5) 측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 시행규칙(2011.4.11. 국토해양부령 제350호로 일부개정되기 전의 것) 제8조【기본측량의 방법 및 절차 등】국토지리정보원장이 법 제12조 제1항에 따라 기본측량을 실시하려는 경우에는 측량계획 수립, 측량 실시, 측량성과 정리 등의 절차에 따라 실시하되, 그 세부적인 측량의 방법과 절차는 국토지리정보원장이 정하여 고시한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 전체토지에 대해 인터넷 포털사이트 다음의 항공사진 등을 검토해 볼 때, 아래 ＜표1＞과 같이 전체토지의 상태가 나타나고, 청구인이 쟁점토지에 대한 사업자등록이나 임대차계약서, 임대료 수입 등을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점토지가 야적장으로 사용되었다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 사업용 토지로 사용된 면적도 합리적으로 계산하기 어렵다는 의견을 제시하고 있다. ＜표1＞ 인터넷 포털사이트 다음의 항공사진 검토 내용

(2) 청구인은 전체토지 중 쟁점토지 부분을 매수법인이 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 동안 야적장으로 사용하였으므로 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되어야 한다고 주장하면서 국토지리정보원장이 2014.8.14. 발급한 항공사진(2009년 6월 촬영분과 2012년 4월 촬영분) 등을 증빙으로 제출하였다. (가) 매수법인은 1973년 11월에 설립된 환경플랜트 전문 상장회사로 제품이 대형 집진기, 열교환기 등 플랜트장비라서 부분품을 제작하여 전체 제품 완성 출고시까지 야적을 하고, 철판, 철관 및 철봉 등의 자재를 야적하는데 매수법인 소유의 공장부지 74,891㎡(건축면적 16,532㎡)로도 모자라 2008년 10월부터 대주주(청구인) 소유인 공장연접 전체토지 일부를 무상임차하여 정지하고 잡석을 깔아 야적장으로 사용하였다. (나) 매수법인은 전체토지를 청구인으로부터 매입하고 2012년 2월 안성시장에게 토지형질변경에 관한 개발행위허가를 신청하고 공장건축부지로 변경을 추진하고 있다. (다) 2009년 이후 야적장 사용면적의 계산은 측량구적도 등에 의해 2014년 1월 현재 야적장으로 사용하는 면적을 측량하고 2009년 위성사진과 비교하여 2009년도의 야적장 면적을 산출하였으며, 2009년에 전체토지를 야적장으로 사용한 면적은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 야적장 면적 계산 (단위: ㎡) * 측량: OOO(측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 제44조에 따라 등록한 업체임)

(3) 청구인이 신청하여 국토지리정보원장이 2014.8.14. 발급한 항공사진(2009년 6월 촬영분과 2012년 4월 촬영분)에 의하면, 2009년 6월과 2012년 4월 현재 쟁점토지에 적재물이 야적된 것으로 보이나, 2011년의 항공사진은 자료를 보유하고 있지 않은 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 소득세법 시행령제168조의11 제1항 제7호에서 하치장․야적장․적치장 등에 대한 구체적인 정의를 규정하고 있지 아니하며 다만 물품의 보관․관리를 위하여 별도로 설치․사용되는 토지로만 규정하고 하치장 등을 사용함에 있어 설치허가나 신고 등에 관한 제한 규정을 두지 아니하여 하치장 등 설치신고를 하지 아니하였다 하더라도 사실상 하치장 등으로 사용하면 직접 사용한 것으로 보는 것이고, 토지소유자가 직접 사용하여야 한다는 제한규정을 두고 있지 아니한 이상 소유자 또는 임차인이 사용하는 경우에도 적용대상이 된다고 할 것이다(국심 2007서5210, 2008.5.1. 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우, 국토지리정보원장이 2014.8.14. 발급한 항공사진 등을 보면 2009년 6월 촬영한 항공사진에 쟁점토지 위에 컨테이너 등이 적치되어 있는 것으로 나타나므로 매수법인이 2008년말경부터 쟁점토지를 하치장 등으로 사용하였다는 청구주장이 신빙성이 있으므로 쟁점토지가 양도일 직전 2년 이상 사실상 야적장으로 사용되었다고 보이는 점, 청구인이 전체토지를 33년간(1978년～2011년) 장기간 보유하여 투기적 목적은 없었다고 보이는 점, 청구인이 매수법인의 대주주이어서 쟁점토지를 매수법인에 무상임대하여 매수법인이 야적장으로 사용하게 하였다는 청구주장이 수긍이 가는 점, 하치장 등을 사용함에 있어 토지소유자가 직접 사용하여야 한다는 제한규정도 두고 있지 아니한 이상 임차인이 무상으로 사용하는 경우에도 비사업용 토지에서 제외된다고 볼 수 있는 점, OOO이 구적도 등을 근거로 전체토지 중 일부토지(쟁점토지)가 야적장 사용면적에 해당한다고 계산한 것이 합리적이라고 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지는 사실상 임차인이 야적장으로 사용하여 사업용 토지로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. (다) 따라서, 쟁점토지는 하치장용 등의 토지이고 비사업용 토지의 기간이 소득세법 시행령제168조의6 제1호 가목 내지 다목에 포함되지 아니하는 비사업용 토지에 해당되지 아니함에도 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제 적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.