연구인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 자체연구개발비 중 인건비 항목에 퇴직급여충당금 설정액을 포함할 수 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 의약품(자양강장제)을 제조하는 법인으로 2011～ 2012사업연도 중 기업부설연구소 연구원의 인건비에 대하여 OOO만원 상당의 퇴직급여충당금 설정액(이하 “쟁점퇴직급여충당금”이라 한다)을 포함하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하였다.
• 나. 처분청은 2013.10. 청구법인의 2008년부터 2012사업연도까지의 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 적정성여부를 검토, 쟁점퇴직급여충당금 상당액을 인건비 항목에서 제외하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 재계산하여 2013.11.29. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2011사업연도 연구·인력개발비 세액공제 계산 시 오류기재(2007사업연도 연구·인력개발비 금액이 OOO원으로 기재하여 세액공제 과다신고)에 따른 법인세 추징분(가산세포함) OOO원에 대하여는 이의가 없으나, 처분청이 연구·인력개발비 중 인건비 항목에서 퇴직급여충당금설정액을 차감하고 재계산하여 한 법인세 추징은 아래와 같은 사유로 부당하다. (1) 조세특례제한법 시행령별표6에서 규정하는 인건비는 특별한 규정이 없는 한 동 법률에서 사용된 용어의 해석과 관련하여 법인세법에 따르는 것이 타당하며, 법인세법에서는 퇴직급여, 퇴직보험료 등을 인건비의 범위에 포함하고 있다.

(2) 퇴직급여충당금도 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 산입되는 점 등을 고려할 때 동 쟁점퇴직급여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비로 보더라도 그 입법취지에 반하는 것이 아니고, 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 판결(대법원 1995.5.23. 선고 94누9283판결 외 참고)하고 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점퇴직급여충당금 설정액이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함된다고 주장하나, 조세특례제한법에서 규정하고 있는 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 하고 있으며, 이는 해당 과세연도에 연구·인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대하여 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려우므로 청구법인이 주장하는 쟁점퇴직급여충당금은 조세특례제한법에서 규정하는 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함된다고 보기 어렵다. (2) 조세특례제한법 시행령별표6(연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용) 제1호 가목 제1항에서 자체연구개발비용 중 인건비를 규정하고 있으며, 같은 법 기본통칙 9-8…1(연구 및 인력개발비의 용어정의 등)에서 퇴직급여충당금 설정액을 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에서 차감하도록 하고 있어 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구·인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 자체연구개발비 중 인건비 항목에 퇴직급여충당금 설정액을 포함할 수 있는 지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장‧무도장‧유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구‧인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제9조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

• 가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 보면, 청구법인의 쟁점퇴직급여충당금 설정내역이 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(2) 청구법인은, 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로법인세법상 손금에 해당되고,조세특례제한법에서 인건비에 대한 명확한 정의도 없으며, 인건비는 그 명칭여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말하는 것이므로, 쟁점퇴직급여충당금은조세특례제한법상의 연구․인력개발비세액공제 대상의 인건비에 해당된다고 주장하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,조세특례제한법에서 연구․인력개발에 대한 세액공제를 적용받는 인건비에 대해 정의하지는 아니하여 왔고, 2012.2.2. 시행된 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호) 제9조 제1항 [별표6]에서 연구․인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에서 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점 및조세특례제한법상의 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 하고 있는바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여에 한하여 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2013서3789, 2013.11.15. 외 다수 같은 뜻임). 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점퇴직급여충당금상당액을 인건비 항목에서 제외하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 재계산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.