청구법인과 ㈜는 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당하고, 두 법인 매출액 합계액이 000천억원 이상인 것으로 나타나므로, 청구법인에게 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음
청구법인과 ㈜는 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당하고, 두 법인 매출액 합계액이 000천억원 이상인 것으로 나타나므로, 청구법인에게 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 중소기업 여부에 대한 판단은 그 기본이 되는중소기업기본법규정에 따라야 하고, 세법 어디에도 관계기업이란 정의가 없으며, 단지 중소기업기본법 시행령제2조 제3호에 규정되어 있을 뿐이므로 관계기업 규정을 적용시에는 모법인 중소기업기본법 시행령을 따라 야 하며, 조세특례제한법 집행기준5-2-1(중소기업의 범위)에서도 제3항 제3호 라목에서 소유 및 경영의 독립성을 갖추지 않는 것으로 보는 것으로서, 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 OOO 이상인 기업이라고 규정하고 있는 바, 청구법인은 여기에 해당하지 아니한다. 조세특례제한법상 중소기업을 판단하는 경우, 독립성 기준으로서 중소기업기본법에서 정하는 매출액 기준 관계기업 규모를 규정함에 있어 그 대상을 당해 사업연도로 한다는 규정은 어디에도 없고, 다만, 중소기업기본법 시행령에서 직전 3개 사업연도라는 표현만 있을 뿐이며, 더구나 관계기업 제도를 적용하지 아니한 경우에도 마찬가지이다. (2) 조세특례제한법 시행령은 법률로부터 위임받지도 않은 사항(중소기업의 범위)을 대통령령에서 비로소 처음 규정하고서는 하위법령에 다시 재위임하였는데, 이는 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 대통령령을 발할 수 있고, 위임받은 사항을 그대로 하위법령에 재위임해서는 안된다는 헌법 제75조의 규정 취지에 위반된다. 국세부과의 합목적성을 달성하기 위하여조세특례제한법에서는 그 기준 등을 다르게 규정하고 있는 것이며, 이와 다르게 정한 규정만을중소기업기본법과 다르게 해석하여야 하는 것이고 이를 다르게 적용할 경우에는조세특례제한법에서 명시하여야 하며, 시행령에 백지위임되어서는 안될 것이다. 처분청은 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서의 규정에 따라 관계기업에 해당하는 경우 유예기간을 적용하지 아니한다는 의견이나, 조세특례제한법 본문에는 중소기업에 대한 정의가 열거되어 있지 아니함에도 중소기업에 관련된 과세요건을 정함에 있어 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 백지위임하였으므로 조세법률주의에 반한다.
(3) 설령, 청구법인의 매출액 OOO을 기준으로 한다 하더라도 중소기업청의 중소기업 여부 판정 및 인정기간 사례와 같이 2011사업연도 상시 근로자수, 매출액, 자산총액 등이 중소기업 범위 기준을 충족하면, 2012.1.1.부터 2013.3.31.까지는 중소기업으로 보아야 한다.
(1) 조세의 해석 및 적용은 그 법규를 엄격하게 해석함을 원칙으로 하고 있으므로 이 건 조세특례제한법 시행령제2조 제1항도 이와 같은 원칙에 따라 해석하여야 하고, 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따라 실질적 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 기준을 적용하는 경우 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서인 ‘상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 OOO 이상, 매출액이 OOO 이상 또는 자산총액이 OOO 이상’인 경우는 중소기업에 해당하지 않는 것이다. 또한, 조세특례제한법 집행기준5-2-1(중소기업의 범위) “직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 OOO 이상인 기업”을 중소기업에서 배제한다는 표기가 있어 혼돈이 있을 수 있으나, 세법집행기준은 법원이나 국민을 기속하는 법규가 아닌 과세관청 내부기준이고 기본적으로 기본통칙 등은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하므로OOO 과세관청은 필요시 신고내용을 경정할 수 있는 것이다.
(2) 어떠한 기업을 중소기업에 포함시킬지의 문제는 경제적, 사회적 상황에 대응하여 탄력적, 유동적으로 규율할 필요가 크므로 국회가 제정하는 법률에서 이를 열거적으로 망라하기란 부적절할 뿐만 아니라, 그 대상을 선정하는 작업이 매우 전문적, 기술적, 가변적이므로 하위법령에 위임할 필요성을 인정할 수 있으며, 이 사건 법률조항 이외에도 여러 세법규정들에서도 중소기업을 ‘대통령령이 정하는 중소기업’으로 규정하여 그 세부범위를 하위법령에 위임하고 있고, 그러한 중소기업에 대하여 각종 감면의 혜택을 부여하고 있는바, 관련 법 조항 전체를 유기적․체계적으로 종합하여 판단하는 경우에도 하위법령에 정해질 중소기업의 개념 및 그 범위에 대한 대강의 기준을 누구나 예측할 수 있다고 보이는 바OOO, 중소기업의 범위를 하위법령에 위임한 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서규정은 조세법률주의 및 포괄위임 입법금지원칙에 위반되지 아니한다. 따라서, 청구법인은 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서의 규정을 적용하여 유예기간 적용 없이 일반기업으로 보는 것이다.
(3) 법인세의 납세의무는 과세기간이 끝나는 때 성립되므로 과세여부 및 납세의무의 범위는 그 때 결정된다고 판시하고 있는바OOO, 청구법인이 관계기업에 해당하여 조세특례제한법상 각종 혜택을 받을 수 없게 되는지 여부도 과세연도가 끝나는 시점의 매출액 등으로 판정함이 타당하다. 또한, 2011년 개정세법 해설에도 “당해 사업연도 종료일의 매출액을 기준”으로 중소기업 규모․졸업기준을 판단하도록 해설하고 있으며, 내국법인이 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따라 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 기준을 적용하는 경우 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 상시 사용하는 종업원수 ․자기자본․매출액 및 자산총액은 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.>
중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1.중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행 주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, …(중략)…, 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 "상시 사용하는 종업원수"라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령제20조에 따른 일용근로자, 기술개발촉진법 시행령제15조 제1항에 따른 기업부설연구소의 연구전담요원 및근로기준법제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개 월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월 간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.<개정 2011.4.7.>
③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "자기자본"이라 함은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액을 말한다. <개정 2001.3.28.>
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 "매출액"이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. <신설 2001.3.28.>
(4) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 중소기업기본법 시행령 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】①중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가.독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
② 법 제2조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 사회적기업"이란 영리를 주된 목적으로 하지 아니하는 사회적기업으로 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억원 이하일 것
2. 제1항 제1호 가목 또는 라목에 해당하지 아니할 것
3. 제1항 제2호 가목 또는 나목에 해당하지 아니할 것 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】 ① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조 제15항 에 따른 주권상장법인으로서 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의4【관계기업의 상시근로자수 등의 산정】 ① 관계기업에 속하 는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표 2에 따른다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다. 제9조【유예 제외】 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우
2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 [별표 1] <2011.12.28. 개정> 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출애의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 <이하 생략> [별표 2] <2011.12.28. 개정> 관계기업의 상시근로자수등의 산정기준 (제7조의4 제1항 관련)
3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.
(1) 청구법인은 산업용가열히터를 제조하는 법인으로서 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있고, 2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하면서 연구․인력개발비 세액공제 등 중소기업과 관련된 OOO을 다음 <표>와 같이 공제 및 감면하여 신고․납부하였다. OOO (2) 2013년 9월 OOO국세청의 관계기업 조세특례 검토서 등에 의하면, 청구법인은 2012사업연도말 현재 OOO(주)에 대하여 49.51% 의 출자지분을 보유하고 있 는 최다출자자로, 청구법인과 OOO(주)의 2012사업연도 매출액을 합산하면 OOO으로 OOO을 초과하여 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제2조 제1항 제3호에 적합하지 않은 관계기업에 해당됨에도 연구․인력 개발비 세액공제 등을 중소기업 수준으로 공제 받아 과다공제 혐의가 있는 것으로 되어 있다.
(3) 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호 의 내용을 보면, ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.’고 되어 있고, 그 부칙 제1조에서 동 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행하는 것으로 되어 있으며, 같은 조 제2항 제3호에서 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우’로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하는 것으로 되어 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 OOO(주)는 중소기업기본법 시행령제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당되는 것으로 나타나고, 청구 법인과 OOO(주)의 2012사업연도 매출액의 합계액이 OOO 이상 으로, 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따른 독립성 규정에 적합하지 아니한 것으로 나타나는바, 2009.3.25. 신설된 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목에 따르면, 관계회사에 속하는 기업의 경우 지배기업과 종속기업을 합산한 상시근로자수 등(매출액)이 졸업기준을 초과하는 경우 중소기업으로 보지 아니한다고 규정하고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2011.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있으며, 2010.12.30. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호가 개정되어, 중소기업 요건으로서 위 “ 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 규정에 적합할 것”이라는 조문이 추가되고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2012.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있다. 따라서, 2012.1.1. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사와의 매출액 합계액이 규모기준을 초과하는 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 되고, 독립성 기준에 위배되는 청구법인의 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.