[요지] 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재위탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고, 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[요지] 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재위탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고, 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2012서1281
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 법원(서울행정법원 2013구합2600 법인세 등 부과처분취소, 서울행정법원2012구합 29509 법인세부과처분취소)은 재수탁업체가 전담부서를 보유한 경우에만 세액공제 대상이 되는 것으로 보아 원고의 청구를 기각한바 있고, 일부(서울행정법원 2013.5.3. 선고2012구합37920)는 연구전담부서를 보유한 기업에 지급한 연구·인력개발비는 수탁업체의 재위탁 여부 및 재수탁업체의 연구전담부서 보유여부에관계없이 세액공제대상이 된다고 하여 국패한 사건은 현재 고등법원에 항소하여 2심 계류 중으로 대법원에서 확정되지않은 사건이다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[괄호생략]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1.중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구분 비용
1. 기술개발
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합
(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.
(2) 청구법인은국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 “위탁함에 따른 비용”에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는것이므로, 위탁함에 따른 비용에 수탁자의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 명문 규정이 없는 것이므로 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비를 세액공제 대상에서 배제하지 않는 것이 타당하다고 주장하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 감면요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 하는 점,조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, [별표6] 제1호 가목 ①, 제9조 제2항, [별표6] 제1호 가목 ①, 구 조세특례제한법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에 따르면, 위 ‘전담부서’란기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소, 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서 등을 의미한다고 규정된 점, 이와 같이 조세특례제한법령은 수탁업체를 일정한 요건을 갖춘 기관으로 제한하고 있는바, 이는 현실적으로 연구개발용역에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 용이하지 아니하여 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 가능성이 있을 뿐만 아니라 연구개발활동을 수행할 능력이 없는 업체가 이를 수행할 경우 연구개발활동이 부실하게 이루어질 수 있으므로, 내실 있고 실질적인 연구개발활동을 할 것이라고 판단되는 위 각 기관들이 수행한 연구개발용역에 대하여만 세액공제 혜택을 부여함으로써 연구개발비에 대한 세액공제제도를 객관적이고 공평하게 운영하기 위한 것으로 보이는 점, 만약 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재수탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고, 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있을 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도, 최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙에도 반하는 점등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다(조심 2012서1281, 2012.9.5. 외 다수 같은 뜻임).
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.