[요지] 새로 채용하는 인력에게 일정 기간 의무적인 재직을 조건으로 지급하는 쟁점상여금은 청구법인의 연구전담부서에서 연구개발활동에 직접적으로 투입한 비용으로 보기 어려우며, 규모의 확대로 유예기간이 적용되어 중소기업으로 보았으나 이후 실질적 독립성 기준에 위배되는 것으로 보아 유예기간을 배제한 처분은 잘못이 없음
[요지] 새로 채용하는 인력에게 일정 기간 의무적인 재직을 조건으로 지급하는 쟁점상여금은 청구법인의 연구전담부서에서 연구개발활동에 직접적으로 투입한 비용으로 보기 어려우며, 규모의 확대로 유예기간이 적용되어 중소기업으로 보았으나 이후 실질적 독립성 기준에 위배되는 것으로 보아 유예기간을 배제한 처분은 잘못이 없음
[참조결정] OOOOOOOOOO
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 연구 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로를 제공하는 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것이 포함되는바, 쟁점상여금은 우수인력 확보를 위하여 지급한 이직료 성격으로서 기획재정부령으로 정하는 ‘전담부서’에서 근무하는 자에게 근로의 대가로 지급된 인건비이므로 연구·인력개발비 세액공제의 대상이다.
(2) 청구법인은 2009사업연도에 자기자본이 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않고, 2012사업연도까지 유예기간 중에 있는 기업이며, 조세특례제한법 제2조 제2항 단서에 규정된 중소기업에는 유예기간 중에 있는 기업은 포함되지 않고, 유예기간 중인 기업이 독립성을 충족하지 못하는 경우 그 때부터 그 유예기간을 적용하지 않는다는 규정이 없으므로 청구법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 규정된 독립성 기준을 충족하지 못한다 하더라도 청구인은 이미 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 이상 유예기간이 실효되지 아니하므로 청구법인은 2012사업연도에 유예기간을 적용받아 연구·인력개발비에 대한 세액 공제율 25%가 적용되어야 한다.
(1) 조세특례제한법 제9조 제5항, 같은 법 시행령 제8조 제1항 별표 6의 제1호 가목에는 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비를 연구개발을 위한 전담부서 근무자의 인건비로 규정하였으나, 쟁점상여금은 청구법인의 전담부서에 근무하는 연구원이 아닌 계약 이후 근무할 인력을 확보하기 위한 비용으로서 연구 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않고, 해당 인력이 타 회사에서 청구법인으로 이직하고 청구법인에서 일정 기간 의무적으로 재직하는 대가로 지급된 비용으로서 연구 개발 활동과는 직접 관련이 없으므로 세액공제 대상으로 볼 수 없다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업 유예대상을 종업원수, 자기자본, 매출액, 자산총액 등의 규모가 확대되는 경우로 규정하였고, 단서에서는 실질적 독립기업이 아닌 경우에는 유예기간을 적용하지 않도록 규정하였으며, 청구법인은 실질적 독립성 기준을 위배하였으므로 조세특례제한법 시행령 부칙 제1조 단서에 따라 2012.1.1.부터 유예적용 대상에서 제외되며, 중소기업 졸업 3년 이내로서 세액공제율 OOO%가 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 채용할 인력의 이직 및 일정기간 복무에 대한 대가로 지급한 지출액이 연구 인력개발비 세액공제대상에 해당하는지 여부
② 중소기업 유예기간 중 기업기준에 위배되어 유예기간 적용을 배제하고 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 연구·인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 대상으로 하고 있으므로 해당 과세연도에 연구·인력에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여에 대해 적용하는 것이 타당하며, 쟁점상여금과 같이 타 회사에서 청구법인으로 이직하고 일정기간 의무재직의 대가로 지급된 비용으로서 근로계약서에 서명하는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 선불적 임금은 청구법인의 연구전담부서에서 연구개발활동에 직접적으로 투입된 비용으로 보기 어렵고, 또한, 조세특례제한법 제9조 제5항 및 같은 법 시행령 제8조 제1항은 연구·인력개발비에 대한 세액공제대상인 인건비를 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 제1호 가목, 즉, 연구개발을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비로 정하고 있는바, 청구법인의 전담부서에서 현재 근무하는 연구원들이 아닌 이직보상금 계약 이후 근무할 직원을 채용하기 위하여 지출한 비용으로서 통상 인건비 외의 프리미엄 성격의 비용인 점에 비추어 쟁점상여금은 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않으며, 쟁점상여금은 2011년 12월 이후 이직보상금 계약을 체결한 OOO 등 13명에 지급된 것으로 법인세법상 의무근무기간(2012사업연도)에 손금으로 인정될 비용으로서 2011사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다는 의견이다. (나) 청구법인의 구체적인 주장내용은 다음과 같다.
1. 조세특례제한법에 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위가 규정되어 있지 않고, 대법원은 “조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데 그 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이고, 퇴직금과 같이 근로계약이 종료하는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없으므로, 퇴직급여충당금은 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는다”고 하였으며(대법원 2014.3.13. 선고 2013두24310 판결), 우리 원은 “연구개발비는 재료 제품 기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비 기술정보비 등의 비용으로서 연구개발 전담부서에 소속된 연구원들의 인건비만이 세액공제대상이 된다”고 결정하였던바(국심 2007서2031, 2009.3.20.), 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하기 위해서는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 인건비로서(직접대응성), 이는 재료 제품 기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구비 인력개발비 기술정보비 등 직접 지출되는 비용을 의미한다고 볼 수 있다.
2. 쟁점상여금은 OOO 등이 보유한 지식, 기술 등을 공유함으로써 유선통신장비의 성능을 향상시키거나 제조공정을 개선하는 등 청구법인의 연구개발에 기여하도록 근로개시 직전에 선지급되었으나, OOO 등과 체결한 이직보상금 약정 제2조(의무재직), 제3조(변제에 관한 사항)에는 직원들은 이직보상금을 받는 조건으로 1년간 의무적으로 재직하여야 하며 의무기간을 채우지 않고 퇴사하는 경우에는 이직보상금 전액을 반환하여야 한다고 규정되어 있으므로 청구법인이 OOO 등에게 선지급하였다고 하여 직접적으로 대응하는 인건비인 사실에 영향을 미치지 않고, 지급시기에 따라 OOO 등이 연구개발활동에 종사하면서 청구법인의 연구개발활동에 기여하는 본질적 내용이 달라지는 것은 아닌바, 쟁점상여금은 ① 근로계약상 1년 간의 의무재직에 대한 대가이고, ② 회계상 의무재직기간의 비용으로서 법인세법상 해당 과세연도의 손금이며, ③ 직원들도 OOO 등이 이직한 연도부터 청구법인의 장비제조과정에서 전문지식이나 기술 등을 기존 재직자들과 공유하여 청구법인의 연구개발에 기여하므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발비에 직접 대응되는 인건비에 해당한다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점상여금이 연구 및 인력개발비에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법상의 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있고, 이는 해당 과세연도에 연구 및 인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당한바, 새로 채용하는 인력에게 일정 기간 의무적인 재직을 조건으로 지급하는 쟁점상여금은 청구법인의 연구전담부서에서 연구개발활동에 직접적으로 투입된 비용으로 보기 어렵고, 청구법인의 전담부서에서 현재 근무하는 연구원들이 아닌 장래에 근무할 직원을 채용하기 위하여 지출한 비용으로서 통상의 인건비 성격이 아닌 특정 목적의 지출비용으로 보아야 할 것으로서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되지 않으며, 또한 쟁점상여금은 2011년 12월 이후 이직보상금 계약을 체결한 OOO 등 13명에 지급된 것으로 2011사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것이므로 처분청이 쟁점상여금을 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호의 연구 및 인력개발비에 해당하지 않는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업 규모 이상이 되거나 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 그 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당여부를 판정하되, 다만, 중소기업의 실질적인 독립성이 일정 기준을 충족하지 못하는 경우에는 유예기간을 적용하지 않으며, 그 중 하나로 자산총액 OOO원 이상인 법인이 발행하는 주식 총수의 OOO% 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하는 경우를 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 2009사업연도부터 자기자본 OOO원 이상이 되어 중소기업 유예기간의 적용을 받던 중 2010사업연도부터 주식회사 OOO 발행 주식 총수의 OOO%를 소유하게 됨에 따라 청구법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제3호의 기준을 초과하는 것으로 보아 2012사업연도까지로 예정된 유예기간의 적용을 배제하고 중소기업에 해당하지 않게 된 후 3년 이내인 기업에 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제율 15%를 적용하여 2012사업연도 법인세를 과세하였다. (다) 이에 청구법인은 2009사업연도에 자기자본이 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간이 적용되어 2009～2012사업연도까지 유예기간 중에 있는 기업에 해당하며, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 조항에 규정된 중소기업에는 청구법인과 같이 유예기간 중에 있는 기업은 포함되지 아니하고 동 단서 조항에서 유예기간 중인 기업이 독립성기준을 충족하지 못한 경우 그 때부터 그 유예기간을 적용하지 않는다는 실효규정이 존재하지도 아니하므로 청구법인이 독립성기준을 충족하지 못한다고 하더라도 유예기간이 실효된다고 볼 수 없어 2012사업연도에도 중소기업에 대한 세액 감면율 25%가 적용되어야 한다는 주장이다. (라) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 2009사업연도 자기자본 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하였으나 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따라 유예기간을 적용받은 사실과 유예기간 중인 2010사업연도에 주식회사 OOO 발행주식 OOO%를 보유하게 됨에 따라 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 해당되어 중소기업 요건을 갖추지 못하게 된 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인은 청구법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간이 적용되어 2009～2012사업연도까지 유예기간 중에 있는 기업에 해당되므로 동 유예기간 중에 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 해당되지 않게 되었다고 하더라도 유예기간 종료 시까지는 중소기업에 대한 세액감면 대상이라고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 단서 및 제3호에서 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우는 유예기간을 적용하지 아니하는 것으로 규정하면서, 같은 조 제1항 제3호에서는 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합한 경우 중소기업으로 규정하고 있는바, 청구법인은 2010사업연도에 주식회사 OOO 발행주식 OOO%를 보유하게 됨에 따라 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호와 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 의한 중소기업 요건을 갖추지 못하게 되어 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 단서의 규정에 의해 유예기간을 적용하지 않는 것이므로 유예기간 종료 시까지 중소기업에 대한 세액감면 대상이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2)조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (생략) 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ② 법 제10조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.(이하 생략) 부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (생략) 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 중 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.
(3) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제3조(중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업
1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일