[요지] 청구법인은 △△△매장 4곳을 운영하여 소매판매업을 주업으로 하는 법인으로서 ○○○에 대하여 일반 고객에게 판매하는 방식과 같은 방식으로 1차식품을 판매하였고, ○○○이 청구법인으로부터 1차식품을 구입하는 방식은 제3자로부터 1차식품을 구입하는 방식과 그 효과가 다르지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 ○○○에 공급한 면세 식자재를 식당운영용역에 포함되는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[요지] 청구법인은 △△△매장 4곳을 운영하여 소매판매업을 주업으로 하는 법인으로서 ○○○에 대하여 일반 고객에게 판매하는 방식과 같은 방식으로 1차식품을 판매하였고, ○○○이 청구법인으로부터 1차식품을 구입하는 방식은 제3자로부터 1차식품을 구입하는 방식과 그 효과가 다르지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 ○○○에 공급한 면세 식자재를 식당운영용역에 포함되는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO이 2013.11.6. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 OOO에 공급한 면세 식재료는 정상적인 상품매출과 같이 발주 검수하고, 계산서를 발행한 후 상품매출로 회계처리하였다. 청구법인은 OOO으로부터 기존 식재료를 포함한 식당운영 일체를 일괄수탁하여 제공하던 방식에서 2008년 11월부터 면세대상인 식재료 구입과 과세대상인 식당운영 부분으로 구분하여 공급하기로 계약을 변경하였던바, 이는 OOO 독신자숙소가 기존 부가가치세 과세대상인 숙박업에서 부가가치세 면제대상 주택임대용역으로 수정(OOO, 2008.6.19. 질의회신)됨에 따라 OOO(공급받는 자, 독신자숙소 운영자)이 식당운영 위탁수수료에 대한 부가가치세를 공제받지 못하게 되자 위탁수수료 중 면세되는 식자재를 OOO이 직접 구매하여 그만큼 부가가치세를 절감할 목적으로 위임계약형태를 종전의 일괄위임방식에서 식자재에 대해서는 OOO이 직접 구매하는 방식으로 변경한 것이므로 실질내용에 따라 과세함이 타당하며, 직접구매방식과 일괄위수탁계약방식 중 어느 것을 선택할 것인지는 당사자가 선택할 문제이므로 특별한 사정이 없는 한 과세관청은 당사자가 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것으로서 청구법인의 면세거래는 정당한 거래로 인정되어야 한다.
(2) 설령, 청구법인의 면세거래가 과세거래에 해당한다 하더라도, 면세 매입액 OOO원에 대한 의제매입세액 OOO원을 공제하여야 하며, ‘식당운영위수탁계약서’ 제8조에서 지급수수료에 부가가치세가 포함된 사실이 확인되므로 면세로 신고한 OOO원을 공급대가로 보고 세액 OOO원을 차감한 OOO원을 과세표준으로 하여야 한다.
(1) 식당운영에 있어 가장 필요한 식자재와 인력에 대한 통제권이 모두 청구법인에 있었으므로 청구법인이 일괄하여 ‘음식임가공용역’을 제공하였다고 보아야 하며, 식대단가를 낮출 목적이었다면 위수탁거래 처음부터 분리하여 거래할 수 있었음에도 독신자숙소의 숙박용역에 대하여 면세 판정을 받은 때에 분리거래를 시작한 것은 식대단가 조정보다 부가가치세 탈루목적이 있다고 보이며, 계약내용 변경이나 회계처리 등은 하나의 거래임에도 OOO이 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하게 되자 거래금액을 낮추기 위해 계약서를 변경하여 분리 거래한 것처럼 위장한 것이고, 청구법인이 구매를 대리하였다 하더라도 이는 일괄위수탁방식과 본질적으로 같아 청구법인이 식자재 구매 및 식당운영 용역을 제공한 것을 의미하므로 당초 처분은 정당하다.
(2) 의제매입세액 공제는 계산서 등 매입증빙을 제시하고 과세관청 확인을 거치면 가능하며, 식재료를 구입하여 음식을 조리하는 식당운영위수탁계약은 하나의 거래이므로 식재료 구입만 분리하여 면세거래로 주장하는 것은 부가가치세 과세표준을 오해한 것으로서 과세물품을 면세물품으로 오인하여 해당 부가가치세액을 징수하지 못한 것에 불과하므로 거래금액이 공급대가에 해당한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 공급한 ‘식당운영 용역’과 ‘면세 식자재’를 식당운영에 관한 일괄위수탁계약으로 보아 과세한 처분의 당부(주위적 청구)
② 면세매입액에 대하여 의제매입세액 공제가 가능한지 여부 및 면세로 신고한 금액을 공급대가로 보아야 하는지 여부(예비적 청구)
⑤ 제1항에 따른 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조(납부세액) ③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조 제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.
④ 제3항은 사업자가 제18조 및 제19조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다. 제12조(면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품{식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다} 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하여 이 건 사실관계를 살펴본다.
1. 청구법인은 2011.11.1. OOO 직원들이 설립한 영리법인으로서 OOO으로부터 3곳의 공무원연금매장을 임차하여 운영하고 있고, OOO으로부터 장기임대시설인 OOO 독신자숙소의 식당운영을 수탁하여 운영하고 있다.
2. 그동안 OOO이 소유한 독신자숙소와 독신자숙소의 식당은 부가가치세 과세대상인 숙박업으로 보아 부가가치세 신고시 식당운영위탁수수료에 대한 매입세액이 매출세액에서 공제되었으나 2008.6.19. OOO에서 면세대상인 주택임대업의 부수용역이라고 해석함에 따라 식당운영위탁수수료에 대한 매입세액을 공제받지 못하게 되어 해당 세액만큼의 부담이 증가하게 되었다.
3. OOO은 2008년 11월에 식당운영위수탁계약을 변경하여 1차 식품을 직접 구입하고 나머지 식당운영용역은 종전과 같이 위수탁계약에 의하여 제공받았던바, OOO OOO와 청구법인은 2008년 11월에 OOO 독신자숙소 내 식당운영 위 수탁 변경계약서 제8조 제1항을 “지급수수료(부가가치세 포함) 산정은 매 1년 단위로 하여 갑과 을이 협의를 거쳐 갑이 결정하되, 연간 지급수수료는 식당운영에 소요된 비용을 감안하여 금 OOO원으로 하되, 식재료비 중 면세 해당분의 월평균 부가가치세 추정액 OOO원 만큼 매월 수수료 지급시 차감지급 후 익월 수수료 지급시 정산 지급하기로 한다”라고 변경하여 면세 식자재에 대한 부가가치세 차감 내용을 추가하였다.
4. 청구법인은 공무원연금매장(OOO지사 1차식품 매장)에서 구입가격에 OOO%의 마진을 붙여 일반매출과 동일 판매방식(POS)으로 판매하고, OOO에 월단위로 계산서를 발급하였으며, 위탁수수료에 대해서는 별도로 세금계산서를 발행하였다.
5. 청구법인은 OOO에 대한 1차식품 판매와 관련하여 외상매출금 계정별 원장의 차변에 외상매출금, 대변에 상품매출로 회계처리하고, 식재료를 상품매출로 회계처리한 금액만큼 지출통장에서 인출하여 차변에 보통예금, 대변에 외상매출금으로 처리하였으며, 수입통장에 입금하고 차변에 보통예금, 대변에 외상매출금으로 처리하는 등 회계처리를 하였다.
6. 청구법인의 부가가치세 신고내용, 1차식품 식재료 판매이익률 및 일별 매출현황은 아래 <표1> 내지 <표3>과 같다. (나) 청구법인은 OOO에 대한 1차식품의 판매는 일반적인 상품매출과 같이 발주서로 주문을 받고, 판매시점에 전산(POS)처리 및 회계처리를 하였으며, 구입원가에 OOO%의 이익률을 가산하여 상품매출로 인식하고, 부가가치세 신고시 포함하는 등 정상적인 상품매출로 처리하였으며, 또한 식당운영 위수탁계약은 3년마다 변경되어 2009.11.30.이 변경예정일이었으나, OOO 해석(OOO, 2008.6.19.)에 의하여 OOO에서 운영하는 공무원독신자숙소를 과세대상인 숙박업에서 면세대상인 주택임대용역으로 보게 되었고, OOO은 식당운영위탁수수료의 매입세액을 공제받지 못하여 비용이 증가함에 따라 면세 식자재는 OOO이 직접 구매하고, 식당운영은 별도로 위임하는 방식을 요구하여 2008년 11월에 계약을 변경한 것이며, 변경된 계약서 제8조 제1항에 추가된 “식재료비 중 면세 해당분의 월평균 부가가치세 추정액 OOO원 만큼 매월 수수료 지급시 차감 후 익월 수수료 지급시 지급하기로 한다”는 조항은 계약변경의 동기 등을 고려할 때 1차식품은 식당운영과 구분하여 면세로 처리되어야 한다는 주장이다. (다) 처분청은 청구법인이 식자재를 손익계산서상 ‘식재료’ 계정으로 회계처리하였으나 OOO이 구입하여 청구법인에게 공급한 것이라면 청구법인의 결산서에 ‘식재료’로 계상할 수 없으므로 식자재는 청구법인이 통제한 것이고, 식당운영관련 위 수탁계약서 제6조 제2항에 “을(청구법인)은 식당운영에 필요한 식단표작성, 식재료 구매, 음식조리, 물품관리 등을 통하여 매일 양질의 완성된 음식(조식, 중식, 석식)을 각각 공급한다”고 되어 있어 식재료를 청구법인 책임 하에 구입한 것이며, 청구법인은 OOO지점 독신자숙소 식당의 영양사가 식재료를 발주하면 OOO지점 매장에서 식당으로 납품하고 영양사가 검수한다고 답변하여 직접 구매한 사실이 확인되고, 독신자숙소 식당에서 사용한 식자재는 OOO지점 매장(소매/연쇄점)의 매입과 구분하여 구입한 것이 아니라 판매용 매장 원재료 일부를 식당에서 사용하는 형태로 운영하였으며, 식당운영에 필요한 식자재와 인력 통제권이 청구법인에 있었고, 식당운영에 필수적인 ‘식자재구매’와 ‘음식조리 및 운영 인력’에 대한 통제권이 OOO에 있다는 계약이 없으며, 식당운영 일체(인력, 식자재구매, 식단구성 등)를 청구법인이 책임지는 것으로서 음식임가공용역을 일괄적으로 제공한 것이고, 식대단가를 낮추기 위한 목적이라면 당초에 분리할 수 있었음에도 독신자숙소가 면세사업장으로 판정을 받은 때에 분리하여 거래한 것은 부가가치세 탈루를 위한 의도로서 계약서 내용의 변경이나 회계처리 등은 하나의 거래임에도 갑의 위치에 있는 OOO이 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하게 되자 거래금액을 낮추기 위하여 계약서를 형식적으로 변경하여 분리 거래한 것처럼 위장한 것이며, 청구법인이 식자재 구매에 있어 사실상 공단을 대리한 것은 일괄위수탁방식과 본질이 같고, 분리거래가 허용된다면 부가가치세를 면탈하려는 다른 업체에게도 허용해야 하므로 부당하다는 의견이다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 1차식품의 공급은 식당운영용역에 포함된 것으로서 과세대상이라는 의견이나, 납세의무자는 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이며, 당사자가 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되고, 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 같다고 하여 조세법상 동일하게 취급할 것은 아니며(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결), 청구법인이 면세 식자재를 식당운영용역과 분리하여 별도로 공급하는 것은 당사자가 선택한 거래방식이고, 청구법인은 공무원연금매장 4곳을 운영하여 소매판매업을 주업으로 하는 법인으로서 OOO에 대하여 일반 고객에게 판매하는 방식과 같은 방식으로 1차식품을 판매 및 회계처리하는 것은 통상적인 사업행위에 해당하며, OOO이 청구법인으로부터 1차식품을 구입하는 방식은 제3자로부터 1차식품을 구입하는 방식과 그 효과가 다르지 아니한 점, 종전의 식당운영에 관한 일괄 위수탁계약에서 면세 식자재를 분리하여 별도로 공급하는 방식으로 변경한 것은 독신자숙소가 과세대상인 숙박업에서 면세대상인 주택임대업으로 변경되어 식당운영용역수수료의 매입세액을 공제받지 못하게 됨에 따라 OOO이 자금부담을 최소화하기 위한 것으로서 합리적 경제주체로서 선택한 것으로 보이는 점, 급식을 제공하는 OOO 소재 고등학교 중 학교가 식자재를 별도로 구입하여 급식운영자에게 제공하는 방식으로 학교급식이 운영되는 경우도 있는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO에 공급한 면세 식자재를 식당운영용역에 포함되는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②는 쟁점①이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.