고유목적사업준비금 설정률 차이로 증가한 한도내 과소계상액을 경정청구를 통하여 신고조정하여 손금산입할 수 있음

[주 문] 2013.5.29. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 등의 생활안정과 복리증진 등을 도모하기 위하여 ｢OOO｣에 의해 1971.3.16. 설립된 비영리 법인으로 2009사업연도 법인세 신고시 공제기금조성을 위한 수익사업을 영위하면서 지급받은 소득 중 OOO, 이하 “OOO”라 한다) 투자로 발생한 소득 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 ｢법인세법｣ 제29조 제1항 제4호 에 규정된 “그 밖의 수익사업에서 발생한 소득”에 해당되는 것으로 보아 고유목적사업준비금 한도액을 OOO원으로 산정한 후 동 한도액에서 손익계산서상 부가준비금전입액으로 계상한 OOO 원을 신고조정으로 손금산입하였다.
• 나. 이후 OOO 투자로 발생한 소득은 ｢법인세법｣ 제29조 제1항 제1호 에 해당된다는 취지의 OOO에 따라 청구법인은 2013.3.28. 쟁점금액을 고유목적사업준비금 OOO% 설정대상으로 분류하여 2009사업연도 고유목적사업준비금 한도액을 OOO원으로 산정한 후, 한도액 증가에 따른 고유목적사업준비금 부족 적립액 을 신고조정으로 손금산입하여 달라는 취지로 경정청구하였으나, 처분청은 2013.5.29. 고유목적 사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니한 경우에는 그 이후 경정청구 등에 의하여 손금산입 할 수 없다하여 경정 거부처분하였다.
• 다. 청구법인은 2013.9.2. 이의신청을 거쳐 2014.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 경우 ｢OOO｣ 제23조와 급여규정에 따라 매 결산기마다 공제사업의 종류별로 장래에 지급할 급여액에 충당하기 위하여 매 회계연도말 현재 전 회원이 탈퇴할 경우 지급하여야 할 퇴직급여금과 탈퇴해약금을 준비금으로 적립하고 연도별 전입액을 부가준비금전입액으로 계상(결산조정)하고 있고, 동 부가준비금전입액이 고유목적사업준비금 한도액에 미달하는 경우에는 그 미달액 만큼 세무 조정계산서에 손금산입(신고조정)하고 있는바, 판례와 선결정례 OOO에서도 신고 조정방식으로 손금산입하는 준비금의 경우 경정청구로 신고조정에 따른 손금산입을 정당한 것으로 인정한 바가 있고, 쟁점법인의 경우 결손금 누적으로 2009사업연도에 고유목적사업준비금으로 적립할 잉여금이 없었으므로 처분가능한 잉여금이 발생하는 이후 사업연도에 잉여금을 적립할 것을 전제로 과소 손금산입한 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입하여 경정청구할 수 있음에도 불구하고 처분청이 신고조정사항이라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 ｢법인세법｣ 제29조 제1항 에 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 되어 있는바, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니한 경우에는 경정청구 등에 의해서 사후적으로 손금에 산입할 수 없는 것으로 보아야 하고, 같은 법 제61조 제1항에서 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 이를 당해 사업연도의 손금에 계상한 것으로 본다고 규정하고 있으나, 감사인의 회계감사를 받는 청구법인이 당초 2009사업연도 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 손금산입하지 아니한 이상, 사후 경정청구 등을 통해 소급하여 손금으로 인정할 수 없으며, 관련 예규 OOO에서도 고유목적사업준비금은 손금으로 계상한 경우에 한하여 손금산입하는 것으로 해석하고 있는 등 당초 2009사업연도 법인세 신고시 청구법인이 손 금산입하지 아니한 고유목적사업준비금을 경정청구를 통해 손금산입하여 달라는 취지의 경정청구에 대해 처분청이 이를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 고유목적사업준비금 한도액 대비 부족 적립액을 경정청구를 통해 신고조정의 방법으로 손금산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. ｢소득세법｣ 제16조 제1항 제1호 부터 제10호까지의 이자소득의 금액

2. ｢소득세법｣ 제17조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립·운영에 관한 법률｣에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 제61조【준비금의 손금계상 특례】① 내국법인이 ｢조세특례제한법｣에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2) 법인세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21972호로 개정된 것) 제2조【수익사업의 범위】｢법인세법｣(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업

• 가. ｢국민연금법｣에 의한 국민연금사업
• 나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다) 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 ｢조세특례제한법｣ 제73조 제1항 의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 ｢조세특례제한법｣ 제73조 제1항 의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 ｢국세기본법｣ 제13조 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제98조【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

(3) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제16조【이자소득】① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

2. 내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

3. 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

4. ｢상호저축은행법｣에 따른 신용계 또는 신용부금으로 인한 이익

5. 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소에서 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

6. 외국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

8. 대통령령으로 정하는 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익

9. 대통령령으로 정하는 저축성보험의 보험차익

10. 대통령령으로 정하는 직장공제회 초과반환금

11. 비영업대금(非營業貸金)의 이익

12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것

(4) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(5) OOO 제11조【사업】① 공제회는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 정관으로 정하는 바에 따라 다음 각호의 사업을 한다.

2. 회원을 위한 각종 복리․후생 사업 제23조【준비금의 적립】공제회는 정관이 정하는 바에 의하여 결산기마다 공제사업의 종류별로 장래에 지급할 급여에 충당하기 위한 준비금을 계상하고 이를 별도로 계리하여야 한다. 제24조【이익금의 처리】① 공제회는 매 사업연도의 결산상의 순이익금이 있는 때에는 이를 적립하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의한 적립금은 손실금을 보전하는 경우와 제11조 제2호의 사업을 시행하는 경우를 제외하고는 이를 사용하지 못한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 2009년 OOO 투자로 발생한 소득 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 2009사업연도 OOO 투자 발생 소득 내역 (나) 청구법인의 2009사업연도 법인세 신고시와 경정청구시 고유목적사업준비금 한도액 산정내역과 손금산입액(결산서 및 세무조정계산서)은 다음 <표2>와 같다. <표2> 2009사업연도 고유목적사업준비금 한도액 및 손금산입 내역 (다) 청구법인의 2009사업연도 법인세 신고시와 경정청구시 과세표준 및 세액 산출내역, 결손금 미공제 잔액 내역은 다음 <표3>과 같다. <표3> 2009사업연도 과세표준 및 세액 산출내역 (라) 청구법인의 2010사업연도 법인세 신고시와 경정청구시 고유목적사업준비금 한도액 산정내역과 손금산입액(결산서 및 세무조정계산서)은 다음 <표4>와 같다. <표4> 2010사업연도 고유목적사업준비금 한도액 및 손금산입 내역 (마) 청구법인의 2010사업연도 법인세 신고시와 경정청구시 과세표준 및 세액 산출내역은 다음 <표5>와 같다. <표5> 2010사업연도 과세표준 및 세액 산출내역 (바) 청구법인의 2009～2012사업연도 대차대조표상 누적 결손금 내역은 다음 <표6>과 같다. <표6> 청구법인 2009～2012사업연도 회계상 누적 결손금 내역 (사) 쟁점금액이 ｢법인세법｣ 제29조 에 따른 고유목적사업준비금 OOO% 설정대상 수익에 해당된다는 것과 청구법인이 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이라는 사실과 대해서는 다툼이 없다. (2) ｢법인세법｣ 제61조 제1항 에 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인은 같은 법 제29조 제1항 등에 따라 산정한 손금산입 한도액보다 결산상 손금에 계상한 고유목적사업준비금이 적은 경우 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립을 전제로 세무조정계산서상 손금에 산입할 수 있도록 되어 있고, 여기서 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있으므로, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없어 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 경우에는 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건 으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 보아야 할 것 OOO이다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 경정청구 제도는 조세법률관계의 조기 안정을 통한 원활한 조세행정의 수행이라는 공익과 ‘정당한 또는 진실한’ 세액의 결정 또는 경정을 구할 기회를 납세자에게 부여하고자 한 것OOO인바, 청구법인은 당초 2009사업연도 법인세 신고시 결산상 손금에 계상한 고유목적사업준비금이 OOO 투자로 발생한 이자소득금액을 고유목적사업준비금 OOO% 설정대상으로 보아 산정한 한도액에 미달하는 금액 전액을 세무조정계산서에 손금산입하였다가, OOO 투자로 발생한 이자소득이 고유목적사업준비금 OOO% 설정대상이라는 OOO에 따라 증가된 고유목적사업준비금 한도액만 큼을 세무조정계산서에 추가로 손금산입하여 달라는 취지의 경정청구를 한 것으로 이는 당초 2009사업연도 법인세 신고시 청구법인이 세무조정계산서상 손금산입액을 스스로 선택하여 결정한 것이라기 보다는 당초 한도액을 잘못하여 과소하게 산정하여 세무조정계산서상 손금산 입액을 과소 계상한 것으로 보여 당초 과소 계상한 고유목적사업준비금 한도액과 세무조정계산서상 손금산입액을 정당한 금액으로 바로잡을 기회를 납세자에게 부여하는 것이 위 제도의 취지에 부합하는 것으로 보이는 점, 청구법인의 2009사업연도말 현재 회계상 누적 결손금이 OOO원으로 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없어 당초 2009사업연도 법인세 신고시 쟁점금액을 고유목적사업준비금 OOO% 설정대상으로 분류하여 한도액을 산정하였을 경우 쟁점금액 전액에 대해 세무조정계산서상 손금산입이 가능하였던 점에 비추어 볼 때 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.