명의위장사업자로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부 등

[주 문]

1. OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 부가가치세 2006년 제2기분 OOO, 2007년 제1기분 OOO, 2007년 제2기분 OOO의 각 부과처분에 대한 심판청구는 각하한다.

2. OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO, 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO, 2011사업연도분 OOO, 2012사업연도분 OOO의 각 부과처분은 OOO 외 9필지 소재 창고건물의 임대료와 유사한 건물의 임대사례를 비교하여 적정임대료를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO부터 의류 도소매업을 영위하고 있는 사업자로서, ① 2006년 제2기부터 2012년 제1기까지 인테리어 시행업체인 OOO(이하 “쟁점인테리어업체들”이라 한다)으로부터 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으며, ② OOO(청구법인의 대주주)으로부터 OOO외 9필지 소재 창고건물 A동을 임차OOO하고, OOO 창고건물 B동(A동 건물과 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 추가로 임차(보증금 OOO 및 월차임 OOO, A동 건물의 임차료와 합하여 이하 “쟁점임차료”라 한다)한 후, OOO까지 해당 임차료를 매월 지급하고 이를 법인세 신고시 손금산입하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 OOO 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, ① 청구법인의 대표자 OOO가 쟁점인테리어업체들의 실제 사업자임을 확인하고, 쟁점세금계산서를 명의위장사업자로부터 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세(매입세액불공제)와 법인세(증빙불비가산세)를 부과하도록 하는 한편, ② 청구법인이 특수관계자인 OOO으로부터 쟁점부동산을 고가임차한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세(시가 초과액 손금불산입)를 부과하도록 과세자료를 통보하였다(동 과세자료에는 가공매입 등 그 외 조사내용이 포함되어 있음).
• 다. 처분청은 이에 따라 청구법인에게 OOO. 부가가치세 2006년 제2기분 OOO, 2007년 제1기분 OOO, 2007년 제2기분 OOO을 각 경정ㆍ고지하고, OOO 법인세(증빙불비가산세 포함) 2008사업연도분 OOO, 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO, 2011사업연도분 OOO, 2012사업연도분 OOO을 각 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)부가가치세법제16조 제1항 제1호는 세금계산서의 필요적 기재사항으로 “공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭”을 규정하고 있는데, 세금계산서의 서식에 비추어 보면, 여기서 ‘명칭’이란 ‘상호’ 항목에 기재할 사항을 뜻하는 것으로 해석되는바, 쟁점세금계산서의 성명란에는 실제 사업자인 ‘OOO’가 기재되어 있지 않으나, 쟁점인테리어업체들의 명칭(상호)은 정확하게 기재되어 있으므로 필요적 기재사항의 요건을 충족한 것이라고 보아야 한다. 또한 ‘공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서’를 수취한 경우 매입세액을 불공제하고 증빙불비가산세를 부과하는 것은 “무자료 거래가 성행하고 과세자료의 노출을 회피하고자 세금계산서의 수수를 기피하는 관행에 쐐기를 박을 필요성” 때문인데(헌법재판소 2002.8.29. 선고 2000헌바50 결정 참조), 이 건 거래는 무자료 거래가 발생한 사실이 없을 뿐만아니라, 쟁점세금계산서의 수수와 관련하여 부가가치세 탈루 역시 전혀 발생하지 않았다. 특히 세금계산서의 대사ㆍ검증기능은 실무상 사업자등록번호를 통하여 이루어지는데, 쟁점세금계산서는 쟁점인테리어업체들의 대표자 성명의 기재에 오류가 있는 것을 제외하고는 사업자등록번호 등이 모두 정확하게 기재되었으므로 세금계산서의 대사ㆍ검증기능에 아무런 지장을 주지 않는다. 더구나 쟁점인테리어업체들은 사업자등록을 OOO 등의 명의로 하였기 때문에 세금계산서도 그에 상응하여 발행할 수 밖에 없었는바, 타인 명의로 사업자등록을 한 행위에 대하여 부가가치세법제22조에 따라 가산세를 부과하거나(실제 OOO이 부과됨) 조세범처벌법제11조 등에 따라 처벌하는 것은 별론으로 하더라도, 이미 이루어진 사업자등록에 부합하게 발행된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 증빙불비가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보더라도 거래당사자들은 이를 통해 부가가치세를 포탈한 사실이 없으므로 쟁점세금계산서의 수취행위를 “사기나 그 밖의 부정한 행위”로 평가할 수 없고, 청구법인의 대표자 OOO의 소득세 포탈 등의 정황은 OOO에 대한 소득세 부과제척기간을 10년으로 할 수 있는 사정이 될 수는 있으나, 청구법인에 대한 부가가치세 부과제척기간을 연장시키는 사유는 될 수 없으므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다. 따라서 이 건 부가가치세 부과처분은 당연무효이다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산을 임차하기 전에 주변의 임대료 현황을 파악하였는바, 그 결과 경기도 파주시 지역에 있는 창고의 월임대료가 평당 OOO 정도로 확인되어, 이를 근거로 임대인과 협의하여 쟁점부동산의 월임대료를 평당OOO으로 정한 것이므로 동 가액은 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이고, 소급감정평가액이지만, 쟁점부동산의 적정 임대료는 월 OOO 가량으로 나타나는바, 청구법인이 실제 지급한 월임대료 OOO과 유사하고, 인근 창고의 임대료와 비교해 보더라도 쟁점부동산의 임대료는 적정한 수준에서 결정된 합리적인 가격으로 볼 수 있으므로 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점부동산을 고가임차한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)부가가치세법제16조 제1항 제1호에서 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’ 으로 정한 이유는 납세자가 ‘성명’ 또는 ‘명칭’ 중 어느 하나를 선택하여 세금계산서에 기재함에 따라 세금계산서 상의 공급자와 실제 공급자를 달리하는 명의 위장거래를 하고도 그 사실을 적극적으로 은폐하는데 악용하라는 취지가 아니라, 납세자가 ‘성명’ 또는 ‘명칭’을 선택적으로 적용할 수 있도록 길을 열어두어 만일 실제 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 상호가 없어 둘 다 동시에 기재할 수 없거나 둘 중 어느 하나의 기재가 오히려 거래당사자의 식별가능성을 더욱 높이는 경우도 분명히 존재하기 때문인 것이며, 이는 국세기본법제14조 제1항의 취지에 따라 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 동일시 될 수 있도록 세금계산서의 필요적 기재사항으로 정한 것으로 세금계산서의 식별가능성을 높여 거래의 투명성 및 실질과세의 원칙에 충실하기 위한 것이다. 청구법인은 단지 부가가치세를 충실히 납부하여 결과적으로 부가가치세 포탈이 발생하지 않았으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 봄은 부당하다는 입장이나, 이는 조세포탈과는 별도로 부가가치세 거래질서를 확립하기 위하여 세법상의 제재를 둔 취지를 오인한 것으로써, 만일 청구법인의 주장대로 명의위장거래에 대해 국가가 용인하면 결국 국가의 조세체계가 흔들리고 나아가 누진과세 등의 공평과세를 위한 조세 정의를 국가 스스로 포기하는 것이어서 용납될 수 없다. 현행부가가치세법하에서 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하고 사업장별로 구분하여 세금계산서를 발급․수취하여야 하며 이를 통해 사업장별로 각각 납부세액을 계산한 뒤 각 사업장 관할세무서장에게 신고․납부하는 등 각 사업장은 사업자의 독립된 하나의 과세단위가 되는 사업장단위 과세제도를 취하고 있는바, 이러한 과세체계를 유지하기 위하여 비록 사업자의 인격은 하나라고 하더라도 개별 사업장마다 각각의 고유 사업자등록번호를 부여하여 과세자료의 양성화 및 과세행정의 능률화를 꾀하고 있으며 거래상대방은 각 사업장의 사업자등록번호 및 성명 또는 상호를 통해 거래상대방인 사업자가 운영하는 각 사업장을 인식하게 되고, 또한 부가가치세의 조세이론상 여러가지 과세방법 중 전단계세액공제법을 채택하여 사업자가 거래징수한 매출세액에서 거래징수당한 매입세액을 공제하되 매입의 경우 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 않았거나 그 내용이 사실과 다른 경우에는 세금계산서로서의 효력을 상실시켜 매입세액을 공제받지 못하게 하는 등 세금계산서를 통한 엄격한 근거과세를 취하고 있으며, 이 경우 사업자의 부가가치세 납부세액은 해당 부분에 한하여 그가 실제로 창출한 부가가치를 초과하여 부담하게 되는바, 이는 거래질서 확립을 위한 합당한 처분이고 응능과세원칙에 반한 것이 결코 아니다. 이 건은 청구법인의 대표자인 OOO가 친인척과의 공모 혹은 묵인 하에 명의를 위장하여 사업자등록을 한 것이므로 언제든지 자신의 명의로 변경할 수 있었고, 명의위장 거래로 말미암아 OOO가 가득한 이익이 무려 OOO(순소득금액)에 달하고 이러한 이익의 원천이 바로 청구법인인바, 청구법인 명의로 인테리어공사를 시행하였다면 당연히 청구법인이 향유하였어야 할 이익을 대표자의 지위에 있는 OOO가 친인척으로부터 명의를 빌려 별도의 위장 사업장을 운영함으로써 이익의 귀속을 인위적으로 변경시킨 것에 불과한 것이고, 청구법인의 입장에서는 대표자 개인이 자신의 이익을 취하기 위해 명의를 위장하고 귀속을 은폐하는 수법으로 청구법인에 대한 배임 혹은 횡령 행위를 함으로써 청구법인으로 하여금 경제적 손실을 초래하게 한 사실은 결코 용납될 수 없는 행위에 해당한다.

(2) OOO는 청구법인의 대표이자 명의위장거래의 실제 사업자로 OOO 외 3인 등 친인척으로부터 명의를 빌려 사업자등록을 한 후, 쟁점세금계산서상 공급자(친인척 등)가 청구법인에게 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 불구하고 쟁점세금계산서를 단독으로 발행·수취하는 등 ‘사실과 다른 세금계산서’를 수수하는 행위를 계획·실행하였고, 2006∼2012년 기간동안 당초 OOO에서 OOO, OOO, OOO를 추가하여 명의위장사업자의 소득금액을 분산시키는 수법을 사용하는 등 다수의 명의를 빌려 계속·반복적으로 ‘사실과 다른 세금계산서’를 수취하였으며, 명의위장사업자 명의의 사업용계좌를 개설하여 쟁점세금계산서의 수수대금 및 거래이득을 차명으로 관리하면서 자신의 이득으로 취하였다. 또한 쟁점세금계산서의 수수를 토대로 하여 명의위장자 명의로 부가가치세를 허위신고하고, 이어서 명의위장자의 부가가치세 과세표준을 수입금액으로 하여 명의위장자의 종합소득세까지 허위 신고하였으며, 이 건과 관련된 세무조사 이전에 이미 실시한 바 있는 OOO과 OOO에 대한 개인사업자 조사에서 명의위장 사실을 철저히 은닉·은폐하는 등 위계에 의한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 하였으며, 명의 위장거래로 말미암아 OOO가 가득한 이익이 무려 OOO(순소득금액)에 달하고, 사전에 계획된 조직적인 범죄를 통해 OOO는 2006∼2011년 기간동안 종합소득세 OOO을 포탈(본세, 누진과세로 인한 조세회피세액)한 사실이 확인되는바, 청구법인이 명의위장사업자인 쟁점인테리어업체들로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 행위를 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 정당하다.

(3) 청구법인이 쟁점부동산의 평당 월임차료로 적용한 OOO은 인근 특정지역 비교표준지의 동일유형 임대사례가액이 아니므로 시가로 인정할 수 없고, 소급감정평가액 또한 객관적이고 합리적인 평가액으로 볼 수 없으므로 시가가 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 실제 취득가액에 법인세법제89조 제4항 규정을 적용하여 산출한 임대료 시가와 실제 임대료 지급액과의 차액을 고가임차로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 명의위장사업자로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부

② 명의위장사업자로부터 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 행위에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용함은 무효라는 청구주장의 당부

③ 특수관계자로부터 쟁점부동산을 고가임차한 것으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

(3) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(4) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우, 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법제38조 내지 제39조의2 및 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 이월의류 상품을 매입하여 아웃렛 유통업체에 판매하고 있다.

(2) 조사관청은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 조사하였는바, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 조사대상 기간중 의류판매장소인 아웃렛 매장에 의류판매장소를 설치함에 있어 인테리어 공사를 직접 시행하지 아니하고, 시행사인 쟁점인테리어업체들을 통해 인테리어 공사용역을 공급받았는바, 아래와 같이 인테리어 시행업체와 시공업체는 모두 청구법인의 대표자 OOO의 친인척으로 구성되어 있다. (나) 쟁점인테리어업체들에 대한 금융조사 결과, OOO 등의 사업용계좌로 입금된 금원 중 직원급여 및 기타경비를 제외한 나머지 이득금을 OOO가 사용한 것으로 확인된다. (다) OOO의 상무이사 OOO는 “OOO 등 명의대여자들은 사업자등록을 위해 OOO에게 신분증ㆍ도장ㆍ통장 등을 건네 주는 방식으로 명의를 대여하였고, 쟁점인테리어업체들의 일반 사무관리는 OOO가 채용한 직원이 수행하였고, 자신은 자금관리 등의 업무를 담당하였다”고 진술하였다. (라) OOO 등 명의대여자들은 “OOO에게 명의를 빌려주었을 뿐 실제로 근무한 사실이 없고, 어떠한 대가도 받은 사실이 없다”고 진술하였으며, OOO의 대표자 OOO는 “OOO가 쟁점인테리어업체들의 실제 사업자라는 사실을 알고 있었다”고 진술하였다. (마) OOO는 쟁점인테리어업체들의 실제 사업자가 자신이라는 사실을 인정하였다.

(3) 한편, 조사관청은 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점부동산을 고가임차한 것으로 보고,법인세법제89조 제4항의 규정을 적용하여 산정한 임대료 시가와 임대료 지급액의 차액OOO을 임대료 과다지급액으로 적출하였는바, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) 쟁점부동산의 소유자인 OOO은 청구법인의 대주주로서 청구법인과 특수관계자에 해당하는바, 청구법인의 주주현황은 다음과 같다. (나) OOO은 OOO 외 9필지를 매입하고, OOO라는 상호로 부동산임대사업자로 등록한 후, 주식회사 OOO을 통해 OOO 창고건물 A동, OOO B동을 각각 완공하였는바, 창고건물은 공부상 2층으로 되어 있으나, 실제는 건축구조물을 설치하여 4층으로 사용하였다. (다) OOO(임대인)과 청구법인(임차인)은 OOO 쟁점부동산 중 A동에 대한 임대차계약을 체결한 다음, OOO B동을 추가하여 임대차계약을 체결하였는바, 아래와 같이 임차보증금은 OOO, 월차임은 OOO으로 산정하였다. (라) 물류창고 임대료 조사현황 보고서를 보면, 임대료 산정 등 임대차계약의 제반업무를 쟁점부동산의 소유자인 OOO이 아닌 청구법인(물류팀)에서 수행하였고, 임대료도 인근의 동일유형 창고건물을 표본으로 조사하여 산정한 것이 아니라 막연히 OOO의 평당 월임대료가 OOO이라는 이유로 쟁점부동산의 평당 월임대료도 OOO으로 산정한 것으로 나타난다. (마) 인근에 쟁점부동산과 동일한 유형의 창고건물이 있는지 탐문하였으나 확인할 수 없었다.

(4) 청구법인은 쟁점부동산의 평당 월임대료 OOO은 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이라며, 감정평가서와 인근지역의 상가 임대료에 대한 확인서 등을 증빙으로 제출하였는바, 2개 감정평가법인에서 소급감정평가한 쟁점부동산의 적정 임대료는 월 평균 OOO으로 되어 있고, 이창열 외 2인의 확인서에는 OOO 일대 상가의 평당 임대료가 OOO으로 되어 있다.

(5) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 부가가치세법제17조 제2항에는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는바, 이 경우 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 할 것이므로 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없다고 할 것이다. 이 건의 경우 쟁점세금계산서를 교부한 쟁점인테리어업체들의 실사업자는 청구법인의 대표자 OOO로 확인되고, OOO 또한 이를 인정하고 있는바, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 부가가치세 부과처분이 당연 무효에 해당한다는 취지로 심판청구를 제기하였으나, 청구법인이 청구법인의 대표자 OOO가 명의신탁한 업체로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 처분청이 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 그 하자가 중대하고 명백하다고 할 수 없으므로 당연 무효로 볼 수 없고, 따라서 청구법인은 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심판청구를 제기하여야 할 것인데, 이를 경과하여 심판청구를 제기하였으므로 부적법하다고 판단된다.

(7) 끝으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점부동산을 고가임차한 것으로 보고 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 부과하였으나, 과세처분에 대한 다툼에 있어 특별한 경우를 제외하고는 통상 납세자가 신고한 내용 등은 진실한 것으로 추정되므로 과세요건사실에 대한 입증책임은 일반적으로 과세관청에 있는 것이고, 임대차 관계에 대한 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적정임대료의 산정은 당해 부동산과 유사한 임대실례를 비교하여 계산함이 타당하며, 임대실례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상황, 사용범위는 물론, 임대(또는 임대보증금)를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 계산함이 타당하다고 하겠다. 이 건의 경우 처분청은 적정임차료 산정과 관련하여 비교대상이 되는 유사한 임대실례를 제시하지 못하고 있고, 설사 유사한 임대실례를 발견하지 못한 경우라 하더라도 제반 요인이 쟁점부동산과 유사한 인근 또는 인접지역 내 건물의 임대실례를 고려하여 적정임차료를 산정한 후 이를 쟁점임차료와 비교하여 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 적용 여부를 판단하였어야 함에도 단지 인근 지역 내에 유사 임대실례가 없다고 하여 바로 같은 법 시행령 제89조 제4항을 적용하여 산정한 임차료를 기준으로 쟁점임차료가 고가의 임차료에 해당된다고 보아 법인세를 부과한 잘못이 있으므로 쟁점부동산과 특성이 유사한 인근 지역에 소재하는 건물의 임대실례를 토대로 적정임차료를 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과, 부적법하거나 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.