조특법 제38조를 적용받기 위하여는 제1항 요건 모두를 충족하여야 하는바, 요건을 충족하지 못한 경우 과세이연을 적용할 수 없는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 주식회사 OOO(1998년 4월 개업한 종합건설업체, 이하 “OOO”이라 한다)과 주식회사 OOO(1944년 10월 개업한 종합건설업체, 이하 “OOO”라 한다)가 체결한 포괄적 주식교환계약에 따라, 완전자회사가 될 OOO의 주주인 청구인들은 2012.4.24. 주식교환비율OOO에 따라 그 소유주식 OOO주 전부를 OOO 발행 주식 OOO주(주당 발행가액 OOO원)와 교환하고 양도소득세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제38조 [주식의 포괄적 교환․이전에 대한 과세특례]를 적용하여 발생한 양도차익 전액에 대한 과세이연을 신청하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청OOO에 대한 감사시, OOO 지배주주인 정OOO이 교환대가 중 주식의 총합계액에 자신의 지분율을 곱한 금액 이상의 주식OOO을 배정받아야 함에도 이에 미달하는 주식을 배정받아, 과세이연 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세이연을 부인하고 과세할 것을 지적하자, 처분청은 2013.10.7.～2013.12.12. 청구인들에게 2006년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(세부내역 [별지] 참조)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들을 포함한 OOO 주주들이 교환대가로 주식 OOO과 현금 OOO원을 지급받아 주식교부비율이 OOO%를 차지하여 조특법 제38조 제1항 제2호에서 규정하는 교환대가 중 주식교부비율 OOO% 이상의 요건을 충족하고 있다. 조특법 시행령 제35조의2 제7항에서 지배주주에 대하여는 교부한 완전모회사 주식의 총합계액에 완전자회사 지분비율을 곱한 금액 이상의 주식을 교부하도록 한 것은 지배주주의 지위를 이용하여 다른 주주들보다 더 많은 현금을 수취하는 것을 방지하기 위한 것이어서 지배주주에 대한 과세이연요건 규정이고, 나머지 주주들은 배정요건을 별도로 규정한 바가 없으므로 조특법 제38조 제1항 제2호의 배정요건만을 충족하면 되는 것으로 해석하여야 한다. 따라서, OOO 주주들이 완전모회사로부터 교환의 대가의 OOO% 이상을 주식으로 배정받았으므로 지배주주 정OOO을 제외한 나머지 주주들은 조특법 제38조의 모든 과세이연 요건을 충족하였으므로 양도소득세 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 원칙적으로 주식의 교환도소득세법상 양도에 해당하여 양도소득세 과세대상이나, 조식의 포괄적 교환․이전 등에 따른 기업 조직재편을 지원하기 위하여 과세특례를 신설하여, 완전자회사 주주의 경우 사업의 계속성과 주주의 동질성을 유지하기 위한 아래와 같은 요건을 모두 갖춘 경우 완전모회사 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정하였고, 이 중 지배주주에 대해서는 당초 조특법 시행령에 의하여 완전자회사의 종전 지분율 이상을 주식으로 배정받도록 규정하다가 2010.12.27. 법 개정시 조특법 제38조에 위임의 근거규정을 마련하여 주식배정요건의 법적 근거를 명확히 한 바 있다. 따라서, 위 과세특례 요건 중 지배주주 주식배정 요건을 충족하지 않아 완전자회사의 주주는 양도소득세 과세이연을 받을 수 없는 것이 명백한 이상, 과세이연 요건을 개인 주주별로 판단하여 지배주주 외의 기타주주에 대해서는 과세이연을 해야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 주식의 포괄적 교환시 완전자회사 지배주주가 법령에서 정한 완전모회사 주식 배정요건을 충족하지 못한 경우, 전체 교환대가 중 주식의 가액이 OOO% 이상이고, 자신들이 소유한 자회사주식 전부를 모회사 주식으로 교환한 청구인들의 양도소득세 과세이연을 부인할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조특례제한법 제38조 [주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 (2) 조세특례제한법 시행령 제35조의2 [주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례] ⑥ 법 제38조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 법인세법 시행령 제43조 제3항 에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

1. 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 부계혈족과 그 부계혈족의 아내

2. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦ 완전자회사의 주주에게 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다. 완전모회사가 교환ㆍ이전대가로 지급한 완전모회사의 주식의 총합계액 × 해당 주주의 완전자회사에 대한 지분비율 (3) 법인세법 시행령 제43조 [상여금 등의 손금불산입] ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO과 OOO 주식가치 평가보고서, 주식교환계약서 및 교부금지급합의서 등의 심리자료에 의하면, (가) OOO과 OOO가 세무법인에게상속세 및 증여세법에 의한 양사 주식가치의 산출을 의뢰한 결과, 각 OOO원과 OOO원으로 산정되었고, 이에 근거하여 교환일을 2012.4.24.로 하여 주주 정OOO이 보유한 OOO주를 제외한 OOO 1주당 OOO의 주식 OOO비율로 OOO의 주식 OOO주를 발행하여, OOO 주주들에게 교부하기로 하였으며, (나) OOO은 주식교환 후 OOO 주주들의 회사지배력 확보 및 주주권 보장의 목적으로 정OOO이 보유한 OOO주에 대하여 1주당 OOO원OOO의 교부금을 지급하기로 한 사실이 나타난다.

(2) 청구인들은 포괄적 주식교환에 따른 대가가 아래 <표3>과 같으므로, 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상인 OOO%를 차지하고 있으므로 비록, 정OOO의 경우 조특법 시행령 제35조의2 제7항에 의한 주식배정요건을 충족하지 못하여 양도소득세 과세이연요건을 충족하지 못한다 하더라도 청구인들은 조특법 제38조 제1항 제2호에서 정한 배정요건을 충족하였으므로 양도소득세 과세를 이연하여야 한다는 주장이다.

(3) 한편, 주식의 포괄적 교환과 관련한 법령 제․개정 이유 등을 보면, 2010.1.1. 조특법 개정시 기업의 경쟁력을 제고하고 자발적 구조조정을 원활히 할 목적으로상법에 따라 주식을 포괄적 교환·이전하고 다른 기업의 100퍼센트 자회사가 되는 경우 경제적 실질이 합병과 유사하다는 이유로 양도차익에 대한 과세를 이연하는 특례를 제38조로 신설하였고, 2010.12.27. 조특법 개정시 주식배정요건의 법정 근거를 명확히 하도록 조특법 제38조 제1항 제2호를 현행과 같이 개정한바, 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례제도 신설시부터 지배주주에 대한 주식배정요건은 양도소득세 과세이연요건이었던 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인들은 지배주주에 대한 주식배정요건 위배에 따른 효과는 오직 지배주주에만 적용되어야 하므로, 여타 주주인 청구인들의 양도소득세 과세이연을 배제하고 과세한 처분은 부당하다는 주장하고 있으나, (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다할 것인바(조심 2013서515, 2013.9.24. 같은 뜻), (나) 조특법 제38조 제1항은 주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세 과세이연을 받기 위해서는 주식의 포괄적 교환일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환이고(제1호), 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 받은 교환대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유하며(제2호), 완전자회사가 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속하여야 한다(제3호)는 세가지 요건 모두를 충족하도록 규정하고 있고, 위 법률 조항의 위임에 따라 조특법 시행령 제38조의2 제7항은 지배주주에게 교환대가로 지급한 완전모회사 주식의 총합계액에 지배주주의 완전자회사에 대한 지분율을 곱한 금액이상의 주식을 교부하도록 규정하고 있으므로 지배주주에 대하여 이와 같이 주식이 배정되지 아니하였다면, 과세이연을 받을 수 없다는 것이 법문상 명확하다고 할 것이다. (다) 따라서, 처분청에서 청구인들의 양도소득세 과세이연을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.