조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식의 적법 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.7.21. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 재개발사업으로 인하여 종전주택을 멸실하고 취득한 OOO호(임시사용승인일 2004.7.30., 이하 “신축주택”이라 한다)를 2008.5.27. 양도한 후 신축주택의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세를 감면받는 것으로 하여 해당 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득금액에 해당되지 않는다고 보아 이에 대한 감면소득을 부인하여 2013.6.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.2. 이의신청을 거쳐 2013.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이란 조특법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이므로 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 법령상 근거가 없다 할 것이다(관련 계산식은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 규정으로서 구조조정대상 부동산은 취득 전의 양도소득세가 문제되지 않는다 할 것이므로 별도의 규정이 없는 이상 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적합하지 않은 계산식임).

(2) 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 적용한다면 분모와 분자에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 개념임에도 분모의 취득당시의 기준시가에 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를 분자의 취득당시의 기준시가에 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 각 대입하여 법령상의 근거없이 계산식을 자의적으로 변경한 것이므로 허용될 수 없다.

(3) 청구인이 보유했던 종전주택과 재건축 후 취득한 신축주택이 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 될 뿐만 아니라 분모의 취득당시 기준시가에 종전주택 취득당시 기준시가를 대입할 경우 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금을 분모에서 공제되지 않게 하여 분모금액이 과다 산정되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 따라 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가를 적용하여 과세한 이 건 처분은 법령을 자의적으로 해석한 것이 아닌 적법하게 적용한 것이

• 다. (2) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 조특법 제99조의3 및 관련 예규인 재산세과-227(2009.1.20.), 부동산거래관리과-708(2010.5.18.), 부동산거래관리과-127(2011.2.10.), 조심 2010서3102(2011.8.9.) 등에 의하면 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면에 해당하고, 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과 후의 양도소득금액은 감면배제 되어야 하므로, 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 감면세액을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식의 적법여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청 심리자료에 나타난 양도소득세 감면소득금액 계산식은 아래와 같다. < 청구인 신고> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가 <처분청 경정> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 종전주택 취득당시 기준시가 <청구인 신고> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가 <처분청 경정> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 종전주택 취득당시 기준시가 <청구인 신고> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가 <처분청 경정> 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가- 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 종전주택 취득당시 기준시가

(2) 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의하면, 양도소득금액을 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26. 외 다수, 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다 하겠다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 같은 뜻임). 또한, 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 종전주택 부분을 제외하고 신축주택 부분만을 단순 분리하여 감면금액을 계산하기는 어렵고(조심 2012서3124, 2012.9.18., 같은 뜻임), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있으므로 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2013서4580, 2013.12.18., 조심 2012서4640, 2013.1.7., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다