청구법인이 주도적으로 하였다는 ERP시스템구축의 기획부터 유지보수까지의 모든 행위는 독립된 각 회원사의 전산시스템을 공동으로 구축하는 사업을 대행한 것이라 할 것이어서, 청구법인에게 귀속되는 자산이나 비용으로 보기 어려우므로 연구,인력개발비세액공제 대상으로 보기 어려움
청구법인이 주도적으로 하였다는 ERP시스템구축의 기획부터 유지보수까지의 모든 행위는 독립된 각 회원사의 전산시스템을 공동으로 구축하는 사업을 대행한 것이라 할 것이어서, 청구법인에게 귀속되는 자산이나 비용으로 보기 어려우므로 연구,인력개발비세액공제 대상으로 보기 어려움
심판청구를 기각한다.
① 금융기관에 대한 차세대 ERP시스템 개발비용의 조세특례제한법 제10조 제1항 의 적용은 금융기관 선진화를 목적으로 2009년말까지 한시적으로 적용된 법률로서, 시중은행과 법인형태가 다르다는 이유로 시중은행들과 동일한 차세대 ERP시스템 개발행위에 대해 청구법인의 연구개발비 세액공제가 배제되는 것은 공평과세원칙에 부합하지 아니하며, 시중 금융기관이 지출한 차세대 ERP시스템 개발비용의 연구개발비 세액공제는 국내 금융기관들의 ERP시스템 개발이 완료된 2010년에 폐지되었는바, 이는 국내 금융기관의 금융 ERP시스템 선진화 목적을 위해 적극적으로 세액공제 혜택을 통해, 금융업을 영위하는 법인의 금융시스템 선진화를 유도하는데 조세정책 목적이 있다 할 것이고, 청구법인 또한 별도 PF팀을 운영하여 2007년부터 2009년까지 회원사 금고와 금융통합 ERP시스템 개발을 하였다. 청구법인과 회원사 금고는 하나의 금융시스템으로 이루어진 경제적 실체임에도 불구하고, 이를 단순히 법률적으로 독립된 개체로만 보아, 개발비 중 회원사 금고에게 배분된 자금부분을 제외하는 것은 결과적으로 시중 금융기관과 차세대 ERP시스템 개발비용의 인정범위를 다르게 판단하는 것으로 이는 공평과세의 원칙에 어긋난다고 할 수 있다.
② 조세특례제한법 제10조 제1항 의 조세정책 목적 및 입법취지는 연구개발비 투자에 대하여 세액공제 혜택을 줌으로써 기업의 ERP시스템 개발 및 투자촉진을 목적으로 하며 예규․판례의 내용처럼 ERP시스템 개발과 관련된 세액공제를 연구․인력개발비 세액공제에 포함하는 점, 재위탁업체의 전담부서 유무를 막론하고 재위탁비용 역시 세액공제에 포함하는 점으로 볼 때, 연구개발행위의 비용부담 주체나 회계처리방법에 따라 세액공제의 인정범위가 달라져서는 아니되며, 이러한 규정 또한 없다. 청구법인의 금융전산개발활동은 청구법인 및 금고 회원사를 포함하여 수행한 활동이며, 청구법인이 구축하고자 한 ERP시스템은 금고 회원사와의 전산통합이 필수불가결할 뿐 아니라 총 구축비용 규모가 OOO억원 이상으로 청구법인과 회원사가 개별적으로 비용을 부담해서는 구축할 수 없는 대규모 금융전산개발 프로젝트로서, 청구법인이 개발주체가 되어 수행한 활동으로 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 에 따르면, 연구․인력개발비 세액공제 대상 비용은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용으로 정의가 되어 있을 뿐, 관련 법령 어디에도 비용부담 주체에 따라 세액공제 여부가 달라진다는 규정은 없다. 청구법인이 개발업체인 ㈜OOO와의 용역계약에서 모든 ERP개발비용과 계약에 대한 책임을 부담하고, 프로그램에 대한 포괄적 권리를 취득한 후 배분기준에 따라 금고 회원사에 그 비용을 부담하도록 한 것은 개발비용 전체를 청구법인의 자산으로 처리한 후 금고 회원사에 사용료를 부담하게 한 것과 경제적 실질이 동일하며, 청구법인을 제외한 모든 금고 회원사는 ERP시스템에 대한 권리를 주장할 수 없을 뿐 아니라, 관련 비용에 대해서 연구․인력개발비 세액공제 혜택을 받은 사실 또한 없다. 정부출연금으로 지출한 연구개발비에 대해서 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 인정한 유권해석 등으로 볼 때, 개발비용부담 주체와 관계없이 개발행위 주체에게 개발을 위한 비용 총액에 대하여 세액공제를 해주는 것임에도 개발비용 총액이 청구법인의 장부에 비용처리가 되어 있지 않다는 이유로 세액공제 혜택을 주지 않는 것은 관련 법령 어디에도 규정되어 있지 아니한 사항을 적용하여 납세자에게 불리한 상황을 초래한 것이며, 연구개발을 촉진하는 조세정책목적 및 조세특례제한법의 입법 취지와 어긋난다. (2) 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 별표6 제1호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐, 위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정은 없다. 특히, 전담부서를 보유한 수탁업체에게 금융전산개발용역을 위탁한 청구법인과 같은 입장에서는 재위탁 내지 재수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달자질 수 있음을 예측할 수 없다. 또한, 대규모 금융전산개발 용역은 복합기술개발로서 단일기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것은 불가피하다는 점, 이 건 법령의 개정 경위가 논리 필연적으로 처분청 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등을 더하여 보면, 결국 청구법인이 이 건 적용법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 금융전산개발용역을 위탁한 이상, 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도, 재수탁업체의 전담부서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제대상에 해당한다할 것이다. 따라서, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바, 판례(서울행정법원 2013.6.14. 선고 2012구합37878 판결) 와 같이 전담부서를 보유하지 않은 업체에 대한 재위탁분은 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상으로 인정하여야 한다.
(1) 청구법인은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 비용의 부담 주체에 대해 법령에 규정이 없으므로 회원사로부터 징수하여 지급한 개발비도 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 전산시스템 개발용역과 관련하여 ㈜OOO에게 지급한 비용 OOO만원 중 전산사용비율(13.7%)에 따라 배분하여 청구법인이 지급한 금액은 OOO만원으로 전체의 일부분이고, 나머지 OOO만원은 회원사로부터 징수하여 청구법인이 대신 지급한 것이며, 회원사 징수분에 대해서는 세금계산서를 교부하거나 개발비용으로 처리하지 않았고 청구법인의 자산에도 계상하지 않아 청구법인이 부담한 개발비로 볼 수 없다. 또한, 청구법인은 시중은행과 동일한 관점에서 회원사도 하나의 경제주체로 보아 회원사 징수분도 세액공제 대상이라고 주장하나, 각 회원사는 회원사별로 법인세 신고대상에 해당하는 개별법인으로서 조세특례제한법 제72조 제1항 및 제2항에 의거 당기순이익 과세법인에 해당되어 세액공제가 적용되지 않음이 명확하게 규정되어, 청구법인이 각각 법인세 신고의무가 있는 각 회원사를 대표하여 개발용역 계약을 주관하고 단지 개발비를 회원사로부터 징수하여 지급을 대리하였다는 이유만으로 전체 개발비 총액에 대해 세액공제를 적용할 수 없다.
(2) 재수탁업체의 전담부서 유무에 따른 세액공제 여부에 대해 살펴보면, 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발용역을 위탁함에 따른 연구개발비 세액공제에 관하여 수탁업체를 일정한 요건을 갖춘 기관으로 제한하고 있는바， 이는 연구개발활동을 수행할 능력이 없는 업체가 이를 수행할 경우 연구개발활동이 부실하게 이루어질 수 있으므로，내실 있고 실질적인 연구개발활동을 할 것이라고 판단되는 기관들이 수행한 연구개발용역에 대하여만 세액공제 혜택을 부여함으로써 연구개발비에 대한 세액공제제도를 객관적이고 공평하게 운영하기 위함이다. 그런데 청구법인은 수탁업체들이 자신의 책임 하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자인 청구법인으로 하여금 자신이 하지 않은 결정에 대하여 책임을 지게 하는 것으로서 부당하다고 주장하나, 청구법인이 수탁업체와 위탁계약을 체결하면서 재위탁을 금지하는 것으로 약정하는 방법 등으로 세액공제를 적용받을 수 있고，청구법인에게 이러한 것을 요구하는 것은 조세혜택에 비추어 지나치게 불합리하다거나 가혹하다고 보기 어렵다. 그러므로 청구법인이 수탁업체들과 이러한 약정(제한)을 체결하지 않아 세액공제를 받지 못한 것에 대하여 청구법인에게 책임이 없다고 할 수 없으며, 만약 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재위탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고，연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있을 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도 최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙에도 반한다. 따라서 위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에도 반하므로 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않은 경우 연구․인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다고 판단된다.
① 청구법인이 회원사인 OOO금고 ERP시스템 구축과 관련하여 회원사로부터 징수하여 지급한 비용에 대하여 연구․인력개발비 세액공제를 받을 수 있는지 여부
② ERP시스템 구축개발 수탁업체가 연구전담부서 없는 재수탁업체에게 지급한 연구개발비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
(1) 청구법인이 2007～2009사업연도에 지급한 새마을금고 차세대 ERP시스템 구축비용과 관련하여 경정청구한 2009사업연도 연구․인력개발비 세액공제 계산내역은 아래와 같이 나타난다. OOO
(2) 처분청이 조사한 청구법인의 OOO금고의 ERP시스템 구축을 위한 개발비 내역 및 청구법인 분담액, 재위탁 내역, 연구․인력개발비 세액공제금액 재계산 내역은 아래와 같이 나타난다. OOO
(3) 청구법인이 ERP시스템 총구축비용에 대하여 각 회원사와 분배한 금액 및 회계처리 내역은 아래와 같이 나타난다. OOO
(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 ERP시스템 구축과 관련하여 청구법인과 ㈜OOO가 공동으로 구축하여 운영하고 있으며, 청구법인이 기획, 계약, 구축, 유지보수를 책임지고 대금지급, 세금계산서 등도 모두 청구법인의 단독으로 이루어졌으며, 단위 새마을금고는 단순히 회원사로서 분담금을 지출한 것이라고 주장하면서 증빙서류를 제시하고 있다.
1. OOO금고 전산망 차세대시스템 구축을 위한 계약서에는 청구법인과 ㈜OOO가 2007.7.24. 차세대 ERP시스템 구축을 위하여 OOO만원(부가가치세 포함)에 계약하고, 계약기간은 2007.9.4.～2009.5.3.이며, 계약금액은 개발용역비는 OOO만원, 소프트웨어 패키지비 OOO만원, 장비비 OOO만원으로 되어 있고, 대금지급은 아래와 같이 지급한 것으로 나타난다. OOO
2. ㈜OOO는 위 계약내용에 따라 청구법인에게 2007.12.18. 개발장비(H/W) 대금 OOO원, 2008.4.24. 선도입 스토리지 대금 OOO원, 2008.9.29. 운영장비(H/W) 대금 OOO원 및 아래와 같이 ERP시스템 구축대금을 청구하고, 청구 법인을 공급받은 자로 하여 세금계산서를 교부받은 것으로 나타난다. OOO (나) 조세특례제한법 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) 제1항은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례) 제1항 제1호는 ‘OOO금고법에 의하여 설립된 OOO금고의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2012년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 같은 법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익에 법인세법 제24조 의 규정에 의한 기부금의 손금불산입액과 같은 법 제25조의 규정에 의한 접대비의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 9의 세율을 적용하여 과세한다’ 라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 OOO금고는 연구․인력개발비 세액공제 등 조세특례제한법상의 각종 공제 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. (다) 청구법인은 OOO금고 차세대 ERP시스템 구축을 ㈜OOO와 함께 주도적으로 처리하였으므로 ERP시스템 구축비용 전액을 연구․인력개발비 세액공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, ERP시스템은 청구법인과 각 회원사 금고가 공동으로 사용하기 위하여 구축하는 것으로 보일뿐 아니라 청구법인과 OOO금고 각 회원사는 각각의 독립된 법인으로 되어 있고, 나아가 OOO금고는 조세특례제한법 제72조 제1항 에 따라 법인세과세특례를 적용받으면서 연구․인력개발비 세액공제 등 각종 세액공제 규정을 배제하고 있는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 주도적으로 하였다는 ERP시스템 구축의 기획부터 유지보수까지 모든 행위는 독립된 각 회원사인 OOO금고의 전산시스템을 공동으로 구축하는 사업을 대행한 것이라 할 것이어서, 청구법인이 각 회원사 금고로부터 받은 분담금으로 충당하는 연구․인력개발비 부분에 대해서는 청구법인에게 귀속되는 자산이나 비용으로 보기 어려워 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 ERP시스템 구축비용 중 각 회원사 금고의 분담금 부분에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는바, 판례(서울행정법원 2013.6.14. 선고 2012구합37878 판결)와 같이 전담부서를 보유하지 않은 업체에 대한 재위탁분에 대해서도 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상으로 인정하여야 한다고 주장하고 있다. (나) 살피건대, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 및 같은 영 별표6 제1호 나목에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 연구 및 인력개발비라 함은 각 과세연도의 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다고 규정하고 있고, 같은 영 별표6에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 국내외기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 나열하고 있다. 그러하다면, 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 정하면서 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업으로 개발용역 위탁대상 기관을 한정할 뿐 재위탁함에 따른 비용을 제외하고 있지 아니하고 있고, 자체기술개발 비용 뿐 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것이므로 기업의 연구전담부서에 위탁된 기술개발용역을 수탁자가 직접 수행하지 아니하고 이를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 그 재수탁자가 위 별표6의 규정에서 정한 연구전담부서를 보유한 경우에는 동 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용도 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다 할 것인바(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 결정 외 다수 같은 뜻임), 이 건과 같이 청구법인의 수탁업체가 재위탁한 업체 중 전담부서가 없는 업체에 재위탁하고 지출한 비용에 대하여는 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 보기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 연구전담부서가 없는 업체에 재위탁하고 지출한 비용에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.