유예기간 중에 있는 중소기업이 관계기업에 해당하는 경우 잔여 유예기간 동안 중소기업으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 1971.12.31. 설립되어 OOO을 영위하는 법인으로 2006년 OOO라 한다)의 주식 62.74%를 취득하여 지배주주가 되었고, 2009년 매출액 및 자기자본이 최초로 OOO원을 초과함에 따라 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)상 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나, 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항의 유예규정에 따라 2009년과 그 다음 3개 사업연도(2010년～2012년)까지 중소기업에해당하는 것으로 보아 고용창출투자세액 공제(구 임시투자세액공제) 및 연구·인력개발비에 대한 세액공제(이하 두 세액공제를 합하여 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 법인세 신고를 하였다. 나.OOO국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 OOO를 지배하고 실질적으로 독립성 요건을 갖추지 못하여 개정된 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호(2012.1.1.부터 시행) 및 제2항 단서에 따라 중소기업 유예규정을 적용받을 수 없음에도 쟁점세액공제를 받은 것으로 보아 법인세를 경정할 것을 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2013.10.4. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 조특법은 중소기업이 중소기업기본법상 관계기업에 해당함에 따라 ‘실질적인 독립성’을 위배한 경우 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 유예기간 중에 있는 중소기업이 관계기업 기준적용으로 인해 실질적인 독립성을 위배한 경우에 대해서는 이미 적용받고 있는 잔존유예기간이 실효된다는 규정을 두고 있는 것은 아니며, 대법원 판례(2013.2.14. 선고 2012두17520 판결)도 “중소기업이 유예기간 중의 기업을 흡수합병하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우와 달리, 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병한 경우에는 그 시점부터 기존에 적용받고 있던 유예기간이 바로 실효된다는 취지의 규정이 없기 때문에, 유예기간 제외 규정이 적용되지 아니하므로 여전히 기존에 적용받고 있던 유예기간이 적용되는 것”이라고 하여 같은취지로 해석하고 있다. 조특법 시행령 제2조 제2항 본문은 “중소기업이” 일정요건에 해당되어 중소기업요건을 충족하지 못하게 되는 경우에도 일정유예기간 동안은 중소기업으로 본다고 규정하고 있고, 단서에서도 “중소기업이” 관계기업에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있어, 본문과 단서 모두 중소기업이라는 동일한 주체에 대한 규정이므로, 조특법상 중소기업 유예기간 및 유예기간 적용 제외사유에 대한 규정은 최초로 중소기업을 졸업하는 경우 유예기간을 적용할 것인지 여부에 대한 규정으로 한정해서 해석하여야 할 것이고, 이미 유예기간 중에 있는 중소기업에 대하여 적용할 규정은 아니며, 수원지방법원도 “유예기업은 대통령령이 정하는 사유가 발생하기 전에 이미 상시근로자수, 자산규모, 매출액의 증가 등 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업이므로, 비록 중소기업을 흡수합병한다고 하더라도 ‘그 밖에 대통령령이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업’이라는 요건을 충족시킬 수가 없게 된다”고 하여 같은 취지로 판시하고 있다(수원지방법원 2012.12.28. 선고 2011구합15740 판결). 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업기준은 2009.3.25. 최초로 도입되었고 조특법 시행령에는 2010.12.30. 관계기업기준이 도입된 것으로 보아, 조특법 시행령 개정시 합병과 달리 관계기업기준을 갖추지 못하는 경우에 유예기간적용 실효(失效)규정을 두지 않은 것은 관계기업의 경우 실효(失效)시킬 필요가 없다는입법의도가 반영된 것이므로, 중소기업유예기간 실효(失效)규정은 유예기간 중에 있는 기업이 합병하는 경우에만 적용되는 것이고 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하는 경우까지 확장 적용할 수 없는 것이다.

(2) 중소기업 유예기간 취지는 중소기업이 지속적인 성장으로 기업규모가 일정범위 기준을 초과하는 경우 그 동안 중소기업으로서 부여받은 정부지원과 혜택이 일시에 중단됨에 따라 겪을 수 있는 부담을 완화하기 위하여 일정기간 중소기업으로 간주해 주는 것이고, 이에 대하여 관계기업 기준을 신설한 취지는 실질적으로는 중소기업에 해당하지 않음에도 자회사 등을 설립하여 사업을 분할함으로써 외형상 중소기업에 해당하는 형식을 취하여 부당하게 중소기업이 받은 혜택을누리는 것을 방지하려는데 있다. 청구법인의 경우 독자적인 성장으로 인하여 2009년 중소기업에 해당하지 않게 된 것이고, 아래 <표2>와 같이 피지배회사 OOO의 자본금과 매출액은 청구법인과 비교하여 극히 미미하므로 청구법인의 자본금과 매출액에 합하여 보는 경우와 분리하여 보는 경우 청구법인의 중소기업 해당 여부가 달라지지 않아 중소기업요건 판단에관계기업으로서 아무런 의미가 없다. 청구법인과 OOO가 하나의 법인이었다 해도 2009년부터 중소기업에 해당하지 않게 된 것이고 2012년까지 3년간 유예기간이 적용되었을 것임에도, 회사가 둘이라고 하여 다른 요건이 전혀 달라지지않음에도 불구하고 유예기간 혜택을 박탈하는 것은 부당한 것으로 중소기업유예제도 및 관계기업유예배제 제도의 입법취지에 부합하지 아니한다.

• 나. 처분청 의견 (1)조특법 시행령 제2조 제2항에 따르면 중소기업이 ‘실질적 독립성 요건을 갖추진 못한 경우’ 등 4가지 유형에 해당하는 경우에는 중소기업 유예를 적용하지 아니한다고 규정되어 있고, 청구법인은 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되는 ‘관계기업으로서 일정규모 이상에 해당하는 경우 실질적 독립성 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 중소기업 적용을 배제하는 규정에 해당하므로 당연히 중소기업 유예규정을 적용받을 수 없다. 청구법인은 중소기업이 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못한 경우에만 중소기업 유예가 적용되지 않을 뿐, 유예기간 중의 기업은 잔여기간에 대해서도 계속 유예를 받아야 한다고 주장하면서 대법원판례(2012두17520, 2013.02.14.) 등을 인용하고 있으나, 이는 2010.12.30. 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 단서 규정인 ‘중소기업이 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우, 유예기간 중에 있는 기업은 합병일이속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’는 규정을 신설하기전의 과세연도와 관련된 판례이며, ‘유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병한 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터는 유예기간을 적용하지 않는다’는 기존의 해석례와 배치되어 법령개정의 계기가 된 것이다. 조특법 시행령 제2조 제2항의 규정은 ‘중소기업뿐만 아니라 중소기업 유예를 적용 받고 있는 경우’에도 각 호에서 명시한 4가지 유형에 해당하면 해당 사업연도부터 당연히 중소기업 유예를 적용받을 수 없음을 전제하고 있음이 명백하며, 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에도 잔여기간에 대해서계속 중소기업 유예를 적용받는다는 명문규정이 없는 한 중소기업 유예를 계속 적용받을 수 없다고 보아야 한다. 이는 조특법 제31조 제4항에 ‘창업중소기업 및 창업벤처중소기업 등 감면을 받는 내국인이 감면기간이 지나기 전에 중소기업을 통합하는경우, 통합법인은 남은 감면기간에 대하여 계속 감면을 적용받을 수 있다’고 하여 지속적인 감면혜택을 주는 경우 명문규정을 두는 점을 보아도 알 수 있다. 또한, 통상 법령개정시 개정 전 세제상의 우대혜택을 계속 유지하기 위해서 부칙에 경과규정을 두는데 이 건 ‘관계기업 제도’ 시행에 따라 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못한 경우에는 중소기업 유예를 계속 적용한다는 내용의 부칙 규정도 없다. (2)중소기업기본법및 조특법이 관계기업에 속하지 않는 개별기업에 대해서는 유예기간을 적용하고 관계기업에 속하는 기업에 대해서는 유예기간을 적용하지 않는 것은, 출자관계에 의한 기업집단의경우 부당 내부거래로 건전한 경제활동을 왜곡시킬 우려가 있으며 자금대여·지급보증 등으로 연쇄부실 등의 부작용이 있기 때문에, 비록 그 규모에 있어서는 차이가 있다고 하더라도 상호출자제한 기업집단, 관계기업 등의 기업집단에 대해 개별기업보다 세제상의 우대혜택을 제한하려는데 그 목적이 있으므로 청구법인이 새로 시행한 관계기업 제도에 따라 ‘실질적독립성’ 요건을 갖추지 못하였음을 사유로 중소기업유예 적용을 배제한것은 관계기업 제도의 취지에 어긋난다고 볼 수 없다. 청구법인은 관계기업에 속하는 종속기업의 매출액 및 자기자본 규모가 작아 유예기간 실효판단에 실질적으로 미치는 영향이 매우 작다고 하나, 종속기업의 규모는 ‘실질적 독립성’ 기준 충족 여부를 판단하는데 고려 대상이 아니다. 청구법인의 주장과 같이 중소기업이 최초로 ‘실질적 독립성’ 기준을 갖추지 못한 경우에만 중소기업 유예를 배제하고 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 계속 유예기간을 적용한다면, 중소기업 유예기간 중인기업과 중소기업이 관계기업에 해당하고 두 기업 모두 일정규모 이상에 해당하여 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하였을 경우, 중소기업 유예기간 중인 기업은 계속 유예를 적용받게 되고 당초의 중소기업은 유예기간을 적용받지 못하게 되면, 당초 중소기업이 유예기간 중에 있는 기업보다 오히려 불이익을 받아 과세형평상 불공평한 결과를 야기하게되어 중소기업 우대목적의 조세특례 취지에 부합하지 않게 된다. 따라서, 중소기업이 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하는 경우 뿐만 아니라, 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하는 경우에도 동일하게 해당 사유가 발생하는 사업연도부터 중소기업 유예를 적용받을 수 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 유예기간 중에 있는 중소기업이 관계기업에 해당하는 경우 잔여유예기간 동안 중소기업으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점세액공제에 대하여 청구법인의 2012사업연도 법인세 공제세액을 위 <표1>의 ②경정공제세액과 같이 경정한 사실이 나타난다.

(2) 조특법은 중소기업에 대하여 각종 세제혜택을 부여하는 규정을 두고 있으며, 조특법 시행령 제2조 제1항에는 중소기업의 범위를 규정하고 같은 조 제2항에는 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항의 요건을 충족하지 못하게 되는 경우 그 다음 3개 연도까지 중소기업으로 간주하도록 하는 유예기간 규정을 두고 있으며, 그 단서에, 제1호중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우, 제2호 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우, 제3호제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우, 제4호 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 제1항 제3호에는 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것이라고 규정하고 있다. 2009.3.25. 중소기업기본 시행령 제3조의 개정으로, 다른 회사의 의결권 있는 주식의 50%이상을 소유하여 실질적으로 다른 회사를 지배하는 기업과 그 다른 회사는 관계기업에 해당하고, 중소기업 해당 여부를 판단하는 기준으로 적용되는 회사의 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)을 계산함에 있어 지배하는 회사와 지배받은 회사의 상시근로자수등을 합산하여 판단하도록 하였고, 이에 따라 2010.12.30. 조특법 시행령의 개정으로 제2조 제1항 제3호에 관계기업을 포함하는 것으로하여, 관계기업으로 중소기업요건에 해당하지 않는 경우를 중소기업의 범위에서 제외하였고, 제2항 단서 제3호에 따라 관계기업으로 중소기업요건에 해당하지 않는 경우 중소기업 유예기간 적용을 받을 수 없게되었으나, 부칙 제1조에 따라 관계기업요건에 의한 중소기업 해당여부판단은 2012.1.1.부터 시행하는 것으로 하였다.

(3) 청구법인이 제출한 제무상태표에 의하면, 청구법인과 OOO의 자기자본 및 매출액은 앞 <표2>와 같은 금액으로 나타나고, 2009.3.25. 개정된 중소기업기본법 시행령에 따라 관계기업기준을 적용하더라도 2008년까지는 중소기업에 해당하고, 2009년부터 중소기업요건을 충족하지 못하게 되는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조특법 시행령 제2조 제2항에 의하여 중소기업 유예기간을 적용받던 중소기업의 경우 관계기업에 해당하더라도 잔여 유예기간 동안 계속 중소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령개정으로 관계기업 규정이 도입되고 2010.12.30. 조특법 시행령의 개정으로 제2조 제1항 제3호에 의해 관계기업으로 중소기업요건에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없도록 개정되었으며 동 규정이 2012.1.1. 시행되었는바, 청구법인의경우 2012사업연도에 대하여 중소기업 유예규정을 적용받을 수 없다 하겠다. 따라서, 관계기업으로 중소기업 유예기간 중에 있는 기업의 경우 계속 유예기간을 적용한다는 경과규정 등 특별한 사정이 없는 한, 유예기간 중에 있는 중소기업의 경우 관계기업에 해당하는 경우라도 잔여기간 동안 유예혜택을 주어야 한다는 청구주장을 받아들이지 아니하고 청구법인의 2012사업연도에 대해 중소기업 유예적용을 배제한이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것) 제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. (이하 생략) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 (이하 생략) 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.

1. 기본공제금액: 해당 투자금액의 100분의 4에 상당하는 금액. 다만, 중소기업이 아닌 자의 기본공제금액은 다음 각 목에서 정한 바에 따른다.

• 가. 수도권정비계획법제6조 제1항 제2호의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 2에 상당하는 금액
• 나. 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액 (이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, …중 략 … 시장조사 및 여론조사업을주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2009.11.19. 대통령령 제21831호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계회사"란 개인 또는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다. 제3조(중소기업의 범위)중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
• 나. 제1호 나목에 따른 법인(중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(상법 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항을 준용한다.
• 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.

1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 "주식등"이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우

• 가. 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 "최다출자자"라 한다)
• 나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다]

2. 지배기업, 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상 100분의 50 미만을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

3. 지배기업과 제1호 또는 제2호의 관계에 있는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 단독으로 또는 그 지배기업의 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

4. 지배기업과 자회사가 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

5. 지배기업과 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자가 자회사와 합산하거나 지배기업과 자회사와 공동으로 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 기업의 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업으로 보지 아니한다.

1. 중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사

2. 여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사

4. 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력기술지주회사

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자 [본조 신설 2009.3.25.] 제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. [본조 신설 2009.3.25.] [별표 1] <개정 2009.3.25.> 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준 (제3조제1호 관련) 해당업종 분류부호 규모기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 광업 B 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 30억원 이하 건설업 F 운수업 H 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스 J 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억원 이하 사업시설관리 및 사업지원서비스업 N 보건 및 사회복지사업 Q 농업, 임업 및 어업 A 상시 근로자 수 200명 미만 또는 매출액 200억원 이하 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D 도매 및 소매업 G 숙박 및 음식점업 I 금융 및 보험업 K 전문, 과학 및 기술 서비스업 M 예술, 스포츠 및 여가관련산업 R 하수처리,폐기물 처리 및 환경 복원업 E 상시 근로자 수 100명 미만 또는 매출액 100억원 이하 교육 서비스업 P 수리 및 기타서비스업 S 부동산업 및 임대업 L 상시 근로자 수 50명 미만 또는 매출액 50억원 이하 ※ 해당 업종의 분류 및 분류부호는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시한한국표준산업분류에 따른다. [별표 2] <개정 2009.3.25.> 관계회사의 상시근로자수등의 산정기준(제7조의2 관련)

1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

• 가. "형식적 지배"란 지배기업이 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 50 미만을 소유하고 있는 것을 말한다.
• 나. "실질적 지배"란 지배기업이 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 것을 말한다.
• 다. "직접 지배"란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자회사(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이 표에서 같다)의 의결권 있는 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.
• 라. "간접 지배"란 지배기업이 손자회사의 주주인 자회사의 의결권 있는 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배로서 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수등으로 보아야 할 상시근로자수등(이하 "전체 상시근로자수등"이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가.지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 의결권 있는 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다. 나.종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 의결권 있는 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배로서 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가.지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다. 나.종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다. 4.지배기업이 손자회사에 대하여 간접 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 손자회사의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가.지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 손자회사에 대한 의결권 있는 주식등의 간접 소유비율과 손자회사의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다. 나.손자회사의 전체 상시근로자수등은 그 손자회사의 상시근로자수등에 지배기업의 손자회사에 대한 의결권 있는 주식등의 간접 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

5. 제4호에서 지배기업의 손자회사에 대한 의결권 있는 주식등의 간접 소유비율은 다음과 같다. 가.지배기업이 자회사에 대하여 실질적 지배를 하는 경우에는 그 자회사가 소유하고 있는 손자회사의 의결권 있는 주식등의 소유비율. 다만, 자회사가 둘 이상인 경우에는 각 자회사별로 계산한 소유비율을 합한 비율로 한다. 나.지배기업이 자회사에 대하여 형식적 지배를 하는 경우에는 그 소유비율과 그 자회사의 손자회사에 대한 의결권 있는 주식등의 소유비율을 곱한 비율. 다만, 자회사가 둘 이상인 경우에는 각 자회사별로 계산한 소유비율을 합한 비율로 한다.