[요지] 쟁점부동산의 처분이익은 청구법인에게 귀속되므로 이 건 처분이 관할을 위배하였다고 보기 어렵고, 이 건 분할 등 자본거래로 인한 쟁점부동산의 처분이익에 대해 당해 분할ㆍ합병이 법인세법상 적격분할ㆍ합병이라 하더라도 청구법인이 부담하여야 할 조세를 부당히 감소시킨 것으로 판단됨
[요지] 쟁점부동산의 처분이익은 청구법인에게 귀속되므로 이 건 처분이 관할을 위배하였다고 보기 어렵고, 이 건 분할 등 자본거래로 인한 쟁점부동산의 처분이익에 대해 당해 분할ㆍ합병이 법인세법상 적격분할ㆍ합병이라 하더라도 청구법인이 부담하여야 할 조세를 부당히 감소시킨 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.㈜OOO(이하 “OOO”이라 한다)은OOO에 소재하는 지상 5층 건물(토지 1,960.3㎡, 5층 건물, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 임대업과 2004.4.2. OOO에 대부업 등록을 하여 대부업을 영위하는 법인으로, 2008.8.28. 대부업 부문을 인적분할하여 OOO(주)(이하 “OOO”라 한다)를 설립하고, 임대업 부문의 분할 후 존속법인 OOO은 2008.10.8. 공인회계사 OOO이 운영하던 경영자문회사 ㈜OOO(이하 “OOO”라 한다)에 흡수합병되어 소멸하였으며,OOO는 2008.12.23. ‘㈜OOO’으로 법인명을 변경하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청의 세무조사시 요청한 과세사실판단자문 신청동의서, 세무조사 결과통지서상 조사적출항목, 과세전적부심사 및 심판청구에 대한 답변서 등에서 처분청이 경정하고자 하는 과세대상은 OOO의 2008의제사업연도(2008.1.1.∼2008.10.8.)의 법인세 신고에 관한 것인데, 처분청이 실제 교부한 납세고지서는 OOO을 합병한 청구법인의 2008사업연도(2008.1.1.∼2008.12.31.)의 법인세 신고에 관한 것이고, 처분청도 추가 답변서를 통하여 이를 인정하고 있으므로 처분청이 경정하고자 하는 부과처분은 항변서 제출일 현재 존재하지 아니하는 것이다. 청구법인은 OOO을 합병한 법인이고, 피합병법인의 납세의무는 합병법인에게 승계되므로, 청구법인은 OOO의 법인세에 대한 납세의무 승계자 지위와 청구법인 자신의 법인세에 대한 납세의무 지위가 동시에 존재하며, 각각의 납세의무자 지위는 과세기간, 과세표준 및 신고세액이 서로 다른 별도의 과세대상이다. 처분청이 세무조사시 작성하여 청구법인에게 요청한 과세사실판단자문 신청 동의서의 신청인란에 ‘OOO(전 OOO)’으로 표기되어 있고, 세무조사 결과통지서상 적출항목은 부동산양도차익 및 OOO이 지출한 경비 부인액으로 구성되어 있으며, 과세전적부심사시 처분청의 답변서에서는 ‘OOO을 OOO의 납세의무 승계자로서 청구법인’임을 분명히 하고 있고, 심판청구에 대한 답변서에서도 OOO을 청구법인으로 보고 특수관계인과 분할·합병을 통한 부동산양도 및 OOO이 분할·합병을 거치지 않고 부동산을 처분하였다는 등의 처분사유를 제시하고 있는바, 처분청이 세무조사를 통하여 경정하고자 하는 과세대상은 OOO에 대한 법인세이다. 그런데 처분청은 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고 과세표준에 적출금액을 가산하여 법인세를 계산하고 납세고지서를 교부하였는바, 이는 OOO의 의제사업연도에 대한 법인세 신고에 관한 것이 아니라 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고에 관한 것이므로 처분청이 경정하고자 하는 OOO의 2008의제사업연도에 대한 법인세 부과처분은 존재하지 아니한다. 처분청은 심판청구에 대한 답변서에서 청구법인을 “청구법인(합병 전 OOO)”으로 지정하면서 그 처분사유도 ‘OOO이 분할·합병을 통하여...’ 또는 ‘OOO이 분할·합병을 통하지 않고 직접 양도한 것으로 보아’ 등을 제시하여 OOO을 행위주체로 보아 과세한 것임이 분명함에도 청구법인이 항변서에서 처분청이 과세하고자 하는 OOO의 의제사업연도에 대한 부과처분이 존재하지 않는다고 주장하자, 추가 답변서를 통하여 청구법인에게 과세한 것이라고 주장을 변경하고 있는 바, 국세기본법제16조에서는 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어 근거과세원칙에 따라 과세하도록 규정하고 있고, 처분청은 조사과정에서 작성한 조사복명서를 심판청구시 제출하였을 것인데, 조사복명서 등을 확인하여 처분청이 경정하고자 하는 과세대상을 확인할 수 있을 것이다. 또한,법인세법제9조에서는 내국법인의 본점 소재지를 납세지로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제9조 제3항에서는 사업연도 중 합병으로 소멸한 경우 피합병법인의 납세지는 납세지 변경신고를 한 경우에만 합병법인의 납세지로 할 수 있다고 규정하고 있는바, OOO(피합병법인)은 납세지 변경신고를 하지 않았을 뿐만 아니라, 이 건 처분을 OOO의 납세의무를 승계한 자로서 청구법인에게 한 것으로 볼 경우에도 OOO의 관할 세무서장(OOO)이 부과처분하여야 할 것인데 합병법인인 청구법인의 관할 세무서장인 OOO이 피합병법인의 법인세를 합병법인인 청구법인에게 부과처분하였으므로 이 건부과처분은 국세기본법제44조에 의한 관할을 위반한 처분으로 무효다. 국세기본법제44조에서는 납세지를 관할하는 세무서장이 경정결정하도록 규정하고, 납세지를 관할하는 세무서장 이외의 세무서장이 행한 경정결정은 무효다. 따라서 합병법인의 납세지 관할 세무서장인 OOO이 한 부과처분은 무효다.
(2) 처분청이 추가 답변서에서 주장하는 바와 같이 이 건 처분이 OOO의 2008년 사업연도 법인세 신고에 관한 것이라고 할 경우에도 처분청이 처분사유로 제시하고 있는 법인세법상 부당행위계산 부인 및 국세기본법제14조 제3항의 단계거래 실질과세 규정은 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고와는 관련이 없다. 처분청은 부동산 처분이익 OOO원 이외에 잡급·복리후생비·여비교통비·접대비·기타경비 총 OOO원도 익금산입하였는데, 동 금액은 OOO에서 발생한 비용으로 OOO과는 관련이 없으므로 이 건 처분에서 제외되어야 하며, 처분청이 처분사유로 제시하고 있는 분할은 피합병법인인 OOO에서 진행된 것이므로 OOO과는 관련이 없는데도 처분청은 분할을 처분사유 중의 하나로 제시하고 있다. 청구법인은 OOO을 합병한 결과 승계한 자산총액이 OOO원이고 부채총액이 OOO원으로 증가해 순자산이 OOO원에 지나지 않는바, 처분청이 과세하고자 하는 경정금액이 도저히 발생할 수 없는 구조이며, 처분청은 소득이 발생하지 아니하여 담세력이 전혀 없는 법인에게 과세하면서 그 과세가 타당하다고 주장하고 있다. 법인세법 시행령제88조 제1항 제8호에서는 합병에 대한 부당행위계산부인은 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우에 적용된다고 규정하고 있어 합병당사법인인 청구법인에게 부당행위계산부인 규정이 적용될 여지가 없다. 또한, 법인세법 시행령제72조에서는 합병으로 취득한 자산의 취득가액은 합병법인이 장부에 계상한 승계가액(시가 초과 제외)으로 규정하고 있고, 청구법인은 OOO과 합병으로 취득한 부동산을 감정가액으로 장부에 계상하였는바, 청구법인의 OOO 부동산 취득에 대하여 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없으며, 청구법인의 쟁점부동산 양도거래는 제3자간의 거래이므로 부당행위계산부인 규정은 적용될 여지가 없다. 청구법인은 합병을 통하여 취득한 부동산을 제3자에게 양도하였을 뿐이고, 처분청도 추가 답변서에서 상법규정에 의하여 진행된 합병 자체를 부인할 수 없다고 보면서도 합병을 부인하여 합병 전 법인이 직접 부동산을 양도한 것으로 과세한 것이 아니라고 주장하고 있는바, 청구법인의 부동산 양도거래의 경제적 실질은 합병을 통해 취득한 부동산을 제3자에게 양도한 것일 뿐이고, 처분청이 과세근거로 제시하고 있는 국세기본법제14조 제3항은 단계거래에 대한 실질과세원칙으로 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 것에 대하여 적용되는 것인바, 쟁점부동산을 취득하고 양도한 청구법인에게는 적용될 여지가 없다.
(1) 처분청은 합병 전 OOO의 의제사업연도의 과세사항을 합병법인인 청구법인에게 승계하여 과세한 것이 아니라 합병 후 발생하는 과세소득에 대하여 손익의 귀속자인 청구법인에게 과세한 것이다. 합병법인인 청구법인은 OOO을 합병한 법인으로, 유형자산은 OOO의 임대건물 및 토지를 합병으로 승계받아 소유하던 중 양도하여 그 부동산의 처분손익에 대한 유형자산처분손익의 납세의무자는 청구법인이므로 유형자산처분이익 내지는 합병차익 회피소득을 청구법인에게 과세한 것이다. 청구법인도 2008사업연도 법인세 신고를 하면서 합병차익 OOO원을 신고조정으로 익금산입하였고, 유형자산처분이익 OOO원을 손익계산서상 익금계상하여 청구법인 스스로 신고하였는바, 이는 합병차익 내지 유형자산처분이익의 납세의무자가 청구법인이라는 사실을 스스로 인정한 것이다. 당초 답변서에서 합병 전 OOO을 “청구법인(합병 전, OOO)”이라고 표기한 것은 “청구법인(합병 전 OOO)”을 괄호안의 “합병 전 OOO”을 생략해서 오류기재된 것으로, “청구법인”을 OOO과 청구법인을 총칭한 것으로 해석하여야 할 것이다.
(2) 상법에서는 분할계획서 및 합병계획서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 하며 합병에 대한 무효의 소가 없이 합병등기를 마침으로서 합병이 확정되는 것이므로 OOO의 분할·합병 자체를 부인할 수 없는 것이고, 또한 합병 전에 계약된 부동산일지라도 합병시 승계되어 합병 이후 양도되었으므로 합병 전 법인이 직접 부동산을 양도한 것으로 볼 수 없어 처분청이 분할·합병 그 자체를 부인하여 부동산을 합병 전 OOO이 직접 양도한 것으로 보아 세법을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 것이 아니고, 주주가 동일한 특수관계법인 간에 불공정한 분할과 경제적 합리성이 결여된 합병이라는 연속된 자본거래를 통해 합병 후 청구법인에게 부과될 합병차익 내지는 유형자산 처분이익에 대한 과세를 사전에 차단하여 조세를 회피함으로써 정상의 거래에 있어 부담하는 조세를 의도적으로 부당히 감소시킨 것으로 보아 법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정과 국세기본법제14조의 실질과세 규정을 적용하여 그 행위가 없었을 경우의 정상적인 거래에서 청구법인에게 부과될 수 있는 법인세를 과세한 것으로, 처분청이 분할·합병을 부인하고 OOO이 직접 부동산을 양도하여 결과적으로 합병 전 OOO의 2008의제사업연도에 대하여 과세하였다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. 이 건 거래는 법인세법 시행령제88조 제1항 제8호의2의 “그외 합병·분할을 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우”와 같은 법 시행령 제88조 제1항 제9호의 그 밖에 법인의 이익을 분여 하였다고 인정되는 경우에 해당되고, 청구법인이 특수관계자간 분할·합병을 교묘히 악용하여 청구법인에게 부과될 손익거래의 법인세 과세를 부당히 감소시킨 경우에 해당된다 할 것이므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다. 청구법인의 전신인 OOO은 OOO의 주주가 그대로 분할신설법인인 OOO의 주주가 되는 인적분할을 하여 OOO와 특수관계가 성립되고, OOO과 청구법인의 주주가 동일하여 OOO과 청구법인 간에도 특수관계가 성립되었다. OOO이 대부사업을 분할하면서 대부사업에서 발생한 자산이 아닌 임대용 부동산의 매각 계약금으로 수령한 금융자산(계약금 수령하여 선수금 계상한 OOO원 자금)을 OOO에 승계시키고 승계된 금융자산의 상대계정으로 부채인 선수금 OOO원은 OOO에게 남겨 두는 불공정한 분할을 함으로써, 청구법인의 피합병법인인 OOO을 자본잠식 상태로 만든 후 사전계획에 의해 진행될 합병시의 합병평가차익 과세를 1차적으로 차단하였으며, 이와 같은 분할의 결과로 청구법인에게 흡수 합병된 OOO의 금융자산만 OOO에게 승계되어 재산적 가치가 분여되었는바, 처분청은 위의 사실관계와 같이 OOO과 청구법인이 임대용 건물·토지가 매매계약된 상황에서 사전에 의도된 진행 일정에 따라 분할·합병의 연속된 행위를 통해 1차적으로 합병차익 범위 내 합병평가차익 과세를 차단함과 동시에 합병시 부동산을 평가하여 승계함으로서 2차적으로 부동산 양도차익 과세를 차단하여 정상의 거래에서 발생하는 법인세 부담을 부당히 감소시킨 부당행위계산부인 대상에 해당되어 과세한 것이다. 따라서 청구법인과 청구법인에 흡수합병된 OOO이 사전 의도된 법인세 과세회피를 위해 일련의 연속된 분할·합병을 통해 법인세 과세를 부당히 감소시킨 경우에 해당되므로 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 잘못이 없다. 또한, 청구법인은 부동산처분이익에 대한 조세를 부당히 회피하기 위해 비정상적인 분할과 합병이라는 2개의 자본거래를 거치는 방법으로 부동산처분이익에 대한 과세와 관련하여 법인세법상 혜택을 부당하게 받은 것으로, 국세기본법제14조 제3항의 규정에 따라 처분재산에 대한 평가증액 및 분할과 합병단계를 거치지 아니하고 청구법인이 쟁점부동산을 처분한 것으로 보아 청구법인이 감소시킨 부동산처분이익 OOO원에 대하여 법인세를 과세하는 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 처분은 피합병법인의 신고누락소득을 합병법인에게 과세한 처분이고, 납세지관할을 위반하여 과세한 처분이므로 부당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 청구법인이 분할 및 합병을 통하여 조세를 부당히 감소시킨 것으로 보아 법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정 및 국세기본법제14조 제3항의 실질과세원칙 규정을 적용하여 과세할 수 있는지 여부(예비적 청구)
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제23조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 때에 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다. 제24조(상속으로 인한 납세의무의 승계) ① 상속이 개시된 때에 그 상속인(수유자를 포함한다. 이하 같다) 또는 민법제1053조에 규정하는 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 상속으로 인하여 얻은 재산을 한도로 하여 납부할 의무를 진다. 제43조(과세표준신고의 관할) ① 과세표준신고서는 그 신고당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 전자신고를 하는 경우에는 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출할 수 있다.
② 제1항의 세무서장 이외의 세무서장에게 제출된 경우에도 당해 신고의 효력에는 영향이 없다. 제44조(결정 또는 경정결정의 관할) 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 행한다.
(2) 국세징수법 제9조(납세의 고지 등) ① 세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급하여야 한다.
(3) 법인세법 제8조(사업연도의 의제) ② 내국법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다. 이하 같다)에 의하여 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병 등기일 또는 분할 등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다. 제9조(납세지) ① 내국법인의 법인세의 납세지는 당해 법인의 등기부상의 본점 또는 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 소재하지 아니하는 경우에는 사업의 실질적 관리장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 장소로 한다. 제11조(납세지의 변경) ① 법인은 그 납세지가 변경된 경우 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 변경후의 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다. 이 경우 납세지가 변경된 법인이 부가가치세법제5조의 규정에 의하여 그 변경된 사실을 신고한 경우에는 납세지 변경신고를 한 것으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 신고가 없는 경우에는 종전의 납세지를 그 법인의 납세지로 한다. 제44조(합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 합병등기일 현재1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는동합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 95 이상일 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. 제46조(분할평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것
2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것
3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 제48조(분할 후 존속하는 법인에 관한 소득금액계산특례) ① 내국법인이 분할(물적분할을 제외한다)한 후 존속하는 경우 당해 분할법인의 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 분할로 인하여 발생한 소득금액은 제14조 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감하여 계산한 금액으로 한다.
1. 분할법인의 주주가 분할로 인하여 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 총합계액
2. 분할로 인하여 감소한 분할법인의 자기자본(분할한 사업부문의 것에 한한다) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. 제60조(과세표준등의 신고) ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제70조(과세표준과 세액의 통지) 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조의 규정에 의하여 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 당해 내국법인에게 통지하여야 한다. 제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.
(4) 법인세법 시행령 제9조(납세지의 변경신고) ① 법인이 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경을 신고하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 납세지변경신고서를 변경후의 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
② 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경신고를 받은 세무서장은 그 신고받은 내용을 변경전의 납세지 관할세무서장에게 통보하여야 한다.
③ 법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할로 인하여 소멸한 경우 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)의 각 사업연도의 소득 및 청산소득에 대한 법인세 납세지는 합병법인·분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 "합병법인등"이라 한다)의 납세지(분할의 경우에는 승계한 자산가액이 가장 많은 법인의 납세지를 말한다)로 할 수 있다. 이 경우 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경을 신고하여야 한다. 제12조(합병평가차익 등의 계산) ① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익 등"이라 함은 상법제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.
1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액
2. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액
3. 피합병법인의 자본잉여금 중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금 외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액
4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액
② 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 분할평가차익 등"이라 함은 상법제459조 제1항 제3호의2의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "분할차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 의한 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.
1. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(물적분할의 경우를 제외하며, 이하 이 항에서 "분할법인 등"이라 한다)으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 분할법인 등의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제6호의 규정에 의한 분할대가의 총합계액에서 승계한 분할법인 등의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 금액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액
2. 법 제16조 제1항 제6호의 규정에 의한 분할대가의 총합계액(주식의 경우 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 분할법인등의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액
3. 분할법인등의 자본잉여금 중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금 외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액
4. 분할법인등의 이익잉여금에 상당하는 금액
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 상법제459조 제2항의 규정에 의한 준비금의 승계가 있는 경우에도 그 승계가 없는 것으로 보아 이를 계산한다.
④ 법 제16조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 합병차익 또는 분할차익의 일부를 자본 또는 출자에 전입하는 경우에는 각각 제1항 각 호 또는 제2항 각 호의 순서에 따라 순차로 전입한 것으로 하고, 재평가적립금의 일부를 자본 또는 출자에 전입하는 경우에는 자산재평가법제13조 제1항 제1호의 규정을 적용받은 금액과 기타의 금액의 비율에 따라 각각 전입한 것으로 한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산：장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.
4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주등이 취득한 주식등：취득당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제34조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으로 하고, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.
5. 제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가 제80조(합병평가차익상당액의 손금산입) ① 법 제44조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 유형고정자산을 말한다.
② 법 제44조 제1항 각 호 외의 부분의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 합병평가차익은 유형고정자산의 시가를 초과하는 가액을 제외한 금액으로 한다. 유형고정자산의 합병평가차익 = 합병평가차익 × 평가증된 유형고정자산의 총평가증액 / 평가증된 전체자산의 총평가증액
③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호의 규정에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업"이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 동호의 규정에 해당하는 사업부문의 자산에 한하여 제2항의 규정을 적용한다. 제83조(물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입) ① 법 제47조 제1항의 규정에 의하여 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
③ 제2항의 규정에 의하여 계상한 압축기장충당금은 법 제47조 제2항에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 주식을 처분하는 사업연도에 이를 익금에 산입한다. 이 경우 일부 주식을 처분하는 경우의 익금에 산입하는 금액은 처분한 주식수를 분할등기일 현재 분할로 인하여 취득한 분할신설법인의 발행주식총수(주식의 소각 또는 자본의 감소가 있는 경우 그 소각 또는 감소후의 발행주식총수를 말한다)로 나누어 계산한 율을 압축기장충당금에 곱하여 계산한 금액으로 한다. 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
8. 다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제103조(결정 및 경정) ① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다. 제109조(과세표준과 세액의 통지) ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사·결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.
② 납세지 관할세무서장은 제104조 제2항의 규정에 의하여 법인의 과세표준이 결정된 때에는 그 기준이 된 수입금액을 제1항의 규정에 의한 계산명세에 기재하여 통지하여야 한다.
(1) 처분청의 처분과 관련된 자료를 살펴보면 다음과 같다. (가)조사청이 제출한 조사종결보고서 및 법인세 경정결의서에 의하면, 처분청은 청구법인의2008사업연도법인세에 대해 ⓛ 부당행위계산부인(분할·합병을 통한 부동산 양도차익 과세회피)OOO원 익금산입, 기타사외유출, ② 잡급(가사도우미 비용 등 업무무관 경비) OOO원 익금산입, 상여처분, ③ 복리후생비(주주·임원의 병원비 등 업무무관 경비) OOO원, 익금산입, 상여처분, ④ 여비교통비(주주·임원의 사적비용등 업무무관 경비) OOO원 익금산입, 상여처분, ⑤ 접대비(주주·임원의 사적비용등 업무무관 경비) OOO원 익금산입, 상여처분, ⑥ 기타경비(주주·임원의 개인용도비용등 업무무관 경비) OOO원 익금산입, 상여처분하였다. (나) 청구법인이 제출한 이 건 처분의 납세고지서에 의하면, OOO은 2013.8.1. 청구법인에 대해 OOO로 납세고지서를 발송하였고, 동 고지서에는 청구법인의 법인세 과세표준 OOO원에 세율 OOO%를 적용하여 산출세액을 OOO원으로 산정하고 여기에 가산세 OOO원을 가산하며, 각종 공제세액 OOO원으로 고지한 사실이 나타난다. (다)청구법인은 처분청이 과세사실판단자문 신청 동의서의 청구인란에 “(주)OOO(전 ㈜OOO)”으로 표기하여 이 건 처분이 청구법인이 아닌 OOO의 법인세 신고의 적정성을 다투고 있다고 주장하였다. (2)조사청의 조사적출사항과 관련하여 청구법인은 OOO의 계정별 원장을 제출하였다.
(3) 국세청 발간 “청산소득에 대한 법인세 해설”책자 내의 “청산소득에 대한 피합병법인 등의 청산소득에 대한 법인세 등의 고지절차” 관련 내용(청구법인 제출)은 다음과 같다.
(4) 청구법인은 OOO의 납세지 변경신고를 한 사실이 없고, OOO의 본점은 OOO이므로 납세지 관할 세무서장은 OOO인데, 이 건 부과처분의 납세고지서는 청구법인의 관할 세무서장인 OOO이 교부하였다고 주장하였다. (5)청구법인이 제출한 심리자료를 종합하면, OOO, OOO,청구법인의 주주의 지분보유현황은 다음 <표1>과 같다. <표1> OOO, OOO, 청구법인의 주주현황
(6) 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, 쟁점부동산 매각과 관련한 진행내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산 매각진행내역 처분청이 제출한 부동산매매계약서 등에 의하면, 쟁점부동산의 매매계약 변경내역은 다음 <표3>과 같다. <표3> 쟁점부동산 매매계약 변경내역 처분청은 당초 OOO이 계약금 OOO원을 수령한 후 OOO와 절세방안을 논의하여 2007.3.30. OOO가 매매대금 OOO원 이외에 추가로 사업시행이익금 중 OOO원을 지급하기로 확약서를 제시하여 중도금 OOO원을 수령하였고, 그 이후에도 결손법인을 OOO과 합병한 후, 그 주식을 인수하는 방안을 OOO에게 제안하였으나, 수용되지 않자 2007.5.31. 잔금수령을 거부하였으며, 이후, 서울특별시 중구청이 2008.6.23. OOO에게 OOO(이하 “쟁점사업”이라 한다)시행을 인가함에 따라 OOO가 쟁점부동산을 수용할 수 있는 법적 지위가 발생한 상태에서 청구법인도 2008.7.23. 외부전문가의 도움을 받아 분할과 합병계획서에 따라 이 건 분할과 합병을 실행하면서 매매계약서를 OOO이 주도하는 날짜로 재작성하였고, 분할·합병 용역료로 OOO원을 지불한 점을 종합하면, 쟁점부동산의 매각이익을 감소시킬 의도로 이 건 분할과 합병을 한 후 잔금일자를 다시 정한 것은 인위적인 계약서 작성으로 불공정 분할과 합병을 하기 위한 것이라는 의견이다. 이에 대하여 청구법인은 OOO이 당초 사업부지를 추가매수하여 쟁점사업을 독자적으로 추진하고자 하였으나 OOO가 쟁점사업의 부지 3분의 2 이상을 취득하는데 성공하여 쟁점부동산을 강제 취득할 수 있는 유리한 입장에서 기존에 추가로 OOO원을 지급하기로 하였던 약정도 취소하면서 청구법인에게 기존의 매매계약을 이행하든가 아니면 강제수용된 후 완공된 건물로 보상받는 방안 중 하나를 선택하라고 통보함에 따라 OOO은 어쩔 수 없이 기존 매매계약을 재작성하기에 이르렀다고 주장하였다.
(7) OOO의 인적분할 내역은 아래와 같다. 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, OOO은 2008.8.28. 대부업 부문을 인적분할하여 OOO를 설립하였는바, 분할 전·후 OOO 및 OOO의 대차대조표는 다음 <표4>와 같다. <표4> 분할 전·후 OOO 및 OOO의 대차대조표 처분청은 임대용부동산인 쟁점부동산의 매각대금 중 계약금과 1차 중도금 OOO원을 OOO에게 넘겨주고, 부채는 OOO으로 하여 초우량 회사로 만들고, 선수금 OOO원(부채)는 모두 존속법인인 OOO에게 남겨두어 자본총액을 OOO원으로 만드는 불공정 분할을 한 것은 쟁점부동산매각으로 발생하는 처분이익을 감소시키기 위한 의도로 인정되고, 법인세법제52조 제1항 및 법인세법 시행령제88조 제1항 제8호의2 및 제9호에서 예시하고 있는 부당행위계산부인 유형에 해당하므로 쟁점부동산 매각과정에서 부당한 분할·합병을 통해 부동산처분이익 OOO원을 감소시킨부당행위계산을 부인하고 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. 또한 처분청은 청구법인이 부동산처분이익에 대한 조세를 회피하기 위해 세무전문가의 도움을 받아 비정상적인 분할과 합병이라는 2개의 자본거래를 거치는 방법으로 부동산처분이익에 대한 과세와 관련하여 법인세법상 혜택을 부당하게 받았으므로 국세기본법제14조 제3항의 규정에 따라분할과 합병과정을 거치지 않고, 청구법인이 쟁점부동산을 처분한 것으로 보아 청구법인이 감소시킨 부동산처분이익 OOO원에 대해 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. 이에 대하여 청구법인은 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 특수관계자 간의 거래이고, 시가보다 낮은 가액으로 거래하여 이익의 분여가 존재하여야 하는데, 청구법인의 부동산매매거래, OOO의 인적분할, 청구법인의 OOO 흡수합병에서 그 거래가액이 시가보다 낮아 특수관계자에게 이익을 분여하였다고 인정할 수 있는 거래가 없었고, 납세자의 주관적인 조세회피 의도가 별도의 요건으로 요구되지 아니하므로 합병에 대한 부당행위계산부인은 합병당사법인의 주주에게 적용되는 것이어서 합병당사법인 주주간의 이익분여에 대하여 적용하는 것은 별론으로 하더라도 합병당사법인에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없고, 쟁점부동산의 매매거래는 특수관계자간 거래가 아니어서 부당행위계산부인 적용대상에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 흡수합병으로 취득한 쟁점부동산을 감정가액 이상으로 양도하였으므로 이익분여가 발생하지 아니하였다고 주장하였다. 또한, 청구법인은 회사의 자산을 분할법인에 둘지, 분할신설법인에 둘지는 전적으로 회사의 판단과 의사에 따라 정해지는 것이고, 이에 대해 법적으로 아무런 제약이 없으므로 자산 귀속을 이유로 분할법인과 분할신설법인 간에 이익분여가 있었다고 보는 것은 분할의 개념에 부합하지 아니하며, 이 건 분할의 경우 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계된 구 법인세법제46조 제1항에 따라 적격분할에 해당하는 것이고, 처분청이 과세한 소득은 분할신설법인의 청산을 통하여 과세되므로 이에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다고 주장하였다.
(8) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, 청구법인은 2008.10.8. 분할 후 OOO을 흡수합병하였는바, 흡수합병 전·후 OOO의 자산 및 부채내역은 다음 <표5>와 같다. <표5> 합병 전·후 OOO의 자산 및 부채내역 또한, 청구법인은 2008.10.8. 합병 후 쟁점부동산과 관련하여 발생한 합병평가차익 OOO원을 합병 전 OOO에 존재하던 감자차손 OOO원의 보전에 충당하고, 나머지 합병차익 OOO원을 익금산입하는 세무조정을 하였고, 2008.10.28. 쟁점부동산 매각 잔금 수령으로 양도가액 OOO에서 합병으로 평가승계한 장부가액 OOO을 차감한 유형자산처분이익 OOO을 청구법인의 장부에 계상하였다.
(9) 청구법인은 합병 후 2008.10.28. 쟁점부동산의 매각과 관련하여 다음 <표6>과 같이 회계처리하였다. <표6> 쟁점부동산 양도에 관련한 청구법인의 회계처리내역
(10) 쟁점부동산 매각과 관련하여 처분청의 세무조정 내역은 다음과 같다. (가)처분청의 법인세 경정결의서에 의하면, 처분청은 청구법인이 불공정분할과 합병을 통해 부당하게 쟁점부동산 처분이익 OOO을 감소시킨 것으로 보아 동 금액을 익금산입, 기타사외유출로 소득처분하였다. (나) 청구법인은 법인세법 시행령제11조 제2호, 제19조 제2호 및 제72조 제1항 제3호에서 합병을 통하여 취득한 부동산을 양도하는 경우, 양도법인에게 과세될 유형자산처분이익은 양도가액에서 합병으로 승계한 가액을 차감하여 계산하도록 규정하고 있어, 청구법인은 이에 따라 쟁점부동산 양도가액 OOO원에서 합병으로 승계한 쟁점부동산의 취득가액 OOO원을 부동산양도차익으로 법인세를 신고·납부하였고, 구법인세법 시행령제12조 및 법인세법 기본통칙 17-15...2에서는 합병평가차익은 합병차익 범위 내에서만 과세된다고 규정하고 있는바, 이 건 합병거래에서 OOO이 합병으로 인하여 순자산이 OOO원 증가하여OOO 합병평가차익 중 합병차익 범위 내의 금액인 OOO원을 익금산입하여 이 건 합병거래에 대해서도 적법하게 법인세를 신고·납부하였다고 주장하였다. (다) 한편, 청구법인은 처분청이 과세한 과세금액이 청구법인과 관련이 없고, 원칙적으로 OOO의 인적분할을 통하여 OOO에게 과세될 금액이나, OOO의 분할이 법인세법상 적격분할에 해당하여 과세이연된 것일 뿐이라며 다음과 같은 주장을 하였다. ⓛ 구 법인세법제47조에서는 내국법인이 분할한 후 존속하는 경우 ‘분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 분할대가의 총합계액에서 분할로 감소한 분할법인의 자기자본을 차감’하여 계산한 금액을 분할법인의 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액으로 익금산입하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제14조 제1항 제1호 및 제84조 제2항에서 분할대가는 원칙적으로 취득 당시의 시가로 하되, 해당 분할이 법인세법상 적격분할에 해당하는 경우에는 액면가액으로 하도록 규정하고 있으며, 분할로 감소한 분할법인의 자기자본은 분할한 사업부문의 분할등기일 현재의 자본금과 잉여금의 합계액 중 분할로 감소되는 금액으로 하되, 분할사업부문의 잉여금이 (-)인 경우에는 OOO으로 보아 자본금과 잉여금 중 분할로 인해 감소된 금액으로 규정하고 있는바, 이에 따라 OOO의 인적분할에 따른 분할소득금액을 계산하면 다음 <표7>과 같고, 처분청이 주장하는 과세금액은 OOO의 인적분할시 과세되는 것으로, OOO의 분할이 적격분할이면 분할대가를 액면가액으로 계산하여 분할 시점에 과세하지 않고 과세이연되고, OOO의 분할이 부당하고 불공정하다고 판단하였다면 법인세법상 비적격분할로 보아 OOO에게 분할소득금액으로 과세하면 될 것인데, 처분청이 이 건 분할이법인세법상으로는 적격분할이라고 하면서 청구법인에게 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이 타당하다고 하는 것은 모순된 주장이다. <표7> OOO의 인적분할에 따른 분할소득금액(청구법인 제시)
② 구법인세법의 합병세제에서는 미실현이익인 합병평가차익은 합병차익을 한도로 하여 익금산입하도록 규정되었으나, 2009.12.31. 합병차익을 한도로 익금산입하도록 한 규정이 삭제되어 합병평가차익 전체에 대해 익금산입할 수 있도록 하였는바, 처분청이 과세하고자 하는 금액은 합병차익을 초과한 합병평가차익으로, 결국 2009.12.31. 개정된 법인세법을 소급 적용하여 소급과세 금지의 원칙을 위배하여 과세하겠다는 것이다.
③ 처분청이 익금누락되었다고 주장하는 금액은 분할신설법인의 청산을 통하여 과세되어 과세이연된 것인 바, 이 건 처분은 결과적으로 동일한 소득에 대하여 이중으로 과세하는 것이다. (라) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 스스로 2008사업연도 법인세 신고시 합병차익 OOO원을 익금산입 신고조정하였고, 유형자산처분이익 OOO원을 손익계산서에 수익으로 계상하였으나, 처분청은 특수관계법인 OOO이 불공정한 분할과 경제적 합리성이 결여된 합병을 통해 청구법인의 합병차익 및 유형자산처분이익 과세를 사전에 차단하여 법인소득금액 OOO원(‘OOO원’의 오기로 보인다)을 부당히 감소시켜 이에 법인세법 부당행위계산부인 및 국세기본법의 실질과세 규정을 적용하여 법인세를 과세하였다며 청구주장에 대해 다음과 같이 답변하였다. ⓛ 처분청이 주장하는 불공정한 분할의 의미는 OOO이 쟁점부동산의 중도금을 OOO에 승계시켜 초우량회사로 만들면서 부채인 선수금은 분할존속법인에게 남겨두어 자본잠식상태로 만들어 특수관계자간 비정상적인 분할로 불공정한 분할이라는 뜻이지 법인세법에 정한 과세이연요건을 갖추기 위한 적격분할에 해당되지 아니한다는 내용은 아니며, 주식 지분의 불균등분할이라는 의미에서 불공정한 분할이라고 표현한 것은 아니고,
② 이 건 합병의 경우, 합병 이후 OOO의 경영자문 사업실적이 없고, 쟁점부동산이 매각되어 청구법인의 임대수입 사업실적도 없는 등 합병의 필요성이 전혀 없음에도 조세의 부담을 감소시키기 위한 수단으로 합병을 이용하여, 청구법인의 합병은 경제적 합리성이 결여된 합병이라는 뜻이며,
③ 청구법인이 연속된 분할과 합병을 독립적으로 해석하여 적격분할 및 적격합병에 해당되고, 주주간 지분율 불균등에 의한 불공정 분할 및 불공정 합병이 아니므로 부당행위계산부인 규정이 적용할 수 없다고 주장하나, 처분청은 특수관계법인 간의 분할과 합병의 연속된 자본거래를 통해 특수관계법인에게 자본이익을 분여하고 합병 이후 과세될 과세소득을 차단함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시켜 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 및 제9호에 준하는 행위로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것이고, 특수관계법인 간에 분할과 합병으로 2 이상의 자본거래를 통해 합병차익 내지는 유형자산처분이익을 감소시키는 등 세법의 혜택을 부당하게 받은 것으로 인정되어 국세기본법제14조의 실질과세 규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 것이다.
(11) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 우선 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 피합병법인(OOO)에 대한 신고누락소득을 합병법인인 청구법인에게 과세한 처분은 부당하고, 청구법인이 OOO의 법인세 납세의무 승계자로서 이 건 부과처분을 받은 것이라 하더라도, OOO의 납세지 관할 세무서장인 OOO이 아닌 청구법인의 납세지 관할 세무서장인 OOO이 이 건 처분을 한 것은 관할을 위반한 처분이므로 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산은 당초 OOO과 OOO가 합병(2008.10.8.)하기 전인 2007.2.15. OOO이 OOO에게 양도하기로 계약하였으나, 잔금일인 2007.5.31. 잔금수령을 거부하였고, 2008.8.19. OOO와 쟁점부동산을 OOO원에 양도하기로 재계약하고, 합병 전까지 당초 수령한 계약금과 중도금, 재계약시의 계약금과 중도금까지 포함하여 OOO원을 수령한 후, 합병 후인 2008.10.20. 합병법인인 청구법인이 잔금 OOO원을 수령하였으므로 쟁점부동산 양도소득의 손익귀속시기는 쟁점부동산의 양도대금의 잔금 청산일이고, 쟁점부동산 양도소득의 납세의무자는 OOO이 아닌 청구법인이라 할 것이며, 청구법인도 2008사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산 양도에 따른 합병차익 OOO원을 익금산입하는 것으로 스스로 신고하였고, 쟁점부동산 양도로 발생한 유형자산처분이익 OOO원을 2008사업연도의 손익계산서에 수익으로 계상하여 쟁점부동산 양도차익의 귀속자를 청구법인이라고 인정한 것이라고 볼 수 있는 점에 비추어 쟁점부동산의 양도소득은 OOO이 신고누락한 것이고, OOO의 납세지 관할세무서장인 OOO이 아닌 처분청이 과세한 이 건 처분은 관할을 위배하였으므로 청구법인에게 과세한 이 건 처분이 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 처분청이 합병 후 발생한 쟁점부동산 양도소득의 납세의무자를 청구법인으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.
(12) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 합병에 대한 부당행위계산부인이 법인세법 시행령제88조 제1항 제8호에 따라 청구법인의 주주에게 적용되는 것이지, 합병당사법인인 청구법인에게 적용될 수 없고, 청구법인은 합병을 통하여 취득한 쟁점부동산을 제3자에게 양도하고 이를 법인세법의 규정에 따라 적법하게 신고하였으므로 해당 양도거래에 대해법인세법제51조의부당행위계산부인 및국세기본법제14조 제3항의단계거래 실질과세 규정이 적용될 수 없다고 주장하나, 이 건 합병 전OOO은 OOO의 주주가 그대로 분할신설법인인 OOO의 주주가 되는 인적분할을 하여 OOO와 특수관계가 성립되고, OOO과 청구법인의 주주도 동일하여 OOO과 청구법인 간에도 특수관계가 있는 것이며, 이 건 분할 전 OOO은 쟁점부동산의 매각대금 중 계약금과 1차 중도금 OOO원을 쟁점부동산과 관련이 없는 대부사업부를 인적분할하여 설립된 OOO에게 넘겨주면서 부채는 OOO으로 하였고, 선수금 OOO원(부채)은 모두 존속법인인 OOO에게 남겨두어 자본총액을 OOO원으로 만들어, 결과적으로 이 건 분할을 하지 않았다면 OOO을 흡수합병한 청구법인에게 발생하였을 쟁점부동산 처분이익 중 OOO원이 감소되는 결과가 초래되어 주주가 동일한 특수관계자 간의 이 건 분할 등 자본거래로 인해 쟁점부동산 처분이익에 대해 청구법인이 부담하여야 할 조세를 부당히 감소시킨 것이라 할 수 있고, 이는 법인세법제52조 제1항 및 법인세법 시행령제88조 제1항 제8호의2 및 제9호에서 예시하고 있는 부당행위계산부인 유형에 해당한다 할 것이며, 이 건 분할과 합병이 법인세법상의적격분할 및 적격합병에 해당한다 하더라도 이는 법인세법에 정한 과세이연요건을 갖춘 분할 및 합병이라는 것이므로 부당행위계산부인 규정의 적용을 배제한다는 것과는 다르다. 따라서 청구법인에게 이 건 분할 등이 없었다면 청구법인에게 발생하였을쟁점부동산의 양도차익과 청구법인이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 기신고한 과세소득금액과의 차액을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.