조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득의 범위에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.9.30. OOO 외 1필지 소재 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 종전주택을 멸실하고, OOO(2003.5.10. 사용승인되었으며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 5년 이상 보유하다가, 2009.5.4. 양도한 후 양도소득세 과세표준 예정신고시 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면하여 신고하였다.

1.

• 나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다 하여, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 준용함에 있어 분모의 ‘취득당시 기준시가’를 ‘종전주택 취득당시 기준시가’로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 계산하여 2013.6.20. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.9. 이의신청을 거쳐 2013.12.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따른 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년간의 감면소득을 계산하면서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가로 적용하여 감면소득을 계산하였으나, 법적근거 없이 계산식을 재건축된 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하는 것은 위법하며, 계산식은 주택재건축을 통해 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 계산식의 구성요소를 다르게 바꾸어 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 재건축된 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않는 계산식이라 할 것이고, 처분청과 같이 계산할 경우 종전주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 취급해 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 되어 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하며, 계산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가에 청산분담금을 더하여 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 처분청은 납부불성실가산세를 부과하였으나, 법령이 명확하다면 감면소득을 과다하게 계산하여 신고할 이유가 없으며, 이는 명료한 법문에 의하여 세액을 계산할 수 있도록 법령 조문을 만들지 않은 과세관청의 잘못을 선량한 납세의무자이자 주권자인 국민에게 전가하는 처사라고 보이고, 산식이 명확하다면 납세자가 양도소득세를 신고한 직후 신고액의 정확 여부는 쉽게 확인 가능한 사안이므로 처분청에서 즉시 확인하는 것이 조세행정 업무의 본질임에도 세액계산이 올바르게 되었는지 확인을 하지 않고 4년이나 경과한 후에 가산세를 처분하는 것은 지나친 행정편의주의로서 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득도 감면소득이라고 주장하나, 관련법령의 해석사례에 따라 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따르면 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없다고 보기 때문에 이 건 처분은 정당하다. 또한, 법령의 부지 또는 오인은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구인이 법령 오인으로 양도소득세를 과소신고하여 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택이 재건축됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면시, 조세특례제한법 시행령 제40조 산식의 분모에 기재된 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시의 기준시가로 적용하여 계산한 양도소득금액을 감면하고 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시및주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시및주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면적용을 배제하기 위하여, 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 하여 취득 후 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 계산한 것으로 나타난다.

(2) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식의 분모에 취득당시의 기준시가로 규정하고 있음에도 이를 종전주택 취득당시의 기준시가로 적용하는 것은 감면되는 양도소득금액을 과소산정하게 되어 부당하므로 산식을 재건축주택에 적용할 경우 종전주택 취득당시의 기준시가에 청산분담금을 더하여야 하며, 처분청이 세액계산이 올바르게 되었는지 확인을 하지 않고 4년이나 경과한 후에 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식은 양도소득금액을 기준시가로 안분하는 것으로 청산분담금을 기준시가에 포함할 수 없는 점, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위하여 같은 항의 산식을 준용함에 있어 분모의 ‘취득당시 기준시가’는 ‘종전주택 취득당시 기준시가’를 의미하는 것으로 보는 것이 조세특례제한법 제99조의3 의 입법취지에 부합된다고 보이는 점 등으로 볼 때, 처분청이 위와 같이 감면대상소득금액을 계산하여 양도소득금액에서 차감한 후 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것으로, 이 건 과세와 관련하여 처분청은 부과제척기간 내에는 잘못 신고된 세액을 경정결정할 수 있고, 납세자의 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.