신축주택 취득 후 5년 이내 양도시 양도소득금액이 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.3.12. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 재건축사업의 시행에 따라 2003.11.21. 같은 동 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2007.11.26. 양도하고 2008.1.10. 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가, 2010.5.6. 쟁점주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례(100분의 100에 상당하는 세액 감면) 규정에 따라 경정청구를 제기하여 세액을 환급받았다.
• 나. 처분청은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액에 대하여만 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 보아 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면을 배제하고 2013.4.19. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 이후 2013.5.10. 계산착오로 확인된 OOO원을 감액하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.17. 이의신청을 거쳐 2013.12.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조의3 에 따르면 신축주택 취득 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도시를 구분하여 감면대상 여부를 판정하고 있는바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 구분하여 감면대상 양도소득에서 제외하는 것은 아래와 같은 이유로 잘못이다.

(1) 소득세법상 신축주택은 건물만을 의미하는 반면(법 제94조 제1항 제1호에서 ‘토지 또는 건물의 양도’, 법 제89조 제1항 제3호에서 ‘1세대 1주택과 그 부수토지’ 등), 조세특례제한법상 신축주택은 건물과 부수토지를 포함한 개념으로 명백히 다르고, 신축주택의 취득시기에 관하여도 소득세법은 원조합원의 경우 환지전 주택의 취득일로 보는 반면, 조세특례제한법은 사용승인일 등에 취득한 것으로 보고 있으므로 소득세법과 달리 조세특례제한법에서는 종전주택이라는 개념 및 신축주택 취득 전의 양도소득은 존재할 수 없는 것이다. 즉, 조세특례제한법상 조합원의 신축주택 취득시 양도소득 발생기간은 사용승인일 등의 날로부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보아야 한다.

(2) 대법원 판례(2008.5.29. 선고 2007두146 판결)도 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 취득일은 양도소득금액계산의 기준이 되는 취득시기를 의미하는 것이라고 하여 자기가 건설하는 건축물의 취득시기는 그 사용승인 등을 받은 날로 보고 있는바, 조세특례제한법상 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득은 조세특례제한법상 신축주택의 취득일인 사용승인 등의 날로부터 양도일까지 발생한 동 법상 신축주택의 양도소득 전체를 말하는 것이다. (3) 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에서 규정하는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 감면대상 양도소득금액 계산식[양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)]에서 분모와 분자의 ‘취득당시 기준시가’는 조세특례제한법상 신축주택의 취득당시 기준시가 되어야 하는 것으로 양자를 달리 볼 이유가 없고, 동 계산식은 소득세법상 양도소득금액 중 조세특례제한법상 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득과 5년을 경과하여 발생한 소득으로 구분하기 위한 것이지 소득세법상 양도소득을 소득세법상 발생기간에 배분한 후 조세특례제한법상 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액을 계산하기 위한 것이 아니다. 이는 조세특례제한법 시행규칙 별지 제37호 서식인 세액감면신청서 및 그 작성요령을 보더라도 ‘⑦란 양도소득금액’에는 소득세법상 양도소득금액 전체를 기재하도록 되어 있고, 5년 이내 양도한 경우에는 동 금액을 ‘⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액’에 기재하도록 되어 있는 점 등을 보더라도 소득세법상 양도소득금액 전체가 조세특례제한법상 감면대상 양도소득금액이 됨을 알 수 있다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법제99조의3은 일정한 정책적 목적 달성을 위해 예외를 인정하여 과세에 있어 특혜를 부여하는 성질의 것으로, 그 범위를 정하는 것은 입법정책의 문제이므로 입법자의 의사나 입법취지를 우선적으로 고려해야 할 것이며, 해당 규정의 신설 취지(2000.11.27. 발의, 의안번호 416)에 따르면 신축 주택에 대한 수요 증가를 통한 경기부양이 목적이므로 종전주택분에 대한 양도소득세를 감면해야 할 이유가 없다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 과세대상금액에서 차감되는 금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확히 규정하고 있으므로 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택 재건축(재개발)사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도한 경우, 같은 조 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없는 것이다.

(3) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2008.2.15. 선고 2006두8969 판결 등 참조), 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정은 특혜규정이 명백하므로 이를 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하기만 하면 종전주택의 취득시기 또는 취득가격을 불문하고 그 양도와 관련된 모든 양도소득세를 면제’하는 것으로 확장 또는 유추 해석하는 것은 부당하고, ‘당해 신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세를 면제’하는 것으로 엄격하게 해석함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득 후 5년 이내 양도시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액이 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호에 의하면 자기가 건설한 신축주택 등의 경우, 신축주택취득기간(2001.5.23.～ 2003.6.30.) 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있다.

(2) 처분청의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다. OOO (나) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1997.3.12. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 2003.9.29. 쟁점주택의 사용승인을 받아 2003.11.21. 소유권보존등기를 한 후 신축주택 취득일로부터 5년 이내인 2007.11.26. 쟁점주택을 양도한 것으로 확인된다. (다) 양도소득세 신고서 및 경정청구서 등에 의하면, 청구인은 당초 쟁 점주택 양도에 대한 양도소득세 산출세액 OOO원에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 의 양도소득세 과세특례 규정을 적용하지 않았다가(예정신고납부세액공제액을 제외한 OOO원을 신고ㆍ납부), 이후 위 산출세액 전액을 감면세액으로 하여 경정청구한 것으로 나타난다. (라) 양도소득세 경정결의서에 의하면, 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다 하여 감면세액을 OOO원으로 감액하여 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다가 이후 계산착오로 확인된 OOO원을 감액한 것으로 확인된다. (3) 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득세 계산시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 구분하여 감면대상 양도소득에서 제외하는 것은 부당하다고 주장하면서 양도소득세 예정신고서 사본, 종전주택 및 쟁점주택의 등기부등본, 쟁점주택의 건축물대장, 관련 예규 및 판례 등을 제출하고 있다.

(4) 이상의 사실관계와 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입 법취지가 있다 할 것이며, 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득은 신축주택의 취득일(사용승인일)로부터 양도시까지 발 생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2013중3591, 2013.10.21., 조심 2013서2670, 2013.9.6. 외 다수 같은 뜻임). 따라서, 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득을 감면대상 양도소득금액에서 제외하는 것이 잘못이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.