신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년 내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액이 감면대상이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아님
신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년 내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액이 감면대상이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아님
심판청구를 기각한다.
(1) 청구인은 쟁점주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도하였음에도 처분청이 신축 후 5년 이후에 양도한 것으로 보아 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 준용하여 감면대상 소득금액을 계산한 후 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나,조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하여야 할 것으로서 그 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 이 건 계산식을 준용한 것이고, 청구인의 주장과 같이 쟁점주택의 양도소득세를 전부 감면하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 취득할 때까지 발생한 양도소득도 감면대상에 포함되는바, 이는 감면대상 소득을 지나치게 확대한 것이므로 받아들일 수 없다.
(2) 감면대상 소득금액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용한 것은조세특례제한법제99조의3 제1항과 그 수임규정인 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항의 입법 취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것이므로 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하여 양도소득금액에서 감면소득금액을 차감하는 방식으로 양도소득세를 경정한 당초 처분은 정당하다.
(1) 청구인은 2001.3.26. 종전주택을 취득하여 2002.12.31. 조합원으로서 종전주택의 재건축에 참여하여 청산금 OOO원을 납부하고 2003.12.5. 쟁점주택을 취득하였다.
(2) 청구인은 2008.9.1. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, 2008.10.31. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가 2009.3.10. 쟁점주택이조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당된다고 보아 처분청에 경정청구를 하였으며, 처분청은 청구인의 경정청구를 받아들여 2009.5.20. 양도소득세 OOO원을 환급하였다.
(3) 처분청은 신축주택이라고 하더라도 종전주택의 보유기간 동안 발생한 양도소득금액은 감면대상에서 제외된다는 OOO지방국세청장의 지침에 따라 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 쟁점주택과 종전주택의 기준시가를 아래와 같이 결정하였다. 한편 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정한 감면대상 양도소득금액 산식은 아래와 같다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)
(4) 처분청은 위 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전주택의 취득(2001.3.26.) 당시 기준시가인 OOO원으로, 분자의 “취득 당시의 기준시가”는 쟁점주택 신축 후 다음년도의 기준시가(2004.4.30.기준)인 OOO원으로, 분모의 “양도 당시 기준시가”와 분자의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”는 OOO원으로 보아 감면대상소득의 비율을 41.52%로 결정하고 이를 양도소득금액 OOO원에 적용하여 감면대상소득 OOO원을 구한 후 산출세액을 감면대상소득으로 안분하여 양도소득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 청구인에게 경정․고지하였다.
(5) OOO지방국세청장은 2013.9.2. 청구인의 이의신청을 심리하여, 쟁점주택의 정당한 양도소득세는 처분청이 산출한 OOO원이 아니라 OOO원이라고 판단하였으며, 농어촌특별세 OOO원은 취소하는 결정을 하였다. (6)조세특례제한법제99조의3 제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 중 2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.
(7) 이상의 관련법령과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 위와 같은조세특례제한법제99조의3 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득 시부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바,조세특례제한법제99조의3 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보는 것이 신축주택의 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한조세특례제한법제99조의3의 입법취지에 부합한다고 할 것이고, 과세관청이 청구인에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하므로 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에 의하여 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 산정한 것에는 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.