조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득의 범위

• 가. 청구인은 1996.6.20. OOO(이하 ‘종전주택’이라 한다)를 취득한 이후 재건축을 통해 OOO(2004.6.30. 사용승인되었으며 이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하여 5년 이상 보유하다가 2009.8.27. 신축주택을 양도하고 양도소득세를 신고․납부한 후, 2010년 4월 경정청구를 통해 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택 취득자의 양도소득세 감면)에 의거 양도소득세를 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구인의 신축주택 양도에 대한 감면세액 계산의 적정성 여부를 검토한 결과, 감면대상이 아니라 하여 2013.5.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.14. 이의신청을 거쳐 2013.12.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 산식에서 분모가 취득당시의 기준시가로만 되어 있으므로 엄격해석원칙에 따라 그대로 적용하여야 하는바, 처분청이 동일한 문구로 되어 있음에도 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 것을, 분모의 경우는 종전주택의 기준시가를 적용하여 감면혜택을 축소하는 것은 자의적인 유추․확장해석이라 할 것이므로 처분은 부당하다. 또한, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 “신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상에서 뺀다”라는 명문규정을 두고 있음에도, 하위 시행령에서 세액계산 이후의 단계에서 감면소득의 비율에 따라 세액을 감면하는 방식을 적용하면 법률에서 주어지는 것보다 양도소득세 감면이 축소되는 결과가 되므로, 이러한 시행령의 규정은 법률의 취지에 어긋나는 것으로서 무효이므로 처분청의 과세처분 또한 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 지고, 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다는 조세법률주의는 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확대해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것이고(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 다수 같은 뜻임), 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는바(서울행정법원 2011.11.18. 선고 2011구합26879 판결 등 다수 같은 뜻임), 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 양도소득 중 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 규정한 신축주택 취득일부터 5년 이내의 양도일까지 발생된 양도소득을 제외한 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일의 전일까지 발생한 소득은 양도소득세 과세대상이므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택이 재건축됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면시, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식의 분모에 기재된 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시의 기준시가로 하여 양도소득금액을 산정한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시및주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시및주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국 세통합시스템 및 신고자료 등에 의하면, 청구인이 2009.8.27. 신축주택을 양도하고 2009.10.26. 양도소득세 OOO원을 자진 신고․납부하였으며, 2010년 4월 경정청구를 통해 조세특례제한법 제99조의3 규정을 적용받아 납부세액을 전액(농어촌특별세 제외) 환급받은 사실이 아래와 같이 나타난다.

○○○ (2) 처분청은 OOO지방국세청장의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 점검계획 (2013년 2월)에 의해 신축주택 양도에 대한 감면세액 계산의 적정성 여부를 검토하였으며, 신축주택의 양도차액 중 감면대상이 아님에도 감면신청한 부분이 확인되어 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 감면대상소득금액을 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 준용하여 계산한 다음 양도소득금액에서 차감한 후, 산출세액을 계산하여 2013.5.16. 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 결의서 등에 나타난다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 감면대상 양도소득금액 계산시 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 준용함에 있어 분모의 경우는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하는 것은 자의적인 유추․확장해석이라고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 5년간 발생한 감면대상소득금액을 전체 양도소득금액에서 차감하여 세액을 계산하여 소득금액 차감방식으로 세액을 감면한 점 등으로 볼 때, 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 감면대상 소득금액인 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위하여 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용함에 있어 분모에 기재된 취득당시의 기준시가를 종전주택 취득당시의 기준시가로 적용하는 것은 타당하다 할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2014광37, 2014.3.4. 등 다수 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 감면대상 소득금액을 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 준용하여 계산한 후 양도소득금액에서 차감하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.