붙임과 같습니다
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[결정요지] 조세특례제한법 제7조 의 세액감면을 적용함에 있어 관계기업의 판단시점에 대한 명문 규정은 없으나, 종업원 수, 자기자본, 매출액 등 다른 일반적인 규모기준은 해당사업연도를 기준으로 판단하고 있어주식회사의 외부감사에 관한 법률상 지배기업의 판단시점은 해당 사업연도를 기준으로 판단하는 것이 합리적으로 보이는 점, 2014.3.14. 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 신설은 관계기업 적용 여부의 판단시점을 명확화 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음 [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 중소기업 중 제조업 등의 감면업종을 영위하는 기업에 대해서는 2014.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 일정한 비율로 법인세액 상당액을 감면하는바, 중소기업이란 ① 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업법 시행령 별표1의 규정에 의한 규모기준 이내이고, ② 실질적인 독립성이 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합한 기업을 말하며, 실질적인 독립성이 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합한 기업이란 소유와 경영의 실질적인 독립성이 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 같은 법 시행령 제7조의4에 따라 합산한 매출액이 1천억원 이상인 경우 등에 해당하지 않는 기업을 말하는데[조특법 시행령 제2조 제1항 단서 및 제3호 후문, 중소기업법 시행령(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제2호 다목], 조특법 시행령에서는 관계기업에 해당하는지 여부에 대하여 특별히 규정하고 있는바가 없으므로 관계기업 해당 여부는 중기법 시행령에 따라야 한다.
(2) 중기법 시행령에 따르면, 관계기업이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률(이하 “외감법”이라 한다) 제2조에 따라 ① 외감법에 따른 외부감사의 대상이 되는 기업이, ② 직전 사업연도 말일 현재를 기준으로, ③ 중기법 시행령 제3조의2에 따라 다른 기업을 지배하여야 하나, 청구법인은 직전 사업연도 말일 현재인 2011.12.31. 외감법에 따른 외부감사 대상기업이 아니어서 관계기업이 되기 위한 요건을 충족하지 못한 점, 처분청은 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항을 확인적 규정으로 보아 청구법인의 과세연도 종료일 현재인 2012.12.31. 기준으로 외감법에 따른 외부감사 대상기업이라는 이유로 관계기업에 해당하는 것으로 보았으나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 같은 뜻임), 과세요건에 관하여 새롭게 입법하는 경우 그 효력은 창설적인 것으로 보아야 하는바(대법원 2012.9.13. 선고 2012두11737 판결 등 같은 뜻임), 조특법 시행령 제2조 제1항은 관계기업을 판단하는 시점에 대하여 전혀 규정을 두고 있지 않은 채 중기법 시행령을 준용하고 있고, 중기법 시행령 제3조의2 제1항은 직전 사업연도 말일을 기준으로 관계기업에 해당하는지 여부를 판단하도록 규정하고 있으므로 조세법률주의의 원칙상 관계기업에 해당하는지 여부는 직전 사업연도 말일로 해석하여야 하며, 조특법 시행규칙 제2조 제8항은 2014.3.14.에 비로소 관계기업을 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 이상, 이는 창설적 규정으로 해석되는 점 등에 비추어 청구법인은 관계기업에 해당하지 아니하므로 처분청의 과세처분은 부당하다.
(1) 기획재정부는 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업 판정시 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 대한 요건은 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 과세연도 종료일을 기준으로 판단하는 것으로 한 유권해석(조세특례제도과-52, 2014.1.23.)을 거쳐 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항을 신설하였고, 내국법인이 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업 판정시 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업기준을 적용하는 경우 지배기업이 외감법 제2조에 따른 외부감사 대상기업에 해당되는지 여부는 조특법 시행규칙 제2조 제8항에 따라 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것(OOO, 2014.3.25.)인바, 관계기업 중 지배기업이 외부감사의 대상이 되는지 판단하는 기준일은 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단함이 타당하다.
(2) 중기법은 중소기업을 지원․육성하고자 하는 목적으로 설립된 법이므로 중소기업인지 여부는 직전 사업연도를 기준으로 판단하여 해당 사업연도 중에 제반 지원을 하여야 할 것이나, 조특법은 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 법이어서 그 입법 취지가 다른 점, 관계기업기준은 지배․종속기업 간의 지분율을 반영하여 종업원수 등을 합산계산하여 규모기준을 적용코자 하는 것으로 특정 경우에 규모기준의 판단요건을 강화한 것으로 보아야 하므로 관계기업기준을 조특법에서 적용함에 있어서도 납세의무가 성립되는 해당 사업연도말을 기준으로 판단하는 것이 타당한 점, 관계기업기준이란 지배․종속관계에 해당하는 기업들의 종업원수 등을 합산하여 중소기업규모 초과여부를 판단코자 하는 것인바, 중기법 시행령에 따라 직전 사업연도를 기준으로 관계기업 여부를 판단하여 해당 사업연도의 종업원수 등을 합산한다면 직전 사업연도에는 지배․종속관계에 있었으나 해당 사업연도에는 지배․종속관계가 해소된 기업 간에도 종업원수 등을 합산하여 중소기업 여부를 판단하게 되는 불합리한 점, 중기법 시행령은 직전 사업연도말로 지배･종속관계를 판단한 후 중소기업의 적용은 해당사업연도 3월 이후부터 1년간 적용하므로 2011년말 기준으로 요건을 충족하면 2012.4.1.부터 2013.3.31.까지 중소기업에 해당하게 되어 조특법상 중소기업의 적용이 곤란하게 되는 점, 기획재정부는 2014년 조특법 시행규칙을 개정하여 해당 사업연도 말을 기준으로 관계기업 여부를 판단하도록 법령을 명확히 한 점 등에 비추어 당해 사업연도를 기준으로 관계기업(외부감사대상기업 포함) 여부를 판단한다는 내용이 명시된 조특법 시행규칙 제2조 제8항 규정은 조특법 체계상 법령을 명확히 한 보완규정이므로 소급과세금지원칙에 위배되지 아니한다.
(1) 청구법인과 OOO의 2012.12.31. 현재 주주현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 2012.12.31. 현재 주주현황(2011.12.31. 현재 주주현황도 동일)
(2) 청구법인의 자산, 부채 및 종업원 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 외부감사 대상 요건 현황
(3) 기획재정부에서 발간한 2013 간추린 개정세법에 따르면 조특법 시행규칙 제2조 제8항의 개정취지는 중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 함을 명확히 규정하기 위한 것으로 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조특법 시행령에서는 관계기업에 해당하는지 여부에 대하여 규정하고 있지 아니하므로 중기법 시행령에 따라야 하고, 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항은 대법원 판례 등에 비추어 창설적 규정이므로 처분청의 과세처분은 부당하다고 주장하나, 조특법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액 계산시 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하는 것으로서 종업원수, 자기자본, 매출액 등 다른 일반적인 규모 기준은 해당 사업연도를 기준으로 판단하고 있는바, 조특법상 중소기업에 대한 특별세액감면 등의 적용시 지배기업의 외감법 적용 판단 시점 역시 해당 사업연도를 기준으로 판단하는 것이 합리적으로 보이는 점, 간추린 개정세법 등에 따르면 조특법 시행규칙 제2조 제8항의 개정취지는 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 함을 명확화 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 당해 사업연도인 2012사업연도말을 기준으로 중소기업 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
1. 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동 항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․자본금․매출액․자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2012.1.1. 기획재정부령 제251호로 개정된 것) 제2조 [중소기업의 범위) ② 영 제2조 제1항 각 호외의 부분 단서 및 동 항 제1호에서 "상시 사용하는 종업원수"라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자, 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항 에 따른 기업부설연구소의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조 제1항 제8호 에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월 간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "자기자본"이라 함은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액을 말한다.
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 동 항 제1호에서 "매출액"이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업․분할․합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "자산총액"이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다.
⑥ 영 제2조 제1항 제1호에서 "자본금"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 에 따른 주권상장법인과 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조의 규정에 의한 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액 중 많은 금액
⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다. (4) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것) 제2조 [중소기업의 범위] ⑧ 영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.
(5) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
(6) 중소기업법 시행령(2012.1.26. 대통령령 제23527호로 개정된 것) 제2조 [정의] 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조 [중소기업의 범위] ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 [별표1] 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 제3조의3 [중소기업 여부의 판단 및 적용기간] ① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. 제7조 [매출액] ① 제3조 제1항 제1호에 따른 매출액은 회계관행에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다. 제7조의2 [자산총액] ① 제3조 제1항 제1호에 따른 자산총액은 회계관행에 따라 작성한 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계로 한다. 제7조의3 [자기자본] ① 제3조 제1항 제1호에 따른 자기자본은 회계관행에 따라 작성한 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계에서 부채총계를 뺀 금액으로 한다. 제7조의4 [관계기업의 상시근로자수등의 산정] ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표2에 따른다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다.
(7) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조 [외부감사의 대상] 직전 사업연도 말의 자산총액, 부채규모 또는 종업원수 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 주식회사(이하 "회사"라 한다)는 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를 포함한다)를 작성하여 주식회사로부터 독립된 외부의 감사인(이하 "감사인"이라 한다)에 의한 회계감사(이하 "감사"라 한다)를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사는 그러하지 아니하다.
1. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 공기업 또는 준정부기관으로 지정받은 주식회사 중 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 회사
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식회사
(8) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 시행령 제2조 [외부감사의 대상] ① 법 제2조에 따라 외부의 감사인에 의한 회계감사(이하 "외부감사"라 한다)를 받아야 하는 주식회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사로 한다.
1. 직전 사업연도 말의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사를 말한다)
2. 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)과 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 주식회사
3. 직전 사업연도 말의 부채총액이 70억원 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립 시의 부채총액이 70억원 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사를 말한다)
4. 직전 사업연도 말의 종업원(제1조의4 제2항 제2호 후단에 따른 종업원을 말한다. 이하 같다)수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립 시의 종업원수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사를 말한다)
② 법 제2조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 주식회사"란 법 제4조제1항에 따른 감사인 선임기간의 종료일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사(감사인을 선임한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 주식회사로서 증권선물위원회가 인정하는 주식회사를 포함한다)를 말한다.
1. 지방자치단체가 자본금의 2분의 1 이상을 출자한 주식회사
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사
3. 기업구조조정투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사
4. 은행법에 따른 은행으로부터 당좌거래의 정지처분 중에 있는 주식회사. 다만, 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차의 개시가 결정된 주식회사는 제외한다.
5. 청산 중이거나 1년 이상 휴업 중인 주식회사
6. 상법에 따라 합병절차가 진행 중인 회사로서 해당 사업연도 내에 소멸될 주식회사
7. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 사유로 증권선물위원회가 외부감사를 실시할 필요가 없다고 인정하여 지정하는 주식회사
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