쟁점①작업진행률,②건설자금이자③임대료부당행위계산부인에 대한 처분청의 과세처분은 정당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.5.12.부터 2014.7.18. 까지 청구법인(OOO가 OOO% 현물출자한 도시개발, 혁신도시개발, 관광단지 및 산업단지 조성사업 등 건설업을 주로 영위하는 지방공기업)에 대한 2009～2013사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 다음과 같은 과세자료를 2014.8.4. 처분청에 통보하였다. (1) 청구법인은 OOO 일원 65,934㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)의 도시개발구역에 OOO 4계절 집객 관광시설을 개발하기 위한 사업(이하 “OOO 개발사업”이라 한다)을 진행하였는바, 2007.12.18. OOO과 OOO 개발사업 사업협약(이하 “사업협약”이라 하고, 동 협약의 서면을 이하 “사업협약서”라 한다), 2008.5.14. OOO 주식회사(이후 법인명을 ‘주식회사 OOO’로 변경하였고, 이하 “OOO”라 한다)와 도시개발구역 확대에 따른 추가협약(이하 “추가협약”이라 하고, 동 협약의 서면을 이하 “추가협약서”라 한다)을 각 체결하였다. 청구법인은 OOO와 2008.5.14. 쟁점토지①의 매매계약, 2009.2.12. 변경계약 및 2010.1.22. 최종계약(이하 각 “최초계약”, “변경계약” 및 “최종계약”이라 하고, 동 계약의 서면을 이하 각 “최초계약서”, “변경계약서”, “최종계약서”라 한다)을 각 체결하여 쟁점토지①을 OOO에게 OOO원에 양도하였고, 2010.12.31. 잔금 전액을 수령한 후, 2011.7.11. OOO에게 쟁점토지①의 사용을 승낙하였으며, 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 2011.12.30. OOO 개발사업을 착공하였다. 또한, 청구법인은 2009.11.23. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 OOO 개발사업 부지 내 복합개발사업용지 47,425㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)의 매매계약을 체결하여 쟁점토지②를 OOO에게 OOO원에 양도하였고, 2010.4.27. OOO에게 쟁점토지②의 사용을 승낙하였으며, OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)가 2010.5.10. 공사를 착공하였다. 청구법인은 사업지구 내 분양된 개별토지(쟁점토지)에 대하여 사용승낙이 이루어진 경우 이를 완성토지의 양도로 보아 사용승인일이 속하는 사업연도의 분양수익과 이에 대응하는 원가를 인식하여야 함에도, 전체 사업지구를 하나의 수익인식 단위로 보아 쟁점토지의 양도 후 해당 개발사업 완료시까지 작업진행률(기부채납하기로 한 도로, 공원 등 기반시설공사의 작업진행률)에 따라 수익을 인식하였는바, 쟁점토지의 사용수익일(공사착공일로서, 쟁점토지①의 경우 2011.12.30., 쟁점토지②의 경우 2010.5.10.)이 속하는 2010 및 2011사업연도에 수익(쟁점토지 매매 관련 수익)으로 인식완료(쟁점토지①의 경우 2010사업연도 수익인식분 제외)하여야 한다. (2) 청구법인이 OOO1 일원 OOO 주거환경개선사업(이하 “OOO 주거환경개선사업”이라 한다)과 관련된 국민주택 임대아파트 건립공사(이하 “OOO 임대아파트 건립공사”라 한다)를 위하여 2010.6.28. OOO로부터 차입한 국민주택기금 OOO원(이하 “쟁점차입금”이라 한다)에 대해 공사착공일(2010.7.1.)부터 준공일(2013.6.25.)까지 발생한 이자를 건설자금이자로 계상하였어야 함에도, 이자비용으로 계상하였으므로, 이를 손금불산입하여야 한다. (3) OOO는 전액 출자를 통해 2012.11.15. OOO를 설립하면서 청구법인이 운영하고 있는 OOO OOO(이하 “OOO”라 한다)의 운영권을 OOO로 이전하기로 하고, 2012.12.31. 청구법인 및 OOO와 OOO 운영권 이관 협약(이하 “OOO 운영권 이관 협약”이라 하고, 동 협약의 서면을 이하 “OOO 운영권 이관 협약서”라 한다)을 체결하였다. 청구법인과 OOO 간 2013.1.2. 체결된 사업양도양수계약에 따라 토지와 건물을 제외한 OOO 사업에 관한 일체의 권리와 의무가 OOO로 이관되었고, 청구법인은 OOO 운영권 이관 협약서 제4조 제4항에 따라 OOO의 토지, 건물(부동산에 설치된 시설물 및 집기류, 물품 등 포함) 등으로부터 영업이익 발생시 이익금의 OOO%를 회수하기로 하였으나, 2013년 OOO로부터 회수한 금액이 없으므로,법인세법제52조의 부당행위계산 부인 규정에 따라 적정임대료 OOO원을 익금산입하여야 한다.
• 나. 처분청은 이에 따라 2014.8.14., 2014.8.18. 및 2014.8.19. 청구법인에게 법인세 2010사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 매수인이 공사를 착공하였으나, 이는 실질적인 공사착공이 아니므로, 쟁점토지의 매매 관련 수익과 비용은 위의 공사착공일이 아닌 매수인이 추가 부지조성공사를 완료한 후 실제 공사를 시작하기 위해 쟁점토지의 사용을 승인받은 날이 속하는 사업연도까지법인세법제40조에서 규정하는 작업진행률에 따라 인식하는 것이 타당하다. (가) 쟁점토지①의 경우 처분청은 공사착공일(사용승인일)인 2011.12.30. 이 속하는 2011사업연도에 매매금액 전액(2010사업연도 수익인식분 제외)을 수익으로 인식하여야 한다는 의견이다. 그러나, 목적물인 자산이 아직 완성되지 아니한 경우(부지조성공사 진행중인 경우)에는 자산의 양도라는 개념이 있을 수 없는바, 그 완성된 날(매수인이 목적물을 명도받아 사실상 사용수익이 가능한 날)을 귀속시기로 보아야 한다. 청구법인이 2010.11.26. OOO에게 발급한 쟁점토지①에 대한 부지사용동의서는건축법등에 따른 건축위원회 심의 신청용으로서, 이러한 부지사용동의는 사전 요식적 행위에 불과하므로, 부지사용동의서를 발급하였다 하여 OOO가 쟁점토지①을 실질적으로 사용수익하는 것으로 볼 수 없다. OOO는 2011년 10월 OOO OOO장(이하 “OOO장”이라 한다)으로부터 OOO 개발사업 계획을 승인받고 착공예정일을 2011.12.30.로 하여 착공신고필증을 수취하였는바, 처분청은 이를 근거로 OOO의 착공신고필증상 공사착공일(사용승인일)인 2011.12.30.을 쟁점토지①의 실질적인 사용수익일로 보고 있다. 그러나, OOO는 사업협약서 제11조 제3항 제1호 및 최초계약서 제1조 제1항에 따라 매수인인 OOO가 청구법인의 도시개발사업 부지조성공사(폐기물 처리, 토지 기반시설 조성 등)를 대행한 것일 뿐, 실질적으로 공사를 착공한 것이 아니다. OOO는 2011년 공사착공 신고 후 2012년 당초 주택건설사업계획 설계를 변경하여 2013.2.22. 설계변경을 승인받았고, 이 기간 중 건축물 축조와 관련 없는 부지조성공사 등을 하였는바, 공사중단 상태였으며, 2013.10.17. 실질적인 시공사인 OOO와 공사계약을 체결하여 2013.11.22. OOO에서 OOO로 건축관계자를 변경신고하였다. OOO는 건축관계자 변경신고 후 2014.1.14. 청구법인에게 OOO 도시개발구역 내 실질적인 사용수익인 건축물 축조를 위한 대지사용 동의를 요청하였고, 청구법인은 2014.1.15. OOO에게 OOO 대지사용을 승낙하였다. 따라서, OOO 부지조성공사와 관련하여 분양토지의 매수인의 실질적인 사용수익일은 처분청 의견과 같이 2011년이 아니라 건축물 축조를 위한 대지사용일인 2014년이므로, 2013사업연도까지 작업진행률에 따라 쟁점토지① 매매 관련 수익과 비용을 인식하여야 한다. (나) 쟁점토지②의 경우에도 처분청은 쟁점토지①과 같은 논리로 공사착공일(사용승인일)인 2010.5.10.이 속하는 2010사업연도에 매매금액 전액을 수익으로 인식하여야 한다는 의견이다. OOO 복합개발사업 용지(쟁점토지②)는 2009.11.23. 잔금청산이 완료되고, 청구법인이 2010.4.27. 토지의 사용을 승낙함에 따라 2010.5.10. 공사가 착공되었다. 청구법인은 쟁점토지②에 대해 도로, 공원 등 기반시설공사가 완공되지 않아 전체 사업지구가 완성되지 않았으므로, 사용승인일(공사착공일)이 속하는 사업연도에 전부 수익으로 인식하지 않고, 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률에 의해 쟁점토지②와 관련된 수익과 원가를 각 해당 사업연도에 인식하였으며, 이는법인세법제40조에 따른 것으로서, 적법하다. (1)-2 설령, 쟁점토지 매매 관련 수익을 공사착공일(사용승인일)이 속하는 사업연도에 인식하는 것이 타당하다 하더라도, 원가에 있어서는 실제발생원가 뿐 아니라 향후 발생할 예정원가를 포함한 총예정원가(매년 예정원가가 변경되는 경우 차액을 해당 연도에 반영)를 손금으로 인정하여야 한다. 수원지방법원은 분양계약과 관련된 수익을 분양대금의 청산 및 택지의 인도로 이미 확정되었다고 본다면 이에 대응하여 예상되는 추가 지출 비용 또한 이를 산출하여 대응하는 손금으로 산입하여야 한다는 취지로 판결OOO하였다. 처분청이 쟁점토지①의 양도가액 OOO원, 쟁점토지②의 양도가액 OOO원을 해당 토지에 대한 공사착공일(사용승인일)이 속하는 2011사업연도 및 2010사업연도에 수익으로 인식할 경우, 그 원가는 OOO 판결에 따라 이미 발생한 원가뿐 아니라 수익에 대응하여 발생이 예상되는 추가 지출 비용 또한 손금으로 산입하여 이 건 처분을 경정하여야 한다. (1)-2 설령, 쟁점토지①의 사용수익일(공사착공일)을 2011사업연도로 본다 하더라도, 총 분양면적이 아닌 토지사용 승낙 및 공사착공 면적에 대해서만 수익을 인식하여야 한다. 청구법인은 OOO 부지 면적 65,934㎡(쟁점토지①)를 OOO에게 양도하였고, 처분청은 사용승인일(공사착공일) 기준으로 총 분양면적인 65,934㎡에 대한 수익 전액을 인식하였으나, OOO에게 발급된 부지사용동의서상 토지사용 재산표시 면적은 47,944㎡이고, OOO장이 발급한 착공신고필증 및 사업계획승인서상 대지면적은 47,944㎡인바, 이에 대해서만 수익을 인식하여야 하고, 부지조성공사가 진행중인 17,990㎡에 대해서는 당초 작업진행률에 따라 수익을 인식하여야 한다. (2) 청구법인은 OOO 임대아파트 건립공사를 위해 2010.6.28. OOO로부터 차입한 국민주택기금 OOO원(쟁점차입금)에 대하여 공사기간 중 발생한 이자비용에 대하여 건설자금이자를 계상하지 않았고, 처분청은 이에 대해 전액 건설자금이자로 보아 손금불산입하였으나, 쟁점차입금 중 특정차입금에 해당하는 금액인 OOO 원만을 건설자금이자로 보아 손금불산입하여야 한다. 청구법인은 당초 OOO 주거환경개선사업을 분양목적으로 개시하면서 2008.2.19. OOO원(이하 “기존차입금”이라 한다)을 OOO로부터 차입하여 분양용지 구입 등에 사용하였다. 그러나, 청구법인은 2010사업연도 OOO 주거환경개선사업의 사업유형이 분양사업에서 국민임대사업으로 변경됨에 따라 기존차입금을 상환하고, OOO에서 쟁점차입금을 차입하였는바, 쟁점차입금을 기존차입금의 상환자금으로 사용하고 잔액만을 OOO 임대아파트 건립공사에 사용하였으므로, 쟁점차입금 전액이 아닌 OOO원만 을 특정차입금으로 보아 건설자금이자로 계산하여야 한다. (3) 청구법인은 2012.12.31. OOO와 OOO 운영권 이관 협약서를 작성하여 OOO에게 OOO 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 이전하였으나, 처분청은 청구법인이 2013년 OOO로부터 회수한 임대료가 없다는 이유로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 계산한 임대료를 익금산입하였다. 청구법인, OOO 및 OOO는 OOO 운영권 이관 협약서를 작성하였고, 동 협약서 제4조 제4항에서 토지, 건물 등으로부터 영업이익 발생시 이익금의 OOO%를 회계연도 종료시 OOO가 청구법인에게 지급한다고 규정되어 있는바, OOO의 2013년 재무제표에 따르면, 영업손실이 OOO원이고, 이 중 OOO 관련 영업손실은 OOO원이므로, 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 쟁점토지 매매계약을 체결한 후 잔금을 수령하였고, 소유권이 이전되었으며, 쟁점토지의 사용을 승낙함에 따라 공사가 착공되었는바, 공사착공일(사용승인일)이 쟁점토지의 실질적인 사용수익일이므로, 쟁점토지 매매 관련 수익 및 비용을 공사착공일(사용승인일)이 속하는 사업연도에 인식완료(기인식한 수익 제외)하는 것이 타당하다. (가) 청구법인은 토지를 택지로 조성하여 분양하는 업을 영위하면서 도로․공원 등의 기반시설을 함께 조성하여 지방자치단체 등에 기부채납하도록 되어 있는데, 택지를 이미 분양하여 대금청산과 사용수익이 이루어졌음에도법인세법에 따라 손익을 인식하지 않고, 기부채납하는 도로․공원 등 기반시설 조성에 따른 공사비와 각종 부담금을 총공사예정원가로 산정하고 기반시설 조성공사 진행정도에 따라 택지 분양수익을 인식하여 왔다. 청구법인은 2011.7.11. 이루어진 쟁점토지①의 사용승낙 행위가건축법등에 따른 건축위원회 심의 신청용으로서, 사전 요식적 행위에 불과하다고 주장한다. 그러나, 건축위원회 심의 신청용 토지 사용승낙은 2010.11.26. 이미 이루어졌고, 청구법인이 2011.7.11. 쟁점토지①의 사업주체인 OOO와 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 발급한 부지사용동의서는 주택건설사업계획승인을 받기 위한 대지 사용동의서로서, OOO와 OOO은 위 동의서를 첨부하여 OOO장으로부터 OOO 및 주거동 894세대 등을 건설하기 위한 주택건설사업계획을 2011년 10월 승인받고, 실제로 주택건설사업계획에 따라 2011.12.29. 착공을 신고(사용승인일 2011.12.30.)한 사실이 확인되므로, 위와 같은 청구주장은 타당하지 않다. 청구법인은 착공신고필증에 기재된 2011.12.30.에 사업협약서 제11조 제3항 제1호에 따라 OOO가 청구법인의 도시개발사업 부지조성공사(폐기물 처리, 토지 기반시설 조성 등)를 대행한 것일 뿐, 실질적인 공사착공을 한 것이 아니라고 주장한다. 그러나, 청구법인의 ‘부지조성공사 착수(시행) 의뢰’ 공문(2010.3.16.), 이에 첨부된 부지조성공사 예상금액 내역 및 OOO의 ‘부지조성공사 등 관련 소요비용 자금 요청’ 공문(2011.4.25.) 등에 따르면, 사업협약서에 따른 부지조성공사 등은 착공신고필증(2011.12.29.)상의 공사와는 다른 공사임을 알 수 있고, OOO와 OOO 간의 공사도급계약서 및 OOO 주요 공사 내용에서 건축공사를 위한 기초 토목공사를 한 사실이 나타나며, OOO 대표이사 OOO의 진술서에서 ‘2011.7.11.자로 청구법인으로부터 대지 사용동의서를 받아 2011.12.30. OOO을 시공사로 하여 건설 착공을 한 바 있다’고 진술하고 있는 점 등을 종합하면, 착공신고필증(2011.12.29.)상 공사는 사업협약서에 의한 부지조성공사일 뿐 실질적인 착공이 아니라는 청구주장은 타당하지 않다. (나) 쟁점토지②의 경우에도 위와 같은 논리로 청구주장을 받아들일 수 없다. (1)-1 청구법인은 만약, 쟁점토지의 분양수익을 공사착공일(사용수익일)에 인식하여야 한다면, 기업회계기준의 수익․비용 대응의 원칙에 따라 토지분양수익에 대응하여 아직 발생하지는 않았으나 장래에 발생할 것으로 예측되는 도로, 공원 등의 공사원가를 미리 비용으로 손금산입하여야 한다고 주장한다. 법인세법제43조에 따르면, 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에 한하여 기업회계의 기준 또는 관행을 적용하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 해당 기반시설 공사비를 합리적인 기준에 의하여 예측하여 결산에 반영하지 않은 이상법인세법제43조를 적용할 여지는 없다. 법인세법제40조는 내국법인의 익금과 손금의 귀속 사업연도를 권리․의무확정주의에 의하여 결정하도록 규정하고 있으므로 이에 따라 과세소득을 계산하여야 할 것이고, 이 법의 취지는 손익의 귀속시기 조작을 통한 부당한 탈루행위를 차단하고 조세공평의 원칙을 동일하게 적용시키기 위한 획일적인 기준을 정하기 위한 것인바, 현재까지 발생하지도 않았고 그 금액이 확정되지도 않은 미확정비용을 신고조정을 통하여 손금산입하는 것은 세법의 규정에 위배되므로 청구주장을 받아들일 수 없다. 한편, 청구법인이 청구주장에 대한 근거로 제시한 수원지방법원 판결을 보면, 원고는 장래 발생할 비용을 토지 사용승낙일에 손금산입하여야 한다는 취지의 주장을 한 사실이 없고, 판단부분에 기재된 ‘예상되는 추가 지출비용을 산출하여 손금산입할 수도 있다’는 내용은 세법의 규정에 따라 손익을 인식하여야 함에도 수익․비용 대응의 원칙을 들어 토지분양수익을 대금청산일이나 사용수익일에 인식할 수 없다는 청구주장이 잘못되었음을 기술한 것일 뿐, 과세관청이 지출이 예상되는 비용을 토지사용수익일에 손금산입하여야 한다는 내용이 아니므로, 위 판결은 청구주장의 타당성을 입증할 수 있는 판례가 될 수 없다. (1)-2 청구법인은 쟁점토지①과 관련하여 부지사용동의서, 착공신고필증 및 사업계획승인서상의 대지면적은 관광시설용지 47,944㎡만 해당하므로 부지조성공사가 진행 중인 기반시설용지 17,990㎡에 대해서는 작업진행률에 따라 수익을 인식하여야 한다고 주장한다. 2009.2.12. OOO 부지가 사업부지로 편입되어 개발사업면적이 증가함에 따라 청구법인과 OOO 간의 변경계약에서 사업부지 면적을 유상매각 면적 53,694㎡, 기반시설용지 면적 12,240㎡ 합계 65,934㎡로 확정하고 매매대금을 OOO원으로 변경하였으며, 2010.1.22. 최종계약시 사업부지 총면적 65,934㎡ 중 유상매각 면적 48,344㎡, 기반시설용지 면적 17,590㎡으로 변경하였으나 매매대금은 OOO원 으로 변경이 없었다. 청구법인이 관광시설용지를 분양한 것이지 그와 관련된 도로나 공원 등 공공시설용지까지 포함하여 분양한 것이 아니고, 그 공공시설용지가 분양토지만을 위하여 사용되는 것도 아닌바, 쟁점토지①의 매매대금은 공공시설공사의 진행 여부와 관계없이 이미 확정되었고, 사업지구 내 도로, 공원 등 기반시설에 대한 공사는 개발사업의 시행자로서 설치하는 것일 뿐 매수인에게 공급되는 것은 아니므로 분양수익은 사용승인일에 확정되었다고 봄이 타당하다. 또한, OOO의 대표자 OOO의 진술서에 따르면, 도로, 공원 등 기반시설용지에 대한 공사가 완료되지 않은 상태에서 쟁점토지①을 OOO의 자산으로 장부 계상한 이유를 묻는 질문에 대하여 OOO은 잔금 청산 후 부지조성공사가 유상 취득한 건설용지와는 별개인바, 잔금청산일까지 미완성된 부지조성공사가 이후 완성된다 하더라도 토지매매 대금에 영향을 미치지 않고, OOO가 유상으로 취득한 토지는 당연히 OOO에게 소유권이 있으며, 단지 구획정리 및 공부정리 등 절차상의 문제로 등기이전을 미루고 있을 뿐이므로 기반시설공사의 완성과 관계없이 OOO의 장부에 자산으로 계상한 것이라고 진술한 사실에서도 부지조성공사가 진행중인 기반시설용지에 대해서는 작업진행률에 따라 수익을 인식하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다. (2) OOO 주거환경개선사업은 2004.11.12. 분양주택으로 사업시행이 확정되어 2005.1.25. OOO와 설계용역계약이 체결되고 2005.9.15. 주택건설사업계획승인을 받은 이후 별다른 공사진행이 없는 상태에서 2008.5.7. 이사회 의결을 통해 분양주택에서 국민임대주택으로 사업유형이 변경되었다. 청구법인은 사업유형이 변경되기 전인 2008.2.19. OOO로부터 기존차입금을 차입하였는바, 이는 분양주택 건립사업에 사용할 목적보다는 사업유형 변경에 따른 OOO 임대아파트 건립공사에 사용할 목적으로 차입하였다고 봄이 타당하다. 사업용 고정자산의 건설에 사용할 목적으로 차입한 자금을 일반운영자금과 혼합하여 관리하는 경우에도 당해 차입금 중 운영자금으로 사용되었음이 명백히 확인되는 금액을 제외하고는 당해 차입금을 건설에 사용된 것이 분명한 것으로 보아 당해 차입금에 대한 지급이자를 건설자금이자 계상 대상에 포함하는 것이 타당하다. OOO 임대아파트 건립공사는 아파트 21～24층 6개동 782세대 규모로 총사업비 OOO이 투입되는 공사로서, 청구법인의 2010.6.28. 자금내역을 보면, 쟁점차입금 외에도 일반금융차입금 OOO원이 보통예금 통장을 거쳐 OOO에 유입되어 기존에 OOO에서 관리하던 운영자금과 혼합되어 당시 상당한 금액의 자금을 보유하고 있었음을 알 수 있다. 또한, 국민주택기금 차입금(쟁점차입금)은 공급형태나 세대수 등 당초 대출조건과 사업내용이 변경되거나 당초 분양목적의 주택건설사업계획승인 또는 건축허가가 취소되면 중도상환하도록 되어 있으므로 국민임대주택 건립 목적으로 차입한 차입금을 분양주택건립 목적의 대출금 상환에 사용할 수 없으며, 국민임대주택 공사비가 쟁점차입금 이상으로 소요되어야 하는 상황이므로 쟁점차입금으로 기존차입금을 상환하였다는 청구주장은 사실과 다르다. 청구법인의 내부문건 ‘OOO 사업유형 변경에 따른 국민주택기금 전환 신청’ 공문(2010.6.11.)에서 쟁점차입금 전액을 국민임대주택에 배정하여 사용하는 것으로 되어 있는 사실에서도 쟁점차입금으로 기존차입금을 상환하는데 사용하고 잔액 OOO원만을 국민주택 건설자금으로 사용하였다는 청구주장은 이유 없다. (3) OOO의 OOO 설립에 따른 OOO 이관방안 업무보고 내용(2012.11.15.)을 보면, OOO가 OOO를 기부채납받아 OOO에 현물출자하는 방안을 검토하였으나 청구법인의 자본보전을 위한 현물출자에 필요한 재원 확보가 어려워 우선 토지와 건물 등을 제외한 OOO 운영권만 이전하기로 한 것으로 나타난다. OOO와 청구법인 및 OOO 간 2012.12.31. 작성된 OOO 운영권 이관 협약서를 보면, OOO가 2014.6.30. 이전에 토지와 건물을 포함한 OOO 운영사업을 OOO에 현물출자하기로 되어 있어 OOO 운영권 이관방안은 기부채납 이전의 임시 방편임을 알 수 있다. 청구법인의 재무팀에서 작성한 내부문건 ‘OOO 운영권 이관 협약 관련 의견 회신’ 공문(2012.11.26.)에서 2012년말까지 OOO는 지속적으로 손실이 발생하여 실제 임대료로 회수될 금액이 없음을 예상하였음을 알 수 있고, 청구법인은 지속적 결손으로 실제 수취가능한 이익 발생이 어려움을 알면서도 특수관계자인 OOO에 OOO 부동산 사용료로 영업이익 발생시 이익금의 OOO%를 수취하도록 협약한 것은 사실상 자산을 무상 또는 저가에 임대하여 특수관계자인 OOO에 이익을 분여한 것으로 부당행위계산의 부인에 해당되어 적정임대료와의 차이를 익금에 산입하여야 할 것으로 보인다. OOO 운영권 이관 협약서와 2004.6.18.부터 3년간 OOO 영업부문을 위탁받아 운영하였던 재단법인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 청구법인 간 체결된 OOO 영업부문 업무대행 협약서를 비교하면, OOO 운영권 이관 협약은 부동산을 제외한 인적․물적 설비 일체를 이관하는 것으로 사업의 일부를 양도․양수한 것이고, 영업대행 협약의 경우 수탁자에게 초기투자금 명목으로 OOO을 선납하였으며, 동 금 액에서 우선 손실 보전하도록 하는 등 사실상 임대차계약과 유사하다. 청구법인이 특수관계인인 OOO와 OOO 운영권 이관 협약시 실제 이익이 발생하지 않는다는 사실을 알면서도 부동산의 사용대가로 이익의 OOO%를 받기로 한 것에 비해 OOO과 체결된 OOO 영업부문 업무대행 협약에는 손실보전의무를 부담시키고 3년 대행하는 조건에 OOO원을 기부채납받는 등 특수관계 여부에 따라 현격한 차이를 보이고 있다. 위 내용을 종합해 볼 때, 특수관계인인 OOO에 OOO 건물과 토지 등을 사용 수익하게 하여 특수관계자에게 부당하게 이익을 제공한 청구법인의 행위는 부당행위계산의 부인대상에 해당되는 것이므로, 이 건 처분은 정당하다.

① 쟁점토지를 양도한 후 매수인이 공사를 착공하였으나, 이는 실질적인 공사착공이 아니므로, 쟁점토지의 매매 관련 수익과 비용은 위의 공사착공일이 아닌 매수인이 추가 부지조성공사를 완료한 후 실제 공사를 시작하기 위해 쟁점토지의 사용을 승인받은 날이 속하는 사업연도까지 작업진행률에 따라 인식하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

① -1 설령, 쟁점토지 매매 관련 수익을 처분청이 제시한 공사착공일(사용승인일)이 속하는 사업연도에 인식하는 것이 타당하다 하더라도, 원가에 있어서는 실제발생원가 뿐 아니라 향후 발생할 예정원가를 포함한 총예정원가를 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

① -2 설령, 쟁점토지①의 사용수익일(공사착공일)을 2011사업연도로 본다 하더라도, 총 분양면적이 아닌 토지사용 승낙 및 공사착공 면적에 대해서만 수익을 인식하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

② OOO 임대아파트 건립공사를 위해 차입한 쟁점차입금 중 일부는 기존차입금 상환에 사용하였으므로, 이를 차감한 잔액만을 건설자금이자로 보아야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

③ OOO 운영권 이관 협약에 따라 특수관계인으로부터 수취할 임대료가 없음에도, 이를 부당행위계산부인 대상으로 본 처분은 부당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점①과 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) OOO 개발사업 관련 진행상황은 다음 <표1>과 같다. <표1> OOO 개발사업 관련 진행상황 (나) 청구법인이 OOO과 2007.12.18. 작성한 OOO 개발사업 사업협약서 및 OOO와 2008.5.14. 작성한 도시개발구역 확대에 따른 추가협약서의 주요내용은 각 다음 <표2> 및 <표3>과 같다. <표2> 사업협약서의 주요내용 <표3> 추가협약서의 주요내용 (다) 청구법인은 OOO와 2008.5.14. 최초계약서, 2009.2.12. 변경계약서, 2010.1.22. 최종계약서를 각 작성하여 쟁점토지①을 OOO에게 양도하였는바, 위 계약서의 주요내용은 각 다음 <표4>～<표6>과 같다. <표4> 최초계약서(2008.5.14.)의 주요내용 <표5> 변경계약서(2009.2.12.)의 주요내용 <표6> 최종계약서(2010.1.22.)의 주요내용 (라) 청구법인은 OOO 개발지구를 하나의 수익인식 단위로 보아 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률(기부채납하기로 한 도로, 공원 등 기반시설공사의 작업진행률)에 의해 각 사업연도의 수익을 인식하였고, 청구법인이 인식한 각 사업연도별 손익은 다음 <표7>과 같다. <표7> 청구법인이 인식한 각 사업연도별 손익 (마) 처분청은 청구법인이 쟁점토지①을 OOO에 양도하고, 2010.12.31. 잔금을 전액 수령하였으며, OOO가 공사를 착공할 수 있도록 2011.7.11. 토지사용을 승낙하여 OOO이 2011.12.30. 착공한 사실을 확인하였다 하여 쟁점토지① 관련 손익을 사용승인일(공사착공일)인 2011.12.30.이 속하는 2011사업연도(2010사업연도 인식분 제외)에 인식하는 것으로 경정하였다. (바) 청구법인 사장 OOO의 확인서(2014년 7월)에 따르면, 청구법인이 쟁점토지① 매각과 관련된 분양수익을 인식하면서 잔금청산이 완료되고 토지의 사용을 승낙하여 공사착공까지 한 분양토지(쟁점토지①)에 대하여 사용승인일(공사착공일)이 속하는 사업연도에 전부 수익으로 인식하지 않고 도로, 공원 등 기반시설공사가 완공되지 않아 전체 사업지구가 완공되지 않았다는 이유로 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률에 의해 분양수익과 원가를 인식함에 따라 2011년 2OOO원을 신고누락하였음을 확인하였다. (사) 청구법인이 OOO에게 송부한 ‘OOO 개발사업 부지 사용’ 공문에 따르면, 청구법인은 2010.11.26. 건축주인 OOO가 건축심의를 신청함에 있어 부지소유자(도시개발사업 시행자)로서 쟁점토지① 중 47,944㎡의 사용에 동의한 것으로 나타난다. (아) 청구법인이 OOO에게 송부한 ‘OOO(온천센터) 대지사용승인’ 공문에 따르면, 청구법인은 2014년 1월 도시개발사업의 복합개발사업시행자인 OOO의 시공자인 OOO(영업소)가 가설건축물을 축조함에 있어 쟁점토지①의 사용에 동의한 것으로 나타난다. (자) OOO장이 OOO에게 발급한 ‘착공신고 수리 알림

• OOO’ 공문(2011.12.30.) 및 착공신고필증(2011.12.29.)에 따르면, OOO의 OOO 개발사업 착공예정일이 2011.12.30. 로 기재되어 있다. (차) OOO장이 발급한 사업계획승인서에 따르면, OOO장은 2011년 10월 OOO 개발사업과 관련하여 OOO 및 OOO의 아파트(OOO, 주거동 등) 건설사업 계획을 승인한 것으로 나타나고, 착공예정일은 2011년 12월로 기재되어 있다. (카) 조사청 소속 세무공무원과 OOO 대표이사 OOO 간 문답서(2014.6.24.)의 주요내용은 다음 <표8>과 같다. <표8> 세무공무원과 OOO 간 문답서의 주요내용 (타) 청구법인이 OOO 및 OOO에게 송부한 ‘부지조성공사 착수(시행) 의뢰’ 공문(2010.3.16.)에 따르면, OOO 개발사업의 실시계획인가에 따른 설계도서 작성을 완료하고 관련 도서 및 기준을 통보하니 사업협약서 및 관련 법에 따라 부지조성공사 이행에 만전을 기하기 바란다고 기재되어 있다. (파) OOO가 청구법인에게 송부한 ‘부지조성공사 등 관련 소요비용 자금 요청’ 공문(2011.4.25.)에 따르면, OOO 개발사업 부지조성공사 대행과 관련하여 도시개발사업의 기반시설(도로, 공원 등)과 건축공사와 연계하여 계획․시공하기 위해 사업(부지조성공사) 시행기간을 변경(2011년→2015년)함에 따라 변경계약서(2010.1.22.) 제1조에 따라 부지조성공사 등에 소요되는 비용에 대하여 자금을 요청한다고 기재되어 있다. (하) 청구법인이 발급한 대지사용동의서(2011.7.11.)에 따르면, 청구법인은 사업주체인 OOO 및 OOO이 주택건설사업계획승인신청을 함에 따라 쟁점토지① 중 47,944㎡에 대해 부지소유자(도시개발사업시행자)로 동의한다고 기재되어 있다. (거) OOO와 OOO 간 작성된 공사도급계약서(2011.12.22.)에 따르면, OOO는 OOO에게 OOO 개발사업 신축공사(공사기간 2011.12.29.～2016.5.31.)를 OOO원(부가가치세 별도)에 도급한 것으로 나타난다. (너) OOO 개발사업 개요는 다음 <표9>와 같다. <표9> OOO 개발사업 개요 (더) OOO 개발사업은 국제금융도시 개발을 위해 복합개발용지에 이전공공기관과 지주기관의 사옥을 포함한 업무시설, 금융업무의 지원 및 편의시설, 주거시설 등을 복합적으로 개발하는 사업으로서, OOO 내 개발용지는 다음 <표10>과 같다. <표10> OOO 내 개발용지 (러) 청구법인은 2009.11.23. OOO와 OOO개발사업부지 내 복합개발사업용지 47,425㎡에 대한 매매대금 OOO원의 용지매매계약을 다음 <표11>과 같이 체결하였다. <표11> 쟁점토지②의 매매계약 내용 (머) OOO는 OOO 개발사업 공사착공을 위하여 2010.4.27. 청구법인으로부터 쟁점토지②의 사용을 승낙받았고, OOO이 2010.5.10. 착공을 하였으며(2012년 2월 시행사 입주기관 분양계약 체결), 2014년 6월 OOO를 준공하였다. (버) 청구법인은 OOO를 하나의 수익인식 단위로 보아 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률에 의해 각 사업연도의 수익을 인식하였는바, 연도별 손익은 다음 <표12>와 같다. <표12> 청구법인이 인식한 각 사업연도별 손익 (서) 처분청은 쟁점토지②와 관련하여 사업지구 내 분양된 개별토지에 대하여 사용승낙이 이루어진 경우 이를 완성토지의 양도로 보아 사용승인일이 속하는 사업연도의 분양수익과 이에 대응하는 원가를 인식하여 다음 <표13>과 같이 경정하였다. <표13> 처분청의 경정 내역 <표13-1> 총용지구입비 유상공급면적 안분계산 (어) 쟁점토지 관련 수익과 비용의 경우 청구법인은 작업진행률 기준으로, 처분청은 사용승인일 기준으로 각 산정하였으나, 쟁점①-1과 관련하여 청구법인은 OOO 판결서를 제시하면서 동 판결서에 따라 수익은 사용승인일을 기준으로 산정하되, 비용은 총예정원가에 용지비를 포함한 가액을 각 해당 사업연도에 인식하여야 한다고 주장하고 있다. <표14> 쟁점토지① 관련 청구주장(쟁점①-1) 내용 <표15> 쟁점토지② 관련 청구주장(쟁점①-1) 내용 (저) OOO 판결서 판단부분의 주요내용은 다음 <표16>과 같다. <표16> OOO 판결서 판단부분의 주요내용 (2) 다음으로, 쟁점②와 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) OOO 주거환경개선사업 진행상황은 다음 <표17>과 같다. <표17> OOO 주거환경개선사업 진행상황 (나) 처분청은 청구법인이 OOO 국민주택 임대아파트 건립공사를 위하여 2010.6.28. OOO로부터 차입한 국민주택기금 OOO원(쟁점차입금)에 대한 공사착공일(2010.7.1.)부터 준공일(2013.6.25.)까지 발생한 이자를 이자비용으로 계상한 사실을 확인하고 이를 건설자금이자로 계상하여야 한다 하여 다음 <표18>과 같이 손금불산입하였다. <표18> 처분청의 경정 내역 (다) 청구법인의 내부문건인 ‘OOO 사업유형 변경에 따른 국민주택기금 전환 신청’ 공문(2010.6.11.)에 따르면, OOO 사업유형 변경에 따라 기존차입금(분양)을 상환하고, 사업유형(국민임대)에 적합한 국민주택기금을 차입하고자 한다고 기재되어 있으며, 기존차입금 및 쟁점차입금 현황은 다음 <표19>와 같다. <표19> 청구법인의 내부문건상 기존차입금 및 쟁점차입금 현황 (라) 청구법인의 내부문건 ‘OOO 사업유형 변경에 따른 국민주택기금 원리금 상환 의뢰’ 공문(2010.6.23.)에 따르면, 청구법인은 OOO 사업유형 변경에 따라 기존차입금에 대한 원리금을 상환하고자 한다고 기재되어 있고, 청구법인의 지출결의서 및 회계전표에 따르면, 청구법인은 2010.6.28. OOO 원리금 상환(사업유형 변경에 따른 조기상환)을 이유로 기존차입금 원금 OOO원 및 이자 OOO원을 상환하였으며, 같은 날 OOO 주거환경개선사업과 관련하여 쟁점차입금을 차입한 것으로 회계처리한 것으로 나타난다. (3) 다음으로, 쟁점③과 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 OOO 및 OOO와 작성한 OOO 운영권 이관 협약서(2012년 12월)의 주요내용은 다음 <표20>과 같다. <표20> OOO 운영권 이관 협약서의 주요내용 (나) OOO의 2013.1.1.～2013.12.31. 손익계산서에 따르면, 영업이익은 OOO원으로 나타난다. (다) 청구법인 사장 OOO의 확인서(2014년 7월)에 따르면, OOO 운영권 이관 협약서 제4조에서 토지, 건물(부동산에 설치된 시설물 및 집기류, 물품 등을 포함한다) 등으로부터 영업이익 발생시 청구법인이 OOO로부터 이익금의 OOO%를 회수하는 것으로 기재되어 있으나, 2013년에 OOO로부터 회수한 금액이 없음을 확인하였다. (라) 청구법인의 내부문건 ‘OOO 운영권 이관 협약 관련 의견 회신’ 공문(2012.11.26.)에 따르면, OOO 소유권이 청구법인에 귀속된 상태에서 OOO에게 영업권만 이관시 이에 대한 대가가 없을 경우(이익발생시 OOO%를 지급하는 조항은 개관 이래 손실이 지속된 점으로 볼 때, 과세관청이 부당행위로 간주할 가능성이 있음) 청구법인과 OOO는 특수관계인에 해당하여 부당행위계산부인의 문제가 발생할 소지가 있고, 별도의 임대차계약이 없을 경우 무상임대에 대한 부당행위계산부인의 문제가 발생할 수 있으므로, 임대대가가 수수료에 포함되어 있다는 내용을 별도로 협약서에 기재할 필요가 있다고 기재되어 있다. (마) 처분청이 제시한 청구법인이 OOO와 작성한 OOO 운영권 이관 협약서 및 청구법인이 재단법인 OOO과 작성한 OOO 영업부문 업무대행 협약서(2004.6.18.)의 비교내용은 다음 <표21>과 같은바, 처분청은 청구법인이 특수관계인인 OOO와 OOO 운영권 이관 협약시 실제 이익이 발생하지 않는다는 사실을 알면서도 부동산의 사용대가로 이익의 OOO%를 받기로 한 것에 비해 재단법인 OOO과 체결된 OOO 영업부문 업무대행 협약서에는 손실보전의무를 부담하게 하고 3년 대행하는 조건에 OOO원을 기부채납받는 등 특수관계 여부에 따라 현격한 차이를 보이고 있으므로, 이는 청구법인이 OOO에게 부당하게 이익을 제공한 것에 해당한다는 의견이다. <표21> OOO 운영권 이관 협약서 및 영업부문 업무대행 협약서의 비교내용 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 매매 관련 수익의 경우 처분청이 제시한 공사착공일이 아닌 매수인이 추가 부지조성공사를 완료한 후 실제 공사를 시작하기 위해 쟁점토지의 사용을 승인받은 날이 속하는 사업연도까지 작업진행률에 따라 인식하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 분양한 것은 쟁점토지 자체이지 그와 관련된 기반시설까지 포함된 것이 아니고, 그 기반시설이 반드시 분양대상 토지만을 위하여 사용되는 것이 아니므로, 쟁점토지의 매매대금은 이후 기반시설공사의 진행 여부와 관계없이 그 수입시 이미 확정된 것으로 봄이 타당한 점(대법원 2004.10.28. 선고 2003두10831 판결, 대법원 2003.7.11. 선고 2001두4511 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점토지 매매계약을 체결한 후 잔금을 수령하였고, 동 토지의 소유권이 매수인에게 이전되었으며, 쟁점토지 사용을 승낙함에 따라 공사가 착공되었고, 청구법인이 주장하는 추가공사는 당초 부지조성공사와는 별개의 공사로서, 쟁점토지의 양도 후 지방자치단체에 기부채납하기로 한 도로․공원 등의 기반시설공사인 점, 쟁점토지①과 관련하여 건축위원회 심의 신청용 토지의 사용승낙은 2010.11.26. 이미 이루어졌고, 청구법인이 2011.7.11. 쟁점토지①의 사업주체인 OOO에게 발급한 부지사용동의서는 주택건설사업계획승인을 받기 위한 대지 사용동의서이며, OOO는 위 동의서를 첨부하여 OOO장으로부터 아파트 등을 건설하기 위한 주택건설사업계획을 2011년 10월 승인받고, 2011.12.29. 착공을 신고하였는바, 청구법인의 2011.7.11.자 쟁점토지① 사용승낙 행위가 건축위원회 심의 신청용으로서, 사전 요식적 행위에 불과하다는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지 매매 관련 수익을 해당 토지의 사용수익일(공사착공일, 쟁점토지①의 경우 2011.12.30., 쟁점토지②의 경우 2010.5.10.)이 속하는 2010 및 2011사업연도에 인식(쟁점토지①의 경우 2010사업연도 수익인식분 제외)함이 타당하다고 판단된다. (5) 다음으로, 쟁점①-1에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 매매 관련 수익을 처분청이 제시한 공사착공일(사용승인일)이 속하는 사업연도에 인식하는 것이 타당하다 하더라도, 원가에 있어서는 실제발생원가 뿐 아니라 향후 발생할 예정원가를 포함한 총예정원가를 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 해당 사업연도에 발생하지 않고 그 금액이 확정되지도 않은 비용을 손금산입하는 것은 세법에 위배되고, 기업회계기준 또는 관행에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (6) 다음으로, 쟁점①-2에 대하여 살피건대, 쟁점토지① 매매 관련 수익을 처분청이 제시한 공사착공일(사용승인일)이 속하는 사업연도에 인식하는 것이 타당하다 하더라도, 총 분양면적이 아닌 토지사용 승낙 및 공사착공 면적에 대해서만 수익을 인식하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 관광시설용지를 분양한 것이지 그와 관련된 도로나 공원 등 공공시설용지까지 포함하여 분양한 것이 아니고, 그 공공시설용지가 분양토지만을 위하여 사용되는 것도 아닌 점, 쟁점토지①의 매매대금은 공공시설공사의 진행 여부와 관계없이 이미 확정되었고, 사업지구 내 도로, 공원 등 기반시설에 대한 공사는 개발사업의 시행자로서 설치하는 것일 뿐 매수인에게 공급되는 것이 아닌 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 임대아파트 건립공사를 위해 차입한 쟁점차입금 중 일부를 기존차입금 상환에 사용하였으므로, 이를 차감한 잔액만을 건설자금이자로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점차입금은 국민주택기금 차입금으로서, 공급형태나 세대수 등 당초 대출조건과 사업내용이 변경되거나 당초 분양목적의 주택건설사업계획승인 또는 건축허가가 취소되면 중도상환하도록 되어 있으므로, 쟁점차입금을 분양주택건립 목적의 대출금 상환에 사용할 수 없는 점, 이 건 국민임대주택 공사비가 쟁점차입금 이상으로 소요되는 점, 청구법인의 내부문건 ‘OOO 사업유형 변경에 따른 국민주택기금 전환 신청’ 공문에서 쟁점차입금 전액이 국민임대주택에 배정하여 사용하는 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (8) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 운영권 이관 협약에 따라 특수관계인으로부터 수취할 임대료가 없음에도, 이를 부당행위계산부인 대상으로 본 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 OOO과 체결한 OOO 영업부문 업무대행 협약은 OOO 운영권 이관 협약과 유사한 임대차계약으로서, 위 재단에게 손실보전의무를 부담시키고 3년 대행 조건에 OOO원을 기부채납받는 등의 조건을 명시하였으나, 특수관계인인 OOO와 체결한 OOO 운영권 이관 협약에는 영업이익이 발생할 경우에만 청구법인에게 이익금의 OOO%를 지급하도록 한 점 등에 비추어 청구법인이 2013사업연도에 OOO로부터 적정임대료를 수취하지 않았다 하여법인세법의 부당행위계산 부인 규정에 따라 계산한 임대료를 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.