처분청에서도 장기간에 걸쳐 선(기)적확인증명서를 쟁점거래에 대한 적법한 영세율 첨부서류로 보아 관련 가산세를 부과하지 아니하였던 점 등에 비추어 쟁점거래에 대하여 적법한 영세율첨부서류를 제출하지 못한 책임을 청구법인에게 묻기가 어려워 보이므로, 청구법인에게 영세율과세표준신고불성실가산세를 과세한 처분은 잘못이 있음
처분청에서도 장기간에 걸쳐 선(기)적확인증명서를 쟁점거래에 대한 적법한 영세율 첨부서류로 보아 관련 가산세를 부과하지 아니하였던 점 등에 비추어 쟁점거래에 대하여 적법한 영세율첨부서류를 제출하지 못한 책임을 청구법인에게 묻기가 어려워 보이므로, 청구법인에게 영세율과세표준신고불성실가산세를 과세한 처분은 잘못이 있음
OOO이 2014.2.14. 청구법인들에게 한 <별지> 기재의 부가가치세 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 쟁점거래는 외국항행 항공기에 공급하는 재화에 해당하는 바, 청구법인이 OOO에게 판매한 쟁점외거래와 유사한 거래형태의 선용품의 공급은 부가가치세법 시행령제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여영세율이 적용된다는 OOO의 기존해석(OOO, 2006.6.1. 외 다수)이 있고 쟁점거래와 쟁점외거래는 모두 청구법인이 생산․판매하여 간접적으로 외국항행항공기에 공급이 이루어졌다는 점에서 그 본질이 같으므로 기존 해석의 취지로 볼 때 쟁점거래도 부가가치세법제26조 제1항 제3호외국을 항행하는 선박 또는 항공기에 공급하는 재화에 해당하는 영세율 적용대상 거래로 보아야 한다.
(2) 청구법인이 제출한 서류가 법령에서 정한 서류와 다르다 하더라도 동일 법령에 열거한 첨부서류를 제출하였다면 이를 미제출로 볼 수는 없는 것인 바, 부가가치세법제22조에서 ‘영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니하거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고 규정하고 있고,국세기본법제47의3 제1항에서 ‘영세율과세표준을 과소신고한 경우에는 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 한다’고 규정하고 있으며, 부가가치세 업무집행기준22-0-17에서 ‘영세율 붙임서류 없이 영세율 과세표준을 신고한 경우 해당 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영세율을 적용하고, 영세율과세표준신고불성실가산세를 적용한다’ 규정하고 있으나, 청구법인은 같은 법령에 영세율 첨부서류의 하나로 열거된 다른 종류의 영세율첨부서류를 제출하였고, 과세관청이 그 서류에 의하여도 영세율 적용 과세표준금액 신고내용에 잘못이 없는 것으로 받아들였다면 이를 영세율 첨부서류의 미제출로 취급하여 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
(3) 부가가치세 사업자가 영세율이 적용되는 경우에 영세율 첨부서류를 제출하게 하는 취지는 그 제출행위를 영세율 적용 요건으로 하기 위한 것이 아니고, 과세관청이 사업자가 신고한 영세율과세표준 적법 여부를 확인하는데 필요한 서류를 제출하도록 하는데 그 목적이 있다고 보아야하므로 납세자가 영세율 적용규정과 적용항목을 잘못 판단하여 다른 항목에 해당하는 영세율 첨부서류를 제출하였다 하더라도 과세관청이 다른 확인 절차 없이 그 제출서류만으로도 영세율적용 신고과세표준금액이 적정한 것으로 인정할 수 있었다면 이를 영세율첨부서류 미제출로 보고 영세율 과세표준금액을 신고하지 아니한 것으로 하여 가산세를 부과하는 것은 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 지나친 국고주의적인 행정처분으로 이건 부과처분은 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 처분이다.
(4) 쟁점거래는 외국항행선박 또는 항공기에 공급하는 재화에 해당할 수도 있고, 비거주자 또는 외국법인에게 재화를 공급하고 비거주자 또는 외국법인이 지정하는 사업자에게 인도한 경우에도 해당할 수 있어 조세전문가들도 첨부서류의 적격 여부를 가리는데 어려움이 있는 특수한 유형의 거래이며, 서류를 제출받은 과세관청에서는 첨부서류의 적정성을 검토하여 그에 대한 적절한 조치를 취했어야 함에도 불구하고 청구법인들이 그동안 26회(예정신고 7회, 확정신고 7회, 월별신고 12회)에 걸쳐 일관되게 선(기)적확인증명서를 영세율 첨부서류로 제출한데 대하여 아무런 문제 제기 없이 영세율 적용신고를 인정하고 조기환급까지 함으로써 납세자는 그 서류가 적법한 서류로 알고 계속하여 제출하게 되었는데 이제 와서 청구법인에 그 책임을 물어 가산세를 부과하는 것은 신의칙에 반한다.
(1) 청구법인은 쟁점거래의 경우 부가가치세법제26조 제1항 제1호 가목의 ‘비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화’에 해당함과 동시에 같은 법 시행령 같은 조 같은 항 제3호의 ‘외국항행 항공기에 공급하는 재화’에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 항공유 공급은 OOO의 항공유 매출처인 OOO의 저장탱크까지 운송하면 실질적인 공급이 완료된 것으로 이후 외국항공기에 공급은 OOO가 수행하고 있고, 항공유공급계약서 제5조 제3항에 의하면 OOO가 공급한 OOO에 대한 제품인도 의무는 제품의 소유권이 이전될 때 완료된다고 되어 있어 기타 항공유 인도시점인 항공기 급유구 통과시점과 차이가 있으며, 쟁점거래의 영세율 적용규정은 부가가치세법 시행령제26조 제1항 제1호 가목에 한정된다고 할 것이므로 같은 법 시행령 제26조 제3호의 규정을 적용할 수 없는 것인 바, 쟁점거래의 영세율 첨부서류는 부가가치세법 시행령제64조 제3항 제4호에 따라 OOO이 발급하는 “외화입금증명서”이므로 청구법인이 제출한 기적완료증명서는 부가가치세법 시행령제64조 제3항 제4호에 규정한 적법한 영세율첨부서류가 아니므로 영세율과세표준불성실가산세에 해당되는 것이다.
(2) 부가가치세법에서 규정한 적법 영세율 첨부서류의 미제출에 대해 처분청이 관련 법규정에 의거 영세율과세표준불성실가산세를 부과한 처분이 국세기본법제18조에서 규정한 “세법에서 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”라는 규정에 위배되지 아니하는 것(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 참조)이고, 청구법인은 과거 “기적완료증명서”를 제출함에 대해서 과세관청이 영세율의 법정 첨부서류에 대한 적절한 행정지도를 하지 아니한 채, 과거 수개의 과세기간에 대하여 한꺼번에 영세율과세표준신고불성실 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인이 영세율첨부서류로 제출한 “기적완료증명서”가 적법한 영세율첨부서류라고 과세관청이 공적인 견해표시를 한 바가 없으므로 처분청이 가산세 부과사유를 확인한 이상 이를 부과하지 않을 이유가 없다.
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.
3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역
4. 제1호부터 제3호까지 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 (2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 【가산세】
⑧ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제26조 【그 밖의 외화획득 재화 및 용역 등의 범위】
① 법 제11조 제1항 제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 OOO에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것
3. 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제16조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 부가가치세법 시행령 (2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제64조 【예정신고와 납부】
③ 법 제18조 제1항 및 제2항 단서를 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 인하여 해당 서류를 첨부할 수 없는 때에는 국세청장이 정하는 서류로써 이에 갈음할 수 있다.
4. 제26조 제1항 제1호 및 제1호의2의 경우에는 OOO이 발급하는 외화입금증명서
5. 제26조 제1항 제3호의 경우에는 관할세관장이 발급하는 선(기)적완료증명서 (5) 국세기본법 제47조의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항·제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
2. 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액
(1) 조사관서는 2013.7.10.～2013.9.5. 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 영세율 첨부서류로 외화입금증명서가 아닌 기적완료증명서를 제출한 것은 적법한 영세율첨부서류가 아닌 것으로 보아 영세율과세표준불성실가산세를 적용하여 과세하도록 처분청에 통보하였는 바, 주요 조사내용 및 과세논거는 다음과 같다. (가) 청구법인과 항공유 거래에 대한 직접적인 업무(계약서 작성, 항공유의 공급 관련 인보이스 발행 등)를 한 법인은 OOO가 아닌 주식회사 OOO이나, 청구법인이 이를 인지한 것으로 확인되지 않고, 쟁점외거래(OOO에 대한 유류매출)는 부가가치세법 시행령제26조 제1항 제3호의 규정에 의한 외국을 항행하는 항공기 등에 공급하는 재화에 해당되어 영세율 적용대상에 해당하며, 쟁점거래는 비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 당해 사업자의 과세사업에 사용되는 재화이므로 영세율 적용은 적법하나 영세율 첨부서류로 외화입금증명서가 아닌 선(기)적완료증명서를 제출하였으므로 영세율과세표준신고불성실가산세 적용대상이다. (나) 청구법인은 선(기)적완료증명서를 제출하였는 바, 외국항행 항공기의 경우 기적완료증명서의 발급절차는 아래와 같다.
1. 청구법인의 조업사인 OOO가 외항기에 급유를 한 후 기장이 서명한 OOO을 발급받는다.
2. OOO가 위 OOO을 첨부하여 관할세관장에게 적재확인신청을 하고, 세관장은 확인 후 “환급대상수출물품 반입(적재)확인서”(“수출용원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시” 별표1에 따른 별지 제2-3호 서식)를 발급한다. 반입(적재)확인서상 공급자는 청구법인으로 명의가 기재된다.
3. 위 확인서는 적재시마다 발급이 되고, 부가가치세 과세기간에 해당하는 기간동안 발급된 환급대상수출물품 반입(적재) 확인서를 모두 합계하여 세관장이 발행하는 “사실확인증명원”(관세법제322조 제1항에 근거한다)에 하나의 금액으로 기입하고, 용도는 부가가치세 영세율 적용 첨부서류로 기재하여 환급대상수출물품 반입(적재)확인서와 함께 영세율 첨부서류로 제출한다. (다) 청구법인의 쟁점거래 항공유 공급은 OOO의 항공유 매출처인 OOO의 저장탱크까지 운송하면 실질적인 공급이 완료된 것으로 이후 외국항공기에 공급은 OOO가 수행하고 있고, 항공유공급계약서 제5조 제3항에 의하면 OOO가 공급한 OOO에 대한 제품인도 의무는 제품의 소유권이 이전될 때 완료된다고 되어 있어 기타 항공유 인도시점인 항공기 급유구 통과시점과 차이가 있다.
(2) 청구법인은 쟁점거래도 부가가치세법 제26조 제1항 제3호 외국을 항행하는 선박 또는 항공기에 공급하는 재화에 해당하는 영세율 적용대상 거래로 보아야 하고, 제출한 영세율 첨부서류가 법령에서 규정한 서류와 다르다 하더라도 동일 법령에 열거한 첨부서류를 제출하였다면 이를 미제출로 볼 수는 없다는 주장으로, 주요 주장논거는 다음과 같다. (가) 쟁점외거래와 쟁점거래는 실물흐름상으로 차이가 없는 바, 외국항행을 통하여 소비되는 재화에 영세율을 적용하는 입법취지와 하도급에 의하여 외국항행항공기 등에 유류를 공급한 경우 직․간접 공급자 모두에 대하여 부가가치세법 시행령제26조 제1항 제3호의 규정에 의한 영세율이 적용된다는 OOO 기존해석(OOO (2006.6.1. 외 다수)의 취지에 비추어 볼 때 쟁점외거래와 쟁점거래를 달리 취급할 이유가 없다.
1. 처분청은 항공기에 급유되는 항공유의 실물흐름을 정확하게 파악하지 아니하고 오로지 계약서상의 문구만 가지고 사실관계를 파악하여 청구주장을 배척하고 있고, 인천공항에서 급유되는 항공유는 공동탱크에 공동으로 보관되다가 지상조업사에 의해서 항공기로의 급유가 이루어진다.
2. 항공사와 유류공급계약을 한 OOO 또는 OOO는 계약체결시점에 OOO유류가 급유될 것임을 통지하고, OOO 또는 OOO로부터 항공유를 매입하는 항공사는 OOO로 인천공항에서 급유하는 항공기의 운항일정을 사전에 통지하게 되고, OOO는 급유할 항공유를 공항내 공동저장소로 송유하여 급유할 항공유를 보관하며, 항공기운행 일정에 맞게 급유가 이루어지도록 급유조업사에 항공기 운항일정을 통지한다.
3. 운항일정을 통지받은 급유조업사는 공동저장소에 OOO에서 송유되어 보관된 항공유의 출고신청을 함과 동시 세관에 항공유적재허가 신청절차를 밟아 항공기에 급유하고, 급유받은 항공기의 기장으로부터 OOO를 교부받아 이를 첨부하여 세관장으로부터 환급대상 수출물품반입(적재)확인(신청)서를 발급받아 OOO로 송부하고, OOO는 이를 관세환급 및 부가가치세 영세율 첨부서류로 사용(공동보관소로부터 OOO 유류를 출고하여 항공기로 급유하는 급유조업사는 해당 항공유가 OOO에서 생산되어 송유된 항공유임을 알고 있고 세관도 이를 인정하고 있어 확인서 발급시의 공급자는 OOO로 기재됨)한다.
4. 이러한 과정을 거쳐 송유와 급유가 이루어진 공동저장소의 OOO소유 재고는 입출고 관련 자료에 의하여 수시로 확인하고 있고, OOO에 판매되었다가 동일한 과정을 거쳐 최종적으로 외항기에 급유되는 것이 명확히 확인되는 쟁점외거래와 쟁점거래는 실물 흐름상 차이가 없다. (나) 처분청은 청구인이 제출할 영세율 첨부서류는 부가가치세법 시행령제64조 제3항 제4호의 서류임에도 제3항 제5호의 서류를 제출하였으므로 같은 법 시행령 제64조 제3항의 서류를 첨부하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과하였는데, 청구인이 제출한 서류는 같은 법 시행령 제64조 제3항에 열거되어 있는 서류중 하나에 해당하고 당해 서류가 영세율 적용을 인정할 수 없을 정도의 중대한 미비사항이 아니라면 이를 두고 서류의 미제출로까지 보는 것은 지나친 유추 확장해석이고, 만약 이를 미제출로 볼 정도의 중대한 과실이라면 그동안 조기환급신고를 포함하여 26회에 해당하는 부가가치세 신고시 한번이라도 이를 지적하여 행정지도를 하였더라면 청구인은 즉시 시정하였을 것이다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 부가가치세법령상의 적법한 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하여 영세율과세표준신고불성실가산세 적용대상이라는 의견이나, 부가가치세 신고시 영세율과세표준 적용대상에 대하여 첨부서류를 제출하도록 규정한 목적은 당해 재화가 수출에 공하였는지 여부를 확인하기 위한 것이라 할 것(국심 2004중2480, 2005.7.8. 참조)이고, 청구법인이 그동안 쟁점거래 및 쟁점외거래에 대하여 장기간에 걸쳐 선(기)적확인증명서를 영세율 첨부서류로 제출한 것에 대하여 처분청이 장기간에 걸쳐 처분청이 유효적절한 행정지도 및 별다른 이의 제기없이 이를 영세율 적용대상으로 인정하여 월별 조기환급 및 각 과세기간별로 부가가치세 조기환급을 해준 점, 청구법인이 영세율 적용규정을 잘못 판단하여 다른 영세율 첨부서류를 제출하였다 하더라도 과세관청이 그 제출서류만으로도 쟁점거래가 영세율 적용 신고과세표준금액이 적정한 것으로 인지할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 영세율과세표준신고 첨부서류에 의하여 당해 재화가 수출재화임이 확인되는 이 건의 경우 외화입금증명서가 아닌 선(기)적완료증명서를 제출한 것에 대하여 영세율과세표준신고서류를 제출하지 아니한 것으로 보아 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 과세처분 내역
결정 내용은 붙임과 같습니다.