중고자동차에 대한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 중고자동차매매업을 영위하는 법인으로서 2010년 제1기∼2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 중고차를 매입하고, 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 조세특례제한법 제108조 의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 규정에 따라 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고･납부하였다.
• 나. OOO은 2013.9.26.～2013.10.31. 기간에 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여, 청구법인이 2010년 제1기〜2012년 제2기 과세기간에 매입한 중고자동차 OOO 중 간이사업자가 아닌 일반사업자로부터 매입한 중고자동차 OOO는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 대상이 아니라고 보아 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점차량에 대한 매입세액 OOO원을 불공제하여 2013.12.9. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제1기 OOO을 각 경정･고지하고, 해당 매입세액OOO을 손금산입하여 법인세 2010사업연도분 △OOO을 감액경정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 부가가치세의 과세체계는 전 단계까지의 부가가치세는 이미 납부한 것으로 보고 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산함으로써 동일 재화에 이중과세를 방지하는 전단계매입세액공제제도로 운영되고 있고, 매입･매출세액을 확인하는 수단으로 원칙적으로 세금계산서를 활용하고 있으나 예외적으로 세금계산서를 발행하지 않는 재화의 경우에는 거래가격 속에 부가가치세가 포함되어 있다고 보아 세액을 공제하는 의제매입세액공제제도를 채택하고 있다. 중고자동차는 의제매입세액공제제도가 적용되는바, 승용자동차의 경우 사업용은 세금계산서를 발행하므로 매입세액공제에 문제가 없으나 비사업용은 세금계산서를 발행하지 않고 의제매입세액공제를 적용하며 이 때 양도자가 개인사업자인 경우 의제매입세액공제 대상인지 여부를 판단하는데 문제가 발생한다. 승용자동차의 소유･매매의 주체인 ‘개인’의 인격은 가사주체로서의 인격과 사업주체로서의 인격을 동시에 지니며, 가사주체로서 승용차를 매매하는 경우에는 세금계산서를 발행하지 않으므로 의제매입세액공제를 적용하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 할 수 있음에도 단순히 양도자가 사업자라는 사실만으로 매입세액공제를 배제하는 것은 부당하며, 청구법인은 중고자동차를 매입할 때에 양도자로부터 사업용 자동차가 아니라는 확인서를 받는 등 납세의무자로서의 책임을 다하였음에도 과세관청만이 접근할 수 있는 정보에 의하여 양도자가 사업자라는 이유로 매입세액공제를 배제하는 것은 국세기본법 제16조 의 근거과세원칙에 위배되고, 납세자에게 무한의 입증책임을 지우는 것은 헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙에 반하며, 중고자동차가 사업용이라면 양도자에게 매출세액으로 과세하고, 양수인에게 매입세액공제를 인정함이 타당하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제108조 제1항 및 같은 법 시행령 제110조 제1항에는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제는 국가, 지방자치단체, 부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 자, 간이사업자로부터 중고자동차를 취득하여 공급하는 경우에만 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 한다고 규정되어 있고, 위에 열거되지 않은 사업자로부터 중고자동차를 취득하는 경우에는 중고자동차가 사업에 실제 이용되지 않았다는 이유를 들어 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 할 수는 없다 할 것OOO이므로 쟁점차량에 대해 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 부인하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 일반사업자로부터 매입한 중고자동차에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제108조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례) ① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가, 지방자치단체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 110분의 10을, 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 각각 적용한다)을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항에 따른 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령 제110조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례) ① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령으로 정하는 자”란 부가가치세과세 사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

2. 중고품: 자동차관리법에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)

⑥ 제5항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여는 부가가치세법 시행령 제60조 제1항 의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제108조 제1항 및 같은 법 시행령 제110조 제1항에서는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례는 국가, 지방자치단체 및 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 간이과세자로부터 2013.12.31.까지 중고자동차를 취득하여 이를 공급하는 경우 매입세액공제를 할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인은 위 규정에 따라 2010년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 취득한 중고자동차에 대하여 매입세액공제를 신고하였으나, 처분청은 청구법인의 신고내역 중 쟁점차량의 경우는 매입세액공제 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 매입세액공제를 부인한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 대상에서 배제한 쟁점차량은 아래 <표2>와 같이 양도자가 일반과세사업자이면서 복식기장의무자이고, 장부에 차량운반구로 계상된 화물차량 138대와 승합차 29대 및 승용차 4대이며, 승용차의 경우 장부에 감가상각자산으로 계상된 차량으로 나타나는바, 처분청은 영업용으로 등록된 화물차 및 승합차는 사업(영업)용이 일반적이고, 양도자가 일반사업자에 해당하는지 여부를 확인하는 것이 불가능하지 않으므로 청구법인이 양도자로부터 비사업용으로 사용했다는 확인서를 받은 사실만으로는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 인정할 수 없다는 의견이다.

(3) 청구법인은 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제가 부인된 쟁점차량은 소형화물자동차 또는 승합자동차로서 이러한 종류의 자동차는 농사, 심부름, 노점 등에 사용되고, 사업자등록이 없거나 간이과세자로서 세금계산서를 받을 수 없는 경우가 대부분이며, 그럼에도 불구하고 청구법인은 상대방으로부터 비사업용에 관한 확인을 받아 매입하였으므로 납세의무자로서의 입증책임을 성실히 이행하였고, 의제매입세액공제는 비사업용으로서 세금계산서를 받지 못한 경우 매입가액에 포함된 세액을 공제하는 것이므로 쟁점차량에 대해서 취득자인 청구법인에게는 매입세액을 공제하고 양도자에게는 매출세액으로 과세해야 할 것이며, 개인사업자는 사업용과 비사업용을 함께 소유할 수 있으므로 개인사업자가 소유한 자동차라고 하여 이를 모두 사업용으로 판단하는 것은 가사용까지 과세대상으로 삼는 것으로서 부당하다고 주장한다.

(4) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 중고자동차 취득시 양도자로부터 사업용으로 사용하지 않았다는 확인서를 받았으므로 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 양도자의 확인서만으로는 사업용으로 사용하지 아니한 사실이 객관적으로 입증되지 아니하고, 조세특례제한법 제108조 제1항 및 같은 법 시행령 제110조 제1항에는 국가･지방자치단체･부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 간이과세자로부터 중고자동차를 매매하는 경우에만 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 적용받도록 규정하였을 뿐, 위에 열거되지 아니한 사업자로부터 중고자동차를 취득하는 경우 해당 중고자동차가 사업에 실제 이용되지 아니하였다고 하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 하도록 규정하고 있지 않으며, 쟁점차량은 일반사업자이면서 복식기장의무자로부터 취득한 중고자동차로서 장부에 차량운반구로 계상되어 있고, 영업용으로 등록된 화물자동차와 승합자동차 또는 감가상각자산으로 계상된 승용차이며, 이러한 자동차들은 사업용으로 사용되는 것이 일반적이고 특별한 사유가 없는 한 일반사업자 여부를 확인하는 것이 불가능하다고 보이지 아니하므로 처분청이 해당 중고자동차에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제를 적용하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.